有一次讲二战以后前苏联在国际政治上的地位，那时候他就看出来二战后的世界将变成两极，一个以美国为中心，一个以前苏联为中心。还有一次纪念五四的座谈会，请了好几位学者去讲，华罗庚也出席了。华罗庚说，德国的科学很发达，可是德国没有民主，它的科学给世界人民带来了灾难，所以我们应该科学、民主两者并重，缺了哪一个都不行。曾昭抡立论的前提、结论和华罗庚一模一样，可是推论的过程正好相反。他说：德国原来有科学，希特勒上台以后没有民主，也就没有了科学，由此可见，科学的进步必须依靠民主，没有民主就没有科学的进步，所以我们既要重视科学，也要重视民主。他们两个人的出发点、结论都是一样的，只是两个人的推论过程是不一样的，通过这次演讲，很多同学的兴趣落在了“科学、民主到底有没有联系”这个问题上。于是大家明白了科学总需要不断翻新的道理，如果没有民主的话，那就是独裁、定于一尊了，谁代表绝对真理就都得听谁的，大家成为思想的奴隶，科学就没有进步了。
曾昭抡认为，要提高高等学校的教学质量，必须要提高教材质量和师资质量。随着科学技术的不断发展，教材和教学方法也要不断更新。他在实践中努力体现这一教育思想。为了制订全国高等学校教学大纲，他亲自抓典型，经常深入到学校的教师、干部和学生中去，了解情况，听取意见，与大家平等的交换意见和看法。
在从事教育工作的同时，曾昭抡还十分热心我国的科学事业。1955年，他当选为中国科学院学部委员，并兼任中国科学院化学研究所第一任所长和全国高分子委员会主任。这时他已经兼任20多个职务，他抽出时间并认真做好每一项兼职工作。
曾昭抡一生十分热心学术团体和学术刊物工作，他很早就参加了中国科学社、中国自然科学社、中国化学会、中国化学工程学会和美国化学会等学术团体，并在其中担任了不少领导职务，参加了许多重要活动，特别是对中国化学会的创建和发展，做出了重要贡献。
中国化学会于1932年8月4日在南京成立，曾昭抡是主要发起人之一，并当选为首届理事，创办了中国化学会第一个学术刊物——《中国化学会会志》。以后又连续被选为十六届理事会的理事或常务理事，其中还曾担任过四届会长和一届理事长，为该会和所办刊物，做了大量工作，立下了不朽的功绩。《中国化学会会志》（今《化学学报》前身）于1933年创刊，是我国第一个外文版化学学术期刊，用英文、法文、德文发表我国化学研究成果，在促进化学研究和加强中外学术交流中占有重要地位，受到国际化学界普遍重视。这一刊物能有如此高的水平和影响，主要应归功于曾昭抡的精心编辑和扶植。抗战期间和国内战争期间，办刊条件极端困难，甚至有时无经费出版。曾昭抡省吃俭用，任凭衣鞋破烂，把积攒的钱，几乎全部都用到这份刊物上。他任《中国化学会会志》总编辑长达20年之久，为办好这个刊物，付出了无数心血。
除《中国化学会会志》外，曾昭抡还担任过《科学》、《化学工程》编委，《化学》的“中国化学撮要”专栏主编和美国《化学文摘》特邀撰稿人。不管工作多么繁忙，时局多么动荡，他始终坚持积累资料、撰写稿件，从而博得了《化学》总编辑戴安邦和美国《化学文摘》社的赞赏。由于他多年的不懈努力，使“中国化学撮要”栏被誉为《化学》的最精彩部分，同时能使中国化学研究成果及时地在《化学文摘》中得到反映。曾昭抡作为中国化学会的领导人之一，十分注意总结过去的历史，展望未来的发展，并对如何办好学会、如何办好刊物，提出了许多宝贵见解。
1935年8月，中国科学社等6个学术团体在南宁联合召开年会，曾昭抡代表中国化学会参加，被推选为大会主席团成员。他在大会上做了“中国化学会与中国化学之进展”的讲演，对中国化学会的成立和在学术史上占的重要地位，做了总结和阐述。
