首先，李秀成太有威望了。洪秀全死后，李秀成实际上已经成了天国的头号人物，如果放了他，岂不是放虎归山？毕竟谁也不能保证他不会领导几十万仍在各地战斗的太平军继续和朝廷作对。太平军将士对李秀成的拥戴一点不假，《太平天国战纪》记载：松王陈得风本来已经投降了曾国荃，但见到被俘虏的李秀成后，便在他面前长跪请安，泪如雨下，磕头不止。可见，李秀成虽然已经落入了敌人手中，其手下将士仍然非常敬重他，可见李秀成对将士的影响力非同一般。这样有影响的人，曾国藩怎么会放他呢？从这一刻起，李秀成就已经注定难逃一死了。
其次，李秀成对南京之战的方方面面了如指掌，而曾国藩的奏折大都偏离了事实，比如南京城守兵、财富、湘军的烧杀掳掠等问题，万一李秀成把真实情况泄露给朝廷，曾国藩将不可避免地面临灾难。这也是曾国藩杀李秀成的最重要原因。
所以，李秀成虽然写了七万多字的供词，只有两万多字被保存了下来，主要是曾国藩经过了一番删节和修改。
本来，湘军在抓到李秀成后，曾国藩便上奏朝廷：对李秀成是押送到京师，还是在天京正法，咨请皇上定夺。可当他看到李秀成的供词后，便决定不等朝廷的圣旨到来就先杀掉李秀成再说。
1864年8月7日，李秀成被曾国藩在南京杀害，时年42岁。在临刑前，李秀成谈笑自若，毫无惧意，并写有十句绝命诗，尽述他的尽忠之意。
不久，朝廷给曾国藩的上谕中要求把李秀成等反贼押往京城。
无奈，曾国藩只好又给朝廷上了个奏章，解释自己斩杀李秀成的原因，无非是一些怕路途上出现意外等内容。
曾国藩递给朝廷的李秀成供词，删改了其中很大的一部分。朝廷觉察到了这一点，于是，又令曾国藩补上被删掉的部分。
其实，这删掉的部分是曾国藩不愿意让外人知道的内容，如果再补上，当初他就不会删了。这个命令让曾国藩感到左右为难，于是，他只好装聋作哑，在奏折中不提任何有关这方面的事情，好在朝廷也没有对此事做更进一步的调查，他才逃过了一劫。
另外，在天京陷落时，洪仁玕正在湖州，逃过了一劫。1864年8月27日，洪仁玕还是在江西被俘了，10月11日在南昌被清军杀害。
再说，幼天王洪天贵福逃出天京，一路马不停蹄，到达浙江湖州。8月末，他与当地太平军从湖州出走，打算会合江西的太平军后北上中原，沿途却被清军紧追不舍。10月9日，这对人马在江西被清军击溃，洪天贵福只好在附近地区开始流浪。不久，在江西石城荒山之中被清军俘获。11月18日，年仅十五岁的幼天王洪天贵福，在南昌被沈葆祯下令凌迟处死。
至此，太平天国的余部虽然仍然继续战斗，但轰轰烈烈的太平天国运动基本就结束了。其中，湘军无疑功不可没，可以这样说，湘军就好像是一大盆水，把燃遍大半个中国的太平天国火焰生生地浇灭了。同时，湘军也发展到了鼎盛的阶段。
俗话说：十年河东，十年河西。世间万物都逃脱不了固有的规律，物极必反，湘军也一样。
1胜利后的危机
湘军攻下了太平天国的象征——天京，解除了清政府的一大威胁，清政府自然要对有功之臣奖赏一番。
攻克天京的捷报上报朝廷不久，皇上的上谕便到了，赏曾国藩太子少保衔，封一等侯爵，并且是不更替的世袭制；赏曾国荃太子少保衔，封一等伯爵。此外，主将李鸿章被赐予一等伯爵头衔，封李臣典、萧孚泗分别为子爵和男爵。还有，彭玉麟、杨岳斌、鲍超、骆秉章等一百二十多名湘军文武官员都得到加官晋爵。
