皇太极即汗位以来就倾心于学习中国历代专制主义的封建统治，不断地加强集权。他上台伊始，设了八大臣管理国务，称八固山额真，削弱了诸贝勒的权力，加强了汗权。
皇太极又处心积虑以获得南面独坐权。天命六年（1621年）努 尔哈赤命四大贝勒“按月分直”，皇太极即汗位，四去其一，其余三大贝勒仍“分月掌理”，这是一种分权制度。皇太极刚登汗位时，与其余三大贝勒（大贝勒代善、二贝勒阿敏与三贝勒莽古尔泰）共同当政，群臣上朝时均南面而坐，这突出不了皇太极的地位。他处心积虑争取南面独坐，借用各种机会把其他三贝勒打下去。
天聪四年（1630年），皇太极以二贝勒阿敏从滦州、遵化等地败归，心怀异志，僭拟国君等16条罪状将他幽禁籍没。第二年，皇太极以持刀“向前”行刺自己为罪名处置了三贝勒莽古尔泰。在明白了皇太极杀鸡给猴看的手法后，大贝勒代善便自个儿要求下台。但是，皇太极对代善还不放心，天聪九年（1635年）皇太极又以代善轻视君上、贪财枉法的罪名削了代善的贝勒爵号。第二年代善封和硕礼亲王。第三年，皇太极又斥责他越分妄行，轻君蔑法，迫使他闲居。自此，皇太极终于可以“南面独坐”了。天聪六年（1632年），皇太极再次率军远征林丹汗，长途奔袭至归化城（今内蒙古呼和浩特市），林丹汗星夜逃遁。此后，蒙古察哈尔部逐渐分崩离析，林丹汗逃至青海出痘病死了。天聪九年（1635年），皇太极命令多尔衮等再次率军攻打察哈尔部。林丹汗的儿子额哲率部归降，献上传国玉玺。接下来，皇太极巩固和完善了八旗制度，扩编蒙古八旗，加强对蒙古的统辖；创设理藩院，专门处理民族事务；设立内三院、六部、都察院，和理藩院形成所谓“三院六部二衙门”的政府架构，基本完善了政府组织的体制和架构。
天聪九年十月十三日，即公元1635年11月22日，皇太极正式下令把族名定为满洲：“我国建号满洲，统绪绵远，相传奕世，自今以后，一切人等，止称我国满洲原名，不得仍前妄称。”从此以后，满洲族简称满族，这样无疑凝聚了整个满洲内部的力量。
天聪十年（1636年）四月十一日，皇太极改国号为“大清”，改年号为“崇德”，在盛京笃恭殿举行盛大典礼，大贝勒代善用满文宣读表文，额哲用蒙古文宣读表文，汉人孔有德用汉文宣读表文。这就意味着皇太极不仅是满洲人的皇帝、蒙古人的皇帝，也是汉族人的皇帝。
皇太极称帝之后亲自领兵攻打的不是明朝，而是10年前曾与他签订过“兄弟之盟”的朝鲜。自从后金与朝鲜结为兄弟以来，朝鲜仍与明朝藕断丝连，对后金政治、经济、军事的一些要求都寻找借口不肯应允。皇太极每有胜利，都不厌其详地派人告诉朝鲜，极力想把朝鲜从明朝一边拉过来，但一直收效甚微。崇德元年（1636年），皇太极称帝大典上，朝鲜使臣拒不跪拜，衣服被撕扯破后，愤然离去。皇太极非常恼怒，崇德元年十一月和十二月，皇太极以“朝鲜败盟逆命”为由，两次对朝鲜用兵，统率清军渡鸭绿江，前锋直指朝鲜王京汉城。第二年正月，朝鲜国王李惊请降。不久，朝鲜军队在汉江东面的三田渡，设坛杀白马黑牛，焚香盟誓，朝鲜国王表示尊崇清朝的正朔，向清朝进贡，结成“君臣之盟”。皇太极此次用兵朝鲜，达到了一石三鸟的目的：一是改变了朝鲜游荡于明朝和清朝之间的立场，二是得到了来自朝鲜的物资供应，三是解除了南攻明朝的后顾之忧。
蒙古、朝鲜臣服后，东方、西方的牵制势力都已经扫清，皇太极开始专心对付南部的明朝。崇德元年（1636年）和崇德三年（1638年），皇太极亲派军入关，蹂躏了明朝广大地区，掳掠了大批人畜和财物，使明朝一次又一次地大伤元气。
皇太极即位后，一方面积极从事扩张政策，另一方面仍然注意缓和民族和社会矛盾，他命令臣下对新掠取或来降的蒙古、汉人做好安置。归附皇太极的蒙古人和汉人官兵日益增多，以至于满洲八旗无法容纳，于是皇太极在满洲八旗的基础上，于天聪九年（1635年）建立蒙古八旗（2.5万人），此后又于崇德七年（1642年）建立汉军八旗（3.3万人）。加上原有的满洲八旗，合满、蒙、汉共24旗。这就使八旗制度臻于完备，武装力量不断扩大。
