然而，这一切都在郑成功的预料之中。他清醒地认识到，尽管自己拥有海上优势，占了诸多有利条件和因素，但亦不敢轻视济度的作战方略和强大的攻势。所以，他一刻也没有闲着，时刻都在思考应对的办法。天无绝人之路。一天，郑成功独坐帷幄之中，深思着这次海战如何才能大量歼敌。突然一阵喧哗声搅乱了他的思维，他抬头一望，原来是附近的渔民从海湾挑鱼回来了，他们七嘴八舌，说今天的墨鱼和带鱼捕得真不少，全赖台风帮的忙。不是台风把墨鱼和带鱼刮到海边来，他们就捕不到这么多。说者无意，听者有心。渔民的这些闲话全都被郑成功听去了，他连忙走上前去，与渔民们聊起天来，没想到无意间竟聊出一个破敌的良策来。渔民告诉他，墨鱼平时是散居的，因此捕捞起来就不太容易。它们怕台风，台风一刮，它们便聚集起来纷纷奔往海岸，栖息在浅水里。这时，是捕墨鱼的大好时机。郑成功得此启发，想出了一个聚歼顽敌的计策。办法倒是好办法，但是，要想达到聚歼的目的，最重要的一个问题就是要有台风。可是什么时候才会有台风呢？于是，郑成功带着这个问题请教当地的渔民。一渔民告诉他：“台风来前是有预兆的。墨鱼和带鱼知台风讯息，台风要来前，它们群聚而游向浅水域，并时不时浮出水面；还有，海鸥会在海上空盘旋；另外，海风的腥味加浓。这类现象接二连三出现，表明台风就要来了，这只能算是一点浅粗的常识。要说准确预测天气尤其是预测台风，我们这一带村落里首推海悦老人。他在台风来之前的三天就知道，而且知道台风何时来何时去。人称他是活神仙。将军不妨去向他请教。”
在问明了此人的住处之后，郑成功便去拜访这位海悦老人，但是很不巧的是老人下海未归。郑成功直等至傍晚，才见到老人。老人头戴遮阳笠，身着百衲衣，身体硬朗，神采奕奕，神态悠然。郑成功表明来意之后，老人告诉郑成功：“甲子日必刮东南风，风力强劲，午时光景骤然而至，刮得天昏地暗，倒海翻江。”郑成功听了，掰指来算，离甲子日还有三天。
于是，郑成功向清军下战书，定于甲子日大战。终于盼来了甲子日，它与平日没有什么两样。风向正如海悦老人所预测的那样，一点儿不含糊地从东南刮向西北而去。正是因为有了它，郑成功才格外地兴奋。很快，风云渐变，云层渐渐厚重起来，越来越严重地威逼着太阳，使它那灿烂的光芒不得不收敛了些；但那些顽强地穿透云翳而投来的光芒，射到人的身上时仍让人感到灼热。这时，海风鼓足了劲，它怂恿海水疯狂地冲击海岸，海岸惧怕那万钧之势的撞击，在海浪中惊叫，仿佛是在向海风告饶。然而，海风更凌厉、更凶猛，趋势愈来愈强暴。这些微小的细节都被郑成功看在了眼里。这一天，开始刮的是东南风，敌方的战舰赫然出现一片，真个是舳舻千里！战舰气势磅礴地往前驶来，但又不免显得较笨拙，可能是由于逆风而行吧，行速缓慢。清军将领韩尚请求济度改日出兵，说今天的日子不好。济度听了不悦，淡淡地说：“你怕什么，还有我在。下了应战书，岂有不战之理？郑成功岂不笑我怕他！风大他不怕，我们又为什么要怕呢？”于是，韩尚命令水手加速前进，不得延缓战机。水手们得令加大马力，终于驰向了深水域，濒临战区，却未见郑军的影子。这个时候，清军将领韩尚有些疑惑了：怎么不见郑军呢？没有攻击的对象，韩尚又拿起望远镜并将它举在鼻梁上仔细远眺，寻找目标，终于发现了无数小黑点正朝自己的方位驰来。
