年羹尧受到进一步的信任与擢拔，是与他在青海战事中充分表现出的忠心与才干联系在一起的。但是他恃功骄傲、专权跋扈、乱劾贤吏和苛待部下，引起朝野上下公愤。而且，他任人唯亲，在军中及川陕用人自专，称为“年选”，形成庞大的年羹尧集团。更严重的是，他在皇帝面前“无人臣礼”，藐视并进而威胁皇权，甚至有自立为帝之心。
他在西安总督府时，令文武官员逢五、逢十在辕门做班，辕门、鼓厅画上四爪龙，吹鼓手着蟒袍，与宫廷相似。他还令雍正帝派来的侍卫前引后随，牵马坠镫。按清代制度，凡上谕到达地方，地方大员须迎诏，行三跪九叩全礼，跪请圣安，但雍正帝恩诏两次到西宁，年羹尧竟“不行宣读晓谕”。他在与督抚、将军往来的咨文中，擅用令谕，语气模仿皇帝。更有甚者，他曾向雍正帝进呈其出资刻印的《陆宣公奏议》，雍正帝欲为此亲撰序言，但年羹尧以不敢“上烦圣心”为借口，代雍正帝拟就序言，要雍正帝颁布天下，如此僭越无度，怎能令雍正帝不寒心？
雍正三年（1725年）二月，天象出现了所谓“日月合璧，五星联珠”的祥瑞之兆，各地大臣纷纷上疏祝贺，年羹尧也进一折，将赞美皇帝的“朝乾夕惕”写为“夕惕朝乾”，这非但不是赞扬，简直是在讥讽。雍正阅后大怒，此时，许多嫉恨年氏的同僚又纷纷上疏弹劾年氏。待舆论深入人心时，雍正三年九月，才尽革年氏所有职衔。此时，年氏本人已承认自己贪赃枉法的罪行，被带到京师。年羹尧被议政大臣罗织92款大罪，最后令其在监狱里自尽。其子年富被斩，余子15岁以上者都去戍边。
得到类似下场的还有宠臣隆科多。隆科多，满洲镶黄旗人，姑姑是康熙的生母孝康章皇后，妹妹为康熙的孝懿仁皇后。隆科多在康熙晚年担任理藩院尚书、步军统领。雍正即位被任命为总理事务大臣、吏部尚书，但他恃亲自矜，招权纳贿，笼络党羽，终于雍正五年（1727年）被钦定41款大罪，命在畅春园外建屋三间，永远禁锢。雍正六年（1728年）六月，隆科多死于禁所。