2006年9月26日下午，国会众议院和参议院以多数票通过安倍晋三为新的首相。细心的《每日新闻》记者发现，这一天的安倍晋三在走进首相官邸时向记者们边走边举起右手打招呼的方式，也与前首相小泉纯一郎惟妙惟肖。因为从前历代的日本首相，都主要是以微微鞠躬点头的方式向记者们打招呼。安倍晋三是小泉民族主义政治剧场上的最大既得利益者，自然有许多地方会去模仿小泉纯一郎。然而，作为新一届的政府首脑，为了向日本社会证明自己的能力，确立自己的权威，安倍晋三却不能只走前政权的老路，而必须拿出超越前政权的新政策和新思想。
自民党内曾经流传过这样一个美谈：当年田中角荣当选为首相后，有记者质问他：“作为前首相佐藤荣作手下的自民党干事长，你上台后会与前首相有什么不同呢？”田中角荣回答说：“即使生活在同一家庭中，当一家的钱包（管理权）从父亲转交给儿子时，钱的用法也会自然发生改变。这是一个不言而喻的道理。”田中角荣是一个极具传奇色彩的政治家，他常常利用一般市民也能理解的语言解说政治，包括这种新的政权必须拿出新政策和新思考的思想，都给自民党和日本政界留下了很深的影响。
田中角荣任首相时，曾经为自民党定下了一个不成文的规定。成为自民党总裁和日本政府首相的最低条件为：历任自民党的干事长、总务会长和政务调查会长三个最高职位中包括干事长在内的两个以上职务；历任内阁的大藏（现称财务）大臣、外务大臣、通产（现称经济产业）大臣等三个最重要的阁僚中的其中两个以上职务。因为没有经历这些职位，就难以具有管理政府、运营政治的能力。日本战后历史上，除了特殊时期的铃木善幸、宇野宗佑、海部俊树、小泉纯一郎之外，历代自民党出身的首相都具备了田中角荣所说的条件。
安倍晋三虽有干事长的经验，但是因为参与国家政治的时间只有13年，不仅没有担任过其他自民党内的职务，也没有担任过三个大臣职务中的任何一个。所以，安倍晋三即使当了首相，也不可能马上精通所有的政策。但是一旦上任，就有许多小泉政权遗留下来的，或者没有处理彻底的重要问题等着他做出判断，例如亚洲外交、教育方针、经济发展，等。很明显，安倍晋三必须依靠许多人的智慧和工作才能渡过这些难关。同时，作为第一位战后出生的日本首相，安倍晋三将如何继承日本战后的政治遗产，或者创造一个什么样的政治新局面呢？因此，安倍新自民党中央和安倍新政权的人事安排，也备受日本社会关注。
日本自民党政权的人事权，包括任命自民党中央干部会和内阁阁僚两个方面。从理论上来讲，自民党中央各个部门的负责人，政府各部门的大臣、副大臣、政务官都可以由新总裁、新首相决定。但是因为地位与负责轻重的不同，在人事安排方面，人们将目光集中在了5个自民党的职务和17位阁僚上。自民党的5个职务包括干事长、总务会长、政务调查会长、干事长代理和国会对策委员长；内阁中17个阁僚为：内阁官房长官、外务大臣、法务大臣、财务大臣、总务大臣、经济产业大臣、文部科学大臣、厚生劳动大臣、农林水产大臣、国土交通大臣、环境大臣、国家公安委员会委员长、防卫厅长官（2007年起改为防卫省大臣）以及分别担任金融问题、经济财政政策、行政改革问题、冲绳及北方领土的4名特命全权内阁大臣。
为了保持与公明党的合作关系，自民党一般都会在内阁中留出一个对政治格局不会发生重大影响的阁僚位置给公明党。小泉内阁送给公明党的是厚生劳动大臣职位。而此次，因为公明党决定派出中央干事长冬柴铁三入阁，所以安倍晋三给公明党留下了负责道路建设、交通安全，以及与国家安全和领土防卫也有密切关系的国土交通大臣的位置。另外，为了给日本社会造成一个透明内阁的形象，一般内阁中还会有学界和经济界人士。这次，安倍晋三选择了政策研究大学院大学的女教授大田弘子为无任所的经济财政特命全权大臣；起用了日本有名的智库，尤其是在经济问题上出名的大和综合研究所的前理事长的场顺三（时年72岁）为官房副长官；留下了一直负责“解救被北朝鲜绑架日本国民问题对策”的前内阁官房参为首相辅佐官。除此以外，安倍晋三将其他所有的职务都用作了自己调动自民党内力量的资源。
由于日本实行议院内阁制，阁僚一般都会从议员中选出。所以，每当产生新的政权，自民党的议员之间就会开展一次你死我活的猎官运动。但是安倍晋三深知人事权才是作为一个首相和自民党总裁的最大权力。所以，他在政权人事的安排上基本不听其他人的意见，而由自己独断决定。
按照日本舆论界的分析，安倍晋三的政权人事安排的最大特点，就是对支持他竞选自民党总裁的人论功行赏。许多自民党议员在决定向谁投出自己的一票时，当然也会参考候选人所提出的政策，但是更多考虑的首先是哪位候选人当选后会对自己更加有利。但是，不管对方如何看重自己，如果对方不能当选，自己就得不到任何实际的利益。所以，对于一个国会议员来说最重要的，是及早认准哪位候选人最有可能当选，并在第一时间内表明支持的态度，在形成潮流的过程中起到推波助澜的作用。因此，对许多自民党议员而言，投票过程既能站错队，更不能错过表态的时机，因为这是一次向新领袖表示忠心，并因此走进自民党中央或内阁等权力中心的最好机会。
