咸丰十一年（1861年）七月十七日，咸丰帝驾崩了。他临终前做了三件事：
一、立皇长子载淳为皇太子。
二、命御前大臣载垣、端华、景寿，大学士肃顺和军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛八人为赞襄政务大臣，八大臣控制了政局。
三、授予皇后钮祜禄氏“御赏”印章，授予皇太子载淳“同道堂”印章（由慈禧掌管）。顾命大臣拟旨后要盖“御赏”和“同道堂”印章。十八日，大行皇帝入殓后，以皇帝名义，尊孝贞皇后为皇太后即母后皇太后，尊号为慈安太后；尊懿贵妃为孝钦皇太后即圣母皇太后，尊号为慈禧太后。
咸丰死后，年仅6岁的载淳继位，拟年号“祺祥”。可是，这个年号尚未正式启用，清廷内部就发生了一件重大的夺权斗争，这个斗争影响了小皇帝载淳的一生。
治丧期间，慈安太后住在东六宫的钟粹宫，后来被称为“东太后”；慈禧太后住在西六宫的长春宫，被称为“西太后”。八月初一，恭亲王奕获准赶到承德避暑山庄叩谒咸丰的梓宫，同两宫太后会面约两个小时。然后，奕在热河滞留六天，尽量在肃顺等人面前表现出平和的姿态，麻痹了顾命大臣。
奕一回到北京，立即暗中紧锣密鼓地为政变做准备，尤其加紧做好军事布置。初五，醇郡王奕为正黄旗汉军都统，掌握实际军权，初六，御史董元醇上请太后权理朝政、选亲王一二人辅弼的奏折。十一日，就御史董元醇奏折所请，两宫太后召见八大臣。肃顺等以咸丰遗诏和祖制无皇太后垂帘听政故，拟旨驳斥。两宫太后与八大臣激烈辩论。八大臣“哓哓置辩，已无人臣礼”。肃顺恣意咆哮，小皇帝吓得尿了裤子。两宫太后不让，载垣、端华等负气不视事，相持愈日，卒如所拟。八大臣想先答应两宫太后，把难题拖一下，回到北京再说。
当时，清廷的嫡系武装共有两支，分别控制在僧格林沁和胜保手中，他们都与肃顺嫌隙甚深，咸丰帝死后都无条件地站在皇太后和奕的一边。咸丰帝一死，胜保即自行带兵回京，经与奕密商之后，胜保在下达谕旨不许各地统兵大臣赴承德祭奠后，于八月初七赴热河祭奠咸丰帝，并乘机在京畿一带和北京、热河之间沿途布防。奕还以太后命令示步军统领、神机营都统和前锋、护军统领，以把这些京城武装控制起来，为己所用。在此之前，手握重兵的僧格林沁早已不顾当时的政治体制，一再坚持奏折必书“伏乞皇太后、皇上圣鉴”字样，公然与肃顺等人对抗，表示自己坚定拥护皇太后的立场。
有了胜保、僧格林沁的武力作强大的后盾，奕等人谋划的政变已是“万事俱备，只欠东风”。然而，此时肃顺等人却全然不知自己已成他人刀俎之上的鱼肉，依然得意忘形。自以为顾命制度既符合祖宗家法，又为大行皇帝遗诏所定，其合法性已不容置疑。奕则一再以软弱谦卑之态麻痹肃顺等人，肃顺等人果然上当，毫无察觉。同时奕通过心腹曹毓瑛的通风报信，对热河那边的风吹草动了如指掌。
正当慈禧和奕磨刀霍霍的时候，肃顺等人又犯下了一个致命的错误。当时，端华系步军统领，统率在京八旗步军和在京绿营马步军3万人，掌京师九门管钥，身居要职，举足轻重。载垣兼銮仪卫掌卫事大臣、上虞备用处管理大臣之职，掌管皇帝的侍卫队与仪仗队，负有随侍皇帝渔猎、率领三旗侍入值之责，肃顺兼任响导处事务大臣，掌管着一支皇家侦察部队。这就是说，端华、载垣、肃顺统领着京城和皇帝的主要安全保卫力量。可是，他们三人见慈禧被迫退让，奕对赞襄制度也不敢提出异议，遂认为大局已定，无人能撼动他们的权位，于是，以“差务较繁”为由，一起辞去上述要职。他们也许是为了表明专心致力于摄政事务，不敢包揽一切，以取得太后的信任和支持而作出的一个姿态。但这正是皇太后尤其是慈禧求之不得的，遂以两宫太后的名义同意了他们的请求。慈禧非常精明，在委任奕同党瑞常等接任步军统领等职的同时，又特地委派端华暂署行在步军统领，以防肃顺等人起疑。这样，肃顺等人手上仅有的一点兵权也丢了，他们离死亡又靠近了一大步。
