杨昌济早年在乡下读私塾，之后在家乡设馆授徒。继而出国留学，先后入日本弘文学院、东京高等师范学院、英国爱伯汀大学攻读日语、英语、哲学、伦理学、教育学，并赴德国考察教育九个月。学成后归国从教。1913年6月之前，在湖南一师任修身、教育学教员，并相继在湖南四师、湖南师专和湖南商专兼课，之后任北京大学伦理学教授。他从乡村塾师到北大教授，其教育思想自形成、发展到成熟，由改良主义教育思想转变为民主主义教育思想。
杨昌济的教育思想是教学相长、与时俱进、贯通古今、融会中西、理论与实践相结合的产物，是一个内容丰富、特色鲜明、完整而科学的体系。其精髓是以德育为中心的德、智、体全面发展。他提出，“道德教育，在于锻炼意志。人有强固之意志，始能实现高尚之理想，养成善良之习惯，造就纯正之品性。意志之强者，对于己身，则能抑制情欲之横恣；对于社会，则能抵抗权势之压迫。道德者，克己之连续；人生者，不断之竞争。有不可夺之志，则所为无不成矣”、“自来论教育者，往往分为智、德、体三部”，与这三部相适应的教育方法为“教授”、“训练”和“养护”。“教授”、“训练”关系着学生的精神素质，而“养护”关系着学生的身体素质。精神素质与身体素质的统一，就是德、智、体的全面发展。杨昌济教育思想的渊源是深厚而广泛的，但主要来自儒家经典、宋明理学和英国功利学说，尤其是以曾国藩、王船山、谭嗣同为代表的湖湘文化。他将斯宾塞的合理思想与中国的传统教育思想，特别是道德教育思想结合起来，融会贯通，并赋予时代精神，指导教育实践，因而取得了显著成就。
1903年，杨昌济考取官费留日学生，分别在弘文学院和东京高等师范攻读教育学六年。他身处扶桑，不忘祖国，改号怀中，以求心怀中土。对日本老师诬蔑中国人的言论予以指斥，说日本“不怀好意”、“有入主中国之思想”，同时他还参加了拒俄运动。1909年，杨昌济由日本赴英国，入苏格兰爱伯汀大学攻读哲学、伦理学，获学士学位。后又到德国考察教育，立志献身教育事业，报效祖国和人民。1913年回到长沙，被湖南省政府聘为教育司司长，他断然谢绝，表示专心从事学术研究和教育事业，“以直接感化青年为己任，意在多布种子，俟其发生”。他先后在湖南省立第四师范和第一师范任教。毛泽东、蔡和森等一大批有志青年都是他的学生，领受教诲颇多。他对国事颇为关注，曾设法营救被袁世凯迫害的杨德麟，规劝杨度不要为袁世凯复辟帝制鼓吹，支持和参加新文化运动，为创建湖南大学奔走呼号等等。他还为《新青年》撰写论文，推荐文章。与徐特立、黎锦熙等组织编译所，编辑出版中小学各科教科书，翻译了《西洋伦理学史》，编辑了《论语类抄》、《教育学讲义》等书，《达化斋日记》、《杨昌济文集》为其传世之作。
杨昌济对教育提出过许多有见地的观点：主张知行统一，注重实践，反对空谈；主张以道德教育为中心，德、智、体全面发展，提出“立志、理想、爱国、殉国、勤勉、存诚、立功、勇敢、坚忍、贵我通今”等十个方面内容，鼓励学生立志做有益于社会的正大光明的人；主张教育普及应与提高相结合；主张大力发展高等教育，反对赶时髦的留学之风；注重发现、爱护和培养人才，此乃“悠悠万事，惟此为大”；主张洋为中用，反对全盘西化。他认为一国有一国之民族精神，“吾人求学海外，欲归国而致之用，不可不就吾国之情形深加研究，何者当因，何者当革，何者宜取，何者宜舍，了然于心，确有把握而后可以适合本国之国情，而善应宇宙之大势”。
1918年6月，杨昌济应蔡元培之聘，任北京大学伦理学教授。同时他还为赴法勤工俭学学生筹措经费，推荐毛泽东到北大图书馆工作，促成了爱女杨开慧与毛泽东的婚恋关系。五四运动时，发表《告学生》一文，表达了对青年学生的热切期望。
杨昌济是一个有着时代叛逆精神的人。从其加入南学会，积极宣传新政和新思想可以知道他把自己置身于改革的浪尖前沿。杨昌济极其关心时事，对日本欲吞并中国早有所感。“余前在日本东京高等师范学校听其西洋历史讲义，谓中国人与罗马人同，唯宝爱其文化；虽外人入主其国，苟不伤其文化，即亦安之。私心揣测，谓日人不怀好意，颇有继满洲人入主中国之思想，此吾国人所当深念也。”
