2000年11月23日，经过近一年的调查，国务院“11·24”特大海难事故调查处理领导小组公布了事故结论，并在《人民日报》（第二版）上发表了《认真汲取“11·24”特大海难事故的沉痛教训》的文章，向社会披露了事故调查过程和原因：
1999年11月24日，山东航运集团有限公司控股企业——烟大汽车轮渡股份有限公司（以下简称烟大轮渡公司）所属客滚船“大舜”号轮，从烟台驶往大连途中在烟台附近海域倾覆，造成282人遇难，直接经济损失约9000万元。党中央、国务院、中央军委对此十分重视，江泽民总书记于11月25日作了重要指示，并于11月26日亲自主持中央政治局常委会专门听取了汇报，对事故的善后和调查处理工作作出了明确指示。朱镕基总理等领导同志对事故调查处理工作也作了重要批示。吴邦国副总理代表党中央、国务院亲临事故现场，对遇难者家属和生还人员进行慰问，指导善后和调查处理工作。
根据中央领导同志的指示和《国务院关于特别重大事故调查程序暂行规定》（国务院第34号令），国务院及时成立了以国家经贸委副主任石万鹏同志为组长的“11·24”特大海难事故调查处理领导小组。领导小组在山东、辽宁、吉林、黑龙江、江苏、安徽、湖北、四川、广东、江西、内蒙古、浙江、河南省（区）党委、政府和烟台市委、市政府，以及国家经贸委、交通部、监察部、公安部、全国总工会和海军、济南军区等方面的大力支持下，千方百计打捞遇难者，积极稳妥地进行了事故善后和沉船打捞工作，对事故展开了全面深入的调查。领导小组精心组织了“大舜”号轮的打捞工作，在山东省、烟台市提供的有力的工作条件和后勤保障基础上，交通部选调最好的打捞队伍和设备进入现场作业，“大舜”号轮于6月1日被打捞出水。领导小组在大量调查分析的基础上，对打捞出水的“大舜”号轮进行了全面的勘察取证，组织专家反复研究认定：“11·24”特大海难事故是一起在恶劣的气象和海况条件下，船长决策和指挥失误，船舶操纵和操作不当，船载车辆超载、系固不良而导致的重大责任事故。烟大轮渡公司等有关单位安全管理存在严重问题，对这起事故负有重要责任。
为了严肃党纪政纪，教育干部，维护国家和人民的利益，依据有关规定，经党中央、国务院同意，有关责任人员受到了严肃处理。烟大轮渡公司总经理高峰、副总经理于传龙等4名责任人员被开除党籍、开除公职，并依法追究刑事责任，山东省省长李春亭、交通部部长黄镇东等13名领导干部和有关人员受到相应的纪律处分。事故发生后，李春亭、黄镇东、韩寓群、洪善祥4位同志曾多次作了诚恳的检查，请求党中央、国务院给予处分，并以实际行动改进自己的工作。党中央、国务院对“11·24”特大海难事故作出的处理决定，体现了党和政府保护人民生命财产安全的鲜明立场，体现了实事求是的科学态度。
“11·24”特大海难事故发生后，江泽民总书记要求领导小组在尽最大努力做好救援和善后工作的基础上，要认真地查清事故的原因，总结经验教训，举一反三。
“11·24”特大海难事故的原因是多方面的：
一、气象、海况恶劣是事故发生的重要原因
烟台市受西伯利亚强冷空气影响，从24日中午开始，偏北风逐渐增大到7～8级，约17时后风速急剧增大，阵风10级；气温从24日14时8.2摄氏度降至25日8时零下1.3摄氏度，下降约10摄氏度。当日正值农历十七，23时为天文大潮高潮潮时，实际潮高4.09米，比预报的2.48米高1.61米。受风浪和大潮影响，沿岸雕塑倒塌，路边石条等严重移位。事故附近海域不受遮蔽，实际风力和浪高更大，异常超出预报，实测为偏北风9～10级、阵风11级，浪高5.5～7.5米。在寒潮降温、大风和大潮的共同作用下，24日中午以后烟台沿海出现了1991年以来第二个最恶劣的气象、海况，致使“大舜”号轮遇难，并给施救带来极大困难。同时，也使当日在渤海湾航行的客滚船“银河公主”和货船“漩达”等船舶遇险，“中鲁”、“工友”、“生生”等客滚船被迫返航或使航行时间大幅延长。
