一、谷类的卫生
霉菌及霉菌毒素会对粮食产生污染，常见的霉菌有曲霉、青霉等，这些霉菌能产生叫作霉菌毒素的有毒物质，其中毒性最强的为黄曲霉毒素（BI毒素最强）及黄绿青霉素。
为了防止粮食被霉菌及霉菌毒素污染，粮食在贮藏过程中应将其水分降低至14%以下，成品粮（米、面、面条）降至13%以下。粮食周围环境温度应降至10以下，相对湿度应不超过70%。
残留农药对粮食也有污染。谷物在种植时的种子及土壤消毒、生长期田间管理的防治病虫害和除草等使用农药，都会有一定的农药残留。应采用安全的生物防治方法及高效低毒农药，粮谷包装用具不得被农药污染。
粮食的收获常混进一些有毒植物种子，常见的有麦仙翁籽、槐籽（规定不超过0.04%）等，因此要加强田间除草，谷类加工时应认真筛选。
害虫和老鼠是粮食贮藏工作中的大敌，粮谷贮藏害虫常见的有谷象、米象和螨类。粮食贮藏的关键是严格控制水分和温度，加强粮库的卫生管理，要求库房不漏、不潮、能通风、防鼠、低温、低湿保存。
二、豆与豆制品的卫生
大豆等豆类在夏天易遭虫害，因此要加强对仓库的管理和检查；贮存的时间一般不要过第二年的夏天，要做到当年收购、当年加工和食用。
非发酵性豆制品，如豆腐、豆芽及炸卤、熏制、干制的豆制品，可能在加工、销售过程中受到化学毒物及细菌的污染。发酵性豆制品，如豆瓣酱、腐乳等，除存在与非发酵豆制品相同之处外，特别值得注意的是霉菌污染问题。为避免微生物和有毒物质对豆制品的污染，发酵豆制品要选择优良菌种，防止杂菌污染和菌种变异而产生毒素。
三、蔬菜、水果的卫生
肠道致病菌和寄生虫卵可对蔬菜和水果产生污染。当前我国蔬菜栽培主要是利用人的粪便作为肥料，所以蔬菜被肠道致病菌和寄生虫卵污染的情况是很严重的。例如蔬菜、番茄在痢疾传播中占了很大比重，无论是新鲜蔬菜还是咸菜中都可以检出蛔虫卵，即使浓的盐液也不能杀死蛔虫卵。水生植物如红菱（菱角）和马蹄中可能有姜片虫，生吃可能引起姜片虫病流行。在运输过程中蔬菜和水果混运，水果易被肠道致病菌污染，表皮破损的水果更容易被污染。
为了防止肠道致病菌和寄生虫卵对人体造成危害，食用蔬菜、水果要做到：生吃水果、蔬菜要彻底洗净、消毒，不生吃水生植物。
消毒可采取以沸水充分浸泡几秒钟的方法，既能杀死虫卵，又能保持维生素。有些也可用漂白粉或高锰酸钾液浸泡，但是其缺点是有效成分非常不稳定，消毒效果不易掌握，浸泡后还要用冷开水漂洗。另外，还可以用5%乳酸或氯胺T溶液浸泡5min。
制作水果拼盘、冷盘等直接入口食品，要防止苍蝇、蟑螂等害虫接触，避免肠道致病菌和寄生虫卵的污染。
生活污水和工业废水中的有毒物质对蔬菜也会产生污染。用生活污水和工业废水灌溉菜地，不仅可以解决水源和增加肥源问题，而且可以使污水在土壤中进行自然净化，减少河道污染。但未经处理的生活污水中常含有大量致病细菌和寄生虫卵等，会污染蔬菜。经处理的工业废水又有可能含有各种毒物，不利于蔬菜生长，而且会对食用者的健康产生一定危害。为此，在使用污水灌溉菜地前，应先经贮存、微生物发酵、沉淀以去除有害物质再行灌溉。对生食蔬菜、瓜果要采用高架栽培和地下灌水技术，以避免与污水直接接触；在蔬菜收获前3～4周应停止用污水灌溉。食用前要彻底清洗蔬菜、水果，生食的蔬、果要经过消毒。
农药残留对蔬菜、水果也造成污染。为了使农药残留量对蔬菜、水果的污染降至最低，要尽量选用高效、低毒、低残留的农药，注意采摘与施药之间隔有足够长的时间。食用前要清洗浸泡蔬菜、水果，能削皮的一定要削去表皮。