没过多大会儿，郑军战船浩浩荡荡地来了，最引人注目的是一艘庞大的舰艇上高高飘扬着一面大旗，“招讨大将军”几个赤红醒目的大字在阳光的折射下熠熠生辉。此时，清军水师在定远大将军的大旗下威风凛凛，军容严整，崭新的战舰、崭新的旗帜，崭新的军械，崭新的战袍和头盔。这是清军第一支水师，第一次和郑成功在海上较量。让人不解的是，此时郑军的水师多半是渔舟小舢板，个头矮小不笨拙，但显得没气势，从军容上看远不及清军，甚至犹如一片树叶漂浮在波浪上，颠簸得十分厉害。时下，两军已接近，浪头似野马奔腾，小舢板显然不太适应与高大的舰只正面作战，于是郑军敲起锣来，未开战就收兵。
这个时候，清军统帅济度见势有利，命令追击。但是由于舰只高大笨拙，行动不灵活，尤其在掉头的时候显得更不方便。炮打了不少，却炮炮落空，怎么打也击不中那小舢板渔舟，万炮齐发射中的尽是浪花而已。原来，郑军开来的这批战船是特制的，专作诱敌之用，它的速度是一般战船的两倍。郑军的战船小吃水浅，阻力小，又配八只桨，八人划一船，就像今日的龙舟竞渡一般。而且这些水兵个个水性极好，下了水可与水鸭比美。即使被恶浪掀翻，他们也不会淹死。因此，他们在船上胆大，毫无畏惧之心，能够灵活应对和攻击。这是郑军水师的最大优势。
没有海上作战经验的清军将领韩尚不知郑军使的是诱敌计，一个劲儿地往前追击，直追到围头渡了，却突然不知郑军的去向，只见无数渔船正在张网捕鱼。清军正在迟疑间，突然几声炮响，震得耳聩心惊。原来这些打鱼的船就是郑军水师化装的。一炮打响，万炮齐发，炸得清兵鬼哭狼嚎，桅倒船沉，伤亡惨重。这场海战异常激烈，双方备战了很久，蓄势待发，实力相当。别的暂且不论，就说两员帅将。一个是招讨大将军，一个是定远大将军，二人都是沙场上身经百战的老手。然而，清军虽勇敢，但大多不愔水性，见了恶浪站立不稳，随着船摇摆不定，全失去了自控力，自然战斗力下降。于是不战而溃的局面出现了，清军只好开足马力逃之夭夭。趾高气扬的定远大将军济度，不由得垂下了高昂的头颅。虽然已到山穷水尽的境界，但他消灭招讨大将军郑成功的决心丝毫未变。济度吃了败仗却不气馁，他依仗本钱充足，赌输了，还能再赌，不怕再次赌败。济度心想：兵家没有不败的将军！我总有一次会赢你。
济度身材高大而且壮实，地地道道一蒙古蛮汉。他总是那么威风凛凛地出现在军旅里，犹如狮子出现在草原上，浑身抖擞着威风。这位以干练精明、军务卓异而备受钦羡的贝勒王，掌握着清廷的重兵权。他很会打仗，被人誉为常胜将军。为了挽回这次海上惨败的面子，他着实辛苦和忙碌了一阵。由于又是一夜未睡，那黝黑的脸庞上，看去更加黯淡。本来是精光闪烁的大眼睛，这几天却布满了道道红丝，但他的步履依然是那么矫健有力。他一走进军营，就向各路将领宣布作战命令。
在海上，郑成功的义军时刻都掌握着主动权。郑成功知道，济度此次战败后，肯定不会就此罢休。为了摸清他们的动向，郑成功就派一些反应灵活的探子前去刺探军情。不多时义军侦察到清军的动向，甚是焦虑不安，这时候郑成功远在厦门岛屿，离海澄路途遥远。清军又是济度挂帅，提五万大军来攻，而义军的海澄守兵不到三千人，兵力相差悬殊。义军守将刘国轩只得急忙修书差人星夜送给郑成功，同时筹划破敌良策。良策运筹不来，只好充分利用地形，先挡一阵，等待援军到来后再一起消灭来犯之敌。当时刘国轩了解到，通往海澄有两条路，一条是山路，非常崎岖险阻；一条是平地，坎坷曲折不胜难行，而且有一段漫长的沼泽地，水虽不深，但泥泞难行，一不当心便会陷入泥潭，所以此道行人不多。于是守将刘国轩想利用这一有利地形，设伏消灭敌人。他派人在沼泽地上铺上杂草；然后，又引一军来四面埋伏；再派三千人马作为诱军引敌深入。
