1928年，45岁著述：《日俄战争》、《新唐书选注》、《三公四辅五官六官冢宰考》、《饮食进化之序》、《古代贵族饮食之侈》、《原酒》、《订戴》、《史通点烦篇补》、《悼云集序》、《象棋秘诀序》、《一个足兵足食的计划》、《考试论》、《小雅发刊词》。
1929年，46岁事略：1929年至1930年间先生曾在江苏省立常州中学兼课，并编写《中国文化史》讲义。
吕思勉治史，颇注意社会史的内容，早年曾按专题（农工商业、财产、钱币、饮食、衣服、宫室、婚姻、宗族、国体、政体、阶级、户籍、赋役、征榷、官制、选举、兵制、刑法）作系统研究和论述，名之曰《政治经济掌故讲义》。后不断修订，改称《中国社会史》，其中婚姻、宗族、国体、政体、阶级五篇，是年由上海中山书局以单行本出版。其余各篇（除制度篇外），后均收入《中国制度史》。吕思勉的几部通史、断代史，社会史的内容也相当丰富，吕思勉实为中国社会史研究的先驱。
著述：《中国国体制度小史》、《中国政体制度小史》、《中国宗族制度小史》、《中国婚姻制度小史》、《中国阶级制度小史》、《中国文化史六讲》、《杨君楚白传》、《笔记·肇域志》、《日记·责己记序》。
1930年，47岁事略：吕思勉自谓此时进入思想第三期，“年四十七，偶与在苏州时之旧同学马精武君会晤，马君劝予读马列主义之书，余乃读之稍多。于此主义，深为服膺。”吕思勉国学基础深厚，但治史意趣并不保守，对新学说、新理论极其关注，并主动吸收、运用，且无生硬教条之感觉，这在没有政治色彩的前辈史学家中是比较特别的，史学家严耕望将吕思勉与陈寅恪、陈垣、钱穆合称为现代史学四大家。
吕思勉早年曾有二子一女，皆夭折，是年7月11日（旧历六月十六日）吕思勉之子吕正民君患伤寒症病殁，现仅剩翼仁一女。中年失子，吕思勉悲痛万分，作挽联曰：三世单传自兹而斩
将衰二老何以为情
著述：《古代贱商之由》、《古代商业情形》、《致刘重熙信》、《寿孙厚父八十》。
1931年，48岁著述：《理学纲要》、《宋代文学》、《纪念伍博纯君月刊专号序》。
1932年，49岁事略：光华大学经费拮据，拖欠教薪达数月，是年4月，吕思勉无奈向学校请假，往安庆省立安徽大学作短期讲学，然安大“欠薪亦与光华无异”。8月，假期满，吕思勉仍回光华大学。著述：《六艺》、《六经之传说记》、《来皖后两点感想》、《王启茵女士传》、《笔记·习举业为欲之甚》、《日记·顺事记序》、《偕镜天肖云正则游迎江寺》、《题峤若断斋课孙图》。
1933年，50岁事略：30年代前期，吕思勉在光华大学开设的课程有中国通史、中国近代史、中国文化史、中国社会史、中国民族史、史学研究法、史学名著研究、文字学等。
著述：先秦学术概论》、《中国近代史讲义》、《中国近世史前编》、《杨朱之政治学说》、《盘古非盘瓠》、《三皇五帝考》、《夏都考》、《释亳》、《昆仑考》、《王省三吕思勉小传》、《日记·平监记序》、《蒋颂孚吕思勉八十》。
1934年，51岁著述：《史通评》、《中国民族史》、《高级中学用复兴教科书本国史（上、下）》、《大同释义（白话文）》、《怎样读中国历史》、《秦平南越考之商榷》、《评校史通序》、《施联玉〈说文部首浅译〉跋》、《读崔东壁遗书》、《毛诗传授之诬》、《马郑序周官之谬》、《毛诗训诂之误》、《仓海君》、《文质》、《山越》、《百两篇》、《诗序》、《左氏自相抵牾诗序袭之》、《貉族考》、《读马尔萨斯人口论》、《记吕颂宜女士》、《日记·仁勇记序》。
1935年，52岁事略：报人龚德柏以吕思勉《白话本国史》中宋金和战一节的议论为由，向法院控告商务印书馆以及著作人犯外患罪及出版法。吕思勉于“廿四年五月十二与李伯嘉、徐百齐入都，十三日午后到庭。”5月20日，法院宣布判决，称该书议论“虽未适当，要皆在我国东北之地未失以前，与现在情形不同，自非别有作用，既系个人研究历史之评论与见解。以法律言，即非破坏我国三民主义，损害国家利益妨害善良风俗，不构成出版法第十九条第三十五条之罪”，不予起诉。
著述：《中国民族演进史》、《高中复习丛书本国史》、《中国政治思想史十讲》、《十年来之中国》、《匈奴文化索隐》、《孔子大同释义（文言文）》、《论中国户口册籍之法》、《丛书与类书》、《文学批判之标准》、《禁奢议》、《论民族主义之真际》、《反对推行手头字提倡制定草书》、《朝鲜东徙之迹》、《辰国》、《江汉常武》、《匈奴为夏后氏苗裔》、《越之姓》、《荆卿燕丹》、《李斯》、《二世》、《淮南王》、《司马宣王征辽东》、《司马宣王之忍》、《晋武帝不废太子》、《太史公书亡篇》、《守藏室之史》、《左右史》、《周官五史》、《毁誉褒贬》、《魏晋法术之学》、《清谈》、《晋人之矫诞》、《好名之弊》、《读商君书》、《胡考》、《賨叟瓯蜀》、《谢利恒吕思勉传》、《潘君蕙荪传》、《陈志良〈奄城访古记〉跋》。
