同治二年（公元1863年）四月初二日，鲍超率军向六安州发起进攻，苗沛霖也包围了寿州，太平军节节败退。初七，曾国荃、彭玉麟率军共同攻克了东关太平军的营垒，接着又攻克了铜城闸。
曾国荃趁胜加紧对天京的合围之势，同治二年（公元1863年）五月十五日，湘军向九洑州发起了进攻，由于遇到太平军的顽强抵抗，湘军遭到了惨重的损失。经过一天激战，双方仍然分不出胜负。这天晚上，湘军乘狂风大作偷袭成功，终于攻下九洑州，从而切断了天京城粮道。
太平军的形势越来越不妙了，李秀成的军队已经损失了十多万人，并且缺粮少饷，再也没有能力组织反攻了。太平军内部人心也开始涣散，很多将士都在怀疑：天国的旗帜到底还能打多久？
六月到九月这段时间，曾国荃率军先后猛攻南京城附近的印子山、上方桥、江东桥、高桥门、七瓦桥等地，最后全部占领了这些军事要地。十月，又派军队进驻孝陵卫。
此时，湘军已经攻陷了天京外围的所有城镇据点，天京城的外援基本都被切断了，真正成了一座孤城。
天京是保不住了，李秀成看在眼里，急在心里，便向洪秀全建议：“目前湘军濠深垒固，天京已经被重重围困，城内粮草告急、人心浮动，外援又难以到达，弃城突围、保存实力才是上策。”
洪秀全愤怒地吼道：“你不要妖言惑众，天国有天父护佑，一定能逢凶化吉。扔下京城给清妖，这不等于朕的天国从此就灭亡了吗？”
李秀成知道天王不忍心弃城，便耐心地劝慰：“陛下，大丈夫能屈能伸。留得青山在，不怕没柴烧。今天虽然暂时丢掉京城，日后我们还可以再夺回来的。”
“住口，大敌当前，你却在这里动摇军心，你还配当忠王吗？朕把全国的兵马大权都交给了你，你就只会出这种馊主意？”
此刻，眼见天京不保的洪秀全已经没有了理智，他完全不能理解李秀成以退求进的策略，反而把他的想法看成是一种软弱无能的表现。
李秀成“扑通”一声跪下，一边流泪一边叩头道：“陛下，天京虽然重要，但天国的命运应在天京之上呀！只要陛下在，就能东山再起，天国就不会灭亡。”
洪秀全一听这话，变得怒不可遏：“朕意已决，朕要和天京共存亡，谁要再提弃城，格杀勿论。”
看着满脸怒容的天王，李秀成的心彻底凉了，如同掉进了冰窟一般。
太平天国的最后一线希望就这样破灭了。
血洗天京城
既然战争不可避免，就让湘军来得更猛烈些吧！李秀成也不是孬种，他做好了和湘军决一死战的准备，静静地等待决战时刻的到来。
天京城自古就是龙盘虎踞之地，太平天国在这里定都后，经过多年经营，城池更加坚固，所以，湘军在攻城时遇到了前所未有的困难。好在天京城里因为粮食不足，部分太平军已经饿得疲惫不堪。不过，他们不会投降，他们要为信仰而战，为天王而战，为太平天国而战。
战斗打响了，空气中弥漫着呛人的硝烟气味，枪炮声越来越密集，湘军的呐喊声越来越近，这个美丽的六朝古都，再次沦为血腥战场。
虽然守城的太平军已经疲惫，但要想攻破有坚固高墙的天京城也不是一件容易的事情。为了尽量减少伤亡，又能尽快攻克天京城，曾国荃决定双管齐下：既对太平军进行政治上的宣传，又进行军事上的打击。
湘军用箭将各种“劝降言论”射进天京城，一时间，天京城内劝降书，宣传资料满天飞。
好不容易争取到太平军将领松王陈德风和李秀成的妻舅宋永祺，可惜，他们的谋反计划泄露，如果不是李秀成力保，就被洪秀全拉出去砍了。
看来，太平军的意志是钢铁打的，即使饿着肚子也要跟着天王和湘军死磕，政治攻势一时半会儿很难见效。
好啊，那就给你们点颜色看看，让你们这群长毛死无葬身之地。曾国荃决定对太平军发动军事打击。
可是，天京城三面临水，一面傍山。当时，全城保留着九座城门，每座城门都有重兵把守，无论哪座城门都不是好啃的骨头。
望着如小山一样高的城墙，曾国荃挠头了，强攻城楼无异于自寻死路，即使最后攻下了天京城，也必定会给湘军造成不可想象的损失，这种两败俱伤的事情，他是不会干的。
看来攻取天京城只能智取，不可强攻！
和诸将商议一番后，曾国荃决定采取挖地道偷袭的策略，争取瓦解太平军，拿下天京城。
在湘军夜以继日的努力下，终于成功挖通了一处地道，并且伸入到了天京外城神策门下，点燃火药引爆后，伴随一声巨响，神策门的城墙被轰塌一片，湘军踏过护城河，蜂拥而入。可等待湘军的是太平军大队人马的围攻，湘军的进攻受阻，不能前进半步，只好又纷纷退了回来。这一折腾，除了空欢喜一场外，还搭上了几百湘军弟兄的性命，一点好处也没有捞到。
不过，湘军没有气馁，继续偷挖地道，试图多找几个突破口，让天京城内遍地开花，太平军穷于应付。
其实，挖地道进攻一向是太平军的强项，他们自然对于如何破解这种进攻，也很有心得。
放眼天京城内，遍地都是撅着屁股、耳朵贴着地面，倾听地下动静的太平军兄弟。只要发现异样，太平军便聚集在一起，等地道打通后，并不急于封堵洞口，而是先放几十个湘军上来送死，然后再注水、施放毒烟。这样，后面成百上千的湘军自以为道路畅通，结果却被困死在地道中，再也见不到第二天的太阳了。
结果，湘军挖地道攻城的策略，没起到多大作用，不仅损兵折将，而且大多数地道被太平军破坏了。
这次，曾国荃棋逢对手，遇到了劲敌，虽然使尽了浑身解数，可天京城还是岿然不动。
两军就这样耗上了，进入了持久战阶段。
可太平军耗不起，因为他们已经断粮很久了，很多士兵都是饿着肚子打仗，再这样下去，恐怕不用湘军来攻，他们便饿死在天京城了。
曾国荃也好不了多少，本来他可以守株待兔，坐等胜利，可有好多双眼睛盯着这块肥肉呢，既然你攻不下来，好，让道，自会有人来攻。可苦心经营多年的曾氏兄弟绝对不允许别人来抢功！
此时，曾国荃在天京城外驻兵攻城已经将近有两年的时间了，结果久攻不下，伤亡人数却在不断增加。曾国荃万分焦虑，恨不得能插上翅膀带领湘军飞进天京城。另外，由于围天京城的湘军一下子增加到五万多人，粮饷渐渐不支，军士只能以喝粥度日，抱怨连天，军心有些浮动。在安庆的曾国藩也为九弟的困境着急上火，只好想方设法，靠拆东墙补西墙来苦撑危局。
而淮军李鸿章和楚军左宗棠都取得了不小的战绩，只有天京久攻不下。顷刻间，朝廷上下非议四起，甚至有人说曾国荃不是能攻克天京的人，应该更换将领。听到这种消息后，曾国荃更加焦虑，彻夜难眠。心中暗骂：这些在朝堂上的人，站着说话不腰疼，有本事你们来攻打天京啊！