小泉对朝短短一天的“破冰之旅”，取得了举世瞩目的重要成果。双方在两个最关键的问题上取得了突破：一是处理日本侵朝历史问题，日方首次正式承认过去给朝鲜人民带来了巨大损害和痛苦的历史事实，并对此表示深刻的反省和真诚的道歉。日方的道歉满足了朝方对清算历史问题的基本要求。在此前提下，朝方放弃了要求日本进行国家级赔偿，同意以经济援助和经济合作方式处理历史问题；二是日本失踪人员问题。朝鲜国家最高领导人公开承认，朝鲜方面已经确认这种令人遗憾的事件是在朝日关系处于不正常关系下发生的，朝鲜方面在关于日本国民的生命与安全的一些还未解决的问题上将采取措施确保不再发生这种问题。宣言中双方还就安全保障问题等达成了约定。此外，朝鲜方面还在世界普遍关注的东亚安全问题上作出了让步，承诺将冻结导弹发射的时限继续延长到2003年以后，并表示愿同有关国家就朝鲜半岛核问题进行对话。这是首次日朝首脑会谈，并发表了《朝日平壤宣言》，可以说，小泉首相的这次访朝取得了巨大的成功，具有历史性的意义。
在小泉访问平壤之前，曾有报道说“15号台风”给朝鲜农业造成严重危害，粮食紧张，外界猜测小泉可能会做出什么表示，但小泉却没有带去任何粮食援助。在首脑会谈结束后，小泉甚至没有举行答谢宴会，就踏上了回国的飞机。一位记者称，虽然两手空空，但小泉来到平壤，这本身就是最大的礼物。日本内阁官房长官福田称：“小泉此行不是友好访问，是为谈判而去的。”
然而，8人死亡的消息传到日本，日本就炸开锅了。
9月17日下午3点，东京大雨滂沱。被绑架的受害者家属被以福田康夫官房长官的名义，召集到坐落在东京港区的外务省饭仓公馆，说是遭绑架的11人有了消息，要向各位家属个别交待。11个家属先后来到饭仓公馆后，被告知在会客厅等待。宽广的会客厅，一般是用来与外国首脑会谈用的，中间放了一台大屏幕电视机。或许会有幸存者的消息吧，一个家属满怀期望地打开了电视机，NHK正好在播报新闻：“有9人生存。”家属中嗡地响了一声，生存的都是谁呢？谁知不到2分钟，电视台对刚才播报的消息进行更正说，“不是9人，而是数人。”
家属一个一个被叫到隔壁房间，外务省副大臣植竹繁雄在隔壁的房间里等着。横田滋夫妇进来后，植竹副大臣沉默了好一会儿才开口说：“非常遗憾，你女儿已经死亡了。”“什么时候死的？”横田滋问道。“不清楚。”但是，在朝鲜政府交给在平壤的日本政府代表团的名单上，已经写明了横田惠的“死亡日期”。被告知死亡的家属，一个个悄无声息地走出来，而相反是被通知亲人还活着的家属，在听到消息后放声痛哭。
朝鲜外交部发言人17日表示，朝鲜政府将保证健在的被绑架者与家属、亲戚及日本政府负责人会面，如果本人愿意，朝鲜有意让本人回到日本。
9月18日，14名被朝鲜绑架的日本人中8人已去世的消息传来，导致日本国内舆论迅速恶化，日本政府决定进一步推进幸存者回国和死亡者确认工作。
访朝回来后的第一天，原本安排小泉首相与“家属会”成员见面，介绍情况的。但是，小泉临时变卦，拒绝与他们会面。安倍晋三听说后，立即表示他要来与家属见面，随即赶到受害者家属聚集的会场，一进门就深深地给在场的家属鞠了一个躬，表示谢罪。这一动作通过电波传到了日本千家万户，给日本国民留下了很深的印象。随后他说：“北朝鲜方面说8人死亡，那只是他们一面之辞。我根本不相信金正日的话。今后，我们还是要在这些人还活着这一前提下，继续与北朝鲜交涉。”同时还介绍了有关会谈的一些细节情况。当“家属会”成员们知道日本政府有意将名单卡了下来后，一时间舆论哗然，大有兴师问罪之势。“家属会”成员立即举行记者会见，公开昨天外务省通知他们的内容，同时猛烈攻击外务省，指责政府的做法缺乏诚意、没有人性。到9月19日傍晚，小泉政府迫不得已才将朝鲜方面的名单公开。
死亡名单公布推迟了两天，被绑架的受害人家属是在小泉访朝两天后才得到了亲人的确切消息。名单被捅出来后，9月19日晚，陪同小泉一起出席日朝首脑会议的安倍晋三官房副长官立刻召开记者会，刻意表现自己，为自己进行洗刷。当有人问他为什么看到这样的名单不指出问题时，他不得不辩解说：“这份名单是在小泉和金正日总书记会晤之前的碰头会上才得到的，朝鲜政府把一份朝文的‘失踪日本人’名单交给了田中均。于是小泉和金正日总书记一边会谈，一边让翻译将名单译出。小泉是在《日朝平壤宣言》签字前看到译文的。”言下之意是自己如果早点看到的话，事情肯定就不会是这样的了。在场的记者若有所悟地说道：“那么可以说是外务省官员故意向对朝鲜强硬派的安倍副长官封锁消息啦。”安倍晋三还透露说：“由于‘失踪人员’死因蹊跷，而且名单上漏洞百出，除了姓名、生日和死亡时间外，对死因毫无记载。所以日本外务省认为这是‘一份非正式文件’，主张不发表，小泉纯一郎首相也表示赞同。这完全是官僚主义作风。”名为批判外务省，实际上将一盆脏水全扣在了小泉头上。
