中医治疗手足口病可取得满意的疗效。手足口病在中医归属于“温病”范畴，是由外感时邪疫毒，内伤湿热蕴结，心火炽盛所致。
中医治疗手足口病大致可以分为前驱期、发疹期及恢复期3个阶段。
在前驱期，患儿主要症状为发热、微恶风、咳嗽、鼻塞流涕，甚至纳差、恶心、呕吐、泄泻等，舌苔薄白，脉浮数，宜清凉解表，疏散风热，多选用银翘散加减治疗。对于手足口病早期以外感表证为主、同时伴有少量疱疹的患者，可以采用托疹透毒外出的方法进行治疗。在发疹期，患儿临床主要症状为口痛拒食，手足皮肤、口咽部出现大量疱疹，局部瘙痒，伴有发热、烦躁不安、夜寐不宁、尿黄赤，大便干结或便溏，舌红、苔多黄腻，脉滑数。治疗以清热解毒、化湿凉血或兼以透疹外出。采用大剂量的清热解毒祛湿药，随证加减。在恢复期，患儿临床表现以阴伤脾虚为主，症见疱疹渐消，伴有身热渐退、口渴、纳差、舌红少津、脉细数，治疗宜健脾助运，生津养阴为主。用沙参麦冬汤、四君子汤等进行调护治疗。除上述内治方法外，还可采取外用药物进行局部治疗。对手足疱疹可用金黄散或青黛散撒布患处，对治疗有一定的辅助作用。清开灵注射液、炉甘石洗剂、金黄散等中成药也可对患儿进行辅助治疗。
预防手足口病除“洗净手，喝开水、吃熟食、勤通风、晒衣被”等预防措施外，可使用中药预防措施：金银花6克、芦根10克、淡竹叶3克、生甘草3克，水煎服，一日两次，连续服用7—10天。3岁以内婴幼儿可减量服用；3～6岁可服用本剂量；6岁以上者可加量服用。