2001年5月，山东省烟台市检察院以重大责任事故罪，对在“11·24”特大海难事故中负有重要责任的山东烟大汽车轮渡股份有限公司总经理高峰等4人提起公诉。
山东烟大汽车轮渡股份有限公司总经理高峰和分管安全工作的副总经理于传龙，对公司船舶长期存在的事故隐患，在有关部门和上级多次提出并要求改正的情况下，没有采取有效措施予以整改，而且在收到寒潮大风警报后，也没有引起足够重视，未调整当天的航次任务，致使“大舜”号轮带着事故隐患出航，对事故的发生负有重要责任；海上安全监督员都基军，烟大轮渡公司海监室监督员范世会，在11月24日对“大舜”号轮进行安全检查过程中，违反海上交通法规和规章制度，对检查中发现的车辆没有系固和系固不良等违规行为未予制止，被告人都基军还违章将船舶签证提前交付船方，致使“大舜”号轮带着事故隐患出航，对事故的发生负有重要责任。
2001年11月15日，山东省烟台市中级人民法院对“11·24”特大海难事故的4名直接责任人员重大劳动安全事故、玩忽职守一案，进行公开宣判。
被告人高峰，男，1960年1月出生于河北省唐山市，汉族，大学文化，原系山东烟大轮渡股份有限公司总经理兼党委副书记；被告人于传龙，男，1953年2月出生于烟台市福山区，汉族，大学文化，原系山东烟大汽车轮渡股份有限公司副总经理；被告人都基军，男，1971年8月出生于烟台市牟平区，汉族，大学文化，原系山东省烟台海上安全监督局监督科副科长；被告人范世会，男，1969年8月出生于山东省栖霞市，汉族，中专文化，原系山东烟大汽车轮渡股份有限公司海监室监督员。
1999年11月24日13时20分，山东烟大汽车轮渡股份有限公司经营的“大舜”号客货滚装船，经山东省烟台港航监督签证，由烟台地方港出发赴大连，途中遇风浪于15时20分返航，调整航向时船舶接近横风横浪行驶，船体大角度横摇。由于气象和海况恶劣，船长决策和指挥失误，船舶操纵、操作不当，船载车辆超载、系固不良，产生移位、碰撞，引发火灾，导致舵机失灵，船舶失控，经多方施救无效，于23时45分在烟台市牟平区姜格庄镇云溪村海岸1.5海里海域处翻沉，共有282人遇难，直接经济损失约9000万元人民币。
山东烟大汽车轮渡股份有限公司系山东航运集团有限公司控股的股份制企业，经营烟台至大连航线的客滚运输，集团公司对烟大轮渡公司按直属企业实施管理。1998年10月，被告人高峰始任烟大轮渡公司总经理兼党委副书记，是安全生产第一责任人，对安全生产工作负全面的领导责任；被告人于传龙任该公司副总经理，具体分管生产和安全工作。
根据交通部发布的《运输船舶消防管理规定》第十二条第（四）项之规定，车辆上船后要采取绑、扎等固定措施。中国交通行业标准《客滚船码头安全技术及管理要求》关于客滚船车辆的摆放和紧固规定，车辆必须严格按照船舶汽车舱车辆甲板上的固定位置进行紧固。烟大轮渡公司亦制定了《客滚船安全管理规则》，其中规定上船车辆应严格按三点加固法加固，受恶劣气象因素影响时，应增加链条予以加固。另据交通部发布的《中华人民共和国老旧船舶管理规定》第三条规定，15～20年的滚装船为老龄海船，“大舜”号轮即为老龄海船，该规定第九条和第十四条还规定，水路运输企业应根据购入老旧船舶的技术状况，重新确定技术定额和使用年限，重新核定船舶的航区、抗风等级等。中国港务监督局发布的《客船、滚装客船船员特殊培训考试和发证办法》第六条、第七条规定，凡在滚装客船上任职的船长、高级船员、水手和机工均应完成滚装客船船员特殊培训；在滚装客船上仅对旅客的安全负有责任的服务人员和保安人员等船员也应完成客船船员特殊培训。