安倍晋三挑选出任自民党内要职的人员的原则，除了论功行赏之外，还有就是要考虑安倍政权期间的自民党政治布局。所以，在党内职务的安排上，安倍晋三也无视了各位派系领袖的意见。例如，安倍晋三起用了丹羽雄哉为自民党总务会长，据说是因为丹羽雄哉在选举中不顾另外一位派系领袖、原自民党干事长古贺诚的反对，鼓动其派系的大部分人支持了安倍晋三。安倍晋三还让没有派系的石原伸晃担任了干事长代理。自民党干事长代理在自民党中也是一个登龙门的职位，并不是所有的自民党政权都会设立干事长代理。除了安倍晋三，竹下登和桥本龙太郎在当年没有当首相时，都曾经担任过干事长代理。据说前首相竹下登在世时十分关爱安倍晋三、中川昭一和石原伸晃三人。因为石原伸晃还是安倍晋三与数位年轻议员结成的政策研究集团NAIS的主要成员之一，安倍晋三很可能有以石原伸晃为未来自民党主要领导人的意思。NAIS来自于四个中心人物英文书写名字的第一个字母，即根本匠（NEGISHI）、安倍晋三（ABE）、石原伸晃（ISHIHARA，东京都知事石原慎太郎之子）、盐崎恭久（SHIOSAKI）。
自民党是由很多党派合并而成的政党，所以自民党历来是“党中有派”。作为一个执政党，自民党认为它的派系政治具有一定优点：一是可以最大限度地吸收日本社会各个阶层的声音；二是各派可以互相牵制，使任何一位政治家都无法实行独裁。小泉政权时代后期，由于小泉纯一郎对派系政治深恶痛绝，数位有实力的政治家相继引退或去世，自民党的派系进行了一次大洗牌。今天有町村派（即安倍晋三——朗三冢博——森喜朗派，小泉纯一郎与安倍晋三所属的派系，所属众议院议员和参议院议员共89人）、津岛派（80人）、古贺—丹羽派（51人）、山崎派（36人）、伊吹派（共34人）、谷垣派（16人）、高村派（16人）、二阶派（15人）、麻生派（15人），另有64位自民党籍的国会议员没有加入派系。
所谓派系，其实就是国会议员们为了在党内说话更有分量而结成的小团体，但团体中大家也并不见得在每个问题上都能完全志同道合。每个团体都有自己的正式名称，如2007年1月由麻生太郎发起结成的麻生派的名称为“为公会”，但是社会上习惯用其领袖的名称称呼该派。“为公会”取“天下为公”之意，明显带有为麻生太郎在安倍晋三之后当选自民党总裁和日本政府首相做准备之意。曾经与安倍晋三竞争过自民党总裁位置的谷垣祯一也是一派领袖，安倍晋三政权成立后，为了惩罚谷垣祯一，在内阁成员和党的重要职务的安排上，没有起用该派任何一位国会议员。
因为派系众多，为了保证政局安定和政策得到支持，自民党的新总裁一般都要在政权中推行全党体制，要在全党范围内而不是只从自己的派系中挑选党的干部和内阁成员。安倍晋三当选为自民党总裁后，考虑到派系平衡问题，他任命了本派的心腹中川秀直为自民党干事长，伊吹派的中川昭一为自民党政务调查会长，丹羽—古贺派的丹羽雄哉为自民党总务会长，让没有派系的石原伸晃为自民党干事长代理，选用二阶派的二阶俊博为国会对策委员长。但实际上，安倍晋三违背了自民党的一个传统，即任命自己所属派系以外的最大派系的领袖担任自民党干事长。
1974年，自民党举行田中角荣之后的新总裁选举，但是由于缺乏田中角荣那样的权威人士，各派意见不能统一，造成新总裁迟迟难产。经党内实力派人物椎木悦三郎的裁决，三木武夫被选为新总裁，但是附带条件为必须实行“总干分离”，即从此以后总裁和干事长分别由不同派系的领袖担任。三木武夫首相起用了中曾根派的领袖中曾根康弘，此后，福田赳夫起用大平派的领袖大平正芳，中曾根康弘起用竹下派的领袖竹下登，竹下登起用安倍派的领袖安倍晋太郎。由于让最大派系的领袖进入到决定政策的最高层，所以无论在任何问题上，都可以首先得到最大派系的支持，这样做也非常有利于政策的贯彻执行。但贯例并不是一成不变的，例如因向福田赳夫造反而就任总裁的大平正芳曾经一度任用了本派的斋藤邦吉，就是一个例外。但是不久自民党在大选中丢了大量席位，大平正芳就让斋藤邦吉作了替罪羊。继任的樱内义雄在此后自民党内部的激烈争斗中左右逢源，使自民党的实力人物都逐渐感到“总干分离”的作用并不仅仅在于牵制权力，还可以起到稳定政权的作用。从此“总干分离”，成了自民党政权人事的一条不可动摇的原则。但是到了不要自民党传统的小泉纯一郎时，他一度起用了本派系的安倍晋三，彻底抛弃了自民党24年来的“总干分离”的传统。