这一招果然奏效。清军兵广将多，辎重甚丰，在定远大将军的麾下，自然士气高昂，根本不把义军放在眼里。据情报称，郑成功此时不在此地，他们觉得取胜的把握更大。清军气势凌人，五万大军风卷残云般杀向海澄。义军的三千人马对五万清军雄兵，这不成比例的仗也有打法，义军边打边跑，边跑边放冷箭，不让敌方识破其中有诈。果然，清军毫无怀疑和戒备之心，一直追杀到沼泽地带。清军一色的北方高大战马，驰骋飞腾，只顾穷追猛打。于是，他们在毫无防备的情况下，走在前面的将士连人带马都陷入沼泽中。这时，埋伏于两旁的义军弓弩手冲向敌阵，万箭齐发，片刻工夫便结束了战斗，敌军伤亡者过半。
济度水陆两战皆败，羞愧得无地自容，从此再也不敢言战了。义军水陆告捷，威震大江南北，让敌人闻风丧胆。义军士气空前高涨，郑成功更是气贯长虹，欲取清军要地南京，使清廷对西南不敢大肆用兵，从而减轻永历皇帝的压力。此时，郑成功被几员将领护卫着走进行辕大营，还来不及卸甲更衣，就被一阵急遽的马蹄声和“让开！让开！”的尖厉声惊住了。他回头一看，原来是周全斌浑身风尘仆仆、汗水淋漓地驰骋到身旁，跳下马来，直奔营房而来。
“报告招讨大将军，这是皇上逃难时让刘绩大人转交给你的亲笔书札。”
“你说什么？皇上逃难！”郑成功惊诧地问。
“我没有说错，是皇上逃难！”周全斌一面说，一面拭着汗水。
郑成功急忙拆信来阅，眼前蓦地出现叛贼吴三桂驱千军万马攻打云南的情景。顿时，他一下子感到心都碎裂了，唯恨自己重兵在握却无力挽救危局，致使圣上蒙此大难。周全斌叹声说，“乱世之秋，苍天不分尊卑。请国姓爷节制自己的情感，别伤了贵体。马上就开大战了，义军全靠你来统领，在这关键时刻，将军要珍重啊！”
郑成功余怒未消地对周全斌说：“我们无法马上打到云南去活捉吴三桂，但可以打到南京去威逼清廷，报攻陷云南之仇！你意下如何？”周全斌态度决绝地说：“我坚决拥护！卑职我虽不才，愿冲锋在先！”于是，三天后，郑成功提十五万大军，命周全斌为先锋镇，浩浩荡荡挥军北上，通过铜沙滩，进人长江口，数百只战船舳舻千里溯江进发。大军经过江阴抵达丹徒，然后，眺望镇江历历在目。再往上去，便是南京的门户——瓜洲。瓜洲是进入南京的要冲地带，这里江面比较窄，水位也较深，水流湍急，大船过江时，艄公不得不打起十二分的精神来，以防突如其来的险情发生。但这里岸上屋舍俨然，由于陆地交通便利，进城出城往往取道这里。近年来，由于江北地区不停地打仗，加上天灾人祸频仍，无法安居，老百姓被逼得纷纷往南逃难，这里便经常可以看到成群结队的逃荒者拖儿带女，饥啼寒号，平添了一派凄凉悲惨的景象。不过，近来的南京方面为了防备打仗，已经下令封锁江上交通，不允许难民向南蔓延。所以平时熙熙攘攘的码头，如今却显得空旷冷落，死气沉沉了。由于清军得知郑成功大举北伐的消息，不敢轻敌，日夜大造防御工事，在瓜洲江面上筑起一道防线，名叫滚江龙。就是在江面上拉起一条铁索，拦江锁住，一端钉在焦山，一端钉在金山。清军江防工事密集，两岸还筑了箭楼。江面上排列着竹筏，称为浮营，其上密布火炮，火力可控制整个江面，而且镇守瓜洲的清军不下万人。守将叫左云龙，辅佐他的军师叫朱衣佑。
