反对“因袭”和“抄袭”
傅斯年学业殊优、才高一世。早在北大求学期间，胡适就是他的先生。胡适后来回忆说，他进北大教书的时候，不敢不加倍用功，因为他发现学生中有学问比自己强的，傅斯年便是其中之一。作为一位才华出众的五四青年，他对中国大学教育有较为深刻的认识，内心也积聚着一股强烈的变革冲动和理想。
到台湾大学任职之后，傅斯年曾写过一篇影响很大的长文，题为《中国学校制度之批评》。这篇文章比较集中地体现了他关于大学教育的主张。文章追忆了他在北京大学代理校长任内，事实和理想如何刺激了他的思想，如何酝酿了写七八篇论大学的文字的想法而困于现实无法实现。他说：“每天为现实逼迫着，我怕久而久之，理想忘了，须知现实每每是消灭理想的。”这可说是他当时一种无奈心境的表现。但是，现实固然会消灭理想，亦可激发实践理想的冲动与努力。同样是在这篇文章中，傅斯年大声疾呼：“我们不可再不问不思的一味因袭旧脾气，因为实在因袭不下去了……我用我相信的道理办台湾大学，因为办台湾大学，想到中国整个的学校制度。”哪些是不可因袭的旧脾气？傅列举了“科举遗毒”、“官样文章”、“惟名主义”、“拖延困难主义”等等。傅斯年不仅痛加批判以升学为唯一目的、变相科举式的中国近代以来的学校制度，也对学校教育中的“抄袭外国”深表不满。他认为，“抄袭”是不用花气力的，随随便便，越是外国的短处越是容易学，而“模仿”则不然，“模仿”需要消化，需要用深心。在傅斯年看来，日本是“模仿”，而中国只是在“抄袭”！如何去“模仿”，去学习？“我以为学外国是要选择学的，看看我们的背景，看看他们的背景。……完全求合于当前的环境，便不能促成进步，完全是理想，便无法实行，当然混合一下才好。”欧美的大学有的长处是无法学的，有些长处则可以学。英国式办学“认真而又实践，节用而又收效”；美国高校“新的规模，生动的气魄”；德国重视研究与学术等等都是应该学的。“大学要尽量成一‘乌托邦’，说的硬些，与社会脱离，庶可以不受旧社会的影响，而去创造新社会，但这话终是写意的笔法。大学不能脱离学校系统，脱离社会，犹之乎一人不能脱离了人群。”同样是在这篇论文中，傅斯年对大学与专科学校之关系的观点与蔡元培颇为接近。他认为，大学是以学术为本位，专科是以应用为本位；大学的教学必然与专科大不同，而中国的专科好摹仿大学，这是无益的，同时多数大学的多数部门也不过是专科程度，偏又不能做到专科学校的实践性。
傅斯年办台湾大学，尽管有时也免不了要向“现实”妥协，但他仍不愧是一个能够不遗余力地去实践自己所“相信的道理”的教育家。他执掌台大仅仅两年的时间，就使得有“五朝老底”（日据时期、前三任校长及一代理校长）之谓“混乱不堪”的台大发生了重大的变化。这一变化产生的影响，在今日的台湾大学乃至整个台湾大学教育界仍然可以感受到。无怪乎吴稚晖在悼傅斯年逝世的挽联上这样题道：“真正校长，主持大学，孑民外一人。”傅斯年对台湾大学教育的功绩是不可否认的。
重视教授
傅斯年在北京大学代校长任内，曾顶住来自各方面的压力，拒聘“伪北大”的教职员，“为北京大学保持一个干净的纪录”，此事在当时影响是很大的。