据说此次安倍晋三一度动了用曾经和自己争过总裁位置的麻生太郎为自民党干事长之念。但是后来有人劝说：“如果让麻生太郎做了干事长，历任党和政府要职的麻生太郎就可以随时挑战你的权威，声高震主，变成什么时候都可取你而代之的实力人物。”安倍晋三听了此话，才放弃了让麻生太郎经营党内最重要职务的想法，转而让麻生太郎继续担任外务大臣。津岛派（原竹下派）从人数上来说仅仅少于安倍晋三所属派系的町村派。按照自民党的传统，本来应该得到干事长的位置，但是津岛派这次却没有一个人被选进自民党的五个重要角色之中。因此，津岛派的人对安倍晋三的人事都非常不以为然。
自民党干事长，是总裁之下自民党内第二号人物。但是因为自民党总裁一般都会担任日本政府首相，所以干事长是自民党内实际的最高党务负责人。干事长直接掌握着党内包括选定参选国会议员的人事权和负责支配自民党收到的“政治献金”、“政党支付金”的财政大权，就连党本部的总务、人事、经理、情报调查和国际局都隶属于干事长。干事长的工作职责是指挥选举，并作为执政党代表制定政策，近而与其他政党交涉以使政策通过国会审议而成为法案。如遇重大问题，干事长还要代表执政党表态。由于地位重要，自民党干事长通常被认为是最有力的总裁候补。
被安倍晋三任命为自民党干事长的中川秀直，身上有着一股令人感到不可思议的力量。他在1976年32岁时就当选为众议院议员，当时甚至还不是自民党党员。1980年他加入自民党，参加了安倍晋太郎派“清和会”，迅速得到了自民党众多实力人物的青睐，1994年进入村山富市社会党和自民党联合内阁任首相辅佐官，实为两党之间的联络人。1996年进入桥本龙太郎内阁担任科学技术厅长官，2000年7月被森喜朗首相任命为内阁官房长官，进入了政治的中心。但是仅仅三个月后，还没有发挥出自己实力的中川秀直，就因报刊揭露他给情妇泄露了警察的搜查情报的丑闻而被迫辞职。
当时，日本社会都以为这样一跤之后，中川秀直从此就会被淡出政治的中心。谁知到了2002年10月，小泉纯一郎起用中川秀直担任了自民党的国会对策委员长。在这个职位上，中川秀直如鱼得水，在执政党和在野党之间建路搭桥，使多项法案有惊无险最终得到落实，帮助小泉安然度过多次难关，得到了小泉的绝对信任。一届任期原本只有一年的国会对策委员长，小泉一直让中川秀直做了三年多，创下了自民党国会对策委员长在职的最长纪录，比原来村冈兼作保持的最高纪录1023天还多了100天。2005年10月起，中川秀直改任自民党政务调查会会长，一直干到安倍晋三被选为新总裁的2006年9月20日。
中川秀直在小泉内阁中活跃的这个时期，安倍晋三也先后在小泉内阁中历任官房副长官、自民党干事长、自民党干事长代理、官房长官，一直作为小泉政权时期改革旗手的中川秀直的协调能力给安倍晋三留下了深刻的印象。中川秀直也一直与安倍晋三保持密切的关系，取得了安倍晋三的信赖。因此，在很多事情上，安倍晋三也一直征求中川秀直的意见，并逐渐将中川看作了心腹。这次任命中川秀直为自民党干事长，实际上只不过是更加明确了中川为自己“参谋长”的地位而已。而事实证明，中川秀直的任用的确帮了安倍不少大忙。10月23日，进行了大阪和神奈川县的众议院议员补选，安倍自民党大获全胜。为了取得2007年夏季参议院选举的胜利，安倍晋三已经听取了中川秀直的意见，决定至少在一年以内不再提增加消费税之事。