二、船长决策和指挥失误，在紧急情况下船舶操纵和操作不当是事故发生的主要原因
1.“大舜”号轮在开航前收到当天烟台气象台发布的寒潮警报，但船长在对这一季节性恶劣气候的形成和影响缺乏足够认识和准备的情况下，就指挥船舶开航出港，在离港后不到2小时遇大风大浪即认为难以抵御，又匆忙指挥船舶返航避风，导致掉头返航过程中，船舶大角度横摇，舱内车辆及其货物倾斜、移位、碰撞，使汽车油箱内燃油外泄，汽车相互撞击摩擦产生火花而引起火灾，进而导致通往舵机间的控制电缆烧坏，舵机失灵。
2.关键时刻没有启用应急舵。经对“大舜”号轮打捞后的现场验证，从C甲板尾部左右物料间各有一条通道可以通往舵机间，且该通道当时并未受到大火影响。但是，“大舜”号轮船员及烟大轮渡公司的有关人员认为，只有经过D甲板汽车舱的通道才能通往舵机间，由于该通道被大火封堵而无法进入，因此在舵机主控系统失灵、船舶失控的关键时刻，没有派人进入舵机间启用应急舵。
3.船长采取向右掉头措施，并企图返回烟台港，船舶掉头后因风压造成船位进一步大幅度向下风漂移，使该船处于只有采取接近横风横浪航行才能返回烟台港的困难和危险境地。
4.船舶失火后，在没有探明火情的情况下，盲目打开D、C甲板压力水雾灭火系统。在灭火过程中，除打开所有高压水雾灭火系统外，还长时间使用4支消防水枪往船舱灌水，因排水不畅，造成舱内大量积水，形成自由液面，船舶稳性被破坏。
5.C甲板汽车舱前后汽车升降舱道门在开航后一直未关闭，且艉部的一个通风筒也未能关闭，加大了D甲板汽车舱与外界的空气流通，加剧了火势蔓延。
6.船长对船舶倾覆可能性及其严重后果估计不足，未及时宣布弃船，也未组织旅客重新回到甲板，致使船舶倾覆时多数旅客被扣在舱内。
三、车辆超载、系固不良是事故发生的重要原因
1.“大舜”号轮所载车辆中，经核实的34辆载货车的总额定载重量是225.5吨，实载487.6吨，为额定载重量的2.16倍。其中33辆载货车超载。
2.经对打捞起的沉船进行验证：C甲板汽车舱甲板地铃350个，其中327个完好无损、14个受外力切割、9个变形，舱内所载14辆汽车无系固痕迹，前舱右侧舱壁两旁系固索具排列整齐；D甲板汽车舱甲板地铃357个，其中325个完好无损、30个地铃无铃无环、2个变形，舱内47辆汽车无系固痕迹。由于C、D甲板汽车舱所载车辆没有得到有效系固，造成车辆及其货物因船舶大角度操纵和大风浪航行颠簸、摇摆而发生倾斜、移位、碰撞，进而引发火灾，导致舵机失灵、船舶失控。
四、烟大轮渡公司等有关单位安全管理存在严重问题是事故发生的重要原因
1.烟大轮渡公司安全管理极其不力。
（1）没有结合渤海湾海域不同季节的气象和海况等自然条件，制定严格的企业内部管理规章制度，尤其是没有制定客滚船在冬季大风浪条件下的安全航行规定，没有针对船员和管理人员素质低的状况进行安全生产培训教育，没有落实国家有关客滚船安全运输的一系列法规和规章。对所经营的老龄客滚船（公司经营的9艘客滚船全部是老旧船）的事故风险认识不足，未能充分认识到客滚运输所面临的重大事故风险和可能对社会造成的严重后果，片面追求经济效益，长期不解决船员疲劳作业、精力不足的问题。
