微生态疗法是促使被破坏或紊乱的微菌落或微生态系，从病理状态恢复到生理的即健康的、自然的生态平衡的一系列医疗措施。
包括：保护调整宏生态环境（洁净的空气、饮用水、营养丰富易消化吸收的食物、适当的阳光、绿色植物等），改善微生态环境（尽量消除和缓解引起生态失调的病理因素和解剖结构异常、建立洁净良好的人工微环境等），提高和增强免疫力和适应性（进行人工自动和被动免疫、适当的运动、合理的营养等），营养的调整（改变饮食结构、用营养物质扶持缺乏菌种等），合理使用抗生素（要小剂量、窄谱、尽量不口服等），微生态制剂即益生菌制剂的使用等6个方面的措施。益生菌制剂的使用是其中最主要的措施。