顺治七年（1650年）十二月初，多尔衮前往喀喇城（今河北省承德市郊）围猎时，忽然得了一种咯血症。初九，多尔衮病逝。顺治辍朝震悼，追尊多尔衮为“诚敬义皇帝”，庙号成宗，照帝制丧葬。
多尔衮与生母孝庄太后的暧昧关系使顺治感觉很难堪，随着年龄的增长，不满的情绪也与日俱增。另外，多尔衮杀了顺治的长兄豪格并霸占了其福晋，也在他心中埋下了仇恨的种子。而且多尔衮骄横跋扈，独揽朝政，根本不把顺治这个皇帝放在眼里，更使他的仇恨加深了一层。顺治的这些不满与怨恨，在多尔衮生前不敢稍有表露，却在多尔衮死后来了个痛快的爆发！
顺治八年（1651年）正月十二日，顺治御太和殿宣布亲政。此年他虽仅14岁，但“坐殿上指挥诸将，旁若无人”。复仇计划正式开始实施了，他谕告诸大臣，凡是重大事情一律报皇帝亲自处理，收回皇权；同时把多尔衮王府内的印信和档案都收回宫内；然后又以谋乱之罪将多尔衮同母兄武英郡王阿济格监禁。多尔衮原来的一些亲信一看形势有所变化，纷纷倒戈，有些就投到济尔哈朗的门下。
二月十五日，多尔衮原来的亲信、正白旗议政大臣苏克萨哈怕自己也被清算，实在按捺不住，首告多尔衮死后，将私制八补黄袍等御用服饰置于棺内，生前还曾欲迁两白旗移驻永平府。顺治闻此消息，自然十分高兴，立命诸王大臣审理。
郑亲王济尔哈朗、理事三王同内大臣遵旨审理后，向顺治奏劾多尔衮诸过，计有大罪十余条：以皇上之继位尽为己功；独专威权，擅作威福，一切政事和本章自行裁处，概称诏旨；不令郑亲王预政，擅令其弟多铎为辅政叔王；谋死肃亲王，逼纳其妃，夺其官兵财产户口入己；以朝廷自居，令诸王、贝勒、贝子、公等日候府前；府第、仪仗、音乐、扈卫人员，皆僭拟至尊，任意糜费国库钱财；“亲到皇宫内院”；诳称太宗即位“原系夺立”；逼取皇上侍臣归入己之旗下，哄诱皇上侍臣归附于己；私制帝服，藏匿御用珠宝；欲带其两旗，移驻永平府；等等。
二月二十一日，顺治不顾一个月前曾亲自为多尔衮追封过“义皇帝”的尊称，断然颁谕追论多尔衮罪状，昭示中外，下令“削爵、撤庙享、罢谥号、黜宗室、籍财产入宫”，诛其党羽，毁墓掘尸。据说当时多尔衮的尸体被挖出来，被人用棍子打、用鞭子抽，最后砍掉脑袋，暴尸示众后，焚骨扬灰。瞬息之间，专权多年的赫赫功臣，叱咤风云、言出令行的“皇父摄政王”多尔衮，死后尚不到两个月就成了千古罪人。
多尔衮虽遭身后之罚，但其势力仍在。要消除其影响，收回被分散削弱的皇权，确实很费周折。顺治亲政之初，为处理纷繁的日常政务，下令“复用诸王”于部院，这样，被多尔衮严重打击的郑亲王济尔哈朗开始握有重权。顺治八年（1651年）闰二月，顺治下令处死谄附多尔衮而握有实权的大学士刚林、祁充格，八月杀掉固山额真、吏部尚书谭泰，十月令阿济格自尽，这一系列的措施沉重打击并消除了多尔衮派的势力。
在根本上稳定了政局之后，顺治对郑亲王大加封赏，并逐渐剥夺其辅政王权，收回皇权。九年（1652年）正月，顺治谕内三院说：“以后一应奏章悉进朕览，不必启和硕郑亲王。”三月又下令：“罢诸王贝勒贝子管理部务。”大权集于一身，他当上了名副其实的大清皇帝。他有鉴于明末士人结党的前车之鉴以及多尔衮结党的切肤之痛，在追黜多尔衮之后，多次严令“内外大小官员，各宜恪守职掌，不许投拜门生。如有犯者即以悖旨论罪”。他认为，投拜师生即为结党，后竟定为不赦之罪。他严厉惩处“贿买关节，紊乱科场”的考试作弊行为，屡兴科场狱案。他严禁私交、私宴，认为如此行事便可以“永绝朋党之根”。