皇太极为联络抚绥广大蒙古各部落，娶了五位蒙古贵族的小姐，晋封为五宫后妃。这五位小姐全是清一色的博尔济吉特氏，海兰珠也是其中的一个。海兰珠是庄妃布木布泰的姐姐，两人的父亲是蒙古科尔沁贝勒寨桑。两人的亲姑姑哲哲早年就嫁与皇太极，成为正房大福晋，后被封为中宫皇后；布木布泰也在刚满13岁时，嫁给了四贝勒皇太极，成为侧福晋，后被封为永福宫庄妃。海兰珠嫁给皇太极时26岁，比妹妹布木布泰更为文静贤淑、言行识度。
在皇太极众多的后妃中，唯有宸妃海兰珠独得专宠。崇德二年（1637年）七月初八，海兰珠在关雎宫为皇太极生下了一个儿子。“关雎”二字取自《诗经》：“关关雎鸠，在河之洲。窈窕淑女，君子好逑。”这本身就表明皇太极对她的特殊宠爱。海兰珠所诞之子是皇太极第八个儿子，巧合的是皇太极也是排行第八。皇太极非常高兴，竟开有清一代的先例，在皇宫举行重大庆典的场所崇政殿，颁发了清朝的第一道大赦令，御制文中说：“今蒙天眷，关雎宫宸妃诞育皇嗣，故而大赦天下，使万民咸被恩泽。”一个初生的婴儿，就被定为皇嗣，海兰珠的地位简直就是无冕之后。
但可惜的是，这个孩子还没有起名字就死在了崇德三年（1638年）正月二十八日。两天以后，正月三十日，庄妃布木布泰生下了皇九子福临。福临的出生带给庄妃莫大的喜悦。但是，当时整个大清国还沉浸在失去皇嗣的悲痛中，尤其是皇太极和海兰珠，更是悲恸不已。丧子之痛给了海兰珠重大的打击，她很快就抑郁成病，直到病势不起。
崇德六年（1641年）九月，皇太极正领兵在松锦战场与大明交战，听说宸妃海兰珠病重，“情令智昏”的他竟然下令撤出战场，驱马急返盛京（今沈阳），还没有赶到，海兰珠就已经死了。皇太极悲痛万分，朝夕哭泣，竟至昏迷，经太医们奋力抢救一整日方才苏醒过来。这位屡经血战的皇帝因心爱的宸妃离去被彻底击倒，饮食大减，军政无心，一些亲贵在宸妃丧礼期间不遵守礼仪规定守丧，被皇太极罢夺了王爵官位。
在诸王大臣的劝谏之下，他曾悔悟道：“天之生朕，原为抚世安民，今乃太过于悲悼，不能自持。天地祖宗知朕太过，以此示警。朕从今当擅自排遣也。”话虽如此，他内心的悲苦却未稍减。为了开解他的伤心，群臣建议他外出打猎。谁知道，回来时正好经过海兰珠的墓地，皇太极又被勾起了无限悲痛，扑在墓上大哭了一场。在场的人无不为之动容。
不久，皇太极追封宸妃为元妃，谥号敏惠恭和。皇太极已经将海兰珠视为自己的元配正妻，只是碍于哲哲，不能给予她皇后的名分。
从此，这位身体一直健壮的大清帝常常“圣躬违和”，他曾对诸王及他们的妻子儿女说：“山峻则崩，木高则折，年富则衰，此乃天特贻朕以忧也。”这流露出皇太极已为自己年老体衰而不安了。
崇德八年（1643年）八月庚午这一天，皇太极还仍照常处理公务，但是到夜间就突然驾崩了，享年52岁。皇太极的死，标志着大清王朝奠基工程的完结。