湘军将领不仅各个都得到了晋升，而且还得到了太平军留下的无数金银财宝。湘军上下人人有赏，真是皇恩浩荡，普天同庆。
通过这场战争，湘军踩着太平军的尸体实现了升官发财的美梦。曾国藩谋划多年的梦想终于变成了现实。
人都是这样，在梦想真正实现的那一刻，自然是万分欢喜，可激动和欢喜过后，感觉不过如此。接下来，就自然会回首那段坎坷不平的道路。
莎士比亚曾说：有人生而伟大；有人因奋斗而伟大；有人则被吹捧成伟大。曾国藩无疑是因奋斗而伟大，他知道，自己能有今天，离不开众多幕僚朋友尽心尽力的帮助，离不开湘军在疆场上的奋勇杀敌。
跟随自己拼杀的湘军将领都拥有了高官厚禄，功成名就了，可有一人始终让他放不下，这个人就是和自己分道扬镳的李元度。
曾国藩为官有一条重要的原则：对于顺应自己的下属，就会多加提拔，而对于忤逆自己的下属，就会严加惩治。李元度遭到曾国藩接连不断的打击就是一个很好的例子。
不过，任何一个为官者都不喜欢不听话的下属，即使这个下属有天大的本事。所以，在官场上，不能锋芒太露，尤其是对自己的顶头上司更要注意，因为有时候你的才能会给他的地位造成一定的威胁，给你穿小鞋就在所难免了。
好在曾国藩没有把李元度逼到绝路上，毕竟同事一场，何况李元度也是有恩于曾国藩的。其实，还有一个更重要的原因，那就是曾国藩历来崇尚理学家的天理良心学说，这就注定他不会把事情做得太绝。所以，曾国藩在同治三年（公元1864年），给朝廷上一密折，希望朝廷批准他对李元度重新任用。
湘军是胜利了，可接下来会发生什么呢？一向多疑的清政府面对庞大的湘军，会坐得那么安稳吗？
太平天国被打败后，湘军的总数达到了30万人，人才济济，汇集了中国军政、科技、文化、教育的精英。曾国藩也成了威震天下、权倾一时的“中兴名臣”之首。然而，在天下基本太平后，清廷时却没有履行咸丰皇帝临终留下的“攻克天京者王”的许诺，反而悄悄地进行着有利于己的“变革”。
以慈禧天后为首的清政府知道物极必反的道理，所以，还不敢直接对湘军怎么的，但总得找个对象开刀，借机敲打敲打湘军，让湘军知道大清的老大还是我慈禧，你湘军还得靠边站。
慈禧太后决定要震一震逐渐狂傲的湘军，她瞄准了权势显赫的议政王——恭亲王，于是，恭亲王便被推在了风口浪尖上，成为了宫廷权力角逐的牺牲品。
这位皇上的亲叔，在辛酉政变中起扭转乾坤的作用，无论是对付“夷人”，还是平战乱，都是屈指可数的功臣。但一道圣旨便把这位为大清江山呕心沥血的功臣推下了谷底。
毫无疑问，慈禧太后利用恭亲王奕得到了大清的第一把交椅，但随着奕地位的不断高升，他的影响力越来越大，引起了慈禧太后的不安。如果能搬倒奕，既少了一个威胁，又能震慑天下所有心怀鬼胎的人，一石二鸟，何乐而不为。所以，慈禧太后准备打这张牌，她要让天下人都知道孤儿寡母不是好欺负的。
于是，慈禧太后利用一切机会对恭亲王进行打击，同治四年（公元1865年）三月初五，编修蔡寿祺弹劾奕，说他揽权纳贿，徇私骄盈。机会来了，慈禧太后自然会紧紧抓住，她严令查办。
手握大权的人想要搬倒一个人，不是一件难事，何况，慈禧太后处在权力金字塔的最顶端。七天后，就以恭亲王目无君上，免去议政王和其他一切职务。后来，朝中大臣求情，慈禧太后才允许他在内廷行走，并管理总理各国事务衙门，但还是免去了议政王职务。
从此，官场上的奕开始走下坡路，直到最后郁郁而终。