各地教育行政主管部门正在采取一系列措施，加强对打工子弟学校的管理。一是依据民办学校管理的有关规定，制订审批办法和设置标准，设立条件酌情放宽，打工子弟学校必须符合标准所要求的办学条件，申领办学许可证。对达不到标准的限期整改，到期仍达不到标准的取消办学资格。二是加强对打工子弟学校的督导，规范其办学行为，促进其办学水平和教育质量的提高。
党的十六届五中全会通过的《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》，明确了以后五年我国经济社会发展的奋斗目标和行动纲领，提出了建设社会主义新农村的重大历史任务，为做好当前和今后一个时期的“三农”工作指明了方向。其中提出了保障务工农民的合法权益的问题：进一步清理和取消各种针对务工农民流动和进城就业的歧视性规定和不合理限制。建立健全城乡就业公共服务网络，为外出务工农民免费提供法律政策咨询、就业信息、就业指导和职业介绍。严格执行最低工资制度，建立工资保障金等制度，切实解决务工农民工资偏低和拖欠问题。完善劳动合同制度，加强务工农民的职业安全卫生保护。逐步建立务工农民社会保障制度，依法将务工农民全部纳入工伤保险范围，探索适合务工农民特点的大病医疗保障和养老保险办法。认真解决务工农民的子女上学问题。