1914年6月，当时日本正逼袁世凯接受“二十一条”，《达化斋日记》涉及此事时说：“外人之谋我者着着进步，而我之所以自卫者毫无进步，甚可忧也。”1915年2月，袁世凯屈于日本压力接受“二十一条”，日记写道：“此国民之耻也”。“五七”国耻激发了全国人民的爱国怒潮，杨昌济“至第一师范学校，为国事而讲演，余以‘不死、求己、猛进、坚忍’八字勉诸生。”在袁世凯阴谋称帝时，第一师范的爱国师生是一致行动的，毛泽东曾以学生会名义，集康有为、梁启超的反袁文章，印发过小册子。对于正在进行的第一次世界大战，杨昌济也很关心。《达化斋日记》中有多处涉及了战事，报纸上关于交战双方武器装备的情况，他都择要摘记。他对时局的关心毫无疑问也影响了他的学生。杨昌济在教学中，常常把自己接触到的国外的各种各样的新思想介绍给学生。这些都对其学生产生了深远的影响。
1918年，在湖南思想文化界还相对沉寂的状态下，长沙出现了全省第一个提倡文化革新的团体——新民学会，它的发起者主要是毛泽东、肖子升、蔡和森等一批湖南第一师范学校风华正茂的青年学生。正是在其导师杨昌济的影响下，他们目睹当时社会的黑暗，人心的动荡，封建复辟思潮的泛滥，逐渐意识到非进行一场文化启蒙、道德改良运动不足以拯救中国，于是集合同志，于1918年4月14日成立了新民学会。新民学会的宗旨是“革新学术，溉肠品行，改良人心风俗”。“新民”之名出于“大学之道在新民……日日新，又日新”之意，并表明革新国民性是它的最终目的。学会规定会员必须具备纯洁、诚恳、奋斗和服从真理四个条件，并制定了不虚伪、不懒惰、不浪费、不赌博、不嫖妓等五条会员必须遵守的道德自律。
学会成立后，除第一师范外，长郡中学、周南女校、商业专门学校等长沙进步学生和青年教师相继入会，后会员发展到七八十人。新民学会原先所持有的是道德改良主义，直到五四政治运动之后，新民学会会员们接受了马克思列宁主义，才倾向于用暴力革命的形式改造社会。新民学会的精神导师是杨昌济，《新民学会会务报告》说：“诸人大都系杨怀中先生的学生，与闻杨怀中先生的绪论，作为一种奋斗和向上的人生观，新民学会乃从此产生了。”由此可见杨昌济对新民学会的影响之大。
1918年夏天，杨昌济应蔡元培校长之聘，出任北京大学教授，讲授伦理学和伦理学史。这时正是五四运动前夕，新文化运动进入高潮，北大师生最为活跃，各种组织、社团和刊物很多，系内有，跨系校的也有。杨昌济参加了哲学研究会和进德会等活动。1919年10月，邓中夏、黄日葵、许德珩等进步学生办《国民》杂志，杨昌济在该刊创刊号上发表了《告学生》，这是他教学生涯中最后一篇文章。文中表达了对青年的热切期望，以及对新思潮的态度。杨昌济这时的思想倾向仍属于爱国主义和民主主义，未能脱离“教育救国”的理想，同已开始宣传马克思主义和十月革命的李大钊、陈独秀有所不同，但也不同于胡适所认定了杜威的实用主义，而是要积极研究各种西方的新思潮，根据中国国情，“斟酌古今，权衡中外”加以比较抉择。
教育救国论
杨昌济具有高度的爱国主义精神。多年的塾师生涯，日益冲淡他两次科举应试不第的伤感，培养了他对教育事业的热爱之情。他曾在《杂感》诗中写道“松桂一庭绿，雨声凄正繁。诗书从意读，景物未全残。幸有生徒乐，初无风雪寒。胡为常郁郁，天地尚平安”。在戊戌变法期间，他由热心科举到绝意仕进，信奉改良主义，主张教育救国，其代表作为《论湖南遵旨设立商务局宜先振兴农工之学》。继而经过戊戌变法失败后的沉思和“自卫军”武汉起义失败后的激励，决心到海外去寻求救国救民的真理。
1903年春，杨昌济赴日留学，启程前改名“怀中”，表示身赴异邦而心怀中土。在10年的留学生涯中，其教育思想由资产阶级改良主义转变为民主主义。1913年春他回忆说“余自弱冠，即有志于教育。值世局大变，万国交通，国内人士，争倡变法自强之议，采用东西洋各国成法，创兴学校，以图教育之普及。余以为处此时势，非有世界之智识，不足以任指导社会之责。于是洋求学，留于日本者六年，复至英国留居三年有余，又往德国留居九月”。当时，谭延闿聘请他出任湖南教育司长，但他婉言拒绝，而选择任湖南一师教员。他说：“教育者，寂寞之事业，而实为神圣之天职，扶危定倾，端赖于此，有志者固不以彼而易此也。”因此，他在一师的5年半，始终“自闭桃源称太古，欲栽大木拄长天”，以实现改造社会、振兴祖国的理想和抱负。
