但令人颇感遗憾的是，在此之后，鲁迅与钱玄同的关系却日益恶化，最终不仅二人“默不与谈”，甚至还互相抨击。如鲁迅即曾致信友人说，“疑古玄同，据我看来，……好空谈而不做实事，是一个极能取巧的人”，鲁迅：《致章廷谦》，《鲁迅全集》第12卷，第4页。“其议论虽多而高，字却俗媚入骨也”，鲁迅：《致郑振铎》，《鲁迅全集》第12卷，第253页。“此公夸而懒，又高自位置”，“其字实俗媚入骨，无足观”；鲁迅：《致台静农》，《鲁迅全集》第12卷，第309页。而钱玄同也在此时的日记中多次提及：“购得鲁迅之《三闲集》与《二心集》，躺床阅之，实在感到他的无聊、无赖、无耻”，《钱玄同日记》第8册，1932年11月7日条，第4554页。“购得新出版之鲁迅《准风月谈》，总是那一套，冷酷尖酸之拌嘴，骂街，有何意思”。《钱玄同日记》第10册，1935年1月12日条，第5404页。当北师大学生邀请鲁迅讲演时，他更声明：“我不认识有一个什么姓鲁的”，“要是鲁迅到师大来讲演，我这个主任就不再当了！”对此，鲁迅则回应说：“钱玄同实在嚣张极了！仿佛只有他研究的那东西才是对的，别人都不对，都应该一齐扑灭！”王支之：《鲁迅在北平》，《鲁迅先生二三事——前期弟子忆鲁迅》，第13、22页。孙楷第也曾说钱玄同“有时感情用事。心胸度量不甚宽宏”，引自曹述敬：《后记》，《钱玄同年谱》，第275页。可以说，二人关系至此已彻底破裂。而究其缘由，这大概包含了以下两方面原因。
首先，政治思想的分歧。鲁迅曾回顾说，“《新青年》的团体散掉了，有的高升，有的退隐，有的前进，我又经验了一回同一战阵中的伙伴还是会这么变化”，鲁迅：《〈自选集〉自序》，《鲁迅全集》第4卷，第456页。这无疑是对钱玄同“退隐”书斋、忙于“整理国故”，“忘记了《新青年》时代的精神而成了学者了”表示不满。苟目：《钱玄同与鲁迅》，《钱玄同印象》，第208页。与此同时，钱玄同反对开设“辩证法”一课也激起了鲁迅的愤慨，他曾作诗嘲讽说：“作法不自毙，悠然过四十。何妨赌肥头，抵当辩证法。”鲁迅：《教授杂咏四首》，《鲁迅全集》第7卷，第435页。这一方面是对钱氏曾戏言“人到四十就该死，不死也该枪毙”的针砭，另一方面也明确表达了二人在政治思想上的分歧。与此相对应，钱玄同则讽刺鲁迅是“左翼公”、“左公”，钱玄同：《致周作人》，引自姜德明：《鲁迅与钱玄同》，《新文学史料》1979年第3期。该函未收入《钱玄同文集》。并针对鲁迅倡导的大众语运动实行“鸣金收兵”、“坚壁清野”的措施，以示不予合作。黎锦熙：《钱玄同先生传》，《钱玄同印象》，第51页。
其次，除了政治思想的分歧之外，二人的人脉关系同样也值得注意。1929年6月1日，鲁迅第一次北游时曾致信许广平感叹：“南北统一后，‘正人君子’们树倒猢狲散，离开北平，而他们的衣钵却没有带走，被先前和他们战斗的有些人给拾去了，未改其原来面目者，据我所见，殆惟幼渔、兼士而已。”鲁迅：《致许广平》，《鲁迅全集》第11卷，第313页。1932年底，他第二次北游时又再次拜访了马幼渔、沈兼士等同门。事实上，马、沈等人当时均已远离政治，成为纯粹学者，但这并未妨碍鲁迅与他们的交谊。由此可见，鲁迅之所以与钱玄同决裂，并不完全是因为钱氏的退隐，而主要是由于他与“正人君子”交好。