9月18日下午，东京永田町自民党总部7楼大会议室，自民党外交委员会举行会议，听取小泉纯一郎首相访朝报告。一百多个议员将若大个会议室挤得水泄不通，大家满怀信心地想听一些新消息。但是，小泉纯一郎首相的汇报不比新闻媒体报道的详细多少，出席会议的人大失所望，纷纷说到：“事后的报告也太敷衍了事了。”“事到如今，生米已经煮成熟饭了，不能再撤销《朝日平壤宣言》吧。”安倍晋三陪坐在边上一言不发。
9月20日，众议院外交委员会举行会议，听取访朝报告。川口顺子外务大臣主持会议，田中均汇报。在谈到《日朝平壤宣言》时，田中均解释道：“那是政治文件，不是法律文件。”
回国后，小泉首相面临巨大压力，尽管“绑架”一词未见于书面，但是9月20日下午，小泉首相在富士电视台录制节目时，小泉介绍说，在日方抗议绑架案件后，金正日总书记坦率地做了解释。小泉还就金正日总书记承认绑架事实并表示道歉一事表示了看法，他认为“能谈到这种程度真是一个大转变”。小泉还透露，会议中金正日总书记对小泉促进朝鲜与国际社会协调体制的形成表示认同。鉴于人质死亡事件在日本国民中产生巨大反响，迫于压力，小泉首相还表示，已决定就这一问题向朝鲜政府索赔，要求朝鲜政府尽快在寻找失踪者下落及引渡绑架者方面进行配合。
访朝回来的安倍晋三成了媒体争相追访的宠儿，连日在各大电视台曝光。舆论对外务省官员和小泉纯一郎的批判，对死亡者的同情，对朝鲜的愤怒都汇集到了一起，化成了对安倍晋三的期待。9月25日，安倍晋三在接受《朝日新闻》的独家采访时对这次访朝做了如此的评价：“这次没给糖果（经济援助），就使他们（金正日）承认了绑架是国家行为，并进行了谢罪，这是最大的收获。”接着话锋一转，批评道：“宣言中没有写入绑架，是一大败笔。外务省有些事瞒着我，如宣言的起草和记载有绑架者死亡日期的名单。”他同时又强调：“死亡是朝鲜方面的一面之词，到底在什么时间、什么地点，是因为什么原因死亡的，这些都必须交代清楚。朝鲜方面应该提供有关的情报，我们也要独自进行调查、核实。”“我在国会上多次提出不动用经济制裁手段就无法使朝鲜就范。”
尽管批评的人很多，有人感到不满意，尤其是主张在绑架问题上采取强硬态度的团体，对这次访问大肆诬蔑、竭力贬低，“愚笨拙劣的外交，一面之词的共同宣言，成何体统。”但是，这是首次日朝首脑会谈，在发表的《日朝平壤宣言》中双方还就安全保障问题等达成了约定。10月，5名遭绑架受害生存者同时回国，日朝邦交正常化也举行了第12次会谈。可以说，日本首相小泉的这次访朝取得了巨大的成功，具有历史性的意义。《朝日新闻》在小泉访朝后进行过紧急民意调查，被访者中有80%的人对日朝首脑会谈表示满意，小泉内阁的支持率也由访朝前的51%上升到61%。而安倍晋三更是旗开得胜，人气上升，抢了很多镜头。在整个访朝过程中，他到处都以家属会代表的形象出现，开口闭口日本人的利益，给人们留下安倍晋三时刻为民族大义着想的印象。通过这一事件，安倍晋三脱颖而出，一跃成为一颗耀眼的政治新星。
如果日朝能保持这样的发展态势，则日朝关系的改善与邦交正常化不难实现。可惜的是，以“家属会”，“救援会”为代表的日本极端民族主义势力，抓住绑架问题无限上纲，不断向政府施加压力，“绑架是国家犯罪，日本政府不解决这一问题是国家的耻辱。”要求“在一个月之内让在朝鲜的生存者，包括他们在朝鲜出生的孩子，全体一起返回日本。”“立即中止与朝鲜的一切交往。”种种事件表明，日本极端民族主义者大有不惜一战的气焰。他们还将矛头指向负责处理日朝关系的有关人员，对敢于发表不同意见的人进行威胁恐吓，他们三番五次地冲击被日方视为朝鲜驻日准外交机构的朝鲜总联总部，并在田中均外务审议官家的院子里放置定时炸弹，辱骂他为“国贼”。更有甚者，右翼政治家石原慎太郎对这种恐怖行径大加赞赏，说什么：“给他家挂个炸弹是理所当然的。”与此同时，日本传媒还大肆渲染朝鲜“制造核武、发射导弹、走私贩毒”、“绑架日本居民”等消息，极力损坏朝鲜形象，抵消小泉访朝带来的积极成果。