中国港务监督局还于1997年7月9日发出通知，要求在中国籍海上运输的客船和滚装客船上工作的船员必须在1998年8月1日前完成相应的客船或滚装客船船员特殊培训。被告人高峰身为公司总经理、安全生产责任第一人，被告人于传龙作为具体分管安全工作的副总经理，玩忽职守，安全管理极其不力，未采取有效措施贯彻、执行上述有关客滚船安全运输的法规和规章，虽制定一系列企业内部规章 、制度，但疏于抓落实，致使1999年11月24日当天“大舜”号轮上船员13人未完成船员特殊培训。所属船舶长期存在车辆系固不良事故隐患，船载车辆时常发生移位碰撞事故。自1999年1月1日至同年11月24日，该公司因海上风浪大造成船载车、货损失而向保险公司索赔的案件共63件。1999年10月17日，“盛鲁”号轮从大连开往烟台途中，在风浪中由于大角度转向避让渔船，导致车辆移动、货舱起火、船舶沉没，还致1人死亡，1人失踪和50余人受伤。事故发生后，山东省烟台海上安全监督局向烟大轮渡公司发出通知，强调应对船载车辆采取有效的绑扎、固定措施，防止在航行中移动。交通部及山东省航运集团公司领导亦提出明确要求，船载汽车、货物一定要绑扎、固定，做到车船一体；凡有大风大浪，严禁冒险航行。被告人高峰、于传龙仍未按照上述规定和要求，对车辆系固不良等事故隐患采取有效措施予以整改，船载车辆移位、相撞和翻倒现象仍频繁发生。被告人高峰于1999年11月24日当天收到寒潮大风警报没有引起足够重视，未做出调整“大舜”号轮的当天航次任务的决定。综上所述，被告人高峰、于传龙对特大海难事故的发生负有重要责任。
被告人范世会任公司内设海监室的监督员，负有制止、纠正违章行为的职责；气象不良时，未到离港船舶现场监督车辆加固工作。1999年11月24日，被告人范世会代表烟大轮渡公司海监室负责“大舜”号轮出航前的安全检查，在检查中也发现车辆绑扎不符合公司规定的要求，且未对装载车辆情况进行全程监督，既未提出违章纠正意见，也没有报告公司领导，致使“大舜”号轮带事故隐患出航，亦对特大海难事故的发生负有重要责任。
被告人都基军所在的烟台海上安全监督局监督科的职责是负责签证前的现场检查，根据《中华人民共和国海上交通安全法》、《中华人民共和国船舶签证管理规则》和山东省烟台海上安全监督局《内部管理规则》规定，所有进出烟台地方港的船舶均须经过烟台海上安全监督局值班室签证，只有经现场检查符合《运输船舶消防管理规定》、《客滚船码头安全技术及管理要求》等法律规定的适航条件，并由现场检查人员报告值班室后，值班室才能在船舶签证簿上盖章放行。其现场检查的内容包括船载车辆是否采取绑扎、紧固措施。如果发现有不适航的情况应当予以纠正，如不改正即应通知值班室不予签证。1999年11月24日，被告人都基军负责对“大舜”轮出航前的现场检查。因为当时下雨，值班室为减少船上人员的往返，让都基军捎带事先盖章的船舶签证簿，并嘱咐都基军检查完毕后再交给船上。被告人都基军到达现场后，“大舜”号轮D甲板车辆已装载完毕，C甲板也已装了大半，他发现有的车辆仅塞了木塞，有的未绑扎，但他未按规定予以纠正，仅检查船舶未超载就将签证交给船方，提醒二副周国兴好好绑扎，然后打电话给值班室，告知“大舜”号轮系固良好，没有按照有关规定进行认真检查就予以放行，致使“大舜”号轮带事故隐患出航，对特大海难事故的发生亦负有重要责任。
烟台市中级人民法院在查明事实基础上，于2001年11月15日，以重大劳动安全事故罪分别判处被告人高峰有期徒刑6年；判处被告人于传龙、范世会有期徒刑5年；以玩忽职守罪判处被告人都基军有期徒刑5年。