让曾国荃意外的是，朝廷还真要派人来攻打天京。当初请求支援，会攻天京，朝廷置之不理，现在眼看天京城就要被攻克了，反倒派人来插一杠子，这不是和自己抢饭吃吗。
原来，李鸿章攻下常州后，江苏各地基本平定，清廷看到淮军闲着也是闲着，还不如前去帮忙，于是，命令李鸿章率兵会攻天京。再说，李鸿章的淮军不是吹的，靠上海巨款装备而成的西洋炮队，在摧城毁墙方面威力巨大，远远强过挖地道攻城的落后办法，所以，清廷对李鸿章的淮军抱有很大的希望。
借他人之力，攻破天京，这是曾国荃死也不能接受的。
眼见费时两年，倾尽自己心血的天京城，就要见分晓了，怎么能让别人这么横插一杠子呢？曾国荃决定苦苦支撑，坚决不借用外力，誓死拿下天京城。
巧的是李鸿章也不想夺人之美，毕竟人家辛辛苦苦攻打了两年之久，再说还有曾国藩这层关系。于是，他找了个借口：盛暑不利于火器充分发挥作用，以便拖延发兵的时间。可清廷却为了尽快拿下天京，消除心头大患，不断催促李鸿章向天京发兵。
湘军忙着进攻天京城，被围困的太平军的情况越来越糟。
不几日，内外交困的洪秀全带着他的天国梦想到了另一个世界。对太平天国来说，顶梁柱的折断，无疑是雪上加霜，天京城内的人心更加不安。于是，李秀成等扶幼天王洪天贵福继位，希望能给天京带来福音。
李鸿章听到湘军攻城地道将要挖通，即将攻破天京城的消息后，为了应付朝廷的一再催促，便派刘士奇炮队及刘铭传、潘鼎新、周盛波等二十七营会攻天京。
外人还是来插手了，虽然是曾国藩的心腹和爱徒，但这对湘军来说，不是什么好消息。曾国藩迅速赶往曾国荃的大营，让曾国荃把雨花台大营看好了，凡是李鸿章的人，统统拦在外面，不给他们接近天京城的机会，因为曾氏兄弟绝对不允许外人来瓜分这即将到手的荣耀。
天京城三面傍水，一面临山，易守难攻，的确是块难啃的骨头，但也不是没有破绽。从地理位置来看，天京城最薄弱的地方应该是东面的陆地。
不过，东面的地形是起伏的山峦，在这些山峦中，钟山靠城墙最近，太平军在钟山最高峰上建了一座“天堡城”的大碉堡。湘军虽然在同治三年正月攻克了这座大碉堡，但在城堡和天京城墙之间还有一段峡谷，湘军依然无法接近城门，只能用炮火轰击城内的太平军，对天京城望洋兴叹而已。
既然高处不行，那就看看低处。在钟山最低处，的确有一条小道可以进入天京城，但太平军在这条道附近也建了一座碉堡，名叫地堡城，把湘军拦在了天京城外。
看来只能从地堡城入手了，湘军经过多次冲锋，终于攻占了天京城外的最后一个据点地堡城。
在两个碉堡中间，有一个点和天京城墙等高的地方，被人们称为龙脖子，这里地势相当险要，不过，却很适合近距离轰击天京城墙。
湘军便在这里架上数百门大炮，狠狠地轰炸天京城墙，配合湘军攻打天京城。同时，在龙脖子山麓与城墙间大量填塞芦苇、蒿草，上覆沙土，高与城齐，为攻城铺平了道路。
丢掉地堡城后，天京城外再也没有可以依靠的堡垒了，连三岁小孩子都知道天京的陷落在所难免。城内这些人都是天国最忠诚的子民，他们没有想过逃跑，因为从跟天王举起义旗的那一刻起，便把一切都豁出去了。他们活着的目的就是为天国多杀几个清妖，死了拉倒。
眼看就要大功告成，曾国荃命令湘军上用炮轰，下挖地道，对天京城发起了总攻。
六月十五日，曾国荃收到李鸿章发来的出兵咨札，他把李鸿章的来信展示给众将：“外人将要来插手攻打天京城的事务了，我们艰苦围城二年，允许他人来分一杯羹吗？”众将齐声道：“不允许，愿尽死力！”
曾国荃不断用这件事激励各位将军，众将发誓，宁可一锹一锹地挖地道，也不借力他人的西洋大炮，于是加紧攻城的步伐。湘军经过夜以继日、一锹接一锹地开挖，终于将地道伸进太平门城墙之下。
城内太平军不会坐着等死，困兽犹斗，他们打探到湘军成功挖通地道后，当夜，李秀成选派一千多人伪装成湘军，冲出城去，企图破坏太平门附近的地道。结果被湘军识破，只得退回到城内，等待结束哨的吹响。
同治三年（公元1864年）六月十六日中午，随着一声山崩地裂的巨响，太平门城墙被炸塌二十多丈，砖石如雨点般纷纷坠落，一时间烟尘蔽日，即使面对面在瞬间都看不清对方的面目，湘军趁乱蜂拥入城。太平军纷纷用枪炮还击，虽然给湘军造成重大伤亡，但依然没能挡住湘军的攻势。与此同时，湘军水师各营会同陆师夺取了水西、旱西两门。
激战到傍晚时分，天京九门全被攻破。天京城内守军与入城湘军展开巷战，都战死在城内，十多万人没有一个投降的。也许在他们被湘军砍掉脑袋的一瞬间，是笑着的，因为他们终于可以魂归天国，享受那没有压迫、没有剥削，平等、博爱的幸福生活了。
死对战败的将士来说，是最好的解脱，当然也包括兵败的太平军。
湘军进入天京后，见人就杀，见财物就抢，见妇女就奸淫。直杀得天京城内血流成河、哀嚎遍野，尸体涌进长江后，几乎使江水不流。湘军在抢光、杀光以后，还不解气，又一把火把天京城烧了。这样，原本一个繁华的天京城，在湘军的铁蹄践踏下，成了血与火的人间地狱。
据曾国藩记载，湘军“分段搜杀，三日之间毙贼共十余万人。秦淮长河，尸首如麻”。清人记载：“天京之役，伏尸百万，秦淮尽赤；号哭之声，震动四野。”所谓伏尸百万，显然有些夸张，不过从侧面反应了这次屠城和对城市的毁坏程度居历史之冠。
这次屠杀是历来南京灾难中最惨烈的一次。屠城、焚烧城后，天京连一棵完整的树都找不到了，更别说是找个活着的人了。
无疑，在湘军的这次屠城之中，最遭殃的莫过于平民百姓。许多平民在这次浩劫中都丢掉了性命。
据载，当时金陵城“尸骸塞路，臭不可闻”。湘军见人就砍，老弱病残也不在话下，只要是喘气的，就一个也不放过。
在这场浩劫中，最受苦的就数女人了，在光天化日之下，她们不仅被撕扯掉所有的衣服，还会被湘军奸淫至死。曾国荃的部下李臣典最热衷于奸淫妇女，这就是一个最好的反面例子。
李臣典当年27岁，风华正茂，他在攻破天京以后大肆强奸妇女，10天之后，竟然因为体力不支而一命呜呼了，真是天下丑闻。而那些侥幸活下来的女子，大多也都被运回了湖南，成了湘军的私有财产。
六月二十一日，全城火势渐渐地熄灭了。昔日繁华的古都，在无情的战火中被毁坏得不堪入目，只剩下满目的断壁残垣。
可见，曾国藩对于自己一手训练的湘军，是鼓励他们纵火杀人的。那么对于抢劫呢？他也是默许的。