安倍晋三论功行赏，选进权力中心的人物当然都是自己认为可靠之人。但是此次安倍晋三内阁中，除了来自公明党和学界的两位大臣以外，其余的15位阁僚分别属于自民党的森派（4人）、丹羽—古贺派（4人）、伊吹派（2人）、津岛派（2人）、麻生派（1人）、山崎派（1人）和高村派（1人）。由于派系政治的弊病，由自民党议员组成的政府中，历来难免有面从腹背之人或出现阳奉阴违之事。为了将最高行政权力牢牢掌握在自己手中，做到令行必至，安倍晋三强调“首相官邸主导”，即打破各政府部门的传统分工，再集中“安倍团队”中的心腹干将组成内阁之“内阁”，通过这个“小内阁”直接指挥各个政府部门，形成一个金字塔式的权力格局。
安倍的“首相官邸”即“小内阁”可以分为四个层次。第一层次是直属安倍晋三的部分。由五位分别来自于首相府、财务省、警察厅、经济产业省和外务省的首相秘书官及亲自组织的“首相直属特别室”的十位成员组成。增加身边秘书和工作人员的传统，来自于在自民党内任意独断的小泉纯一郎政权时期。小泉曾让来自于财务省、外务省、经济产业省、警察厅的四位首相秘书官，加上来自总务省、厚生劳动省、农林水产省、国土交通省、防卫厅等5个中央行政部门的“特命参事官”，作为自己直属的人员每天来首相府上班，让他们成为上传下达的双向通道，既能吸收各个部门的意见，又能传达自己的指示，并通过他们监督和督促各个部门。
安倍晋三在秘书官之外，还利用他上任总裁以后仍在官房长官任上的条件，提前在各个政府部门处长级以上的官员中挑选人才。他在财务省、经济产业省、文部科学省、总务省、厚生劳动省、农林水产省、国土交通省、防卫厅和环境省中一共招募了10人，组成了一个“首相直属特别室”。另外，“首相直属特别室”的工作任务，也与小泉政权时代的“特命参事官”不同，不是调整首相府与各部门关系，而是按照首相的指示探讨和规划政策课题。例如，要求来自于法务省的“特别室”人员负责研究制定外国人在日就职和工作问题的政策，要求来自于外务省的“特别室”人员研究制定解决解救被北朝鲜绑架日本国民问题的政策计划等。对于这些“特别室”人员，都采用招聘制，由首相亲自选定，亲自任命，安倍晋三要求他们割断与旧日官厅的情丝，做好与首相共存亡的心理准备。
第二个层次是内阁官房的部分。内阁官房长官盐崎恭久毕业于哈佛大学，在安倍晋三担任小泉内阁官房长官时担任副官房长官，其后又一直担任外务省副大臣，熟悉日本经济与外交政策。尽管属于丹羽—古贺派，但却是安倍晋三在NAIS中的坚定盟友，因此被安倍晋三选为内阁的大管家。官房长官的任务就是辅佐首相，实际上就是首相最大的秘书官和辅佐官。但是因为身为阁僚，他还要有自己负责的具体公务，例如一般都兼任“北海道冲绳开发厅长官”。同时，安倍晋三还让盐崎恭久负责“新健康前线战略贤人会议”，而且盐崎恭久还是由安倍晋三直接担任本部长的“绑架问题对策本部”的事务局长。
在官房长官的下面设立了3名官房副长官，名义上的职责是分别协助官房长官的工作，但实际上却受安倍晋三的直接指挥。例如下村博文，他一直主张改定教育基本法，曾经担任过文部科学省的政务官。安倍晋三选中他做官房副长官，无疑是让他在教育基本法的改定问题上出力。尤其值得注意的是，安倍晋三还从民间起用了一位官房副长官——的场顺三，该人当时已经72岁，原为日本有名的智库（尤其是在经济问题上出名）大和综合研究所的前任理事长，和安倍家族关系亲近。因为是一个经济学家，安倍晋三对他的期待应该是在制定经济政策和处理经济问题方面。
第三个层次是首相辅佐官的部分。安倍晋三在首相下面设立了五人的首相辅佐官。小泉时代虽然也设有首相辅佐官，但是当时只有两个人，且从国会议员以外选用。而安倍晋三首次任命自民党内有实力的议员为首相辅佐官：由小池百合子负责“国家安全保障机能强化会议”；由世耕弘成负责“对外广报企画联络会议”，指导内阁广报官和副广报官的工作；由山谷惠理子辅佐官负责“教育再生会议”；由根本匠辅佐官负责成长战略、社会保险制度改革、经济政策的对外发展以及“亚洲入口战略会议”，负责制订“亚洲外交构想”，通过经济文化的交流加强与亚洲各国之间的交流（召集人为伊藤元重，东京大学教授），中山恭子辅佐官虽然不是国会议员，因为一直以首相府“参与”的头衔协助小泉纯一郎和安倍晋三处理北朝鲜绑架日本国民问题，这次就被任命为辅佐官，具体负责“绑架问题对策本部”的工作。