1936年他又写了《中国化学会前途的展望》一文，提出了学会的前途和任务，他指出：“学会的任务有许多方面，最重要的要算发行刊物、联络会员间的感情、促进这门科学的发展和传播这门科学的知识。”他还强调学会的领导要定期更换，并注意选拔新生力量。他说：“任何事业，新鲜血液的输入，总是需要的，学会也不例外。鼓励后进的同行，欣悦他们的成功，一反从前‘同行是冤家’的谬论，是我们科学家应有的胸襟，也是中国化学会发展的重要动力。”曾昭抡的这些见解，具有重要历史意义和现实意义。
晚年无私奉献
1957年，党中央根据毛泽东同志提出的“百花齐放、百家争鸣”的方针，公开号召党外人士帮助党整风。曾昭抡作为民盟中央常委和其科学规划组的召集人，积极响应了这一号召。
为了解决当时科研工作中存在的一些问题，曾昭抡和千家驹、华罗庚、童第周、钱伟长等经过调查和座谈，向国务院科学规划委员会写了一份《对于有关我国科学体制问题的几点意见》的报告，就关于保护科学家，关于科学院、高等院校和业务部门的研究机关之间的分工协作，关于社会科学，关于科学研究的领导和关于培养新生力量等五个方面的问题，提出了许多宝贵的建设性意见。《光明日报》在1957年6月9日发表了这份报告，并加了“互相监督，开拓新路”的短评，予以推荐和称赞。
这个报告指出了当时在我国科技体制和知识分子政策方面存在的问题，而且提出了一些办法和建议。例如，针对一些科学家脱离科学的偏向，提出要协助他们妥善解决时间、助手、设备、经费以及合理安排使用等问题；针对科学院、高等学校和工业部门之间存在本位主义，提出了合理使用人力和协调彼此关系的建议；针对在升学、升级、选拔研究生和留学生时片面强调政治条件的倾向，提出了今后应当业务与政治并重、人民内部在培养机会上应一视同仁等建议。
曾昭抡主持起草的这份报告，与后来我国制订的《科研工作十四条》、《高教工作六十条》等科学、教育方针政策的基本精神是一致的，可见他们是有远见卓识之士。然而这些宝贵意见在当时不仅没有被采纳，反而被视为“反党反社会主义的科学纲领”，在全国范围内受到了批判。
为了帮助党整风，当时民盟中央副主席章伯钧、史良召集民盟中一些知名学者、教授举行了一次汇报会，参加会议的曾昭抡、费孝通、钱伟长、黄药眠、陶大镛、吴景超等，在会上谈了一下个人所接触到的情况以及对形势的一些看法。这六位教授很快就被划为大右派，成为重点批判和讨伐的对象，这就是当时闻名全国的“六教授。”
曾昭抡从进步教授到领导干部，忽然间又成了大右派，许多人都感到惶惑不解。在批判曾昭抡的会上，拿不出令人信服的材料，有人便特意去找他的学生唐敖庆，让唐揭发他的问题。唐敖庆说：“我不能揭发我的恩师，因为我不知道他有什么罪行。”当让唐敖庆写揭发曾昭抡的书面材料时，唐敖庆实在无奈，只好写了一份他从1936年入北京大学化学系至1950年留学回国这一段时间与曾昭抡接触的历史。他写了与曾昭抡参加步行团、由长沙到昆明的情景；曾昭抡在西南联大认真讲课、反对国民党、支持共产党、积极搞民主运动而深受学生敬佩的情况，以及曾昭抡教授带他们到美国去留学的情况。这哪里是揭发材料，简直是回顾师生之情的赞歌，它也充分体现出唐敖庆这位正直无私的科学家坚持真理的可贵精神。
曾昭抡工作勤奋、待人和气，虽身居领导岗位，但毫无官架子。在教育部工作时和他接触过的一些人，包括他的秘书、警卫员和勤杂工都对他十分尊重，并为他被划为右派和撤销副部长职务而感到十分惋惜。
曾昭抡被划为右派后并没有悲观失望，但撤销职务、停止工作却给他带来莫大痛苦。南开大学杨石先校长十分理解曾昭抡的心情，曾两次给校党委打报告，提出要曾昭抡到南开大学工作，但未能得到如愿的答复。1958年4月，他应武汉大学李达校长之邀，经中央有关部门同意后，只身一人前往武汉大学化学系执教。此时，他已年近花甲。虽然因做行政方面工作而脱离教学第一线多年，但又有机会回到熟悉的讲台和实验室，直接为国家培养人才和发展科学事业贡献力量，而使他异常兴奋。