如前所述，鲁迅对胡适、陈源等“正人君子”向来不满，而钱玄同却一贯与他们交好，由是难免使二人的关系恶化。关于这一点，钱玄同曾评价鲁迅“多疑”，“他往往听了人家几句不经意的话，以为是有恶意的，甚而至于以为是要陷害他的，于是动了不必动的感情”。钱玄同：《我对于周豫才君之追忆与略评》，《钱玄同文集》第2卷，第311页。客观看来，此言或许过当，却也在很大程度上深刻揭示了鲁迅性格中真实的一面。早在1924年，鲁迅便在一篇文章中旁敲侧击地说：“风闻有我的老同学玄同其人者，往往背地里褒贬我，褒固无妨，而又有贬，则岂不可气呢？”鲁迅：《我来说“持中”的真相》，《鲁迅全集》第7卷，第56页。这显然是怀疑钱氏在“正人君子”面前议论他。
另外众所周知，鲁迅对顾颉刚等“古史辨派”素持异议，而钱玄同则积极支持顾颉刚“疑古”，与之“情投意合”，鲁迅：《致章廷谦》，《鲁迅全集》第12卷，第4页。他甚至还为此改名为“疑古玄同”，这自然也影响了他与鲁迅的关系。对此，钱玄同曾说鲁迅易“迁怒”，“譬如说，他本善甲而恶乙，但因甲与乙善，遂迁怒于甲而并恶之”。钱玄同：《我对于周豫才君之追忆与略评》，《钱玄同文集》第2卷，第311页。1929年，鲁迅曾与钱玄同会面一次。交谈中，钱玄同调侃鲁迅“还是用三个字的名片（指周树人——引者按），不用两个字的（指鲁迅——引者按）”，鲁迅则反唇相讥说：“我的名片总是三个字的，没有两个字的，也没有四个字的（指疑古玄同——引者按）”。钱玄同：《我对于周豫才君之追忆与略评》，《钱玄同文集》第2卷，第309页。而恰在此间，鲁迅最为反感的顾颉刚也来探访钱玄同，一时众人尴尬不已。当晚，鲁迅在致许广平的信中就描述说，“途次往孔德学校，去看旧书，遇金立因（指钱玄同——引者按），胖滑有加，唠叨如故，时光可惜，默不与谈；少顷，则朱山根（指顾颉刚——引者按）叩门而入，见我即蜘橱不前，目光如鼠，终即退去，状极可笑也”，鲁迅：《致许广平》，《鲁迅全集》第11卷，第301页。言词中明显是将钱玄同与顾颉刚视为一路人而一并排斥。
分道扬镳后的鲁迅与钱玄同
与此相类似，鲁迅与周作人兄弟失和后，钱玄同仍与后者过从甚密，这多少也引起了鲁迅的不满。尤其是当周作人在1934年1月发表《五秩自寿诗》后，钱玄同等人纷纷唱和。这在鲁迅看来，未免“多近于肉麻”，鲁迅：《致曹聚仁》，《鲁迅全集》第12卷，第398页。“加以吹擂太过，附和不完，致使大家觉得讨厌了”，鲁迅：《致杨霁云》，《鲁迅全集》第12卷，第403页。他并且还说：“北平诸公，真令人齿冷，或则媚上，或则取容，回忆五四时，殊有隔世之感。”鲁迅：《致台静农》，《鲁迅全集》第12卷，第406页。此处所谓“北平诸公”，无疑包括了钱玄同。
总之，由于思想的分歧和人脉的纠葛，鲁迅与钱玄同这两位在五四新文化运动中曾经并肩战斗过的战友终于分道扬镳，给后人留下了深深的遗憾。不过在此还值得一提的是，他们二人毕竟均是涵养深厚的学者，因此即使在私交上发生了矛盾，但对一些公众问题仍保持着相近的见解。1935年，已与钱玄同分裂的鲁迅便十分中肯地评价“五四时代的所谓‘桐城谬种’和‘选学妖孽’是指做‘载飞载鸣’的文章和抱住《文选》寻字汇的人们的，而某一种人确也是这一流，形容恰当，所以这名目的流传也较为永久”，鲁迅：《五论“文人相轻”——明述》，《鲁迅全集》第6卷，第384页。充分表彰了钱玄同当年提出这一口号的历史功绩。而钱玄同在鲁迅去世后所撰的《我对于周豫才君之追忆与略评》一文中，也称赞鲁迅的《域外小说集》“志在灌输俄罗斯、波兰等国之崇高的人道主义，以药我国人卑劣阴险自私等龌龊之心理。他们思想超卓，文章渊懿，取材谨严，翻译忠实，故造句遣辞，十分矜慎，……不仅文字雅驯，且多古言古字，与林纾所译之小说绝异”，并夸奖鲁迅在《河南》杂志上发表的一系列文章“斥那时浅薄新党之俗论，极多胜义”。同时，钱玄同还高度评价了鲁迅的《中国小说史略》，说“此书条理明晰，论断精当，虽编成在距今十多年以前，但至今还没有第二部比他更好的（或与他同样好的）中国小说史出现。