郑成功的义军来到瓜州江面的时候，发现清军防务森严。面对这样的障碍和困境，郑成功不但没有退却之意，反而更加坚定地对将士说：“敌人想凭借长江天险，阻止我收复金陵，但是，我们要想胜利，就要不畏艰难，不怕牺牲。现在由张亮率一只快艇，前去砍断滚江龙，左提督马信和前锋镇余新各带战船五十艘前去摧毁浮营，中提督甘辉和右提督翁天佑直取瓜洲，不得有误！”张亮是水师中富有作战经验，又勇敢顽强的闯将。他身先士卒，乘着一只快艇冲向滚江龙。浮营上的敌人用密集的炮火向快艇轰击。炮弹如雨点射向快艇，快艇却毫不理会照样朝前猛冲，眨眼工夫便驰近了滚江龙，放下水兵，然后又掉头回去，把炮火引开，好让水兵去砍滚江龙。炮弹何以打不沉这快艇呢？原来这只快艇外面裹了一层厚厚的棉絮，炮弹被棉絮挡着，只冒出团团青烟而已，根本伤不着艇身。那时的土炮射程不远，火力较弱，加上快艇自身坚固，中一两个炮弹伤不了要害，在快速勇猛的情况下一般都能完成任务。这是张亮第二次尝试，他又成功了。这个时候，经过严格训练的水兵，一刻的工夫，就将滚江龙断为两截，同时浮营也被余新摧毁。郑军见没了拦路虎，便开战船直闯而入。
此时，清军看到郑成功的水军直逼而来，非常惊惶，其守军也不战自乱。很快，郑军的水师长驱直入，周全斌的水师率先抵达，与清军交了一阵火，清军不堪一击，四处溃散。周全斌与清将左云龙展开一场激战。战了几十个回合，左云龙见周全斌十分骁勇善战，掉转马头便跑，被周全斌一箭射下马来，滚落江里去了。后周全斌也跳进江里将其擒获，并枭其首级。随后，周全斌提着左云龙首级往回游来，正好发现了水下还藏着一个人，见了自己正浑身发抖。周全斌如抓小鸡将他抓了，提到岸上，有人认识，说他就是左云龙佐军军师，名叫朱衣佑。于是，周全斌将他押去见郑成功。此人原是崇祯末年的一批贡生，做过明朝的官吏，后反目投降清廷，并来到清军军营，当了一员反明干将，随清军四处逞凶。因此，此时的他心中恐惧万分，一见郑成功便叩首不已，连连喊着“国姓爷饶命”，并说：“罪臣死有余辜，即时就地正法，小人也无悔；但念家中有八旬老母无人赡养，祈求垂怜。”郑成功是个极重孝道的人。听他说有八旬老母，就放了他，又赠予川资，让他回家伺候老母。当晚，郑成功犒劳三军将士，庆贺光复瓜洲的重大胜利。
九月，郑军围攻太平、天台，清朝守将都大开城门，向郑成功投降。清廷福建总督李率泰看见郑成功的大军远行，就调集兵力，袭击郑成功在福建的根据地。李率泰征调黄梧的军队，黄梧没有及时接受命令前去，引起李率泰的猜疑，他就把黄梧的兵将全都编入八旗之中。随后，李率泰率领清廷军队攻打闽安镇，守镇的兵将因为人少，抵挡不住进攻，被追投降清廷军队，但是，这些投降的郑军都遭到了屠杀。郑成功听到闽安被攻破的消息后，担心厦门会被攻破，便留一支部队镇守浪崎，自己率领兵将赶回厦门防守。
顺治十五年（1658）一月，郑成功召集文武官员，一起商量军事大计。自从郑成功对清宣战以来，在早期的较量中郑成功能够准确分析敌我形势，并且利用自己的优势取得了一系列的胜利。抗清复明的斗争进入了一个新的阶段。