现行农业税制沿袭的是20世纪50年代公布的《农业税条例》。施行多年来，在实践中暴露出计税常产与实际常产、名义税率与实际税率、计税面积与实际面积不相一致的矛盾，已经不适应农业发展的情况。农村集体“三项村提留五项乡统筹”的分配方式沿袭了计划经济时期向农民筹集资金的老路子，其最大弊端是按需而征、以支定收、多收有利，必然导致基层部门和组织在农民身上打主意，从而大大挫伤农民的生产积极性。这样的分配体制且不适应家庭承包经营体制和市场经济发展的要求，是农民负担居高不下的深层次原因。
农村税费改革首先要改的就是这一与家庭承包经营体制不相适应的分配体制。按照中央的部署，为规范农村分配关系，我们在税费改革试点中主要采取了三个方面的措施：一是推行以农业税为主的分配方式。通过把农民承担的提留统筹费改为农业税及其附加，把属于农民合理负担范围的“费”改为“税”，将政府与农民的利益关系通过税收体现出来，从而理顺国家、集体和农民之间的分配关系，把农民负担纳入法制化、规范化管理轨道。二是规范向农民筹资的征管方式。由过去的农业税费多部门、多环节征收转变为财政部门一家征收，基层政府及部门既不能以各种名目向农民收费、集资和摊派，也不能随意挤占村级资金、强迫农民以资代劳。在征收方法上，由以往“登百家门、收百家税”的催收模式，改为由粮站在收购粮食时代扣代缴，或由财政部门设立纳税大厅驻始征收，或设立流动征收网点，实行“定点、定时、定额”集中缴纳。三是理顺县乡财政分配关系。根据财权与事权相一致的原则，进一步调整和完善县乡分税制财政体制，明确划定乡镇财政收支范围，建立“以收定支”新机制，从源头上堵住按需而征、随意加重农民负担的口子。
虽然安徽省税费改革试点时间不长，但改革所确立的新的农村分配格局，已初步理顺了国家、集体和个人之间的分配关系，使农村分配开始向法制化轨道迈进，在许多地方已对保障农民利益产生了积极的作用。乡统筹费改为农业税或农业特产税，强化了国家利益，实现了“交足国家的”；实行农业税附加以及“一事一议”政策，规范了“留够集体的”；依法征税，坚决遏制农村“三份”，保护了农民的利益，确保了“剩下都是农民自己的”。同时，新的农税征管模式已经开始实现由简单粗放征收向依法据实征收转变，由上门催收向主动纳税转变，由行政手段征收为主向依法治税转变。农民凭纳税通知单依法纳税，缴钱数目、缴钱项目“一口清”，提高了透明度，增强了基层干部依法行政和农民依法纳税的意识，许多地方出现了农民争缴农业税的现象，大大减少了干群直接摩擦，使乡村干部从要钱要粮的事务中解脱出来，为最终解决农民负担过重的问题创造了条件。
深化税费制度改革，统一城乡税制
现行农村税费制度是一种合法但不合理的制度。20世纪80年代以来，国家出台了不少关于农民负担的法律法规，如1985年颁布的《义务教育法》、1991年颁布的《农民承担费用和劳务条例》、1993年颁布的《农业法》、1998年颁布的《中华人民共和国村委员会组织法》等等，农民负担应该说还是“有法可依”的。农民现行的有法律依据的法定税费负担主要包括：农业税（含地方附加、农业特产税、屠宰税、耕地占用税、契税）、“三提五统”费（村集体提留：公积金、公益金、村级管理费，乡镇政府统筹：农村教育、计划生育、民兵训练、五保户供养、乡村道路建设等费用）、农民“两工”（义务工和劳动积累工）、教育集资（用于农村中小学基础设施建设和危房改造等）以及国家规定的粮食、棉花等主要农产品的定购任务等项。且不说基层政府、部门和单位打着合法税费之名行“五乱”之实，任意重重加码、巧立名目搭车收费、提高基数变相重复征收等种种混乱行为（这正是目前农村税费改革、减轻农民负担的主要内容），单就上述合法税费负担本身来说，就存在不合理因素。
首先，从农业税来看，现行农业税制主要沿袭1958年颁布的《农业税条例》，1988年新开征农业特产税，1994年分税制改革后将农业税、农业特产税划为地方税，20世纪80年代后期农业税逐步由实物形式改为货币形式，直接从农民交售农产品合同订购任务的付款中抵扣。
其次，从“三提五统”费来看，20世纪80年代初，随着“政社合一”的人民公社的解体和乡（镇）政府的建立，明确确立了乡镇政府属于政权组织性质、村级属于农村集体经济组织性质。从法理上讲，政府除依法征税外，无权“统筹”（或平调）任何经济组织或个人的财产，法律法规也明确规定“三提五统”属于集体资金性质，应归集体使用，而实际上成为“二税”性质，几乎全部由乡镇政府凭借行政权权力强行统筹，成为乡镇财政重要的收入来源。从“三提五统”的法定使用范围来看，中小学义务教育、计划生育、民兵训练（即国防建设）均属于全社会受益的典型的全国性公共产品，应由国家财政供给，而五保户供养属社会保障范畴，乡村道路建设应属政府向农村、农业和农民提供的公共产品和服务，这些均为政府职责范围的“分内之事”，却通过“三提五统”的法定方式由农民负担。而在“三提五统”的实际征收过程中，不少乡镇政府擅自提高农民人均收入基数，使法定的“不超过5%”形同虚设。
