在流行的新古典经济学中，公平是一个价值判断问题，是主观的，而效率则被认为是客观的，在价值上是中立的。因此，从经济学的角度看，效率自然比公平重要，也比公平简单明了。但是，这种看法却是不正确的。与公平一样，效率一词同样也存在着宏观效率、微观效率、静态效率、动态效率、劳动生产率、利润率、帕累托效率、卡尔多效率等不同含义。在许多场合下，效率也并不完全是客观的和中性的，而是与一定的制度和价值相联系的。
首先，像有的学者指出的那样，把经济学与伦理学截然分开的观点是站不住脚的。人们的道德判断和效率评价之间实际上存在着复杂的、常常很不明确的相互影响。就效率评价而言，不仅效率概念本身总要以某种常常有争议的假设为前提，而且，当一个具体的社会安排满足其中一种效率标准时，对它的重要性和意义的评价，也是与道德有关的。比如，被经济学家们普遍接受的帕累托效率就是以个人主义的效用价值论为基础的，因此，按这一标准考察资源配置的效率就可能出现这样荒谬的局面：一种多数人一无所有而少数人却无所不有的状态，事实上也可能是帕累托最优状态，因为改善不幸的多数人的福利可能要降低少数人的福利。以布坎南为代表的主观主义——契约论者对效率标准的看法也颇具代表性。按照他们的观点，根本就不存在客观的可以观察的效率标准如“交易费用”、“生产效率”等，所谓的效率只能用“一致性同意”规则加以定义，只要是“一致同意”的交易就是有效率的。效率在这里被完全看作是一个主观概念。
其次，资源配置的合理不合理总是与一定的目标或价值取向相联系的。一个社会把有限的资源是用于生产黄油还是生产大炮？是用于解决贫困问题还是用于增加资本积累？是用于维护政权的稳定还是用于促进社会的变革？这些问题都不仅仅是简单的技术问题，而首先涉及了人们的价值取向问题。新古典经济学理论只能对已知的目标下资源的分配提供某种答案，但是，正如奈特曾经指出的那样，它却“永远不能解决这样的问题，即是否一个目标与另一个目标相矛盾，而如果是这样的话，哪一个目标又是可以牺牲的”。因此，在遇到朴素竞争的目标产生冲突时，我们就必须放弃“科学的”经济学等级而运用价值优先准则。而由于不同的人有着不同的目标、偏好和价值标准，而且这些不同的目标、偏好和价值标准还因时因地而异，因此，事情就像林德布鲁姆所说的那样，任何资源配置都不能单纯地说是有效的或无效的，一切都要以时间地点和条件为前提。
最后，效率的高低是与成本与收益或投入与产出比较或衡量的结果。但是对于什么是成本和什么是收益的问题，不同历史、文化和制度背景下的人有着不同的认识。原始人的效率不同于奴隶主的效率，封建主的效率不同于资本家的效率，国家的宏观效率不同于企业的微观效率，短期的效率不同于长期的效率，技术的效率不同于货币效率。比如，制造污染的化工厂得到的收益可能造成了被污染企业的成本；耗竭地球资源而增加财富使当代人获得了收益却会造成后代人的巨大损失；工资是工人的收益但却是资本的成本，利润是资本的收益但却是劳动的付出；对于某些特定的地区、企业和个人进行的经济补贴（如对贫困地区、基础产业和失业人群等的补贴）虽然不符合市场短期效率的要求，但却有利于提高宏观的动态的效率，等等。
因此，对于效率同样也不是抽象的、绝对的和永恒不变的，甚至也不完全是客观的。正如有的学者指出的那样，经济增长和效率与自由和公平一样，都是人类信奉或者不信奉的价值观或目标，只不过不同的个人和团体赋予了它们不同的重要性或意义而已。因此，与公平一样，效率也是具体的、相对的和历史的。不能离开经济发展的根本目的，离开了人的主体性，离开特殊的制度属性而抽象地讨论效率问题。需要特别警惕的是，许多人在强调所谓效率的优先性的时候，实际上已经自觉不自觉地把某种特殊的制度属性的效率标准（如利润的最大化、GDP的最大化等）当作了社会普遍的永恒的价值准则；还有些人以效率优先为借口来为现实中出现的种种问题作辩护，如国有资本流失有利于资本的原始积累，腐败是经济发展的润滑剂，经济发展要以牺牲国有企业的工人为代价，收入差距的不断扩大是市场经济的一个规律，保护民族工业就是保护落后，等等。这种脱离开一定的制度、规则和价值规范片面强调效率的做法，必然会损害社会的根本和长远的利益。