吴玉章作为教育家，从在日本留学时撰写《劝游学书》起，直到晚年任人民大学校长，他的革命活动无一不与教育连在一起。在社会变革的各个时期，他以教育为阵地，为革命培养了大批人才。新中国成立后吴玉章主要从事教育工作，他倡导理论联系实际的学风，建立了比较完善的学校管理方法。
理论联系实际
吴玉章强调高等教育必须要坚持理论联系实际，反对机械搬用外国经验。他特别重视教育的实际性，强调教育工作要与社会发展变革相适应。他把教育与实际相结合作为教育的一项基本原则。他认为教育结合实际，是切除时代弊端的良方，是促进社会进步的途径。他提倡教育与实际相结合主要体现在两个方面：其一，根据时代的特点，采取多种形式为社会变革培养急需的人才；其二，在教育的过程中具体贯彻与实际相联系的原则。在理论联系实际方面，吴玉章身体力行，努力实践。中华人民共和国成立后，党中央和中央人民政府国务院决定创办中国人民大学，任命吴玉章为校长。党中央为人民大学规定的教学方针是“理论与实践相联系，苏联经验与中国情况相结合”，任务是为新中国培养各种建设人才。吴玉章遵循上述方针和任务，集新旧教育和中外教育之精华，从中国的实际情况出发，又考虑到国家建设的远景和科学发展的趋势，建立了以经济管理为主的科系，以后增加了政治理论各系，最后增加了文史各系，使人民大学逐步形成了社会主义经济建设所需要的、比较完备的专业教育体系，发展成为综合性的社会科学大学。在学习苏联经验方面，建校之初，他曾提出要系统地全面地学习苏联，反对狭隘的经验主义，以便迅速建立各门课程的体系，适应教学的需要。后来，他发现学习苏联有生搬硬套的情况，课程内容结合中国实际情况不够，又及时提出注意和克服教条主义的问题。同时，报请中央批准，各专业与有关业务部门和工矿企业对口挂钩，并形成制度。结果，使人民大学的各门专业，逐步建立了中国化的课程体系，较好地适应了教学的需要。
强化师资建设
吴玉章一贯认为，一个学校办得好坏，关键在于教员的素质。他在教育实践中，总是把提高教育质量放在重要的位置。他认为学校是传授知识的地方，不同于一般的公共文化场所和企业，必须建立一支高素质的教师队伍，始终注意教师队伍的建设。为了培养教师，他要求教育者应首先受教育。教师要学好马列主义、毛泽东思想，努力提高政治觉悟，树立为革命和建设而育人的观点。同时要求教师刻苦钻研，精通业务，以自己的渊博学识和高尚的品德，传授并影响学生。
他在强调教师主导作用的同时，提倡尊师爱生，教学相长。一方面他要求学生尊敬老师，向老师学习，学习他们的治学方法，吸取他们传授的知识；另一方面他要求教师也要尊重学生，向学生学习，而且教师还应当鼓励学生超过自己，要让学生青出于蓝而胜于蓝。师生要密切联系，相互取长补短，共同提高。
为了培养教师，吴玉章常常亲临教学第一线，为师生们上课，以自己的实践经验来指导全盘教学工作。直到逝世前几年，他还举行辛亥革命、第一次大革命等讲座，甚至还教汉语拼音方案。在吴玉章的带动和培养下，人民大学逐步建立了一支质量较高，能够胜任教学工作的教师队伍，较好地完成了教学任务。
从严治校
为了办好学校，吴玉章坚持学校管理从严。他的这一思想，早在20世纪初就已形成。他认为，一所学校办得好坏与否和是否严格管理有很大关系。学校培养人才的规格以及教学质量的高低，都与学校管理有密切的联系。经过长时期的探索，吴玉章在学校管理上有以下几条经验：第一，他认为学校要有周密的计划，进行科学管理。吴玉章认为，学校要培养符合时代要求的人才必须要有严密周到的计划，因为计划具有导向和督促的职能。办学校如果没有周密的计划，就等于是没有目的，学校是不会办好的。在任人民大学校长期间，他要求每一专业都要有详细计划，包括某一门课由哪一位教师给哪一个班级在什么时间地点上课的课程表，也要准确无误地制定出来。同时，其他环节也要配合好，以保证教学有条不紊地进行。在这里，他特别强调后勤保证的重要性。每年开学前，他总是带上有关干部到处检查，教室是否整洁，灯光亮度够不够等，都要检查到，从而保证按时开学，准时上课。
第二，他认为学校要有严格的组织纪律和管理制度。要制定必要的合理的规章制度，教育师生自觉遵守。吴玉章认为“严格管理学校的重要方面就是强化纪律”。学校没有纪律约束，就像一部机器松了螺丝一样，运转不灵，长期下去就会垮台。他还认为，学校就像一个乐队，如果乐队成员不按照乐谱演奏，不听指挥，就无法奏出和谐优美的乐曲来。为了保证学校的正常秩序就得制定各种规章制度，约束各种无组织无纪律的行为。规章制度是从严治校的保证和措施，是赏罚严明的依据，是激励教学的动力，是学校不可缺少的管理环节。
吴玉章在人民大学第一次学生大会上就规定，学生要按时上课，按时作息，不允许有任何自由散漫和无组织无纪律的现象发生。由于学校要求严格，奖惩分明，大家自觉遵守规章制度，学校办得生动活泼，秩序井然，保证了教学计划的顺利实施。
吴玉章对干部要求严格，对缺点错误从不放纵，有时甚至批评得很严厉。但他又很爱惜人才，爱护干部，把人才当成办学的宝贵财富。他总是抱着与人为善和“治病救人”的态度，热情帮助，使人心悦诚服。他关心他人比关心自己为重，十分关心干部的生活和健康状况，亲自去食堂检查伙食质量，并规定医生到教工宿舍进行巡诊的制度。
他在耄耋之年，仍孜孜不倦地读书和研究学问。他不但写出了《人民教师必须学习马克思列宁主义、毛泽东思想》、《为贯彻提高教育质量的方针而斗争》、《文字必须在一定条件下加以改革》等一批学术性文章外，还整理出版了《历史文集》，写出了《辛亥革命》、《从甲午战争到辛亥革命的回忆》等重要论著，为教育学和历史学的研究开拓了新的道路，为我国文化宝库留下了一份宝贵财富。