九月二十三日（10月26日），是咸丰帝灵柩回京的日子。肃顺等人安排载垣等随同两宫太后和小皇帝在避暑山庄丽正门外跪送咸丰帝灵柩启程返京，然后从间道先行，提前赶回京师。而肃顺、仁寿、奕、陈恩孚、宋晋等人，则护送咸丰帝笨重的灵柩，从大道缓缓而行。这一安排正中慈禧下怀，她抓住这一至关重要的机会，选用快班轿夫、日夜兼程，赶回北京。
咸丰十一年九月二十八日（1861年10月31日），两宫太后和小皇帝一行到达京郊，恭亲王奕出城迎接，密陈在京政变部署情况，两宫太后听了颇为放心。当天，两宫太后在郊外宿次召见了奕，双方开始为政变做最后一项准备。那就是密商政变后的政治体制，即权力分配的问题。
二十九日，小皇帝奉两宫太后回到北京皇宫。因为下雨，道路泥泞，灵驾行进迟缓。小皇帝奉两宫太后间道疾行，比灵驾提前4天到京。
这时，肃顺等人的败局已定，垂帘听政势在必行。而奕这位曾经与皇位擦肩而过的皇子，如今已是功高盖世，众望所归，手握实权。他早已盯上了这次难得的争权机会，但不好直接提出。于是，他便策动其亲信、手握重兵的胜保上了《奏请皇太后亲理大政并另简近亲王辅政折》。胜保奏折首先就赞襄政务王大臣的不合法性进行了抨击。他说，肃顺等人辅政，是以他们自己代写的圣谕为依据，而且当时，先皇已是弥留之际，近支亲王多不在侧，所以未能择贤而任之，这是先帝的未竟之志。而现在，嗣圣既未亲政，太后又不临朝，谕旨尽出于八大臣。他们已开矫窃之端，大失臣民之望，如果循此不改，一切发号施令，真伪不分，这样，不独天下人心日行解体，恐怕外国人闻之，也觉于理不顺，势必招致天下大乱。胜保的此番议论，等于将肃顺等人置于矫诏窃权的位置上，这对他们无疑是致命的一击。接着，胜保在奏折中又引经据典，论证垂帘听政和亲王辅政多有先例，而且合情合理，当务之急，应该因时制宜，不应拘泥细枝末节。最后，胜保明确主张：“为今之计，非皇太后亲理万机，召对群臣，无以通下情而下国体；非另简近支亲王佐理庶务，尽心匡弼，不足以振纲纪而顺人心。”
从胜保奏折的内容可以看出，胜保为政变成功后设计的政治体制，实质就是皇太后听政与近支亲王辅政相结合，太后听政为其名，亲王辅政为其实。至于肩负辅政重任的近支亲王，在胜保等人的眼中，自然非恭亲王奕莫属。从后来事态的发展来看，慈禧的目标是代行君权，个人专政，其内心深处并不想接受这种政治体制，但她不得不依靠掌握朝廷实权、具有崇高威望的奕和手握重兵的胜保，于是不得不暂且答应下来。三十日（11月2日），两宫太后在宫中召见奕、文祥、桂良、贾桢、周祖培等人。慈禧面对众人，一把鼻涕一把泪，斥骂肃顺等八大臣大逆不道、飞扬跋扈、图谋不轨的种种罪行，并将英法联军入侵北京、圆明园被焚掠、皇都百姓受惊、咸丰皇帝出巡的政治责任全扣到八大臣头上。众大臣愤慨无比。周祖培说：“何不重治其罪？”慈禧顺水推舟：“彼为赞襄王大臣，可径予治罪乎？”周祖培答道：“皇太后可降旨先令解任，再予拿问。”
说到这里，慈禧确信留京大臣对诛杀肃顺等人毫无异议之后，随即抛出早在热河期间就由醇郡王奕拟好的谕旨，交给恭亲王奕，当众宣示。谕旨核心意思有两点：一是要求王公大臣等妥议皇太后亲理大政并另选亲王辅政；二是宣示八位赞襄政务大臣的种种罪行，谕令解除他们的一切职务。
