白色念珠菌感染：HIV感染合并口腔念珠菌病的治疗可分局部和全身用药。局部可用2%～4%碳酸氢钠溶液或0.2%洗必泰溶液含漱，每天3次，也可用制霉菌素或克霉唑软膏涂搽，每天6～8次。全身用药可口服或静脉点滴酮康唑或氟康唑，酮康唑口服每次200～400毫克，每天1～2次，氟康唑每次口服50毫克，每天一次。不论局部用药还是全身用药，治疗疗程一般为10～14天，以防治复发。在治疗口腔白念的同时，应进行高效抗HIV病毒治疗，以使其免疫功能重建，免疫功能不能重建的患者常在3个月内复发。为防止复发，常用维持治疗，维持治疗可用局部治疗方法如前述，全身用药为氟康唑100毫克/天，或200毫克每周3次；或酮康唑200毫克每日餐中服用，为提高酮康唑的吸收，须同时饮用酸性果汁如橘汁。
舌毛状白斑：对无症状的毛状白斑可不需治疗，有症状的毛状白斑建议用无环鸟苷800毫克口服，每日5次，疗程2～3周。但白斑在停药后易复发，可用大剂量无环鸟苷维持治疗，与无环鸟苷同样有效的药物有更昔洛韦、Valacyc10vir、Famcic10vir等。应用高效抗逆转录病毒治疗后，毛状白斑也可消失。
与艾滋病相关的牙周病：对艾滋病牙龈炎、牙周炎及坏死性牙周炎要进行仔细认真的口腔清洁。可进行洁治，去除菌斑及牙结石，用0.2%洗必泰溶液冲洗，涂以抗生素或聚烯吡酮碘，注意洁治或刮治时动作要轻柔，因为艾滋病患者常有出血倾向。洁治后用0.2%洗必泰溶液含漱，每日2～3次，每次不少于30秒。以上治疗需要一直持续，直到口腔症状得到控制。艾滋病牙龈炎、牙周炎复发比较常见。患者如伴有疼痛和严重病损，如急性坏死性牙龈炎或坏死性口炎，可用抗革兰阳性菌及抗厌氧菌的药物，如甲硝唑200毫克口服，每日3次，使用7～14天，或用克林霉素300毫克口服，每日3次，还可用阿莫西林/克拉维酸钾口服，一次1片，每日3次，疗程7～14天。
卡波西肉瘤：卡波西肉瘤治疗方法有：放射性疗法、介入治疗、手术切除病灶、二氧化碳激光治疗以及全身给药疗法。具体用法是：对小于1厘米的病损可用液氮冷冻治疗；对数量不多，大于1厘米的病损可用长春碱局部注射，每个病损0.01～0.02毫克，每2周注射1次，共3次。放疗可用剂量4Gy，每周1次，共6周。口腔病变用激光、放疗及长春碱局部注射效果较好，也可局部注射硬化剂。
非何杰金淋巴瘤：用低剂量化疗，甲氨蝶啶200毫克/平方米体表，平阳霉素4单位/平方米体表，阿霉素25毫克/平方米，环磷酰胺300毫克/平方米，长春新碱1.4毫克/平方米，地塞米松3毫克/平方米和粒-巨细胞集落刺激因子5毫克/千克。
复发性口疮：艾滋病病毒感染者及艾滋病患者复发性口疮的治疗包括局部治疗和全身治疗，具体治疗方法如下。局部用药：①用米勒液含漱（配方：氢化可的松60克，制霉菌素20毫升，四环素2克，牯性利多卡因120毫升）；②用0.05%氟轻松醋酸酯油膏与口腔黏膜基质（0ralbase）1：1混合局部涂抹；③地塞米松醑剂0.05毫克/5毫升含漱，每日1～次；④达克罗宁和苯海拉明或2%的黏性利多卡因漱口；⑤病变下注射去炎松0.1毫升/平方厘米。全身用药：①沙利度胺（反应停）200毫克口服，每日1次，共4～6周，然后100毫克，每周2次；②秋水仙碱每天1.5毫克；③重症患者可每天口服泼尼松40毫克，共1～2周，然后逐渐减量。
单纯疱疹：口腔的单纯疱疹病毒感染大多采用无环鸟苷治疗，可制成霜剂局部涂擦，亦可口服或静脉给药。无环鸟苷霜剂局部涂抹每日5次，共5～10天，要尽量早用。艾滋病患者并发单纯疱疹病毒感染均需全身用药，首选无环鸟苷400毫克，每日3次，疗程为7～10天。无环鸟苷疗效好，毒性少，优于其他的抗病毒药，还可以预防生殖器的单纯疱疹病毒感染及复发，很少出现抗无环鸟苷的病毒株。如用无环鸟苷治疗无效，可改用泛昔洛韦，125～250毫克口服，每日3次；或用万乃洛韦0.5克口服，每日2次或1.0克每日1次。对严重和顽固的病例可用无环鸟苷每天15毫克/千克，静脉注射至少7天，如治疗无效，应进行药敏试验。如为无环鸟苷敏感病毒株可用无环鸟苷每天30毫克/千克，静脉注射每8小时1次或60毫克/千克，每12小时1次；也可用万乃洛韦1.0克口服，每日2次；或用大剂量无环鸟苷12～15毫克/千克静脉注射，每8小时一次或持续点滴。艾滋病患者单纯疱疹病毒感染极易复发，复发后应早期用药，越早用药效果越好。对复发病例常用无环鸟苷口服400毫克，每日3次，或口服800毫克，每日2次；或口服泛昔洛韦125毫克，每日2次；或口服万乃洛韦500毫克，每日2次，疗程一般为5天。对免疫功能低下的艾滋病患者也可酌情预防用药，需要口服无环鸟苷400毫克，每日2次；或口服泛昔洛韦125～250毫克，每日2次；或口服万乃洛韦500毫克，每日2次或1.0g，每日1次。
带状疱疹：艾滋病患者带状疱疹感染时疼痛明显，表现为剧疼。建议用大剂量的无环鸟苷800毫克口服，每日5次；严重的病例可静脉用药，5～10毫克/千克，每8小时1次，至少用5天，直到疱疹结痂。等病变消退后，还应继续用药以控制内脏的带状疱疹神经病变。有些患者可以选用糖皮质激素，泼尼松每天60毫克，用7天，然后每天30毫克，持续8～14天，最后每天15毫克，用15～21天。对无环鸟苷耐药毒株可用膦甲酸钠500毫克，每日3次或60毫克/千克，静脉滴注，每12小时1次。如果有新疱疹形成，应该立即用药。对经常复发的患者也可用维持治疗，常用无环鸟苷、泛昔洛韦或万乃洛韦，维持剂量见上所述。