汉军八旗的始创，和孔有德、耿仲明、尚可喜三人的先后率众降后金，有着十分密切的联系。孔有德（1602—1652年）、耿仲明（1604—1649年），均为辽东人。努 尔哈赤攻克辽东，孔、耿二人走投登州巡抚孙元化，天聪五年（1631年），皇太极率兵围大凌河城，孙元化派遣孔有德率兵3000渡海增援，在海中遭遇飓风，孔有德几乎丧命。渡海不成，十一月，孙元化又派孔有德率800骑兵从陆上赴援。孔有德心中愤恨，行到邹平县（今山东邹平），滞留月余。后来遇到了孙元化派遣去塞外购买马匹的参将李九成，两人密议后，宣布叛明。第二年正月，孔有德等挥师登州城下，耿仲明为内应，内外夹攻，迅速攻克登州。不久，又有驻旅顺的明朝参将率部分官兵造反，渡海到登州，加入孔有德部队。孔部兵势大盛，从此，他们率军在山东一带攻城略地，明朝调集大批兵马前来镇压，孔有德等退守登州。明将祖大弼率兵数万将登州包围，双方相持五月有余，李九成战死。孔、耿军队终因众寡悬殊，无法打破明军的围攻。两人感到力不能支，决计突围投奔后金，后来队伍历经艰险，顺利来归，皇太极隆礼相待，关怀备至。并正式宣布封孔有德为都元帅，耿仲明为总兵官，赐给敕印。其他各官也视功劳分别封赏。不久，孔、耿率军协同满洲八旗攻克了旅顺城。
天聪八年（1634年），明朝广鹿岛副将尚可喜效法孔、耿的行动，率数千名官兵和百姓也叛明投降了皇太极。
孔、耿、尚归附后，皇太极对三人极为优待，为他们营建府第，同时保持他们军队的编制，让他们继续统帅，旗下汉兵没有遭受满人歧视之感，深得广大汉兵的拥护。
崇德元年，皇太极接受尊号为皇帝，封孔有德为恭顺王，耿仲明为怀顺王，尚可喜为智顺王，将汉人组成的部队特许三人独立分管，使他们获得类同八旗旗主一样的权力。因此，孔、耿、尚等人来归，成为皇太极编制汉军旗的最好契机。
天聪七年（1633年）七月初一，皇太极令分隶满洲各旗所属汉人壮丁，每10名抽1丁披甲入伍，共得1580人，组成一旗汉兵，由汉官马光远统领，旗帜用黑色。这是正式建汉军旗之始。崇德二年（1637年）七月，皇太极又把一旗汉军分作左右翼两旗，以汉官石廷柱为左翼固山额真，马光远为右翼固山额真，都按照满洲八旗的样式编壮丁为牛录。崇德四年（1639年）六月，再分二旗为四旗，合计7000人左右。崇德七年（1642年）六月，也就是皇太极去世的前一年，他将原四旗改编为八旗，称为八旗汉军，旗色、名称、官员设置一如满洲八旗之制，所不同的，前者的旗主可以由皇帝随时撤换任命，后者则是世袭。同年八月，孔有德、耿仲明、尚可喜、沈志祥奏请“以所部兵随汉军旗下行走，上允其请”。他们虽然没有编入八旗，但应属于八旗汉军的一部分。至此，皇太极完成了对八旗汉军的创建。皇太极创建汉军与蒙古八旗，既增强了清朝的武装力量，也对满、蒙、汉的广大人民实行了深一层的控制，同时给予汉族、蒙古族的历史地位以某种肯定，缓解了满、蒙、汉三族之间的矛盾。
蒙、汉与满洲八旗并立，这就从法律和制度上把这种联合的关系进一步确定下来，标志着以满族贵族为核心的，与汉、蒙封建地主阶级联合统治的基础更广泛了。皇太极创立的汉军八旗，对后来清朝夺取全中国的统治权具有重要意义。
皇太极晚年，他的子侄们在他面前大发牢骚，说太祖时诛戮汉人，而今汉人有为王者矣，有为昂邦章京者矣，而满洲宗室却有为官者，有为民者，“时势颠倒，一至于此！”但是，这位远见卓识的大清帝并未因此动摇其满、蒙、汉并立的国策。这一国策也为后代的顺治、康熙等帝王所继承，为清朝260多年的统治打下了牢固的根基。