引起手足口病的病毒主要为RNA病毒，抗病毒治疗时可以选用广谱抗病毒药物利巴韦林（病毒唑），用法：口服，10—20毫克/千克·天，分为2～3次；静滴，10—15毫克/千克-天，分为2次，缓慢静滴，每次滴注20分钟以上。不良反应：口渴、食欲减退、乏力、头痛，长期大剂量使用可导致贫血、免疫抑制。注意事项：发病3天内用药效果较好；有严重贫血、中性粒细胞减少或血小板减少、肝功能异常者慎用。
干扰素也可在医师指导下酌情使用，由于干扰素最常见的不良反应为发热，应注意：高热不退、反复发热及有热性惊厥史的患儿应慎用。诊断重型的手足口病患儿，可使用静脉免疫球蛋白，总量2克/公斤，分为2—5天给予。此外，短程糖皮质激素，甚至大剂量冲击疗法可由于重型患儿。对此类患儿，应由医师密切监护，给予综合性治疗。对于口腔疱疹较多，疼痛明显，影响进食的患儿，可口腔局部给予外用重组表皮生长因子，该药具有促进皮肤与黏膜创面组织修复，加速创面肉芽组织的形成和上皮细胞的增殖，从而缩短创面的愈合时间，提高创面修复质量。用法：均匀喷湿创面，每日一次。该药安全，有效，无明显不良反应。