1936年，53岁事略：吕思勉一贯主张社会改革，倡导从日常生活上做起。1936年前后，光华学生数大增，学生就餐发生困难。吕思勉向校方提议，再建公厨与饮食习惯的改革同步进行，为此撰成《吃饭的革命》一文，提倡注意饮食卫生，多吃寒食和杂粮，认为这类改革可使妇女获得解放，也使生活更符合现代社会之状况和节奏。
20世纪30年代吕思勉曾在上海私立持志大学兼课。
著述：《中国文化东南早于西北说》、《贾谊过秦论》、《新语采诗谶》、《作洪范之年》、《读楚辞》、《北狄嗜利》、《吃饭的革命》、《猫坠入井》、《太平畜》、《猫友纪》、《猫乘》。
1937年，54岁事略：日军侵入上海后，吕思勉于8月回常州与家人商量今后行止。10月，吕思勉偕家眷返回上海。时光华转入租界上课，常有迁移，吕思勉家也随之几度搬迁。虽迁居，一家三口始终挤于一间，两张板床，两张书桌，两架书架，一小方桌，几只凳子，是为吕思勉家之全部家具。
11月，光华大学大西路校舍被日军炮火焚毁。
是年吕思勉将历年撰写的部分札记，整理成篇，名之曰“燕石札记”，交商务印书馆出版。吕思勉从小就学习写读史札记，50年如一日从未间断，札记总数达100多万字。吕思勉的论文、著作，都是在有计划地阅读和撰写札记的基础上，再加以综合研究、融会贯通而成的。
著述：《燕石札记》、《论基本国文》、《中学历史教学实际问题》、《与卫聚贤论吴越文化》、《八一三事变后沪常见闻》、《读山海经偶记》、《书三皇五帝考后》、《南强篇》、《越之姓》、《九刑》、《郑人铸刑书上、中、下》、《象魏》、《五刑之属三千》、《象刑》、《戮尸》、《缳》、《妇人无刑》、《赎刑》、《圜士即谪作》、《父子兄弟罪不相及》、《比伍相及》、《与于青之赏必及于其罚》、《坟墓》、《桐棺三寸非禹制》、《墓祭》、《死于兵者不入兆域》、《厚葬》、《殉葬》、《古人不重生日》、《古人周岁增年》、《古书纪年上、中、下》、《致徐哲东信》、《笔记·陈野航梦游图》、《笔记·刘石芗》。
1938年，55岁著述：《古史家传记文选》、《经世》、《论南北民气之强弱》、《处乱之道》、《怀玉》、《尊隐》、《青年时代的回忆》、《宦学篇》、《思乡原》、《五四运动的价值何在》、《青年思想问题的根柢》、《鄞县童亢聆诗闻吕思勉五十寿辰征求书画启事》、《致汪千顷夫人信》。
1939年，56岁著述：《史学杂论》、《三国史话》、《唐宋以前之中日交际》、《仓储与昏钞倒换库》、《年节与岁首》、《一个合理的习字方法》、《鄞李夫人寿序》、《许冠群四十》、《志义来出示近作》、《予少时行文最捷，应乡举时，尝一日作文十四篇，为同辈所称道，今则沈吟如在饭颗山头矣。及门中陈生楚祥文思最敏，而思理周澹，诗以张之》、《题画》。
1940年，57岁事略：孤岛时期，吕思勉避居沪上租界，抱着书生报国之志，撰写大量史学著作和论文，还留意时局，关心祖国命运，他以“野猫”、“乃秋”、“六庸”、“程芸”等化名，写了许多洋溢民族正气、揭露日寇暴行的文章刊于租界内的抗日报刊上。作家兼报人范泉称吕思勉为“孤岛上的斗士”。
著述：《吕著中国通史（上册）》、《四史中的谷价》、《关于中国字的一个提议》、《蔡孑民论》、《大九州考》、《论汉人行序说》、《释尔雅》、《论尔雅谁作》、《上古秦汉文学史之变迁》、《诸葛亮南征考》、《易大义》、《齐桓公存三亡国考》、《论二戴记上、中、下》、《中国民族精神之我见》、《窖藏与古物》、《孤岛青年何以报国》、《狗吠》、《广西女子》、《改良盐法刍议》、《向慈善家进一言》、《上海风气》、《妇女就业和持家的讨论（一）、（二）》、《田赋征收实物问题》、《光华大学十五周年纪念感想》、《中日文化程度比较——中国抗战力量在那里》、《武士的悲哀》、《封建势力》、《眼前的奇迹》、《中国现阶段文化的特征》、《塞翁与管仲》、《论学术的转变》、《童书业唐宋绘画谈丛序》、《先舅氏程君事述》、《蒋颂孚吕思勉墓志》、《严大家颂》。
1941年，58岁事略：12月，太平洋战争爆发后，租界沦陷，光华大学对外改称诚正学社（原文学院）和格致理商学院（原理商学院），吕思勉除仍在光华上课外，还在沪江大学、无锡国学专修学校兼课。
自中年以后，吕思勉计划独自完成六部断代史（先秦史、秦汉史、两晋南北朝史、隋唐五代史、宋辽金元史、明清史）的撰写，是年，此计划的第一部著作《先秦史》由开明书店出版。吕思勉自评：“此书论古史材料，古史年代，中国民族起源及西迁，古代疆域，宦学制度，自谓甚佳”。《秦汉史》和《两晋南北朝史》，分别于1947、1948年出版。