消费税是自民党的一块永远的伤痛。因为传统的个人所得税是根据收入多少而决定征收数额，这样就变成了多劳多缴税，有失公平劳动的原则。如果按照消费征税，不论是谁，享受同样的消费就缴同样的税，这样做相对平等。但是，因为提高消费税是一个系统工程，它的成果只能慢慢地影响整个日本经济，而无法直接反映到一家一户的账本上。在一般国民看来，消费税只意味着过去花100日元买到的东西，现在要掏105日元才能买到，这无疑增大了他们的开支。因此，哪个政权只要一提实行或增加消费税，哪个政权就必然遭到日本社会的强烈反对。当年，竹下登强行导入了3%的消费税，因此失去了民心，使得其政权在此后的利库路得事件中一举垮台，并最终招致在1993年结束了自民党的“55年体制”。安倍晋太郎之所以最后无法按照事先约定好的顺序当上自民党总裁和政府首相，可以说，其原因就是消费税问题。所以，安倍晋三很容易就接受了中川秀直的建议。
安倍晋三重用中川秀直还有另外一原因，就是因为安倍自己并不精通经济。他需要当时担任政务调查会长的中川秀直为他直接提供经济政策。中川秀直就像是预见到这一点似的，早已组织了研究经济政策的班子制定了日本未来的经济政策方针。其主要内容有两点：一是“开放”；二是“支援”。“开放”即向国际社会开放日本社会，集世界各国的人、物、财到日本。其中包括：1.扩大FTA（自由贸易协定），降低关税，增加从亚洲的农产品进口；2.促进外资直接投资的扩大；3.强化金融市场。“支援”即支援信息技术的战略性研究开发，加强中小企业的活力，通过技术革新提高日本产业的生产力和在国际社会中的竞争力等。
从中川秀直提倡“开放”这一点就可以知道，尽管一直处于小泉政权中枢，中川秀直却不是一个保守的民族主义者，他也没有利用民族主义为自己捞取政治资本。安倍晋三政权诞生后，中川秀直极力主张安倍晋三首相改善日中关系。如果自民党能够在2007年的参议院选举中取得决定性的胜利，中川秀直必定会与麻生太郎在安倍晋三以后的自民党总裁选举中相遇。而在争夺安倍晋三继承人地位的问题上，中川秀直遇到的对手可能就是大唱民族主义高调的中川昭一。
中川昭一属于伊吹派，当初伊吹派的领袖伊吹文明曾经有意自民党政务调查会长或总务会长一职。但是安倍晋三仅任命伊吹文明为文部科学大臣，却跳过了伊吹直接起用中川昭一担任了政务调查会长。这种不顾派系领袖意志，越过派系领袖而直接任命派系中其他人的做法，让中川昭一所属的伊吹派中许多议员都不以为然。
中川昭一与安倍晋三可谓世交，其父中川一郎是安倍晋太郎的亲密盟友。安倍晋太郎病重时期，“清和会”的事务局长三冢博继任会长。1998年，在三冢派再次分裂以前，中川昭一曾经与安倍晋三同属传自于安倍晋太郎的三冢派，两人年龄相仿，故个人关系也很好。安倍晋三在国会正式被选为首相后，中川昭一说道：“我们父子两代一直在推动‘安倍总裁’和‘安倍首相’的出现，所以我对新首相安倍晋三的诞生感到由衷高兴。”
中川昭一在思想信条上与安倍晋三最为接近。他在就任时对记者说道：“安倍新总裁的政治哲学和信条是，日本作为一个国家应该说的地方就直说（言外之意就是不必顾忌中国和韩国等国的反应）。在这一点，我和总裁的意见历来一致。”其实，在安全保障、教育改革、改正宪法、历史认识、对北朝鲜关系等问题上，中川昭一的右倾立场更加鲜明，当年与安倍晋三等人一起结成的“探讨日本前途与历史教育新生议员联盟”、“历史教科书问题探讨超党派议员联盟”和“为早日救出被北朝鲜绑架者而行动国会议员联盟”，都由他担任会长。中川昭一在小泉政权中担任经济产业大臣和农林水产大臣时，一直鼓吹改定宪法。尤其是在任小泉内阁的经济产业大臣时，他不听官僚们的劝阻，自作主张决定批准日本公司在东海上进行油田试采开发，使本来就已冷却的中日关系更是雪上加霜。
2005年1月12日的《朝日新闻》曾经揭露，安倍晋三和中川昭一两人曾在2001年时对日本国家电视NHK施加压力，逼迫NHK在放映电视特别节目“质问战争中的性暴力”之前必须对该节目中有关慰安妇的部分进行修改。翌日，NHK中担当该节目制作的编辑长井晓举行了记者会见，告发当时的确受到了政治上的压力。安倍晋三和中川昭一都对此加以否认，并要求《朝日新闻》道歉。但是《朝日新闻》最后只发表了一个事实无法确认的声明，事情就不了了之，真相却至今不明。但是从中可以看出，中川昭一与安倍晋三，二人在许多问题上的观点都很接近。他比安倍晋三年轻一岁，但是担任过许多党内和政府内职务。作为自民党内鹰派的一位领军人物，中川昭一实际上已经进入了后安倍晋三时代争夺最高权力者的行列之中。