关于“疑古”，北大国学门中的章门弟子则表现出较为复杂的态度。陈以爱曾深刻分析说：“就当时国学门同人的学术观点来看，虽然也有像单不庵那样认古文经书为伪造，但人数占最多的太炎弟子则大体仍受古文学派的影响，其中除钱玄同因接受康有为和崔适的观点而明显背其师说外，其他人与今文学家所倡导的‘疑古’观，基本上是颇有隔阂的。”她并且推测：“胡适在写《发刊宣言》时，自然不能不顾及到同人的不同意见，故特意避开这一点，以免引起争议。”陈以爱：《国学门》，第247—248页。应当肯定，这一判断相当敏锐，而且基本符合历史的实际，不过从笔者收集的一些相关材料来看，这一问题似乎仍有补充说明的必要。
在国学门的章门弟子中，朱希祖对“疑古”持一种相对保留的态度。钱玄同在日记中就曾提及“逖先宗古文家言”，《钱玄同日记》第3册，1912年1月26日条，第1043页。绝对“排斥今文”；《钱玄同日记》第3册，1916年1月8日条，第1340页。胡适也说“朱逖先信仰古文家”。《吴虞日记》上册，1921年5月13日条，第598—599页。在1919年发表的《整理中国最古书籍之方法论》一文中，朱希祖更是对今文家屡加批评，并且提出，“证明是伪，即考明此书出于何时，即定为何时的政论或政策；其他一切伪书，皆须考明出于何时。关于文学的，即定为那时的文学；关于哲学的，即定为那时的哲学。盖伪造亦有伪造的学说，亦不可一概抹杀。”朱希祖：《整理中国最古书籍的方法论》，《北京大学月刊》第1卷第3号，1919年3月。他后来还指出，“古文家治经，用客观方法，而后以主观判断之，此实合于现代科学方法。今文家治经，则专用主观方法，……不若古文家根据之实，不空施议论也”，朱希祖：《章太炎先生之史学》，《文史杂志》第5卷第11、12期合刊，1945年12月。朱希祖其实是主张打破今古文壁垒的，他曾言：“余以史学治经学，以论理学方法解决一切疑难，最鄙视今古文家门户之见”。见朱偰：《先君逖先先生年谱》，《文史大家朱希祖》，第194页。并且明确表示：“余与玄同颇多相合，惟谈经不相合。”《朱希祖日记》，1938年7月28日条，转引自朱元曙：《朱希祖与钱玄同》，《万象》2006年4月号。由此可见，朱希祖确实“与今文学家所倡导的‘疑古’观，基本上是颇有隔阂的”。
马裕藻、马衡兄弟是当时北大著名的“二马”
不过，其他章门弟子的态度则要复杂得多。其中钱玄同是积极赞成“疑古”的，对此本节随后将展开专论，这里暂不赘述。值得一提的是，钱玄同曾在1916年1月8日的日记中说马裕藻“不如黄、朱诸公之排斥今文”；《钱玄同日记》第3册，1916年1月8日条，第1339—1340页。时至1917年3月28日，他又在日记中写道“幼渔近来幡然宗今文说”《钱玄同日记》第3册，1917年3月28日条，第1565页。；黎锦熙后来在回顾钱玄同时也说“他的谈‘今文’经学的朋友是马裕藻、张西堂诸先生”。黎锦熙：《钱玄同先生传》，《钱玄同印象》，第77页。这显然意味着马裕藻与钱玄同二人经常在倾向“疑古”的今文经学方面互相交流。马裕藻还曾经向钱玄同激烈表示：“造假书的人不过想欺世骗钱，或攻讦人，并无何等之价值。”参阅钱玄同：《致胡适》，《钱玄同文集》第6卷，第109页。而在他的影响下，其弟马衡（国学门导师、考古研究室主任）也颇赞许顾颉刚的“疑古”，曾表示“《尧典》、《禹贡》是否为虞、夏时之书不可不辨也”，并且承认顾颉刚“所疑者，皆有相当之理由与相当之证据”，马衡：《中国之铜器时代》，《古史辨》第2册，第33页。为此还遭到缪凤林的批驳。参阅缪凤林：《评马衡〈中国之铜器时代〉》，《古史辨》第2册，第37—43页。由是观之，马氏兄弟是较同情“疑古”的。