（2）领导班子成员的专业技术结构和水平不适应客滚运输的需要，特别是领导班子不重视安全管理。领导班子成员不懂船舶驾驶，主管安全和海务监督业务的海监室主任长期空缺，副主任和监督员都无客滚船舶的驾驶资历，无力指导这些船的航海业务。11月24日上午，公司对收到的寒潮大风警报没有引起足够重视，未调整“大舜”号轮当天的航次任务，在“大舜”号轮遇险过程中，没有为船舶提供有力的技术支持和指导，特别是在接到“大舜”号轮船长要求调头返回烟台避风的关键时刻，没有及时为船长提供明确的指导意见。
（3）对长期存在的车辆系固不良等事故隐患整改不力，船舶多次违规装载问题被有关部门查出后仍然没有整改，致使船载车辆移位、相撞和翻倒的事故隐患频繁发生。特别是1999年10月17日“盛鲁”号轮发生1人死亡、1人失踪、50多人受伤的重大沉船事故后，交通部为此专门在烟台召开了两次现场会议，对其提出了严厉批评和明确要求，而烟大轮渡公司仍然没有采取有效措施进行整改。
2.山东航运集团公司作为烟大轮渡公司的直接上级单位，对安全生产重视不够，管理不力。
（1）未正确处理安全与效益、安全与发展的关系，对烟大轮渡公司安全生产规章制度不健全、管理力量不足、技术力量薄弱等问题重视不够，对其船舶违规装载等问题长期失察，对船载车辆长期存在的系固不良问题纠正不力。
（2）对烟大轮渡公司领导班子考核不严，配备不当，管理不力，未根据专业需要选配合适人员，致使领导班子长期缺少具有航海实践经验的成员，不能对客滚运输实施有效的安全管理。
（3）对1999年连续发生的“大华”号轮失火、“盛鲁”号轮沉没重大事故，没有吸取教训，举一反三。
3.山东省烟台海上安全监督局作为烟台地方港依法实施船舶进出港签证和安全监督检查的执法单位，对烟大轮渡公司船载车辆长期存在的系固不良、违规装载问题，监督检查不力；在“大舜”号轮出港签证时，没有按照有关规定进行认真检查就放行。
4.山东省交通厅作为山东省水上交通行业主管部门和集团公司上级主管单位，忽视客滚运输安全生产，缺乏深入调查研究，未能及时解决安全生产中存在的突出问题；对所属企业重复发生客滚船沉没事故（1997年5月13日“鲁渤渡2”号轮沉没，1999年10月17日“盛鲁”号轮沉没）疏于管理，未采取果断的防范措施。
在“大舜”号轮遇险后，各有关单位及时组织并先后派遣了16艘船舶奋力救助，沿岸也组织了3000多军民千方百计救援，22名旅客和船员生还。但由于海况、气象条件十分恶劣，天黑、风大、浪高、水冷，搜救设备和手段落后，救助船舶抗风能力弱，未能挽救更多的旅客生命。“11·24”特大海难事故的教训是极为深刻的，必须认真汲取，并采取有效措施，加强安全生产管理工作。
1.必须进一步加强对船长的训练和考核，特别要提高其在紧急情况下的处置能力，提高客船、客滚船船长任职资格的标准，并严格持证上岗制度。
2.烟大轮渡公司及其上级单位存在着片面追求赢利的思想，盲目发展生产，经营粗放，管理混乱，重大沉船事故屡屡发生。其他一些地方从事客滚运输的水运企业也不同程度地存在类似问题。为此，必须进一步加强对水上客运的安全整顿，促进企业安全管理水平的全面提高，经整顿仍达不到要求的，要坚决取缔。有关部门和地方各级人民政府要加强对航运企业，特别是经营客船、客滚船水运企业的监督和综合管理。地方各级政府及其各有关部门要从讲政治、保稳定、促发展的高度，认真贯彻江泽民总书记关于安全生产的重要指示，坚持“安全第一，预防为主”的方针和可持续发展的原则，在社会主义市场经济条件下，不能允许只要有钱赚，就可以危及人民的生命安全。
