在雷沛鸿的教育生涯中，有着丰富的富于独创性的教育理论和实践，特别是他推行普及国民基础教育运动，创制国民中学，建立西江学院，从理论到实践，形成了颇具特色的国民教育新体系。随着对雷沛鸿教育理论和实践研究的深入，国内外越来越多的专家学者及研究者形成共识，雷沛鸿在中国现代教育史上应占有显著的位置。
中国近现代百年史，是受帝国主义列强欺凌、宰割的屈辱史，也是中国人民奋起反抗外来侵略的斗争史。雷沛鸿是一位具有强烈的爱国思想的教育家，由此而产生出强烈的使命感，“沉陆未必由洪水，谁为神州理旧缰”。他以投身教育来实现救亡、救穷的理想，以教育来振兴中华民族，以效拳拳赤子之诚。
教育有亡国的教育与救国的教育之分。蒋介石要学生埋头读书，教师埋头教书，不准提抗日，不准关心国事，学生要求抗日，从事抗日活动，就派军警、特务逮捕、镇压，进行迫害，这是亡国的教育，雷沛鸿反对这种教育。雷沛鸿在江苏教育学院任教时，学生到南京请愿抗日，他与俞庆棠先生到车站给学生送行。
雷沛鸿是个有鲜明爱国立场和态度的教育家，他主张实行的是“为明耻教战动员全体民众，以参加全面的及长期的民族斗争而保卫民族生存”，“以生产教育为国民基础教育的骨干，爱国教育为国民基础教育的灵魂”的救国教育。这是适应抗战需要，从学制到教学内容方法都改革的新教育。雷沛鸿救国的教育主张，与毛泽东同志提出的“抗日的教育政策：改变教育的旧制度、旧课程，实行以抗日救国为目标的新制度、新课程”是一致的。
从事救国的教育，以教育来挽救民族危亡，振兴中华民族，是雷沛鸿久已有的夙愿：“十五年前我当时在美国留学，就有同样感觉，并许了一个心愿。这个心愿是：第一，我愿意尽能力所及，设法使一个理想的学术制度及早成立；第二，在其中集中人才，从事于救国爱民学术之研究……”、“九·一八”事变后国难日亟，雷沛鸿实现这个愿望的心情日渐迫切。但是，在蒋介石到处镇压学生参加抗日民主运动的险恶形势下，雷沛鸿要实现自己的救国教育的心愿谈何容易。这时，与蒋介石政权形成半割据势力的广西李白黄新桂系打出了抗日的旗帜，做出抗日的实际行动，因此吸引了雷沛鸿，他回到广西与新桂系合作。
雷沛鸿回到广西任教育厅长，与新桂系合作，表面上看固然因为广西是雷沛鸿的故乡，雷沛鸿回故乡任职是理所应当的。当然，这只是一个原因，但不是主要的原因。新桂系抗日的主张和态度，国难日亟，雷沛鸿报效国家的使命感，这二者的结合，才是雷沛鸿回桂任职的主要原因。
还在30年代初，新桂系看到全国人民要求抗日的情绪，为顺应时势的发展，出于与蒋介石政权分庭抗礼的需要，新桂系表现出了与蒋介石不同的抗日的姿态。如1932年日寇进犯上海，19路军奋起抵抗，发生“一·二八”事变。蒋介石不但不给19路军以增援和补给，而且还命令全国军队都不准援助19路军，违者以抗命论处，扣压一切民众为19路军募捐的物资。新桂系参加的西南空军，却不顾禁令，飞往杭州助战。19路军被迫撤离上海后，蒋介石与日方签订了丧权辱国的《上海停战协定》，李宗仁等通电反对协定，斥责蒋介石的妥协投降行径。
又如1933年春，日寇攻占热河后，继续向河北、察哈尔等省进犯，张家口成立了民众抗日同盟军，由冯玉祥任总司令。蒋介石不但不支援同盟军抗日，反而丧心病狂地派出16个师，勾结日军夹击民众抗日同盟军。这时，新桂系不但通电指责蒋介石对同盟军用兵，要求落撤兵，而且还给同盟军以物质援助。冯玉祥对此非常感慨：“广西省李白黄三位先生响应我的抗日，通电汇来10万元小洋是作为抗日军费的。谁都知道广西的军队是最困难的，他们能这样的慷慨好义，就是表现了他们的真正的爱国心。”