至于作为国学门主任的沈兼士，态度则较为谨慎。一方面，他默许顾颉刚等人在《国学门周刊》出版鼓吹“疑古”的“《说文》证史讨论号”，而且自己也在《文字形义学》中批评说：“自来中国学者最喜盲从古人，或囿于一家之成说，这是学问不易进步的一大阻力。医治这个毛病，在于抱定超然独立之精神平心静气的来平等观察各家学说，而究其异同变迁之所以然。譬如许慎《说文》，今日只应把他看作考释古文之起点，倘视之若天经地义不敢怀疑，而谓近代发现之金文卜辞，毫不足信，这就是拘墟之见了。我们现在不但及为许书可以怀疑，就是六书也可以姑且把他搁在一边。”他并且还公开宣称：“我对于旧学说有些地方颇为怀疑，甚而至于已经有了想破坏的动机”。沈兼士：《文字形义学》，《沈兼士学术论文集》，第383—384页。这不啻是对顾颉刚等人批评柳诒徵迷信《说文》表示公开的支持。葛信益曾说《文字形义学》讲义编于1915年（《沈兼士传略》，葛信益、朱家溍编：《沈兼士先生诞生一百周年纪念论文集》，紫禁城出版社1990年版，第1页）。而在《沈兼士学术论文集》出版说明中又说编于20年代初（《沈兼士学术论文集》，第1页）。从这段话所运用的白话形式和所涉及的内容来看，似乎以后一说为确。陈以爱也发现了此问题，参阅《学术与时代：整理国故运动的兴起、发展与流衍》，台湾政治大学历史系博士论文，2001年，第195页。此外，他还曾为《古史辨》第六册题署，并为顾颉刚编《吴歌》作序，甚至还为顾父廉军先生遗著《说文通俗》作序。这些迹象似乎表明沈兼士对顾颉刚的“疑古”一度是颇为首肯的，至少没有明确反对。
但另一方面，我们对沈兼士支持“疑古”的态度也不可估计过高。毕竟，他早年曾一度“信古”。据冯友兰回忆，“我记得民国四年，沈兼士先生在北京大学讲授‘中国哲学史’，讲了一学期的功夫，才讲到周代。因为他的哲学是由远古讲起的。”冯氏还将沈兼士与胡适做了对比，认为“沈兼士先生和胡适先生是表现两种不同的研究史学的态度。沈先生认为的中国哲学史的发创的时期比胡先生认为的早，所以沈先生对于‘秦’以前的哲学以为仍有研究之必要，而胡先生的《中国哲学大纲》一书，认为中国哲学是应该自‘先秦时期’开始”。冯友兰：《近年史学界对于中国古史之看法》，《三松堂全集》第14卷，河南人民出版社2001年版，第259页。这说明沈兼士早年的认识与“疑古”一派是有着明显差别的。尽管这一思想后来或许有所转变，不再“信古”，但亦未因此转入“疑古”阵营。他在1920年即曾针砭“新学家矫枉过直，竟欲废弃六书而不知利用”，沈兼士：《造字原则发展之程叙说》，《沈兼士学术论文集》，第10页。他后来又批评企图推翻《说文》者是“不知《说文》之真价值，不能利用其材料以研究文字训诂变迁之消息”。沈兼士：《右文说在训诂学上之沿革及其推阐》，《沈兼士学术论文集》，第74页。即使是在措辞颇为激进的《文字形义学》讲义中，他也不忘提醒“囿于古人的成说固然不好，但是处处务弃陈言，思标新义，又恐陷于穿凿傅会的毛病”，总之“一切轻蔑古人和崇拜古人之主观的成见，是万万不可以有的”。沈兼士：《文字形义学》，《沈兼士学术论文集》，第384、383页。由此看来，沈兼士这一时期对“疑古”的态度显得非常谨慎，既不明确反对，也未表示赞同，而是力求不偏不倚。顾颉刚后来曾告诉胡适：“以前我在北大研究所时，兼士先生固不信任我，但他并不支配我的工作。”此言或可为沈兼士对疑古态度之写照，参见《胡适来往书信选》上册，第537页。至于他为《古史辨》题签并为顾颉刚及其父作序，在很大程度上或许是应顾氏之请而碍于情面、不便推辞。他在《〈说文通俗〉序》中就说此序乃因顾颉刚“问序于余”而作，并且说该著“可为读段注者之津筏，亦即研究小学之入门书也”，评价并不甚高。沈兼士：《说文通俗序》，《沈兼士学术论文集》，第323页。顾颉刚刊行此书，或许是为了证明自己对“说文学”亦有家学渊源，并非全然无知。
