长期的激战使辽沈地区的生产破坏严重，许多人民都已逃离了这个是非之地，所以这片地方已经成了荒凉之地。新迁入的八旗军民和当地汉民，都急需恢复生产以安定社会。天命六年（明天启元年，1612年），努 尔哈赤颁布了“计丁授田”以及“按丁编庄”的命令。将大量闲废田地分给后金旗兵，将所有被俘获的奴隶均编入田庄，这样便使原来的私有庄田转变为官田，使私有财产转变为国有财产，从而增加了征税的土地面积，有利于国家财政收入。以“计丁授田”和“按丁编庄”为标志，后金初步完成了由奴隶制向封建制的转变。
努 尔哈赤进驻辽阳之后，便开始大量任用汉官。他下令“释辽阳狱中官民，查削职闲住者，复其原职。设游击八员、都司二员，委之以事”。努 尔哈赤深知，没有汉族地主阶级代表人物的支持，汗、贝勒是很难在辽东站稳脚跟的。他还多次宣布，对尽忠效劳的汉官，要破格提升，要“嘉赏赐财”，要“赏以功，给与为官”，要使他们“终身享受”，而且功臣的子孙可以世代承袭祖、父的官职。这项措施产生了很大的影响，后金军进入辽东初期，不少明朝官、将、生员降顺新君，献计献策，告密送信，催征赋税，迁民分地，查点丁口，追捕逃人，对巩固后金的统治起了相当大的作用。
努 尔哈赤采取的这些措施，暂时缓和了满、汉之间的民族矛盾。但自天命八年（明天启三年，1623年）以后，年迈的努 尔哈赤也犯下了一系列错误。
后金天命八年（明天启三年，1623年）六月，努 尔哈赤听说复州的汉民人数增加且暗地里接受明朝“派来之奸细和札付”，他派大军前去镇压，大行杀戮夺其子女和牲畜。天命九年（明天启四年，1624年）正月，努 尔哈赤还遣派大批八旗官兵大范围查量汉民粮谷以“区别”汉民，凡系抗金者，一律处死，满汉关系一时极度恶化。努 尔哈赤还在十月初三的“汗谕”中命将劳动者全部编隶汗、贝勒的拖克索（庄），这样一来原来“计丁授田”的汉民失去了“民户”的身份，沦落为奴仆性质的“庄丁”，受到的剥削更为厉害。此外天命八年以后，努 尔哈赤放弃了大量任用汉官的正确政策，转而采取了疏远的态度。汉官人人自危，也客观上加剧了辽东的动乱。
努 尔哈赤晚年犯下的这些错误，严重地破坏了辽东的生产。这一“田人富谷，泽人富鲜，山人富材，海人富货”的富饶地区，竟变得人丁锐减，田园荒芜，百业凋敝，社会混乱，甚至出现了“人相食”的悲惨现象。
努 尔哈赤迁都辽阳一年后，认为辽阳城面积过大不宜防守，遂另建新城，并将新城命名为“东京”。还将景祖、显祖的陵墓也迁到附近的鲁阳山上。后经过一番考察，努 尔哈赤认为沈阳的战略位置不可小视，西可征明，北可攻蒙古，南可御边，于是他又在沈阳大兴土木，并于天命十年（明天启五年，1625年）迁都沈阳，使之成为后金新的统治中心。
明后期，蒙古逐渐形成了漠西厄鲁特蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠南蒙古三大部，其中漠南蒙古与后金接壤。为了消除同明军作战的后顾之忧，努 尔哈赤对蒙古采取了攻抚结合、以抚为主的策略。漠南蒙古的科尔沁部曾参加以叶赫为首的九部联军，努 尔哈赤尽弃前嫌，欣然与科尔沁部通婚。他的十几个儿子都先后娶蒙古王公之女为妻，同时将后金女子嫁给蒙古王公为妻。对来朝的蒙古王公，他也是礼遇有加。努 尔哈赤的这些策略，对蒙古诸部首领产生了极大的吸引力，科尔沁、喀尔喀等部先后成为后金的政治同盟，同时亦成为进攻明朝的有力力量，而且也解决了一直困扰努 尔哈赤多年的兵力不足的问题。
但是，以察哈尔部林丹汗为首的蒙古诸部，却一直与明朝交好，成为明朝抗金的同盟军。而明朝为了对付后金，也在极力笼络林丹汗。明万历四十七年（1619年）十月，林丹汗遣使给后金送了一封信，信中自称“蒙古国统40万众的英主成吉思汗”，称努 尔哈赤为“水滨三万人的英主”。但林丹汗统治后期骄奢无度，残暴至极，从而导致了蒙古国内部分化严重，不仅人心涣散，而且到了分崩离析的地步。他属下的一些部落将领暗中与后金来往，就连他的两个孙子也跑到后金，向努 尔哈赤叩首行礼。努 尔哈赤对林丹汗始终采取孤立、打击的策略。明天启五年（1625年），林丹汗与后金的姻盟科尔沁部发生战争，努 尔哈赤立即出兵援助，大败林丹汗。
努 尔哈赤以抚为主的对蒙政策，为日后满族统一蒙古诸部奠定了基础。与蒙古交好也成为清朝历代的基本政策。