傅斯年任台大校长后，一些有着什么“委员”、什么“长”……头衔的人希望能在台大兼职或任教，几乎全被拒绝。还有一位“名贤”的后裔，总想到台大执教鞭，傅斯年坚决不聘。拒绝的原因当然是他认为这些人不够格。不仅如此，接任校长之初，他发现一位好友兼老友的弟弟教书不理想，亦劝此人自动辞职。傅斯年吝啬于教师、研究人员称号的给予一向是出了名的。早在抗日战争前后，不论是他担任中山大学文学院院长兼历史、中文两系系主任，还是任蜚声中外的历史语言研究所所长，或是代理北京大学校长，熟悉傅斯年的人常告诫求职者：名人的推荐函与求职者的求职信并无区别，如果“名人”是军政界的，常常适得其反，关键是拿出过硬的学术成果。傅斯年自己亦曾在台大校刊上公开剖白：“我对请教授，大有来者拒之，不来者寐寤求之之势，这是我忠于职守应尽的责任，凡资格相合，而为台大目前所需要者，则教育部长之介绍信与自我之介绍信同等效力；如其不然，同等无效。”
早在1932年，傅斯年在《改革高等教育中几个问题》一文中就提出：“大学以教授之胜任与否为兴亡所系，故大学教授之资格及保障皆须明白规定，严切执行。”但遗憾的是，“今之大学，请教授全不以资格，去教授全不用理由，这真是古今万国未有之奇谈。只是所谓‘留学生’，便可为教授，只是不合学生或同事或校长的私意，便可去之。”对大学教授资格的申请或任用，傅斯年建议设立一个由著名学者专家组织的“大学教授学绩审查会”，对申请者的学术著作进行评审。凡确认有教授资格并为大学所聘用，则受《大学教员保障条例》之保护，大学当局如不能据实指明其不尽职，不能免其职。为避免“一审定终身”，任何人三年内在学术上没有新贡献、新成果，则自动失去其被保障的权利。傅斯年认为只有大学教师是合格胜任的才谈得上“学术独立，学院自由”乃至“大学自治”。如非首先严格师资条件就贸然赋予大学教师种种特权，则“无异委国家学术机关学氓学棍之手，只是一团糟，看他们为自身的利益而奋斗，而混乱而已”。此话可谓至理名言。对于合格、称职的教师，傅斯年一直是优厚有加，在许多场合亦一再呼吁调整提高教职员待遇，使“得足以仰事俯畜，然后才能用心教学”。
教育兴国思想
每一个时代的知识分子都有自己的使命，而对于这种使命的态度和担负的责任是评价具体人物的基本标准。中国近代是中国人民灾难深重的时代，因此救国是中国人民最迫切、最艰巨的使命，知识分子在这种神圣使命中充当什么角色，担当什么责任，是每个知识分子所必须认真考虑的。具体到怎样救国，依靠什么救国，则是一些有识之士积极思考和认真探索的。当时无数的志士仁人积极探索救国救民的道路，其中有些人士认为，中国之所以落后和贫弱，屡遭列强侵略，主要是民众文化素质低，科学技术落后，其根本原因是教育落后，只有借鉴西方先进国家的经验，发展中国新式教育，培养人才，提高国民素质，发展科学技术，才能使国家走向强盛。这是救国的基本途径。这部分人的代表人物是蔡元培、胡适、黄炎培、张伯苓，傅斯年也是其中有代表性的一个。傅斯年早在大学读书时代就确立了献身教育的志向，决心走教育救国的道路，他不止一次地强调要以教育学术作为自己终生献身的领域，以教书匠了其一生。
傅斯年是20世纪三四十年代教育救国论的中坚分子。他认为，当时的中国民众由于长期受专制政权统治，所以缺乏社会责任心，他曾沉痛地说：“我以为中国人的无责任心，真要算达到极点了。”而由于文化素质太低，无法进行正常的社会生活，所以没有能力担负建设国家、促使国家强盛的责任。他指出：“盖中国人本无生活可言，更有何社会真义可说。若干恶劣习俗，若干无灵性的人生规律，桎梏行为，宰割心性，以造成所谓蚩蚩之氓；生活意趣，全无从领略。犹之犬羊，于己身生死地位、意义，茫然无知。此真今日之大戚也。”他指出要救国必须首先唤起民众，改造国民性，提高民众的基本素质和爱国热情，要达到这个目的，只有教育最为有效。