蔡元培先生的伟大志愿，就在于他一生想为中国造就人才，他一生走的路就是教育爱国大道。他教育不忘爱国，爱国不忘教育。
近代中国史上，人格最高尚的知识分子首推蔡元培。他在教育、学术、思想以至政治等方面，都有巨大的影响，他一生竭尽知识分子的责任，常倾向于革新的、进取的事物，具有开创及领导之功，不愧是一代宗师。
没有蔡元培就没有五四。一谈到“五四运动”，便会联想到蔡元培，没有北京大学的学生倡导风潮，推动文化改革，也就没有五四运动；没有北京大学校长的开明进取，支持学生的行动，也就没有五四运动。当时的北京大学校长正是蔡元培，他又是辛亥革命后首任的民国教育总长。
蔡元培出任教育总长以后的活动，较为人知，辛亥革命前的蔡元培，知者较少。无疑的，他的贡献主要是在进入民国以后。可是，若要探源他后半生的文化、思想、政治活动，他前半生的思想趋向、政治活动是不可忽略的。蔡元培是近代中国史上新旧过渡时期中一个成功的、典型的代表。
蔡元培生于同治六年（1867），家乡是浙江绍兴，和鲁迅同乡。绍兴便是人尽皆知的“师爷”产地。绍兴的文化气息很重，是盛产文人的地方。蔡元培的乳名叫阿培，入塾读书时才叫元培，字孑民。父亲是钱庄经理，蔡家数代从商，祖上没有读书登科的人。
蔡元培六岁入家塾读书，从《百家姓》、《千字文》读起，读完《四书》、《五经》。随后，老师就教他“八股文”，又称“制艺”或“时文”，作为应付科举考试之用。到光绪三年（1877），元培十一岁，父亲逝世，因他父亲为人宽厚，有贷必应，死后债台高筑，东家责令赔偿。世交分头募款欲以接济，但为元培母亲周氏所拒。由此可见，元培性情宽厚，是父亲的遗传，而不苟取，不妄言，则得诸母教。
蔡元培十四岁至十七岁的三、四年间，元培就教于同县一老秀才王懋修，在王老师的熏陶下，最崇拜宋儒。在受业期间，光绪九年（1883），元培十七岁入学补诸生（秀才），放弃“举子业”，专治小学和经学，广泛地自由读书，也就不再到王懋修处学习。离开私塾后，两年间在家设馆教书，并赴杭州参加乡试（考举人），首次落第。二十岁起不再教书，在同乡徐树兰举人家中读书。徐家建有“古越藏书楼”，书籍甚多，有此机会可以博览群书。他作学问、治经偏于训诂与哲理，治史则偏于儒林传、文苑传、艺文志等，这也是当时流行的求学方法。
光绪十五年（1889）二十三岁，元培参加浙江乡试，中了举人。次年赴北京参加会试，考中，成为贡士，必须再经殿试合格方为进士，但元培未即参加本科殿试，过了两年始成进士。梁启超乡试中举和他同年，可是会试累试名落孙山，可见在科举试途上，蔡元培比梁启超顺利得多了。原来考官王蒿隐欣赏他的文章，录取了他，因此便有人称元培是“蒿隐门人”。他是中二甲第三十四名进士，正考官翁同龢很欣赏，称赞他“年少通经，文极古藻，隽材也”。
光绪十九年（1893），也就是中进士的第二年，二十七岁，蔡元培得授翰林院庶吉士，掌编修国史。新科翰林是有资格往各省写字卖钱的，这叫做“打秋风”。七月间，蔡元培就有南方之行，先在广州小住，入冬后，又到潮州亲戚家，住在文咸街十号元发行商店里。曾为主人写了一副对联，联语为“过事虚怀观一是，与人和气察群言”，由此可见蔡元培待人接物的态度，一向是虚怀若谷，待人和气。
翌年，再进京参加“散馆”考试。因庶吉士经过一定的期限，须参加甄别考试，叫做散馆，合格的授以编修，不合格的改任知县。蔡元培顺利地通过散馆考试，升补翰林院编修。同年6月间，“甲午战争”爆发，京师顿时紧张起来，他在联合英、德以御日人的奏折上，和文廷式一齐署名。这年他又在李慈铭京寓中做了半年塾师。十一月间大文学家李慈铭逝世，元培为他的遗着《越缦堂日记》付梓。
这时，康、梁的维新变法正当全盛时期，蔡元培的思想也是偏向维新方面的。他在戊戌年间与友人合设了一个“东文学社”，学习日文。学习日文是求取外国知识的一条快捷方式。蔡元培早期的西洋知识，除了部分得自中译西书之外，主要是从日文书中得来的。
当时康、梁门下的人接踵而至，他最敬佩谭嗣同，又与梁启超有己丑年同年中举的关系，照说他会和康、梁同走维新路线，情形可料。可是，以他的性格却耻于与炙手可热的人相依附，维新派杨锐欲想拉拢，也被他拒绝。9月间，戊戌政变发生，保守派控制整个大局，百日维新的所有新政，除了京师大学堂仍然保留之外，全部都在转眼之间被推翻了。
蔡元培是同情维新派的，他深感变法的失败，是“由于不先培养革新之人才，而欲以少数人弋取政权，排斥顽旧，不能不情见势绌”。他虽非康党，因同情维新，又有深交被捕，难免被疑为维新派人物，只好卸职南归。这是蔡元培一生的转折点，他已经看出满清政府没有希望了。