正因如此，1933年春，当李宗仁到上海金神父路雷沛鸿寓中请他回桂主持教育行政时，雷沛鸿提出要按自己的理想和做法来办教育，得到李宗仁的应允后，到桂任教育厅长职。雷沛鸿回桂后曾多次谈到：“怎样挽救这危亡的民族呢？成为当时朝野上下努力的主题。在广西，李德邻、白健生、黄旭初三先生就领导广西的民众，努力奉行三民主义，树立‘建设广西，复兴中国’的革命目标，埋头苦干，担当起挽救危亡民族的神圣的任务。”因此，雷沛鸿愿意回广西，贡献出自己的才华和经验，“更幸，本省军政当局优于亡国无日，早于四、五年前，先人一着，锐意改革，力求建设；故乡父老昆弟，又复能体念此意，翕然景从。”
“九·一八”事变后，日寇铁蹄步步紧逼，而蒋介石对日步步退让，对内却变本加厉要消灭异己，两广被逼反蒋抗日，发生“两广事变”。广东因在实际行动上抗日的态度暧昧，没能争取到民心，而招致失败。新桂系吸取了教训，抗日的态度更明朗、更坚定，在七七事变前后，公开提出了宁为玉碎，不为瓦全，纵使全国化为焦土，也要与日寇血战到底的“焦土抗战论”。对此，中共是赞许的，曾派云广英到广西对新桂系统战，劝李白避免内战，压蒋抗日。对新桂系的抗日态度，雷沛鸿也是赞许的，这使他与新桂系的合作关系得到加强。他对桂林中学员生训话时提出：“我们要找寻机会，参加本省领袖所倡导的焦土抗战，以战胜一切加害于我们的帝国主义，尤其是日本帝国主义。”1938年他还亲自投身抗日前线，在徐州第五战区任青年训练班班主任，帮助李宗仁开展战地救亡宣传教育工作。
新桂系抗日的主张和态度，使雷沛鸿可以在广西实现他的救亡救穷的教育理想，这是雷沛鸿愿意回广西与新桂系合作的主要原因。此外，还有一个与之紧密相关，促使他愿意回桂任职的原因，这就是他回广西后，可以利用行政的力量，在全广西大规模地推行他的救亡救穷的教育计划。他认为，只有这样的教育在中国才有实际意义。
上世纪初，一批具有忧患意识的教育家，想通过办教育来挽救民族危亡，振兴中华。他们开办了各种实验区，进行了各种实验。如晏阳初的平教会在河北定县办的实验区，梁漱溟在山东一些地区建的乡学、村学等。雷沛鸿曾经是很热心的参与者，他曾任江苏省立教育学院研究实验部主任推行民众教育。但是，雷沛鸿根据自己亲身实践的体验，根据当时日寇侵略的形势和我国幅员辽阔、千差万别、经济文化落后的实际情况，不满意这种“日复一日，年复一年，周而复始。村复一村、区复一区，循环重出”的实验。这种实验，既费时费钱，而且在此地得出的经验，在彼处也不一定能行得通，没有实际推广价值。他对平教会在定县实验，六年取得经验，然后在全国分阶段推行的计划提出了直率的批评：“俟河之情，人寿几何”。雷沛鸿从中国的实际出发，出于救亡救穷的紧迫感，他提出“以吾国幅员之广，人民失教者之多，外患之深，内忧之殷，民众教育要是只做装饰品则已。如其不然，它亟应造成大规模的运动，依之，我们庶几得以实行民族自救”。在哪里才能造成这种大规模的运动呢？李宗仁的邀请和允诺，给他提供了这种机会。雷沛鸿一回到广西，即在全省范围内开展了大规模的普及国民基础教育运动，取得了举世瞩目的成就，被刘寿棋先生（中共地下党员，国民党政府教育部督学）称之为“划时代的国民基础教育制度”。随之雷沛鸿又创制国民中学，建立西江学院，创立了国民教育新体系。