他从青年时代决心献身教育事业，一生无悔无怨，实践他教育救国的理想，正因为如此，他作为教育家来说，没有注重探讨教育的具体理论和方法，而是一直追求教育的社会效果和目的，时刻注意的是为社会培养和输送有用的人才。他心目中的有用包括两方面的内容，即有爱国主义思想和有科学技术知识，其中最重要的是具有爱国的思想。他在抗战期间曾检讨教育说：“新教育之表现其力量，这里所谓新教育，专自清末以来之新制而言，尤其着重‘五四’以来之开明运动，近几年中之民族主义教育。在今天，回想我们在小学时代，真正是两个世界了，现在的青年，以考上空军学校、炮兵学校为荣，尤其是在好家庭中之青年，有此志愿，至于一般老百姓，爱国心之发动，更可以看出时代的转变。诚然，受新教育者尚有不少的人去做汉奸，可见在教育上还要努力。但是以百分比例算去，可见目下的局面出在二十年前，或十年前，汉奸要多好些倍。”傅斯年最为关注的是新教育对于提高民众素质和抗战救国起了作用，产生了良好的效果，他对此深感欣慰。可以说，傅斯年从事教育活动的主要目的就是爱国、救国、动员全国人民努力奋斗，使中国摆脱受帝国主义侵略和奴役的地位，最终走向独立和富强。他一生为此努力奋斗，做出了重要贡献。
傅斯年之所以选择走教育救国的道路，主要与以下几方面因素有关：第一是时代文化的影响。傅斯年在北大读书期间正是中国文化的变革时期，西方文化大量涌进，经过中国先进知识分子的吸收、阐发，在中国形成了强大的思想潮流，而北京大学由蔡元培担任校长，成为新文化传播的中心。
蔡元培、胡适、陈独秀、李大钊等人大力宣传西方文化教育，批判传统文化教育和封建制度，提出对社会改革的设想，这些都对傅斯年这批青年学子产生了深刻的影响。傅斯年的同学好友何思源曾叙述他当时的思想转变状况说：“我既听过李大钊、陈独秀的马克思主义，也听过胡适的实用主义；既听过刘师培、黄侃的‘国故’，也听过梁漱溟的佛学和孔学。但我既不主张共产，也不赞成复古，对佛学更无兴趣，我只是从爱国主义角度出发，考虑祖国富强的问题。”大量史实证明，傅斯年与何思源及其他们那一代知识分子中的许多人所探索的都是这一个主题，并且得出的结论几乎相同，那就是用教育振兴国家。正如有的学者所指出的：“在十九世纪九十年代的第一代知识分子同二十世纪初的第二代知识分子之间，尽管存在着许多差异，但这两代知识分子中大多数人专心致志的却是一个有着共同特点的课题，那就是振兴腐败没落的中国，只能从彻底转变中国人的世界观和完全重建中国人的思想意识入手。如果没有能适应现代化的新的世界观和新的思想意识，以前所实行的全部改革将徒劳无益，无济于事。这种观点与那些强调政治权力、社会条件或经济生产方式的社会改革思想相比，则是强调思想和文化的改革应优于政治、社会和经济的改革。”当时的时代潮流促使傅斯年等人决定将教育做为终身职业。
第二是社会现实的启示。傅斯年曾经积极参与新文化运动和五四运动，因为走出了书斋，走出了课本，参与了社会活动，所以他对社会有了更多的认识和了解。在了解和认识社会的过程中，他深感民众是社会的主体，但他们的文化素质太差，因而难以承担救国、强国的历史责任。因此，社会状况使傅斯年那一代知识分子中的许多人认清了自己的使命和责任，走上了教育救国的道路。
第三是持教育救国论的老一辈教育家的影响。傅斯年献身教育之志向的确立与老一辈教育家有着密切的关系，其中最主要的是蔡元培、胡适等人。蔡元培是一位学贯中西的学者，又是教育救国论的倡导者和实际领袖，他任北京大学校长期间，实施“思想自由，兼容并包”的方针，提掖年轻后进。