他著此书时所见之材料，不逮后来马隅卿（廉）及孙子书（楷第）两君所见者十分之一，且为一两年中随编随印之讲义，而能做得如此之好，实可佩服。”最后，他还总结说，“他治学最为谨严，无论校勘古书或翻译外籍，都以求真为职志，……这种精神，极可钦佩，青年们是应该效法他的。……豫才治学，只是他自己的兴趣，绝无好名之心，……这种‘暗修’的精神，也是青年们所应该效法的。……他读史与观世，有极犀利的眼光，能抉发中国社会的痼疾，……这种文章，如良医开脉案，作对症发药之根据，于改革社会是有极大的用处的”，钱玄同：《我对周豫才君之追忆与略评》，《钱玄同文集》第2卷，第306—310页。从而对鲁迅一生做出了可谓客观公允的评价。对于钱玄同的这篇文章，当时即有论者不禁感喟说：“道义相交，情淡若水，是则是之，非则非之，这种切磋的精神，在今日朋党倾轧、卖友攻讦的风气之中，真有点令人发思古之幽情了！”苟目：《钱玄同与鲁迅》，《钱玄同印象》，第208页。
同样地，黄侃尽管与钱玄同不和，但二人在学术问题上仍相互肯定。黄侃在其著《音略·今韵》一书中就收入了《钱夏韵摄表》，并且解释说：“吾友吴兴钱夏，因之以成韵摄表，差有纲维，非同臆论。今即依钱表，附以说明云耳。”黄侃：《音略·今韵》，转引自曹述敬：《钱玄同对待学术工作的态度及其他》，《钱玄同印象》，第192页。另据杨树达回顾，黄侃在1932年南归前，还曾对人说北平治国学者，吴检斋、钱玄同不愧为教授。杨树达：《积微翁回忆录·积微居诗文钞》，第63页。而此时正当他们大吵之后，黄侃却拥有这种学术公心和博大胸襟，更显难能可贵。事实上，钱玄同对黄侃在小学方面的造诣也钦佩不已，他曾说古韵分部“截至现在为止，当以黄氏二十八部之说为最当”。钱玄同：《古韵廿八部音读之假定》，《钱玄同文集》第4卷，第97页。黄侃去世之后，他又在挽联中写道：“小学本师传，更绸绎韵纽源流，黾勉求之，于古音独明其真谛。文章宗六代，专致力沉思翰藻，如何不淑，吾同门遽丧此隽才！”钱玄同：《挽季刚》，《钱玄同文集》第2卷，第333页。并回顾说：“弟与季刚自己酉年订交，至今已廿有六载。平日因性情不合，时有违言。惟民国四、五年间商量音韵，最为契合。廿二年之春，于余杭师座中，一言不合，竟致斗口。岂期此别，竟成永诀。由今思之，吾同门中精于小学文辞如季刚者，有几人耶？”钱玄同：《致潘景郑》，《钱玄同文集》第6卷，第302页。高度评价了黄侃的学术成就。
综上所述，章门弟子内部虽然曾经由于种种原因发生过一些分化，但是并未远离学术的轨道，他们之间的同门情谊也并未就此完全泯灭。更令人感慨的是，随着岁月流逝和战火蔓延，章门弟子逐渐凋零。1939年，周作人在挽钱玄同联中饱蘸深情地说“同游今散尽，无人共话小川町（《民报》社址——引者按）”，并注曰：“同学中龚宝铨、朱宗莱、家树人均先殁，朱希祖、许寿裳现在川陕，留北平者唯余与玄同而已。每来谈常及尔时出入《民报》社之人物，窃有开天遗事之感，今并此绝响矣。”周作人：《知堂回想录》下册，第587页。同时，身处西北联大的许寿裳也在挽钱玄同联中写道：“滞北最伤心，倭难竟成千古恨。游东犹在目，章门同学几人存？”许寿裳：《挽联》，转引自姜德明：《鲁迅与钱玄同》，《新文学史料》1979年第3期。二人此时都不约而同追忆起昔日那段刻骨铭心的同门情谊，这不禁让人至今思之，犹唏嘘不已！
1936年9月4日章太炎北平追悼会后章门弟子合影，左起：刘文典、周作人、沈士远、钱玄同、朱希祖、许寿裳、沈兼士、马裕藻。这或许是章门弟子聚集较全的最后一次合影。