在“左”的思潮盛行时，有人曾因雷沛鸿是在新桂系统治下的广西从事教育活动，就说雷沛鸿“是为新桂系服务”，这是缺乏对历史事实进行具体的分析，有违历史事实的言辞。下面试举一个具体的历史事实来说明。
新桂系是蒋介石政权下有着相对独立性的地方实力派，蒋介石曾利用它反共，又时时想消灭这支异己力量。为了巩固内部的团结，有效地控制广西的军队和政权，在王公度的建议和具体组织下，新桂系内部建立了一个凌驾于党政军的秘密核心组织“革命同志会”（后改名为“中国国民党革命同志会”），王公度先为该会书记，后为组织训练委员会主任。加入同志会者都被认为是忠于李白之人。同志会从1930年成立起到1937年被解散，另成立公开的学术机关“广西建设研究会”止，雷沛鸿始终没有参加同志会，而且因为与王公度有矛盾而受到排挤、打击。雷沛鸿要通过普及国民基础教育研究院培养到广西各地推行普及国民基础教育的人才，而王公度却要把这些人拉入自己的势力范围，以便到广西各地控制因而雷沛鸿受到王公度的打击。王公度是广西第4号人物，欲与黄旭初争权，后因内部倾轧被李白枪决。据曾在普及国民基础教育研究院的一位学习生回忆，王被处决后的一天，“我在马蓬圩（今教育路与桃源路交叉角）碰见雷院长与马勤如老师，信步迎来，闲谈近况，雷院长突然说：‘王公度好谋私利，对我排斥，现今何在？’”
事实证明，雷沛鸿并非无条件地追随新桂系、为新支系服务，新桂系亦未视雷沛鸿为忠诚于他们的“同志”。雷沛鸿与新桂系是一种有条件的合作关系，这种合作关系之所以能实现，主要是因为新桂系抗日的主张与态度，为雷沛鸿所赞许，雷沛鸿推行的救亡与救穷的教育为新桂系所接受，新桂系“建设广西，复兴中国”需要有声望的雷沛鸿来主掌全省的教育。雷沛鸿与新桂系的合作，也仅限于从事救亡与救穷的教育活动范围之内。
雷沛鸿与新桂系在抗日救亡的基础上合作，但也有矛盾，当矛盾激化时，这种合作关系也就中断。如“两广事变”（“六·一运动”）前，新桂系不满意雷沛鸿主持的广西普及国民基础教育研究院对进步人士（内含中共地下党员）的容纳，不满意雷沛鸿对他们的进步活动的支持。如当时主编《广西儿童》的抗苇（解放后任上海市教育局长），在红军长征胜利到达陕北后，拟发一篇“红军到达延安”的消息，送审时受到一位副秘书长的训斥，杭苇愤而向雷院长辞职，雷沛鸿甘愿承担政治风险，不但慰留杭苇，而且在第二天的朝会上，公开批评这位副秘书长粗暴；雷沛鸿也对在日寇进逼，大敌当前的形势下，两广要与蒋介石打内战不满。矛盾激化，雷沛鸿辞去教育厅长职，先往南洋考察，后去美国，为处在水深火热之中的祖国而奔走呼号，为祖国效劳。雷沛鸿离职后，被雷沛鸿聘请来的进步人士（包含中共地下党员）被新桂系“礼送出境”，广西普及国民基础教育研究院亦被解散。
抗战胜利后，新桂系追随蒋介石反共打内战，雷沛鸿对此非常反感，与新桂系的关系遂日渐疏远，先是利用民众和社会的力量埋基层政权，作为自己争权夺利的工具，自然要受到雷沛鸿的抵制，因而雷沛鸿受到王公度的打击。
雷沛鸿的教育实践和教育理论，他所创立的从初等到高等的国民教育新体系，对今天深化教育改革的重大借鉴意义。