他曾说：“从政治上求变，变之自上者也；从教育上求变，变之自下者也。变之自上者效速而易迁，变之自下者效迟而可久。高以下为基，吾宁自教育始矣。”所以他说：“欲救国家之危亡，舍从事国民之教育，别无他法。”这种教育救国论的思想对青年毛泽东的影响也是比较深的。所以当毛泽东在一师毕业以后相当长一段时期内，还被读书从事教育事业与从事现实政治斗争的矛盾所困扰。同时，毛泽东在《民众大联合》中所以称道克鲁泡特金一派的“温和”方法意思“更广，更深远”，显然也是受了杨昌济的这种改良主义思想的影响。
在1915年，杨昌济与蔡元培一个堪称经典的对话，蔡元培与杨昌济讨论教育救国时，蔡元培说教育救国就是培养一大批有知识有理想的年轻人来拯救国家，甚至是通过全面教育全面提高中国人的知识文化水平来救国兴国。当时杨昌济立即反驳他，说教育救国就是育一人而救国，因为当时杨昌济与杨度曾经就君主立宪救国进行过多次讨论和切磋。
历史证明，最后杨昌济的想法得到了实现，他培养的学生许多为中国近代历史赫赫有名的人物，如毛泽东、蔡和森、向警予、罗章龙等等。此外，像革命元老徐特立、林伯渠等也受他的影响颇大。
教育本质论
杨昌济认为“有目的、备方案，予人以意识的感化，乃谓之教育”，这一论述不仅强调了教育的三要素——教育的主体是人；教育的客体（对象）也是人；教育是有目的、备方案的意识的感化，而且包含了教育的性质、任务、对象和方法等内容，从本质上指出教育是人类社会特有的一种现象，是按照一定的社会要求，对受教育者的身心施以影响的一种有目的、有计划的活动。
教育是人类自觉而有目的、备方案的活动，因此必然对人类生活和社会发展产生积极的作用。关于教育的社会作用，杨昌济既反对18世纪法国启蒙学派如爱尔维修提出的“教育万能论”，也反对18世纪末至19世纪初在欧洲、特别在德国兴起的“教育不可能论”，指出前者夸大教育的作用，后者否定教育的作用，两者“同为极端之说”。在此基础上，他提出教育与政治互为因果的观点“教育与政治有密切之关系，互相为因，互相为果”、“无善良之政治，则不能有善良之教育；亦可云无善良之教育，则不能有善良之政治”。教育对政治的影响，在于“昌民族之精神”、“救人心之陷溺”、“根本之革新”，且“通乎古今”、“伸于百世”。为此，他终身从教，以“感化青年”为己任。
杨昌济一生十分重视哲学思想的研究，认为“人不闻道，是谓虚生”，又说：“近世各种科学，各研究宇宙现象之一部，哲学则以宇宙之全体为其研究之目的物，故学问以哲学为终极。宇宙为一全体，有贯通其间之大原则，宇宙间所有一切之现象悉自此大原则而生，吾人当深思默会，洞晓此大原则，所谓贯通大原也。”这些深刻地影响到青年毛泽东。在《讲堂录》中，就可以看到毛泽东记录的杨昌济介绍的某些哲学观点。
1914年冬，以杨昌济为首组织了一个哲学研究小组，其成员有毛泽东、黎锦熙、蔡和森等人。杨昌济推荐给小组的读物是西洋哲学、伦理学和宋明理学。毛泽东将杨昌济翻译但尚未出版的《西洋伦理学史》译稿借来，整整抄了七个笔记本，认真地进行研究。杨昌济不仅向青年毛泽东传授了丰富的中西方哲学史知识，而且其“贯通大原”的思想也深深地影响了青年毛泽东，激励着他热烈地探讨宇宙的大本大源。当时，毛泽东宣称：“夫本源者，宇宙之真理。天下之生民，各为宇宙之一体，即宇宙之真理，各具于人人之心中，虽有偏全之不同，而总有几分之存在。今吾以大本大源为号召，天下之心其有不动者乎？……故愚以为，当今之世，宜有大气量人，从哲学、伦理学入手，改造哲学，改造伦理学，根本上变换全国之思想”。另外，《讲堂录》及杨昌济的其他有关著作表明，他经常教导毛泽东等学生“不说大话，不好虚名，不行架空之事，不谈过高之理”。杨昌济这种注重学以致用、知行统一的思想，也曾给青年毛泽东以深刻影响。
教育目的论
教育目的是把受教育者培养成为一定社会需要的人。杨昌济认为，教育必须培养学生“生存竞争”的能力，指导他们认识自然和社会环境，懂得自然和社会“永久不变之法则”，并引导他们关心社会的进步，养成一种“公共心”。基于此，并考虑当时国家的前途、社会的现实和经济的发展，他主张培养五种类型的人才：一是竞争型人才——“国际之战争，人才之战争也”，一个国家如果不注重人才的培养，必将严重地削弱自己的独立和富强。
二是管理型人才——他深感当时社会上人才奇缺，不能为国家“图治”，因而指出“现在之人才可与图治否？能应之者鲜矣。不能望之于现在之人才，乃欲望之于将来之俊彦，悠悠万事，无此为大”。