锦州是明朝设置在辽西的军事重镇之一，广宁中屯卫、广宁左屯卫设在这里。自从明清（后金）交战以来，锦州的战略地位日益显得重要。明朝派遣重兵驻守，加固城池，力图使锦州成为阻止清兵西进的一座坚固堡垒。
皇太极称帝之后，一方面，不断派遣大军入关，深入明朝腹地，沉重打击明朝的有生力量；另一方面，又在关外宁锦一线与明朝展开激烈的争夺。皇太极很清楚，只有先打下锦州，然后从山海关进攻北京，才能给明朝致命一击。
崇德五年（1640年）三月，皇太极鉴于漠南蒙古归附、朝鲜称臣，后顾之忧已解除，且经多次入关作战消耗了明廷实力，决计以10万兵力攻取锦州，打通辽西入关通道。皇太极命令郑亲王济尔哈朗为右翼主帅，多罗贝勒多铎为左翼主帅，各统兵开赴义州驻守，筑城屯田，筹措攻城器具，对锦州形成合围之势。实行围困，是对付明军的较为有效的措施。皇太极进兵义州，目的是为长期围困锦州提供后勤支持。
从崇德六年（1641年）起，济尔哈朗开始命令诸军包围锦州。这一年，清军攻打锦州，东关守将吴巴什降清，清军轻松地取得了锦州的外城。当时，辽东名将祖大寿镇守锦州城。他本来在天聪五年（1631年）大凌河之战中已投降后金，当时他诡称妻子在锦州，要求迎接妻小，同时作为内应，智取锦州。皇太极放他回去，结果他一去不返，还当上了锦州的守将，祖大寿之外甥吴三桂为副将。祖、吴在辽东拥有强大实力，是明朝倚重的军事集团。祖大寿坚守锦州，清军屡攻不克。
此前，明朝已调洪承畴（1593—1665年）入卫京师。洪承畴历任延绥巡抚、陕西三边总督，是明朝晚期不可多得的一位帅才。此时由于受到清兵的极大威胁，崇祯帝正式任命洪承畴为兵部尚书兼副都御史总督蓟辽军务，这是准备决战的重要一步。
洪承畴十月出山海关，调集曹变蛟、王廷臣、白广恩、马科、吴三桂、杨国柱、王朴、唐通八位总兵，13万步骑，4万马匹，东来解锦州之围。祖大寿驻守锦州，以松山、杏山、塔山三城为犄角。清朝也把孔、耿、尚的军队调来，助围锦州。洪承畴采取“步步为营，且战且守，待敌自困，一战解围”的战略，于崇德六年即崇祯十四年（1641年）七月，率兵进驻松山与锦州间的乳峰山，两军初战，“清人兵马，死伤甚多”，清军失利，几乎就要溃败了。
失败的消息传到盛京，皇太极见形势危急，事关重大，于崇德六年八月亲自领兵进战，大大鼓舞了清军的士气。皇太极采取大包围的攻势，挖深壕困住了明军，洪承畴正欲决一胜负，而部将各怀异志，以无饷为由商议回宁远取粮。还没等下令出击，王朴等总兵得悉皇太极亲征，慑于其声威，纷纷乘夜率领本部兵马撤退，遭到清军的伏击，明13万兵被斩的就有5万。
经过激战，皇太极获得大胜。洪承畴只剩下1万余人退守在松山城内，几次欲突围而出，都遭遇失败。清崇德七年（1642年）二月，明朝松山副将夏承德暗地里投降清朝，密约清军为内应，二月十八日清军入松山，生擒洪承畴、辽东巡抚邱民仰等重要将领。皇太极下令就地杀掉邱民仰、曹变蛟、王廷臣，押解洪承畴到都城沈阳。三月初八，锦州城内的祖大寿因孤立无援，率领锦州守军降清。四月，清军又攻克塔山、杏山，并毁二城。至此，持续两年的松锦之战结束。
自万历四十六年即天命三年（1618年），在抚顺明朝与后金的第一次交锋开始，至崇祯十七年即顺治元年（1644年）清军入关，在近30年间，有三大战役对明清兴亡产生了极其深远的影响。它们是萨尔浒之战、沈辽之战和松锦之战。萨尔浒之战，明朝在辽东一带的地位从有利转为被动；沈辽之战，明朝在辽东的势力几乎终结，后金在辽东确立统治；松锦之战，明朝失去关外的所有一切。清朝人说，萨尔浒之战是“王基开”，而松锦之战是“帝业定”。松锦之战还有一大意义是明蓟辽总督洪承畴的归顺。皇太极俘虏洪承畴回沈阳，想尽办法说服了他归顺清朝。
崇德七年（1642年），皇太极发动了生前最后一次入关之战。他对这次军事行动提出的要求异乎寻常，即注意明朝和农民军的动向及应对态势采取适当策略。这表明皇太极认为大清取代明朝统治全国已为期不远。虽然终皇太极之世，清军不曾通过山海关，但没有先前的扫清道路，也就不可能有后来的清军入关。
这样松锦之战就为清军定鼎燕京、入主中原奠定了基础，做好了准备。