成功地当了皇帝之后，为避名讳，雍正下令，将众兄弟们的名字的头一个字“胤”改为“允”。为了坐稳皇帝的宝座，雍正采取了一系列雷厉风行的措施。
首先，他认为，七弟允祐、十弟允、十二弟允祹的权力过大，应及时削夺。因为他们是八旗旗主，管理着旗务。在他看来，这些兄弟们受皇考之命管旗，与自己又是兄弟辈分，如果长期延续，必然会被认为是新的旗主，这样一来就会对维护专制皇权极端不利，必须改变现状。因此雍正即位第十天，就全面撤换了正黄旗满洲、蒙古、汉军三旗都统，以后又陆续撤换了正蓝旗、正白旗，甚至镶黄旗的三旗都统。直到雍正元年（1723年）五月，允祐、允、允祹所管的旗务全部撤换。
除了允祐、允、允祹，雍正还有兄弟多人，雍正把他们中的绝大多数当做劲敌，予以坚决打击。在剥夺旗主特权不久，雍正帝又谋划着对其他兄弟下手。
十四阿哥允是首先被雍正打倒的一个。雍正帝即位之际，允正在西北用兵，掌握着兵权，于是雍正在颁发委任四总理事务大臣上谕的同时，又命允回京奔丧：“西路军务，大将军职任重大，十四阿哥允势难暂离。但遇皇考大事，伊若不来，恐于心不安。著速行文大将军王，令与弘曙二人驰驿来京。军前事务，甚属紧要，公延信著驰驿赴甘州，管理大将军印务。并行文总督年羹尧，于西路军务粮饷及地方诸事，俱同延信管理。”这真是一条万全之策，既轻易地解除了允手中的兵权，又博得了体恤兄弟的美名。
允回到京城，赴康熙帝灵柩前哭拜，当时，雍正也在那里。看见哥哥当了皇帝，万分愤慨，本来自己大有希望坐江山，想不到今日却屈为臣下。但毕竟君臣有礼，勉强远远地给自己的对头哥哥叩了头，但不向新皇帝表示祝贺。雍正元年（1723年）三月，雍正帝送康熙帝灵柩至遵化县景陵享殿，并于此时传旨训诫允，允仍不服气。允禩生怕把事情闹大了，就命他跪下接旨，允这才接受了。遵化的事情完毕后，雍正帝返驾回京，而留下允看守景陵，并谕令副将李如柏，若允要去陵寝外，除有重大的事情，否则都不准许，这实际上就是把他软禁起来了。
其实，雍正的第一目标是允禩，但他明白：允禩有心机、有才识，声望高，是威胁雍正帝皇位的最主要人物，要想铲除他必须深谋远虑。雍正帝即位后，并没有立即处置他，反而任命允禩、十三阿哥允祥、大学士马齐、尚书隆科多四人为总理事务大臣。此外还优待他的亲属，允禩的儿子弘旺被封为贝勒，在诸皇侄中地位和荣誉为最高，是除允礽之子弘皙外仅有的一个，允禩的母舅噶达浑，也被削去贱籍，升格为旗民，赐世袭佐领职务。允禩党羽苏努、佛格、阿尔阿松（阿灵阿之子）、满都护、佟吉图等，也都加官晋爵，弹冠相庆。可以说，允、允祐遭受打击的时候，允禩及其追随者却青云直上，红得发紫。
这种策略，只要是玩政治的人，没有不懂的。允禩当然心里明白，而且想得更深。他认为这是欲抑先扬之法：先把你捧得高高的，再狠狠地摔在地上，那才是爬得高跌得痛。事实上雍正也一直在找允禩的茬儿，在朝堂上经常拿他开涮，故意叫他丢脸。允禩当然不能坐以待毙。他利用职务之便，给雍正帝制造了各种各样的麻烦，同时，继续进行结党营私活动。允禩的忠实追随者允禟、允祺跟在其后面亦步亦趋，这一系列行动雍正都记在心间，后来连同他们及其党羽被革爵，交宗人府永远监禁。雍正四年（1726年）八月二十四日，允禟死在看守所。九月初一，允禩也死于禁所。兄弟俩的死亡，相距不过六天。
雍正即位伊始，在着手处置自己兄弟的同时，对那些与诸皇子结成朋党，互相倾轧的宗室大臣，也正面表明自己深恶痛绝的态度，绝不姑息纵容。
雍正二年（1724年）七月颁发了一篇御制短文《朋党论》发给诸王和要员。文中谈古论今，旁征博引，列数朋党之害，强调臣子要与君王同好恶。雍正三年（1725年）三月，通令八旗严禁家人结党，否则交由步军统领处置。五城官员凡是大臣的家人，如有婚嫁办筵席宴请亲友等事，必须先行报知，然后才能举行。如果有私自结党、结拜兄弟、彼此宴请、借机钻营托情的，立即严加惩治。