刚宣读完毕，恰逢载垣、端华进宫上朝，见奕等王大臣竟在殿内，非常诧异，大声质问：“外廷臣子，何得擅入？”奕答道：“有诏。”载垣、端华就更摸不着头脑了，毫不客气地责备两宫太后不该召见奕等人。太后大怒，立即传下另外一道谕旨，奕当场宣示：“将载垣、端华、肃顺革去爵职拿问，交宗人府会同大学士六部九卿翰詹科道严行议罪。”载垣、端华听罢如坠云雾之中，厉声斥问：“我辈未入，诏从何来？”奕不予理会，一声令下，一群侍卫将其拿下，押到宗人府看管起来。
两宫太后又以小皇帝的名义，火速发出密旨，命令正在回京路上监视肃顺的睿亲王仁寿、醇郡王奕相机擒拿肃顺，押解回京，交宗人府听候议罪。此时，护送灵柩的肃顺才行至密云县。监视他的仁寿、奕接到驰送而来的密旨，连夜率兵赶去，在卧室中将其拿获。肃顺这才如梦方醒，跳骂道：“悔不该早治此婢！”押至宗人府，碰见载垣、端华二人，肃顺怒道：“若早从吾言，何至有今日！”二人无可奈何，答道：“事已至此，还说什么！”
这样，慈禧和奕集团经过紧密的配合和周密的部署，取得了政变的成功。
十月初一，命恭亲王奕为议政王、军机大臣。随之，军机大臣文祥奏请两宫太后垂帘听政。初三，大行皇帝梓宫至京。初五，从大学士周祖培疏言“怡亲王载垣等拟定‘祺祥’年号，意义重复，请更正”，诏改“祺祥”为“同治”。“同治”含义可做四种诠释：一是两宫同治，二是两宫与亲贵同治，三是两宫与载淳同治，四是两宫、载淳与亲贵同治。
十月初六（11月8日），恭亲王奕等人公布八大臣八条罪状，而后，扔下两条白绢，令载垣、端华自尽。肃顺则被无帷小车押赴刑场处决，在通往刑场的大街上，人山人海，熙熙攘攘，人群中有人高喊道：“肃顺，也有今天啦！”于是人们纷纷以瓦砾泥土掷之，肃顺白白胖胖的面目很快就模糊不可辨别了。此人是条硬汉，行刑之前一路破口大骂，刑场上不肯下跪，刽子手用刀柄敲断他的两条腿，方才跪下。接着，奕等王大臣会议提出将景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛五人革职，发配新疆效力。
慈禧和奕进一步肃清余党，将陈孚恩、黄宗汉、刘昆、成琦、德克律太等人革职，将太监杜双奎、袁添喜、王庆喜等发往边远地区充官兵奴仆。
此外，慈禧和奕非常清醒地知道，肃顺、载垣、端华掌权多年，其党羽遍布六部九卿，至于依附逢迎、巴结讨好者，在京师内外文武百官中，更是大有人在，但如果一一追究，广为株连，势必弄得人人自危，风声鹤唳，不利于笼络人心、稳定政局。为此，慈禧、奕在处死载垣、端华、肃顺之后，连下三道上谕，宣布既往不咎之意，但内含肃杀之气，意在告诫宗室王公、文武百官，不得抗拒垂帘，否则肃顺等人前车俱在，必将严惩不贷。
初九，载淳在太和殿即皇帝位。二十六日，礼亲王世铎上《垂帘章程》。两宫太后懿旨：依议。于是，皇太后垂帘听政之举，舆论已经造成，章程亦已制定。
十一月初一，同治奉慈安皇太后、慈禧皇太后御养心殿垂帘听政。垂帘听政设在大内养心殿东间，同治帝御座后设一黄幔（初为黄屏），慈安皇太后与慈禧皇太后并坐其后。恭亲王奕立于左，醇郡王奕立于右。引见大臣时，吏部堂官递绿头笺，恭亲王奕接后，呈放在御案上。皇太后垂帘听政，这在中国历史上实属空前绝后。也就是从这个时候起，同治帝就失去了家庭生活的乐趣，成为他母亲手中的一个傀儡和工具。同治帝在位13年，前12年是在两太后垂帘的情况下虚坐龙椅的傀儡皇帝，最后只亲政了1年。
这次政变，因载淳登基后拟定年号为祺祥，故史称“祺祥政变”；这年为辛酉年，又称“辛酉政变”；因政变发生在北京，又称为“北京政变”。其时，“辛酉政变”的三个主要人物——慈安皇太后25岁，慈禧皇太后27岁，恭亲王奕30岁。