蔡元培南归后，即在绍兴绅士徐树兰所办的一所叫“中西学堂”的中学任学堂监督（校长）。这是元培服务于新式学校的开始。校中分高小、初中和高中“三斋”。学科分文科、数学及理科等，外国语有英、法、日三种。蔡元培和黄仲玉及子女教员是当时绍兴一时之选，学生在日后更是人才辈出。如后来曾任北京大学校长、也就是蔡元培的后任蒋梦麟，和该校地质学教授王烈，便是那时候第一斋的小学生；中央研究院秘书马稷光和浙江教育科沈光烈，则是第三斋的高材生。
在中西学堂内，新旧的对立是很明显的，蔡元培因过于袒护新派，旧派的堂董时加压力。最后，他愤而辞职，以示不愿意与旧势力妥协。
蔡元培仍在中西学堂监督任内时，原配夫人为他生下了第二个儿子，叫做无忌，但不久王氏即因产后失调，与世长辞。还未满一周年，作媒请续弦的人很多，元培提出五个条件：一、女子须不缠足；二、须识字；三、男子不娶妾；四、男死后，女可再嫁；五、夫妇如不相合，可离婚。
男子娶妾，在当时是被认为天经地义，而再嫁和离婚则是惊世骇俗。单就此事，已可得知蔡元培的重视男女平等，打破传统社会陋习，其所受维新运动的影响是如何巨大。由于条件过苛，几经说媒，难觅合适女子为继室。一年后，始访得江西黄尔轩的女儿黄仲玉，天足、工书、有才学，遂在杭州结婚。
他们的婚礼别开生面，形式别致，贺词亦谐，有人知他主张男女平等，故意在贺宴上说：“倘黄夫人学行高于蔡先生，则蔡先生应以师礼视之，何止平等？倘黄夫人学行不及蔡先生，则蔡先生当以弟子视之，又何以平等？”蔡元培答道：“就学行言，固有先后，就人格言，总是平等。”说得全场无不首肯。
蔡元培离开中西学堂后，仍一心为教育事业奔走。庚子、辛丑之间，亦即1900～1901年，为绍兴侨农设一小学校。又在浙江省城议改某书院为师范学校，但为地方巨绅及当道所阻而未成功。在这年春，便转到南洋公学当特班总教习。
上海南洋公学是后来交通大学的前身，成立于光绪二十三年（1897），分为师范院、上院、中院和外院四部，外院即小学。光绪二十七年（1901）春增开一个“特班”，取录了42位私塾就读而又有志向西学的秀才、举人，预定教他们外国语言及经世之学，成绩优异者保送“经济特科”。蔡元培就是担任这个特班的总教习。
当时特班的学生都想学日文，元培便用他半生不熟的日文教学生选读政治、法律、外交、财政、经济、哲学等门类的专业书，要求学生每日撰写札记。其主旨“盖在启发青年求知欲，使广其吸收，由一己观念进之于国家，而拓之为世界。又以邦本在民，而民犹蒙昧，使青年善自培育其开发群众之才，一人自觉，而觉及人人。其所诏示，千言万法，一为之爱国”。在诸多学生中，他最欣赏邵力子、李叔同、黄炎培、王世澂、洪允祥等人。
蔡元培在上海的文化教育界中已日渐活跃。他所从事与新教育相关的有两件事：一是筹办“爱国女学校”，一是发起“中国教育会”。
爱国女学校由蔡元培夫人黄仲玉首倡，取得上海犹太富商哈同夫人罗迦陵女士的独力支持，再由蔡元培和蒋观云等人租校舍，于光绪二十七年（1901）冬正式成立。早期学生人数仅有十名左右。中国教育会则由元培和上海文教界人士叶瀚、蒋观云、黄宗仰等人共同策划，由蔡元培任会长，成立于光绪二十八年（1902），主张革新，因无经济支持，早期仅从事文字方面的鼓吹而已。
光绪二十八年，元培三十五岁，开始学习拉丁文，天主教徒马相伯是他的老师。蔡元培认为拉丁文是欧洲各国语文的根本，各国语言多源于拉丁文，若不通晓，则无法了解西洋的一切古代文化。他还选派了24个学生，和他一齐向马相伯学习。后来，马相伯就以这批学生做基础，创立了震旦学院，也就是震旦大学的由来。
这一年，蔡元培趁暑假赴日本旅游，却遇上了东京留学界的“成城学校事件”。成城学校是专为中国学生而设的军官学校预备班，吴敬恒奉两广总督之命，带领速成师范学生到日本留学，其中9人拟入成城学校，清驻日公使拒绝保送。吴向公使抗议，被召日警驱逐出境。吴敬恒回国船中和蔡元培相遇。
两人“大谈立宪之不可成，皆知革命之不可已”。7月10日船抵上海，中国教育会同仁发起欢迎大会。会中决议由教育会自设学校，自教子弟，毋须赴日本留学。
于是教育会遂有自办学校的计划。
吴敬恒同入南洋公学任教，却因他发生了轰动一时的退学事件。同年10月17日，导火线是一个小小的墨水瓶，引起特班学生牺牲其保举经济特科的资格，相率退学，蔡元培也引咎辞职。而原因是吴敬恒和校方发生冲突，有十数名学生遭开除，吴亦辞去。
这个事件对清末学界的影响无比重大。蔡元培和吴敬恒、章太炎、蒋维乔等，便在中国教育会的二楼成立“爱国学社”，社员55人，都是南洋公学的退学生。
学社社员劝其姊妹就学，自此女校学生渐多。爱国学社成立后，蔡元培等几个具有进步和革新思想的人士，从此与一群热情奔放的青年学子日夕相处，彼此间互相影响，言论和思想都有了急剧的发展，不久便激起更大的浪潮，震撼了上海甚至整个中国。