“反间计”在曾国藩的用兵中体现为另一种反向思维，即变化常规，要以变应变。
以变应变，主要体现在军事谋略上。《孙子·虚实篇》中说：“夫兵形像水。水之形避高而趋下，兵之形避实而击虚。水因地而制流，兵因地而制胜。故兵无常势，水无常形，能因敌化而取胜者，谓之神。”宋代思想家李觏在《论兵策第六》中说：“用兵之法，一步百变，见可则进，知难而退。”刘基的《百战奇略》同样把因敌变化看作上上之策：“凡兵家之法，要在应变，好在知兵。举动必先料敌，敌无变动，则待之；乘其有变，随而应之，乃利。法曰：能因敌变化而取胜者，谓之神。”几乎所有军事家都把因敌变化取胜看作一种高明的战争艺术。因敌之变，也就是当敌军有变时，我也采取适当的变化，利用有利条件，以取得胜利。
曾国藩作为一代中兴名将，熟读兵家韬略，针对动荡不定的时局，他采取了以变应变的治兵用兵要诀，因此终能立于不败之地。
在治军上，他一扫清末绿营、八旗的陋习，别树一帜，改弦更张，仿前人练兵方法，斟酌取舍，加以变化，编练湘军，使之成为一支具有新鲜血液的武装力量。
清代军事主力发生了三次重大变化。清初以八旗兵为主，由于其出则为战、入则为民的组织形式和强悍尚武的风气，使之扫荡南北，无人能敌，因而能奠定清初统一全国的大业。后来随着战事减少，八旗人员享有特权，养尊处优，沉湎于享受，渐染奢侈淫佚陋习，失去了战斗力。而由明军降兵改编的绿营军成了战斗主力。康熙、乾隆以后，历次大战基本都是以绿营为主。但到了嘉庆、道光年间，绿营军也染上了各种积弊，嘉庆初年镇压白莲教起义时就已力不从心，从此练勇开始出现。到了咸丰年间，积弊更加严重。咸丰元年，曾国藩上书咸丰帝，对兵制的败坏进行了全面总结。他说：“军队的情况各省不尽相同。漳州、泉州两地士兵强悍，经常成百上千地聚众械斗，贵州、四川多余的士兵则勾结盗贼，狼狈为奸；其他的则吸食鸦片，开设赌场，各省皆然。大多是无战事则游手好闲，有战事就雇佣无赖之徒代替自己从军。看见敌人就望风而逃，等敌人退后，就杀无辜百姓冒功领赏。”这种腐败堕落的军队，一旦参加战斗，哪里有取胜的道理？鸦片战争，清军勇敢抵抗的少之又少，所以才致如此惨败。倘若说英国人船坚炮利，还情有可原，而太平天国义旗一举，应者云集，所过之处，势如破竹。义军没有战斗经验，更谈不上武装精良，人数也远处劣势，而清军追围堵截，非但不能阻止，反而助长了太平军的势力。清军连连败绩，死伤无数。曾国藩慨叹道：“近日来广西发生战事，纷纷从外省调兵征讨，该省正额士兵二万三千余人，士兵一万四千余人，听说竟没有一个人能用！广西一省如此，其他省也可想而知。”对这样的形势，对付如火如荼的太平天国起义这一历史奇变，曾国藩坦言：“即使有十万人在我麾下，也都是各怀贰心，离心离德。在当今之世，用今日之兵，即使诸葛亮复生，也未必能平定太平天国这伙叛贼！”他认为，绿营“习气太深，安能新创其面目而荡涤其肠胃？恐怕即使岳飞重生，半年可以教会他们作战技巧；孔子重生，三年也不能使他们革除陋习”。
为了应对太平天国这一大变，倘若曾国藩仍照前人做法，因循守旧，等待他的无疑是向荣、和春等人身死军败的命运。在这种情况下，他只能以变应变，重起炉灶，创建一支新式武装。
曾国藩编练湘军有一个显著的特色。他改变了清代军队的性质，把由清王朝直接控制、直接指挥的国家军队，改变成为由地方督抚和将领直接控制、清廷只能间接指挥的私属军队。他利用姻亲、门生等封建宗法关系，以血缘、地缘为纽带，加强了湘军内部的凝聚力。新兵的招募，全由将领负责，而将领一般只招募家乡人为兵。如王“专招一县之勇”，李元度“只取平江之人，不用其他籍之士。不是秦人不用，不是客家人不用”。曾国藩在衡阳组建时曾声明：“水手须招至四千人，皆须湘乡人，不杂用外县的，盖同县之人易于合心也。”
同治八年（1869）5月，曾国藩在向朝廷奏报时总结湘军的取胜原因时说：“湘军勇营之制，营官由统领挑选，哨弁由营官挑选，什长由哨弁挑选，勇丁由什长挑选。”这种办法，“比之如树木，统领如根，由根而生干、生枝、生叶，都一气所贯通，因此口粮虽出自公款，而勇丁感营官挑选之恩，都好像受其私惠，平日既有恩谊相存，临阵自能患难相顾”。这种盘根错节的关系，彻底改变了绿营兵“卒与卒不相习，将与将不相和”的弊病，加强了凝聚力，指挥起来如臂之运手，手之使指，形成了较强的战斗力。
湘军的兵饷，大部分也是自筹的，曾国藩充分发动士绅地主维护自己利益的积极性，让他们捐资助军，许多地主还自组武装配合湘军作战。湘军中，许多将领原来就是家财万贯的大财主，他们不仅从财力上支援湘军，还亲自参加战斗，有的还成为一代名将。另外就是广开财源，设立厘金制度，在清廷财力日绌的情况下自己想办法从民间聚敛钱财。军饷的相对充足也是湘军士兵勇于作战的重要因素。
曾国藩以儒学治军，用儒家的传统道德来作为全军的思想基础，这一点实是开了近代军队的先河。尽管儒家思想中有一些是落后因素，但对于稳定军心，统一思想，还是发挥了重大作用。
用兵方法，曾国藩基本是以三国时诸葛亮为模范，以谨慎为原则，这是由其“儒将”形象决定的。但他对用兵规律有着深刻理解，他曾不止一次地说过自己用兵太呆，缺乏变化，也教育兄弟和部下，用兵要讲究变化。他在给淮军名将刘铭传的信中说：“军情万变，不可逆料，深恐理之所无，或为事之所有。”告诫他战争形势变化莫测，不能仅凭主观判断，用经验解决一切问题，而应该以变应变，以变制变。这是一种十足的反向思维。
在实践上，曾国藩凡事从全局、大处考虑，但在小处的具体步骤又有条不紊，极有章法。譬如他以治国平天下为志向所在，但在日常生活中从来谨严以处，一丝不苟，他坚持早起，每日必读数页书，坚持亲自写家书、批奏稿，以勤、俭、廉自戒，从不敢违背。正是在这些小事上认真对待，才保证了他宏大目标的实施。
“行小变而不失大常”，是曾国藩用变的一个重要原则。这句话出自《庄子》，曾国藩咸丰八年（1858年）失意之时对此书做了精读，使他的为人有了一次彻底改变。他在读到《宙合》篇时注释道：“以为鸟起于北，意南而至于南。起于南，意北而至于北。苟大意得，不以小缺为伤。庄子谓行小变而不失大常，亦此意。”