再次，从农民“两工”和教育集资来看，国家在组织大规模的道路交通、农田水利等基本建设时，应引入市场机制，贯彻按劳分配原则，坚持自愿有偿使用农民劳动力，这既有利于农民增收，又体现了国家对农民劳动付出的尊重。在政策设计和制度安排上必须着眼于全局进行通盘考虑，对我国传统税制进行根本性变革。首先，在农业税制度改革上，应采取国际上通行的做法，实行城乡统一税制，取消农业税和农业特产税及其附加，将其分别并入相应的增值税和所得税之中，使农民作为纳税人取得与其他社会成员平等的纳税权利与义务，使农民在纳税上享受应该享有的平等的国民待遇，使城乡居民获得大体平等的公共服务。其次，取消不应该由农民承担的税外负担。“乡统筹”实质上是人民公社时期旧体制的产物，属于集体资金，它不应该在税费改革中并入“正税”之内，成为“名正言顺”的财政资金，而应完全取消；“村提留”属于村集体所有的资金，也不应并入“正税”之中，应该在村民自治的框架下由村民民主决策予以解决；农民“两工”是计划经济时期大搞群众运动和集体生产的产物，应该坚决取消；至于教育集资等一切摊派、收费、集资都应统统予以取消。必须再次确立“除征税之外，政府不得收取任何费用”和“不经人大批准、政府不得征税”的最高原则。
强化农业税收征管基础，积极改善农业税征管工作环境和条件
（1）继续加大农业税宣传工作的力度。农业税收宣传工作的重点是：农村税费改革中农业税收政策及将要颁布出台的农业税收征管条件和耕地占用税暂行条例。各地要充分利用“税收宣传月”，采取行之有效的宣传形式，广泛宣传农村税费改革政策和农业税收各项征管规定，使社会各界和广大纳税人充分认识农村税费改革的重大意义以及改革的复杂性、艰巨性，牢固树立支持改革、依法纳税的思想观念，为稳步推进农村税费改革，保证农业税收征管工作的正常开展创造良好的氛围和条件。
（2）继续抓好农业税收征管基础档案建立工作。各地要根据农村税费改革和农业税收信息化建设的要求，认真做好农业税收征管基础档案的建档工作。尤其对影响农民负担水平的农业税计税土地、常年产量等要素要调查核实清楚，并建立动态管理制度，及时根据实际情况的变化进行调整。要加强农业税收基础管理软件的开发应用，将农业税收征管基础档案纳入计算机管理。
（3）加强调查研究和理论研究。我国加入WTO和进行农村税费改革试点，农业税收工作面临许多的新的情况和问题。各地农业税收征收机关要从实际出发，认真分析农业税收工作面临新形势、新任务，根据自身优势积极开展调查研究和理论研究，按照与时俱进的要求，研究做好新形势下的农业税收工作。农业税收调查研究理论研究，要具体结合农村税费改革来进行，重点是：①农业税和与农业相关税制的改革问题。②从业农业税种植业与从事二、三产业的农民之间负担不平衡的问题。③农业税与农业特产税征收范围的划分和农业特产税征税环节问题。④农业税负担总额控制问题。⑤如何调整和理顺农税征管体制问题。⑥如何调整农业税收政策以应对加入WTO问题。
（4）要继续做好农民群众的来信、来访处理接待工作。各级农税征收机关要本着对农民群众高度负责的精神和全心全意为人民服务的态度，认真做好涉及农业税收的信访接待和处理工作。对农民群众反映的各种情况和问题，要登记在案，深入调查，切实采取措施，认真研究解决；对一时不能解决的问题，要多做耐心细致的说服解释工作。对农民群众反映强烈且多次上访而一直未得到解决的重要问题，上级征收机关要加大直接查处的力度，并限期整改，保证给农民群众以公正的答复和满意的交代。
适应农村税费用改革的要求和依法治税的需要，推动农业税信息化工作实行农业税收征管信息化，是适应农村税费改革和依法治税的需要，改变农业税收征管手段落后面貌，规范和加强农业税收征收管理，改革农业税收征管体制，转变征管方式的必然要求和重要措施。为加快农业税收征管信息化建设，总局按照国务院领导同志关于加快推进税收信息化建设的重要指示精神，已将农业税收信息化建设纳入《税务管理信息系统一体化建设总体方案》，拟在适当时候制定下发全国农业税收征管信息化方案。各地要认真总结农业税收信息化工作经验，研究做好推进农业税收信息化的有关工作。农村税费改革试点地区要把农业税收信息化作为规范和加强农业税收征管的一项重要措施，列入议事日程，认真筹划。要通过农业税收信息化将纳税人的基本情况以及各种信息资料输入计算机，建立农业税收电子册籍和电子档案，使税源登记管理、税额计算、纳税通知书填开、农业税收会计核算、票证领发和缴销、农业税收决算报表以及文书档案管理等工作全部由人工操作向计算机操作过渡，切实解决基层农业税收征收机关征收人员少，纳税人众多，征管手段落后的矛盾，提高工作效率，保证农业税费改革农业税收重新登记造册和规范征管程序工作的顺序进行。