交通大学的另一支起源于1896年创办于山海关的山海关北洋铁路学堂。
由于19世纪末天津发生义和团运动，因此北洋大学堂的师生被波转移到南洋公学继续教学，从而近代中国第一批大学毕业生是在南洋公学毕业的。
南洋公学因为地处上海租界，较少受战火侵扰。当时教学所用全为麻省理工学院的原版教材，时称“东方MIT”。
南洋公学成立后几经更名。1910年代后期改为南洋大学。之后又改为上海工业专门学堂。
1911年至1912年，唐文治长校期间，曾把“邮传部高等实业学堂”改名为“南洋大学堂”。
1920年12月，北洋政府交通总长叶恭绰以交通部所属上海工业专门学校、唐山工业专门学校、北平铁路管理学校、北平邮电学校四校散居各地，不便管理，于1921年统一学制，统称交通大学。而分称各校为交通大学上海学校（沪校）、唐山学校（唐校）、北京学校（平校）。校庆4月8日也是取自交通要“四通八达”之意（唐校即今日之西南交通大学，校庆为5月15日）。
当时交通大学的老师大部分是留美博士，水平很高。而交通大学对学生的管理也很严格，因此毕业生大都较为优秀。当时交通大学在世界上也享有较高的知名度。钱学森去美国麻省理工学院求学时，发现许多课程与在交通大学学习的完全一样，要求免修得到批准。茅以升从交通大学唐山工学院毕业去美国卡内基梅隆大学时，该校起初不承认交通大学唐校之学历，故出题考核茅之水平，因为茅以升回答极为出色，故该校后来决定从此对交通大学的留学生免试入学。王安去美国哈佛大学时，由于抗战没有带交大毕业证书和成绩单，哈佛大学知道是交大毕业的，决定破格录取。中华人民共和国原国家主席江泽民也毕业于交通大学。
抗日战争时期，交通大学上海分部内迁到重庆，唐山分部和北平分部也内迁到贵州遵义。
国共内战之后，交通大学部分教职员随国民政府迁至台湾，但国民政府直至数年后才允许在台校友于新竹复校，仍称国立交通大学。
1955年，鉴于当时的国际形势，同时也为支援西北教育建设，国务院决定交通大学在1955年至1957年两个学年中分批迁往西安。1956年暑假，西安新校舍落成，学校第一批西迁开始。最后实验设备，图书（约92%）和档案的大部分，约60%的师生迁至西安，而其余则留在上海。交通大学分为交通大学西安部分和交通大学上海部分。
1959年7月31日，经国务院批准，交通大学两部分独立建校，分别成立上海交通大学和西安交通大学。此时上海交通大学有19个专业，西安交通大学有23个专业。
圣约翰大学
圣约翰大学是一所19世纪末20世纪初中叶在上海的一所高等教育学府，是在华办学时间最长的一所教会学校，1952年各院系被分拆并入其他各高等院校，原校址位于现在的华东政法学院所在地。
建国前，中国共有14所教会大学，分别是燕京大学、齐鲁大学、东吴大学、圣约翰大学、之江大学、华西协和大学、华中大学、金陵大学、华南女子文理学院、湘雅医科大学、金陵女子文理学院、沪江大学、岭南大学、协和大学等。虽然数量不多，但起点很高。在当时的历史条件下，特别是在20世纪20年代以后，教会大学在中国教育近代化过程中起着某种程度的示范与导向作用。因为它在体制、机构、计划、课程、方法乃至规章制度诸多方面，更为直接地引进西方近代教育模式，从而在教育界和社会上产生颇为深刻的影响。由此可见，教会大学史是中国近代教育史不可缺少的重要篇章，它们为中国高等教育作出了不可磨灭的贡献。
圣约翰大学创建于1879年，原名是圣约翰学院，是由美国圣公会上海主教施约瑟将原来的两所圣公会学校培雅书院和度恩书院合并而成，在沪西梵皇渡购地兴办。于4月14日破土动工，9月1日开学招入第一期学生。办学初期设西学、国学和神学三门，用国语（即现在的普通话）和上海方言授课，1881年学校的英语老师卜舫济牧师（F.L.Hawks Pott）开始完全用英语授课，这是中国首个全英语授课的学校。1886年年轻的卜舫济出任校长，时间长达52年，对圣约翰的发展起到了很大的影响。
1892年起学校正式开设大学课程，并且将英语作为最重要的学科教授。1896年学校形成文理科、医科、神学科及预科的教学格局，为沪上唯一高等学府，对东南地区高等教育的改革产生深远影响。1905年，学校成为正式的大学，并在美国华盛顿州注册，大学设文学院、理学院、医学院、神学院四所大学学院以及一所附属预科学校，成为获得美国政府认可的在华教会学校。此时的圣约翰已经初具规模，拥有了一座1884年美国纽约克拉克逊女士巨额资助兴建的教堂，后经重建成为该校礼堂兼圣公会教堂（上世纪80年代末该教堂被拆除后改建为华东政法学院图书馆），一座1894年建造的以创办人名字命名的中国式教学楼“怀施堂”（上世纪90年代初该堂改称“韬奋楼”）和另一座1903年用庚子赔款所建起来的“思颜堂”（纪念学校的第二任校长中国籍牧师颜永京先生）。1913年，圣约翰大学又开始招收研究生，1936年开始招收女生，后来发展成为一所拥有5个学院（原来的4所加上后来的农学院）16个系的综合性教会大学，是当时上海乃至全中国最优秀的大学之一，入读者大都是政商名流的后代或富家子弟，而且拥有很浓厚的教会背景。学校直到1947年才向国民政府注册。
圣约翰大学是首个将西方教学风格引入中国的学校，除了极重视英语以外，宗教、体育和课外活动也十分被强调。校内的体育设施完善，这里还诞生了中国历史上的第一支足球队。其他的学生组织、活动也十分多，包括许多十分活跃的左派学生团体，曾十分活跃地参与了五四运动等政治运动。1925年五卅惨案发生后，曾有17名教职员及553名因对学校当局不满而离开圣约翰大学，于当年8月另组光华大学（今延安西路东华大学校址）。
1937年抗日战争爆发后，圣约翰大学曾将学校迁往公共租界里的南京路，与沪江大学、东吴大学、之江大学四校组成上海联合基督教大学，但后又于1940年迁回原校址。学校的办学经费除了来自学费的收入外，也有教会和其他社会捐款。
1950年12月，圣约翰大学正式宣布与美国圣公会脱离关系，1952年在全国院系调整中被拆散并入其他多所高校，主要是华东师范大学、复旦大学和上海第二医学院。其校址也被现在的华东政法学院占用。
1967年，台湾的圣约翰大学校友为了延续圣约翰的精神，原本打算在台复校，但受到当时国民党政府教育政策的影响，私人仅能开办专科学校，遂成立新埔工专，目前已升等为圣约翰科技大学未来将恢复为圣约翰大学，成为一流的综合性大学，光耀圣约翰光芒。
另外，圣约翰校友得加拿大不列颠哥伦比亚大学支持下于该校设立专为研究生而设的圣约翰学院。据上海圣约翰大学校友沈鉴治所言，虽母校不能在中国大地上重现，但这已是复校的第一步，故这所学院得到不少校友支持。
校训初为“光与真理”，后加上孔子名言“学而不思则罔，思而不学则殆”。