在数位辅佐官的工作中，小池百合子的工作最为重要。在北朝鲜试验核武器后，安倍晋三与美国总统布什进行电话协商。此时，小池辅佐官就坐在安倍的旁边。安倍晋三给小池百合子的任务是，成立日本版的国家安全保障会议（NSC），实际上是通过帮助首相官邸成为一个名副其实的最高司令部。NSC的工作，是与各国领导人建立联系网络，将各个政府部门的情报以及智慧迅速有效地集中到首相府，在有关日本的安全保障、经济安全和环境保护等问题上，打破外务、防卫、法务等各政府部门之间的壁垒，让首相有效、机动、灵活地指挥日本的官僚系统应对各种紧急事件。因为安倍晋三在任官房副长官和官房长官期间，深深感到在处理绑架问题上政府各部门之间的意见不统一，要实现各个政府部门之间的合作非常困难，所以才有此举。例如在处理北朝鲜的核试验问题上，外务省希望给北朝鲜以军事上的压力而启动“周边事态法”，但防卫厅却认为时机未到。如果建立了NSC系统，就可以将外交和安全保障的大权统一到安倍晋三自己的手里。
NSC是仿照美国的安全保障会议而建立的。负责NSC的日本首相辅佐官就等于美国的总统国家安全事务助理。为了探讨NSC的可能性，小池百合子已经先首相一步访问美国和英国，向美国总统安全事务特别助理等人取经。美国的国家安全保障会议，具有制定国家战略、准备专业知识供总统咨询、调整国防部和中央情报局之间的关系的三个基本功能，有200名以上具有专业知识的工作人员。NSC当初的设想也是200人的编制，但是目前小池百合子的手下却只有分别来自于外务省和防卫厅的四个人，根本无法彻底对防卫、外务、警察等各方面的情报进行综合分析。在第一次安全保障会议之后，NSC的任务收缩集中到了两点上，即强化外交和安全保障方面的计划与执行能力和强化收集和分析情报的能力。
但是因为出镜率高，日本的一部分舆论也称世耕弘成为事实上的“首席辅佐官”。因为世耕弘成是安倍晋三的亲信，在安倍晋三与美国和韩国领导人电话会谈后，出面主持了记者会见会，代表安倍晋三向外界说明经过结果。他还在陪同安倍晋三访问中国和韩国时，在当地招待各国记者。另外，世耕弘成还负责“向世界发展的日本文化产业战略”，担负着塑造日本形象的重任。
根本匠首相辅佐官为安倍晋三为首的政策研究集团NAIS的主要成员之一，毫无疑问，他也深受安倍晋三的重视。
有人统计了一下，在安倍晋三政权成立后的一个月内（9月26日至10月25日），各位亲信、官员与安倍首相会的次数。首先是盐崎官房长官（26次），其次按顺序为下村官房副长官（17次）、小池百合子与世耕弘成辅佐官（各15次），铃木官房副长官（14次）、中川秀直自民党干事长（11次）、麻生太郎外务大臣（9次）、的场官房副长官（8次）、三谷情报官和根本首相辅佐官（各7次）。这个统计结果基本上说明了安倍政权主要依靠哪些人在运行。
安倍晋三基本上是将各个政府行政部门变成了一个执行政策的机关。他甚至觉得，除了大臣以外，原则上他可以不接见任何政府部门的行政官员。当年小泉纯一郎也基本上走的是这条路线，结果招致了首相官邸与各个政府部门之间的对立。但是，小泉可能要的正是这种效果，因为可以取得民心，并借此对抗自民党内反对他的势力。但是，这也招致了各个政府行政部门的不满，例如日本外务省中就有人认为政治家有单纯讨好国内国民的倾向，这样做会使日本在国际政治舞台上遭受损失。文部省的人则担心，政治家往往就事论事，以偏概全，结果损失更大。
第四个层次是设立分别担任金融问题、经济财政政策、行政改革问题、冲绳及北方领土的4位无任所的内阁府大臣，通过这些大臣负责一些任何一个政府部门都无法负全责的战略性课题。如让高市早苗作为冲绳北方领土及少子化问题担当大臣领导“革新25战略会议”，以制订技术革新的长期战略指针；由负责金融和社会问题的山本有二负责由各个政府部门局级干部构成的“再挑战推进会议”，制定实现社会平等的政策、和给社会弱势集团以再次走向社会的机会的战略；由行政改革和推行道州制担当大臣负责“规制改革会议”，设立“探讨推进地方活力政策组织”，研究政治体制改革和搞活地方经济的问题；由大田弘子经济财政担当大臣负责“经济财政咨问会议”，制定经济发展的全面战略方针。