在云、贵、粤、桂、川、湘、鄂等省的少数民族地区，主要由世袭土司对当地进行管辖。
在雍正帝执政期间，强横的土司是西南边陲稳定的最大隐患，废除造成西南人民处于水深火热的土司制度成了执政的当务之急。
雍正四年（1726年）九月，管云贵总督事鄂尔泰上奏折，建言改土归流，并拟定了实施方针：“计擒为上策，兵剿为下策。令自投献为上策，勒令投献为下策。”对于投献者，“但收其田赋，稽其户口，仍量予相赡，授以职衔冠带终身，以示鼓励”。就是说改流的策略，既要用兵，又不专恃武力，争取波及面小，尽量减少阻力，以便迅速实现安定。在雍正帝的指导下，鄂尔泰、张广泗、哈元生等督抚提镇努力推行改流政策，到雍正八年（1730年），云贵地区基本完成了改土归流。湘、鄂、川的改流准备得较充分，到雍正末年、乾隆初年亦告完成。整个改流的地区，以贵州涉及的最广泛，它新设的州县竟相当于原有州县的面积。改流的内容包括取消世袭土司、设置府厅州县、派遣流官、增添镇营、改革赋役制度、兴办学校等项。雍正末年，贵州古州地区发生破坏改土归流的叛乱，雍正帝派兵镇压，到乾隆初年获得成功，巩固了改土归流的成果。这一政策，对横行西南的少数民族中的利益集团土司土舍予以沉重打击，减轻了西南少数民族的负担和灾难，促进了这一地区社会经济与文化的进步。
青海问题解决、西南民族政策落实之后，清政府就把目光转移到西藏问题上来。
雍正帝即位后，于雍正元年（1723年）把康熙帝任派的留守驻藏的部队撤回内地，只在四川的察木多（今西藏自治区昌都）留少量军队驻守，放宽了对西藏的控制。雍正五年（1727年）六月，西藏地方长官阿尔布巴勾结隆布鼐等人，借众噶伦议会之机，于大昭寺中将康济鼐乱刀杀死，发动了武装叛乱，接着派兵进攻颇罗鼐。
雍正帝得知阿尔布巴叛乱后，立即命陕西各路及四川、云南的军队进入战备状态。经过充分准备之后，于六年（1728年）五月初，雍正帝令清军取道八年前允入藏驱逐策妄阿拉布坦的路线，由西宁、打箭炉两地兵分两路，南北齐进，进入西藏。北路军由左都御史查郎阿、副都统迈柱率领，共8400人；南路军由四川总兵周瑛率领，共4000人。接下来又发生了对清廷更为有利的变化。六月十五日，周瑛接到马喇通知，得知颇罗鼐于五月二十六日占领拉萨，擒获了阿尔布巴，正等候清朝派官员入藏处理。
八月初一，南北两路会师进入拉萨，肃清了叛匪余部，诛杀首恶阿尔布巴等人，清政府遂封颇罗鼐为贝子，代替康济鼐，总管前后藏事务，还赐犒兵银3万两，以示奖赏。
西藏叛乱并没费清廷太大力气就宣告平定。