傅斯年，山东聊城人，生于1896年3月26日。
傅家是山东西北一带的名门望族。明末清初，傅家出了一个傅以渐，1646年中进士，殿试一甲第一名，成为清王朝开国第一名状元。他累官至武英殿大学士、兵部尚书。傅以渐以后，傅家举人、进士辈出，任封疆大吏，布政使、知府、知县者更有多人。书香门第一直维持到清朝末年。
到傅斯年的祖父傅淦时，家境出现衰落的迹象。傅淦，幼负才名，博通经史，1861年，他17岁时即被选拔为贡生。他似乎淡泊名利，既没有参加朝考，也没有出仕。傅淦的父亲（傅斯年的曾祖父）傅继勋，多年在安徽做官，官至布政使，李鸿章是他的门生。李鸿章署理直隶总督时，曾请傅淦到天津去，大约意在给他安排个官职。傅淦到天津时，可能正赶上李鸿章政务繁忙，未能即时召见。他认为李鸿章有意慢待，便于次日不辞而去，自此靠在家乡教私塾和卖字画糊口。傅淦的妻子陈梅是江西巡抚陈阡（山东潍县人）之女，结婚时陪嫁甚丰。傅淦生活困难时，就靠变卖妻室陪嫁度日。
傅斯年的父亲傅旭安，1894年顺天举人，有文名，任山东东平龙山书院院长。1904年，殁于任所，时年39岁，当时傅斯年9岁，其弟傅斯岩7个月。上有老（傅斯年的祖父母）下有小（傅斯年兄弟二人），一门生活全靠傅斯年的母亲李太夫人操持。幸赖父亲傅旭安的众门生，聚资生息供一家生计之用。
傅斯年虽然出生在世代官宦书香家族，但他幼年时期过的却是清苦生活。青少年时代的穷苦生活，使他能比较深刻地理解社会，理解世事人情。在一次闲谈中，有人曾问他怎么懂这么多人情世故，他说：“吾少也贱，故能多鄙事。”
从6岁到9岁，傅斯年在离他家不远的一个私塾读书。10岁到13岁，在东昌府立小学堂读书。这七八年里，都是白天去学校，晚上由祖父在家课读。祖父、母亲对傅斯年读书都是严格要求，加之傅斯年天资聪颖，勤奋努力，在11岁时就通读了《十三经》。
1908年的冬天，13岁的傅斯年跟随父亲的学生侯延塽去天津，考入天津府立中学堂读书。在校4年，1913年夏，考入北京大学预科。1916年升入本科，1919年北京大学毕业。
在北大的几年，是傅斯年思想大变化的时期。这个时期，中国学术界有权威、有影响的大师是章太炎。他的大弟子刘师培、黄侃都在北大教书。他们都很器重傅斯年，希望他继承章太炎学派的衣钵，傅斯年读的是古书，接受的是中国传统文化思想，“最初也是崇信章氏的一人”（毛子水）。1916年11月，蔡元培出任北大校长，提出“兼容并包”的办学方针，先后聘请陈独秀、李大钊、胡适等人到校任教。蔡元培的思想是新的，他曾出国留学，受西方思想影响很大。当时北大文科是章太炎国学派的天下，“兼容并包”实质是支持新派反对旧派。傅斯年接受胡适的思想教育，尽弃旧学，接受新说，在北大创立新潮社，出版《新潮》月刊。他参与了五四运动，他自己说：“‘五四’那天上午我作主席，下午扛着大旗到赵家楼，打进曹汝霖的住宅。”
北大毕业后，傅斯年考取山东官费出国留学，先到英国，入伦敦大学，学习的学科有心理学、物理学、化学、数学等。1923年由英国去德国，入柏林大学，修习物理学和比较语言学。
傅斯年于1919年冬出国，1926年冬回国，先后在英国、德国留学7年。从他学习的学科看，涉及的面是比较宽的，而且多属自然科学，没有历史学。但从傅斯年已有的深厚的中国文史知识基础上来评价，可以知道留学对于他后来对中国传统文史的整理是有好处的。他所学的是科学理论和科学方法，正像他的朋友罗家伦所说：“他有了许多科学的方法和理论，又回头发现了他自己曾经储藏的很丰富的中国历史语文的知识，在此中可以另辟天地。”罗家伦述说他们“这群人的学术心理”里，有一种“先博后专的风气。因为当时大家除了有很强的求知欲外，还有想在学术里求创获的野心，不甘坐享现成，要想在浩瀚的学海之中，另有会心，‘成一家言’”。人们完全可以从罗家伦的话里理解傅斯年在欧洲求学时学得如此广博的原因。他是在求治中国学问的理论和方法。没有材料说明他在德国学历史，但知道他读书很博，他一定也读了一些历史学的书。他的“史料即史学”思想就是从当时风行德国的兰克学派接受过来的。
1926年冬，傅斯年回国。先返乡里省亲，随后即去广州中山大学任教授。他担任文学院院长，还兼任历史、国文两个系的系主任。同时还创办了一个语言历史研究所。
1928年，中央研究院成立，傅斯年应聘任历史语言研究所所长。“他襄助院长蔡元培先生筹划院务。院内一切制度的确立和各种方案的制订他都贡献了不少意见，后来中央研究院的发展扩充，他有很大的功劳。”
傅斯年在历史语言研究所1928年年度报告书中说：“中央研究院设置之意义，本为发达近代科学，非为提倡所谓固有学术。故如以历史语言之学承固有之遗训，不欲新其工具，益其观念，以成与自然科学同列之事业，即不应于中央研究院设置历史语言研究所，使之与天文、地质、物理、化学等同伦。今者决意设置，正以自然科学看待历史语言之学。”又说：“此虽旧域，其命维新。材料与时增加，工具与时扩充，观点与时推进，近代欧洲之历史语言学，其受自然科学之刺激与补助，昭然若揭。以我国此项材料之富，欧洲人为之羡慕无似者，果能改从新路，将来发展，正未有艾。”
歪打正着，傅斯年在欧洲广学自然科学且有“迷途不返”之势，到头来却为他回国后收拾旧业，为他在历史语言研究的理论和方法方面开拓了新道路。
自此年（1928年）始，傅斯年任中央研究院历史语言研究所所长，一直到1950年去世。在大陆期间，他曾兼任许多职务，其中有：社会学研究所所长（1933年），中央博物院筹备主任（1933年），代中央研究院干事和总干事（1937年），北京大学代理校长（1945年秋）。1946年胡适由美回国，他才卸去代理北大校长职务。1947年6月，赴美养病。1948年上半年当选为中央研究院院士。这年8月由美回国。冬天，历史语言研究所迁台湾。1949年1月，就任台湾大学校长。1950年12月20日晚11时20分，因脑溢血病逝，享年54岁。