安倍晋三在取得了政权之后，那些在选举过程中坚定不移地支持过他的自民党议员，被他纷纷选为阁僚。在选举中担任“支援安倍选举对策本部”的干部、为他打下天下立了汗马功劳的人，最终被他选入阁的，达到7人之多。担任“本部长”的柳泽伯夫被任命为厚生劳动大臣，“支援安倍晋三（当选总裁）国会议员之会”的发起人山本有二被任命为金融问题担当内阁府大臣，会长佐田玄一郎和干事长菅义伟被分别被任命为行政改革问题担当内阁府大臣和总务大臣。“老牌议员支援安倍晋三（当选总裁）会”的会长尾身幸次被选为财务大臣，在山崎（拓）派中不支持山崎（拓）反而召集议员支持了安倍晋三的甘利明被选为经济产业大臣，身为派系领袖但很早就表明支持安倍晋三的伊吹文明被选为文部科学大臣，在伊吹派内形成了支持安倍晋三潮流的松冈利胜被选为农林水产大臣，在选举中不支持盟友而支持了安倍晋三的久间章生被任命为防卫厅长官。
外务大臣麻生太郎虽然是小泉内阁留任的，还参选并与安倍晋三竞争过总裁的位置，但是他的参选目的是为了下一次参选造声势。所以，与其说他是与安倍晋三抢总裁和首相的位子，还不如说是为安倍晋三当选的大义名分抬轿子。加之，两个人在政见上非常近似，还有一层血缘关系，因此关系自然非同一般。吉田茂（麻生太郎的外祖父）的另一位女婿吉田宽是岸信介（安倍晋三的外祖父）和佐藤荣作的表兄弟（双方的母亲为亲姊妹）。
被任命为冲绳及北方领土问题担当内阁府长官高市早苗，曾在2003年的选举中落选，在2005年邮政选举时被小泉和安倍晋三选为“刺客”再次当选。她和安倍晋三同属森派，在参拜靖国神社等很多问题上一直与安倍晋三站在一起。这次她一接到任命，就喜形于色地说道：“能够和价值观一致的安倍首相一起工作，我感到非常荣幸。”而原本就应该从参议院议员中挑选的一个大臣位置，又被安倍晋三交给了出身自己母校成蹊高中的若林正俊。
对于安倍晋三在挑选内阁阁僚时的这种论功行赏和任人唯亲的做法，日本社会议论纷纷。有人称他的内阁成员构成的特点为“与其说是新鲜，还不如说是情面”。民主党的三巨头之一、代理党首菅直人直称安倍晋三政权为“朋友内阁”，更有人戏称安倍晋三的内阁为“学园节内阁”（大学会议内阁），因为安倍晋三内阁的17名成员分别毕业于12座不同的大学。
但是内阁一成立，这种只论敌友、不论个人素质和实力的用人标准就开始暴露出它的弱点。“支援安倍晋三（当选总裁）会”的会长佐田玄一郎，因为被报纸揭露出虚报政治活动经费从而逃税，不得不在2006年12月27日，即他就任行政改革大臣恰好三个月时辞职。佐田玄一郎在1990至2000年间，用了一个叫做“佐田玄一郎政治研究会”的团体名义，在自己收到的政治献金中报销了高达7800万日元的租金和水电费。可是事实上，这个团体从来就没有过自己的办公地点。也就是说，佐田将收到的本来应该用于政治活动的资金，在甚至连所得税都没有缴纳的情况下，便完全将资金转变为个人的财产。
行政改革，本来是安倍晋三政权的一面旗帜，安倍晋三在负责行政改革的大臣人选问题上本应特别注意个人素质。然而，由于他自己也感到如果不是靠众人推举，作为一个正式步入政坛仅仅13年的人来说，他根本无法登上自民党总裁和日本政府首相的宝座，所以“论功行赏”的想法特别强烈，这妨碍了他去考察每位“盟友”和“功臣”的个人素质。佐田玄一郎行政改革大臣辞职不久，农林水产大臣松冈利胜、文部科学大臣伊吹文明、自民党政务调查会会长中川昭一，又相继被揭发出有经济问题。
日本国会议员的政治资金，从来源上分为三个部分。第一是来自各个企业或个人的“政治献金”。但是因为“政治献金”带有企业的变相贿赂性质，所以法律规定“政治献金”只能由盈利的企业献给某个政党，而禁止献给议员个人。第二个部分是议员个人以一个政治团体的名义召开募集资金的集会，但是法律规定一个出席者的献金不能超过150万日元，对于献金20万元以上的人，也必须记录其姓名、职业等。第三个部分是国家财政支出的“政党支付金”。按照一位日本国民一年250日元计算出总额，然后按照每个政党的议员数和在大选中的得票率计算交付给每个政党。
日本共产党因为主张“政党支付金”制度违反宪法，所以一直拒绝接受。而2006年自民党接受的“政党支付金”，高达168.46亿日元，从理论上来说，每位自民党议员的名下都可以分到数千万的“支付金”。所以，除了部分在社会上有影响力的议员以外，来自国家财政的“政党支付金”占了每个国会议员政治资金中的最大部分。换言之，每个国会议员的大部分政治资金，其实是日本国民以及在日本工作的外国人交付的税金。因此，日本国民对于政界发生经济丑闻历来非常反感，这也是作为执政党的自民党的一部分议员时时遭到日本国民的谴责和唾弃的原因。尽管这些丑闻的主角可以设法逃脱法律的惩罚，但对于在日本国民中支持率本来就已开始下降的安倍晋三政权来说，通过高喊“美丽的国家”的口号而制造出来的清新形象却毫无疑问是被大大抹了一把黑。