综上所述，国学门中章门弟子对“疑古”的态度是相当错综复杂的，桑兵认为北大国学门内部虽派系纠缠，但“在疑古辨伪等方面，毕竟还是同道”（《近代中国学术的地缘与流派》，《历史研究》1999年第3期），对此种复杂状况或有所忽略。另外值得一提的是，“疑古”与“辨伪”并不能等同，“辨伪”作为一种考据手段，易为诸多学者所接受，而“疑古”乃进一步怀疑古史的真实性，更为惊世骇俗。必须加以具体的分析。而更深一层来看，这种状况的形成除了由于各人学术观点不同之外，或许还与以下两点因素有关。
第一，章太炎的影响。章太炎早年虽然屡屡批驳康有为的今文经学观，但较少直接对“疑古”发表意见。而当20年代初“古史辨运动”兴起后，他则有感于疑古思潮对古史的否定极大地冲击了人们对国史的看法，遂起而严加针砭，他晚年在批评今文学时即曾总结说：“民国以来，其学虽衰，而疑古之说代之，谓尧、舜、禹、汤皆儒家伪托，如此惑失本原，必将维系民族之国史全部推翻。国亡而后，人人忘其本来，永无复兴之望。……今之妄说，弊更甚于公羊，此余所以大声呼吁，谓非竭力排斥不可也。”诸祖耿：《记本师章公自述治学之功夫及志向》，《追忆章太炎》，第86页。
具体说来，早在1924年7月，他就在《救学弊论》演讲中公开指出：“今之文科，……其弊有五”，“二曰因疏陋而疑伪造。……今以一端小过，悉疑其伪，然则耳目所不接者，孰有可信者乎？百年以上之人，三里以外之事，吾皆可疑为伪也”，章太炎：《救学弊论》，《章太炎全集》第5卷，第102—103页。“古人往矣，不但尧舜之有无不可知，若充其致疑之极，则清光绪帝之有无，亦非吾侪所能定。即吾侪所不曾亲至之地、亲历之境，因时间、空间之暌隔，亦得加以否认。……古事致疑，本为学者态度，然若以一二疏漏而遽认为伪造，欲学者群束书不观，则未免太过耳”。章太炎：《劝治史学并论史学利弊》，《章太炎讲演集》，第88页。此为同一演讲的另一记录稿，由《新闻报》发表，文字内容与《救学弊论》均有所不同，可供参照。
此后，章太炎在无锡师范学校、无锡国专、苏州星期讲习会演讲时也一再批评说：“今之讲史学者，喜考古史，有二十四史而不看，专在细微之处，吹毛索瘢，此大不可也。……疑古者流，其意但欲打破历史耳。……夫讲学而入魔道，不如不讲。昔之讲阴阳五行，今乃有空谈之哲学、疑古之史学，皆魔道也。必须扫除此种魔道，而后可与言学”，章太炎：《历史之重要》，《章太炎讲演集》，第152—153页。“疑古未尝不可，但须有疑根，……乃今之疑古者，无所根据，遽尔相疑，斯真疑而成疾矣”，章太炎：《关于史学的演讲》，《章太炎讲演集》，第173—174页。“经史实录不应无故怀疑。所谓无故怀疑者，矜奇炫异，拾人余唾，以哗众取宠也。……治史者宜冥心独往，比勘群书而明辨之也。……必博学审问慎思明辨，方足以言怀疑。若矜奇炫异，抹杀事实，则好学之士不当尔也”。章太炎：《国学讲演录》，第156—185页。
概言之，章太炎认为“辨伪”固然不失为考据的一种手段，正所谓“古事致疑，本为学者态度”，“疑古未尝不可”，但这种怀疑必须建立在拥有充分根据的基础上，也就是“须有疑根”，“必博学审问慎思明辨，方足以言怀疑”，而不应“以一端小过，悉疑其伪”，更不能“无所根据，遽尔相疑”，或“矜奇炫异，抹杀事实”，以致陷入“疑古”之“魔道”，其语气可谓异常严厉。