夏王朝灭亡之后，商王朝建立。商族在上古时代的图腾是鸟，与蛇是格格不入的。即使在传说中有了像鸟一样会飞的神蛇，但蛇与鸟形象、习性上的巨大差异使得二者很难调和。神龙也没有很显著的鸟的特征，同样不能取代鸟图腾和神鸟的地位。因而，在商代，蛇的地位比夏代似乎有所下降。在传说中，龙与凤、蛇与凤相对应，大约就是蛇或龙与鸟的矛盾造成的，由多种鸟类虚构的神鸟凤凰，后来长期与龙并列，形成一种新的平衡格局。
（一）蛇在甲骨文和铜器铭文中的形象
商代的甲骨文里有“虫”字，刻写成头部呈三角形的毒蛇的样子，商代铜器铭文中的虫字，也是这种形状，如前面所说的“融”族族徽中两边的虫，就是这样。《说文解字》虫部说：“虫，一名蝮，博三寸，首大如擘指，象其卧形。”蝮正是一种毒蛇，主要生活于北方。辽宁渤海口处有一个蛇岛，岛上蝮蛇特别多，大蝮蛇以鸟为食，小蝮蛇吃蜈蚣。岛上的其他动物如鹰、鼠、海猫等等都不是蝮蛇的敌手。附近的人们以前把蝮蛇称为“小龙王”。商族起源于冀南、豫北地区，对蝮蛇观察、了解较多，所以就把这种蛇的形象，作为蛇类的代表，收在了文字中。直到今天，不少地方还俗称蛇为“长虫”，保留着“虫”字的古义。
“巳”字在商代甲骨文中一般作□“”或□“”。郭沫若认为“字固子字，而按以《支干表》则确在辰字之次，午字之前，位当于第六辰之巳”。“骨文巳字实象人形……故巳实无象蛇之意，巳之为蛇者，其事在十二肖象输入以后。《论衡？物势篇》曰：‘巳，火也，其禽？也。’又《言毒篇》曰：‘辰为龙，巳为蛇。’此为十二肖象见于文献之始。其于古器中据余所见则《新莽嘉量》之‘龙在己巳’巳作□……酷肖蛇形，则知肖象之输入至迟当在新莽时代。十二肖象于巴比伦、埃及、印度、均有之，然均不甚古……其入中国当在汉武帝通西域之时。”这里说的十二肖象即十二生肖，根据现在的考古材料可以确知十二生肖至迟在战国时期就已经出现于中国了。商代虽然还没有十二生肖与十二地支一一对应的材料，但“巳”在“汜”、“妃”、“祀”、“坏”等字中都作□，形状与蛇相似。郭沫若认为“祀字作□若□，殆象人于神前跪祷”，但祀字也有作“□”的，其所从之巳作，不仅像蛇，而且背对“神”，不当为人之跪祷状。到了战国时期，祀字在铜器铭文中或作“□”，右半部无疑是蛇的样子了。而妃字在西周时期的铜器铭文中或作“□”，右半部也是一条蛇。因此，蛇与“巳”的对应，至迟在周代已经出现，甚至可能早在商代，人们在意识中已经把它们联系在一起，尽管在十二地支中还不曾有像蛇的“巳”。
（二）商汤的助手仲虺
商代的第一代国王是汤。在建立商王朝的过程中，商汤得到了两位贤臣的帮助，其中一人是伊尹，一人是汤的左相仲虺。
仲虺是夏代的车正奚仲的后人，当汤率领军队推翻了夏王朝，平定海内时，仲虺作诰。虺是小蛇，用小蛇为名字，说明商代的人们虽然不像夏人那样崇蛇，但还是有人对蛇有着好感。
仲虺的先人居薛，薛地在今山东省滕州市，或许是因为在这一区域内原有比较浓厚的崇蛇风习，所以商代仍有这种传统。
（三）商代青铜器的蛇造型与蛇纹饰
商代的青铜器中有不少采用动物造型和动物纹饰，其中有部分是蛇造型和蛇纹饰。有一些商代青铜器的局部，铸成蛇形，起着装饰、美化的作用。如有的青铜鼎的两耳铸成蛇形。山西省石楼县后兰家沟出土的一件商代后期青铜斗勺，在柄首饰一蛙，蛙的两侧有两条弓身、卷尾的蛇。此外，商代的北方系青铜器中还有蛇首匕、蛇首匙等。这类蛇装饰或蛇与蛙的装饰是北方系青铜器特有的动物题材，可能与我们前面谈到的北狄集团的蛇图腾与蛇崇拜的遗风有关。
商代青铜器的花纹中，有一种蛇纹。过去一直被称为蚕纹。这种花纹中的蛇，头部较宽大，有突出的双眼，身体弯曲，弓背卷尾，有鳞节。有的学者认为，蚕没有眼睛，而且头部与体躯等宽，尾部平直不能上卷，所以这种花纹不应是蚕纹，而应是蛇纹。蛇纹中的蛇与那件青铜斗勺柄首的蛇形状相似，而且也往往对称排列。在商代青铜器繁缛、多样的纹饰中，蛇纹不是主体花纹。一般是对称式排列成带状纹饰，作为主体花纹的陪衬。
在商代青铜器的动物题材中，蛇造型和蛇纹饰所占的比例比较小，并且都是作为点缀和陪衬。这表明蛇在商代已经不像夏代那样被重视，在人们心目中的地位大不如前了。