3.要严格限制国外老旧客船和客滚船进入国内运输市场，严禁将其他用途的二手船舶改造为客船或客滚船。要抓紧制定客滚船使用年限报废制度、经营客船及客滚船的企业安全资质标准和市场准入标准。
4.公路运输车辆普遍存在的“三超”（超载、超重、超限）现象，已对道路交通安全和客滚船运输安全造成严重威胁，如不认真解决，后患无穷。目前许多汽车制（改）造商受利益驱动，为吸引客户擅自降低额定载货定额，随意加固、改造车辆，使实际载重能力、尺度与设计额定载重、尺度有很大差异，造成车主逃避规费，助长了车辆“三超”现象。由于车辆运输成本较高，公路收费较多，有的还乱收费，加剧了“三超”。总之，有关“三超”方面的法规滞后、管理不严、监督不力，使“三超”车辆在路上和港口得不到有效查堵，同时现有船舶系固设备难以对“三超”车辆实施有效绑扎。因此，必须对“三超”车辆及其上路、上船问题进行彻底的综合治理。各有关部门应在国务院的领导下，共同对车辆制造改装、载重量核准、路上查禁、港口验放、船上系固等方面进行研究，提出治理方案，并统一付诸实施。
5.要进一步理顺海上搜救体制和加强全国的搜救力量；抓紧更新搜救船舶、设备，并在沿海重要水域配置适应海上人命救助需要的全天候直升机；要完善军地协作的搜救迅速反应机制，确保迅速、有效地实施救助。
6.加快水上交通安全有关配套法规的制定工作，通过立法强制实施船舶、船员及海上旅客运输的人身保险制度和沉船、沉物强制打捞的保险制度，保障旅客的合法权益，促进企业坚持预防为主，加强安全管理，确保人身安全。
“11·24”特大海难事故已经整整一年了，借此机会，我们再一次对事故发生后，在救援、善后和调查工作中作出贡献的人民解放军指战员、职工、渔民以及各有关党政军机关，表示高度的赞扬和崇高的敬意；对282位遇难者表示沉痛的哀悼；对遇难者家属和生还人员表示深切的慰问。同时，我们感到，当前最重要的是化悲痛为力量，总结、汲取教训，举一反三，以搞好安全生产的实际行动，告慰遇难者的在天之灵。事故发生以来，针对全国安全生产的严峻形势，党中央、国务院三次召开全国安全生产电视电话会议，发出了一系列有关文件，并采取了一系列有效措施。各地、各部门和广大企业在安全生产方面做了大量工作。但是安全生产工作任重道远，必须标本兼治，常抓不懈，警钟长鸣。
当前，全国的安全生产形势依然严峻，而且在社会主义市场经济条件下，安全生产工作出现了许多新情况、新问题，我们必须牢记“11·24”特大海难事故的沉痛教训，进一步全面、深入贯彻落实党中央、国务院关于安全生产工作的一系列重要指示，牢固树立“安全第一、预防为主”的思想，按照“三个代表”重要思想的要求，从讲政治、促发展、保稳定的高度，以对国家、对人民、对职工群众高度负责的精神，正确处理安全生产与社会发展、安全生产与经济效益之间的关系。要发扬真抓实干的工作作风，克服官僚主义和形式主义，采取一切有效措施，提高企业经营者和广大职工的安全意识、安全生产知识和自我保护意识，加强安全生产管理，认真整改事故隐患，坚决纠正玩忽职守、违章指挥、违章作业的恶劣行为，改变那种纪律松弛、管理不严、有章不循的不良状况。要加强安全生产监督管理队伍的建设，加强对各类企业的监督检查，要充分发挥各级工会组织在维护职工安全健康方面的重要作用，坚决遏制重大、特大事故的发生，努力减少伤亡事故的发生，保障人民生命财产的安全，保障国民经济持续、快速、健康发展。