1960年，全国第一批右派摘掉了帽子，曾昭抡亦在此列。从此，他心情舒畅，精神焕发。每天不是在实验室指导实验，就是在图书室查阅资料，不分白天黑夜，不管严寒酷暑，每天坚持十多个小时的工作。1961年，他不幸患了癌症，学校领导要送他到北京看病、疗养。他谢绝领导的关心，坚持一面工作一面治病。三年的时间，他看了数百篇文献资料，撰写了一百多万字的科学论文，并培养了一位青年助手编写讲义，接替他所开设的课程。这期间，他除了用通信方式继续带研究生外，还坚持每年回学校两次，每次三个月左右，指导教学和科研工作。1963年12月，国家在天津召开高等学校有机化学讨论会。他抱病参加会议，由两个人扶着走上讲台，向大会作《元素有机化学进展》的学术报告，使听众深受感动。他一贯注重造就人才，全国著名的高分子化学家王葆仁、有机化学家蒋明谦和量子化学家唐敖庆，都是他早年的助教和学生。
1964年11月在武汉召开教育部直属高等学校元素有机化学科学讨论会时，他带病亲自写信，邀请这一领域的著名学者、教授参加，共同交流学术思想、检阅科研成果、讨论发展方向，为促进我国元素有机化学的发展做出了贡献。
在他的影响和带动下，武汉大学化学系在科研、教学和培养人才方面均做出了成绩，除发表了一批水平较高的研究论文外，曾昭抡还顶住癌症的折磨，组织撰写了《元素有机化学》丛书，第一册《通论》由他亲自执笔撰写，共7章二十四万多字。该书出版后，当听到同行们一致肯定这是我国第一部元素有机化学方面的成功著作时，他心里充满了和死神斗争获得了胜利的喜悦。
1964年，他向领导写的一份思想汇报中，对死神发出了挑战：“我虽年老有病，但精神未衰，自信在党的领导下，还能继续为人民服务一二十年，以至更长的时间，争取为国家做出更多的贡献。”遗憾的是文化大革命开始后，灾难又降临到他的身上。他的夫人——北京大学西语系著名教授俞大絪首先被残酷地夺去了生命，他也被作为大右派、反动学术权威进行批斗。当癌细胞开始转移、病魔严重威胁着身体时，他不仅得不到必要的治疗，也逃脱不了被隔离审查和批斗的命运。不仅在肉体上受到了摧残，而且在精神上受到了折磨。他终于在1967年12月8日默默无闻的离开了人世，终年68岁。然而，中国学术界这位杰出的人才，他终生奋斗的光辉业绩和令人难忘的高风亮节，却永远留在人们的心中。
1978年9月，中国化学会在上海举行第二十届年会，四百多位化学工作者对在文化大革命中去世的曾昭抡等著名化学家表示深切怀念和哀悼。1980年4月，中国化学会在北京召开全体理事会，理事长杨石先和常务理事柳大纲、戴安邦、袁翰青、王葆仁、唐敖庆等著名科学家，纷纷提出曾昭抡的右派问题应予改正，希望有关部门尽快为他落实政策、恢复名誉。
1981年3月3日，经中共中央批准，教育部在北京八宝山革命公墓举行了追悼会，为曾昭抡平反、恢复名誉，教育部长蒋南翔主持追悼会，方毅、刘澜涛、杨秀峰等有关领导和首都科技界、教育界及武汉大学的代表共三百多人参加了追悼会。中国民主同盟副主席楚图南在追悼会上宣布，关于曾昭抡同志被错划为右派问题，经过复查，中共中央已决定改正。对他参与起草的关于我国科学体制问题的几点意见被当作“反党科学纲领”加以批判的问题，也给予平反，恢复名誉。
曾昭抡执教多年，又长期从事高校与高等教育的管理工作，对我国化学和教育事业均有卓越贡献。为发扬曾昭抡严谨治学、献身科学的精神，鼓励青年一代为振兴中华而刻苦学习、攀登科学高峰，武汉大学于1985年特设置“纪念曾昭抡化学奖金”，每年评审一次，以奖励在校取得优异成绩的大学生和研究生。