1925年，梅贻琦当选为清华教务长，自此便开始致力于学校管理的民主化、制度化建设。任校长后，他更是毫不顾忌其权力必然受到削减，不遗余力、大刀阔斧地实施改革，完善清华大学的民主管理体制。这是他一贯作风民主的结果。据清华法学院院长陈岱孙教授回忆：“他平易近人，作风民主，学校大事率多征询教师意见，这也和他的谦逊平和的性格有关。”因此，虽说清华在梅贻琦之前已有民主治校的态势，但最终使民主管理成为定制的是梅贻琦。朱自清曾这样评价：“清华的民主制度，可以说诞生于十八年。……但是这个制度究竟还是很脆弱的，若是没有一位同情的校长的话。梅月涵先生是难得的这样一位校长。……他使清华在这七八年里发展成一个比较健全的民主组织。同仁都能安心工作，他使同仁觉得学校是我们大家的，谁都有一份儿。”梅贻琦经常说的一句话是“吾从众”，并把自己比喻为京剧里的“王帽”，意思是虽然锦袍玉带、前呼后拥，但实际上不是主角。这并非梅贻琦自谦，而是他真正把自己纳入了民主管理的体制之中。
梅贻琦对学校实施民主管理的核心是教授治校。教授治校就是在学校管理中充分发挥教授的作用，让其参与到具体的管理学校的工作中。教授治校的组织基础是教授会、评议会和校务会议同时存在。教授会由全体教授、副教授组成，其职责是：审议、改进教学及研究事业和学风改进的方案；学生成绩的审核和学位的授予；建议于评议会的事项及由校长或评议会交议的事项；互选评议员等。教授会不经常举行会议，但对校内发生的大事是主动过问的。教授会由校长（无校长时，由执行校长职务的校务会议）召集和主持，但教授会成员可以自行建议集会。校务会议由校长主持，教务长和各院长参加，它是学校的行政审议机构，其主要职能是议决一切通常校务行政事宜，协调各学院、学系间的问题等。评议会是这个体制的核心，以校长、教务长、秘书长、各学院院长及教授互选之评议员若干人组成。互选之评议员人数比当然成员的人数规定要多一人。同时各院院长都由教授会从教授中推荐，教务长习惯上也于教授中聘任。评议会实际成为教授会的常务机构，其职能包括：议决大学的重要规章制度，审议预决算；议决基建和其他重要设备；议决学院、学系的设立或废止；议决选派留学生计划和经费分配；议决校长和教授会交议的事项。学校的主要法案、章程也都由评议会发起动议、制定，它还是校长的咨询机构。可见，评议会是校内最高决策、立法和审议机构，其决议对学校各级行政领导都有一定的约束力。因此，所谓“教授治校”是通过评议会的职能和作用来实现的。在当时的历史背景和社会状况下，教授治校的管理体制为清华大学创造了一个宁静、宽松的教育环境，清华大学“黄金时代”的形成它也发挥了重要作用。对此陈岱孙教授是这样评价的：“在清华实行了十八九年的校内领导体制，在很大程度上，是当时环境下的产物。在校内，它有以民主的名义对抗校长独断专权的一面；在校外，它有以学术民主的名义对抗国民党派系势力对教育学术机构的侵入和控制的一面。这一体制的确立和巩固，是和梅贻琦先生作风和支持分不开的。”现在看来，这个评价是比较公允的，梅贻琦对清华教授治校管理体制形成并最后确立的确作出了重要的贡献。
在民主管理学校时，梅贻琦将法律置于了十分重要的地位。他担任校长期间，别人称之为“无为而治”，他本人则常以“吾从众”自喻，其实质则是他一生奉行不渝的法制思想。民主与法制不仅是对立的，而且是统一的，只有奉行法制，才能更好地发扬民主。梅贻琦对此有深刻的认识，所以他执掌学校时，凡校中大事，无不设有专门的立法机构，订有完善而具体的规章制度。仅从刘述礼等编的《梅贻琦教育论著选》的附录来看，梅贻琦遵行或主持制定的规章制度就多达59件，其中包括《清华学校组织大纲》《教师服务及待遇规程》、《研究院章程》、《图书馆委员会章程》等。这些规章制度对清华大学的各项工作都作了明确的规定，使学校管理工作有章可循，有法可依。譬如在学校高层领导方面，仿效当代资本主义国家通行的“三权分立”制度，使校长、教授会、评议会互相牵制、互相监督，令任何人都无法独断专行。面对这种权能分立、互相制约的管理体制，想独断专行的校长肯定会感到处处碍其手足，但对梅贻琦，这一切不仅没有妨碍他管理才能的发挥，相反却使他摆脱了不必要的纠缠和干扰，安心去实现他的理想。“一切照章办事”，除此之外，他手中决无任何超越权限之外的诸如“校长特批”、“校长专款”之类的特权。这些都值得我们学习和借鉴。
梅贻琦倡导和实施民主治校，这种民主治校并不是松散管理。相反，他管理学校是相当严格的，这在对教师和学生的管理方面可以得到充分的体现。梅贻琦对进入清华大学之师生的标准进行了规定，而且形成制度，严格照章办事，使一些不够格而想通过不正当途径进入清华的人不能“越雷池”一步。教师入聘，须经校内最高水平的聘任委员会认可，否则，任何人都休想混入清华教坛。学生入校，一律凭入学考试成绩。梅贻琦与秘书约定，凡是关于这一方面的求情信件，不必呈阅，也不必答复，搁在一旁，“专档收藏了事”。他的女儿就因不够清华录取分数线而进入了其他学校，所以没有人敢在这方面网开一面。在教学管理上，他要求教师上课不能迟到和无故缺席。教师上课要点名，并根据教务通则第33、34条规定，“学生一学期内，无故缺课（体育及军事训练在内）满16小时者，由注册部予以警告。满20小时者，由注册部报告教务长，酌予训诫。训诫后仍无故缺课5小时者，即令休学一年。”“一学期中因任何事故于某学程缺课三分之一者，不得参与该学程之学期考试。该学程成绩，以零分计。”在学校和教师的严格督促下，一般学生不敢轻易旷课，使学校维持了良好的教学秩序。梅贻琦治校严格的另一表现是当时清华大学对学生的淘汰率极高。梅贻琦任校长之初，理学院对学生的淘汰率最高达60％，最低也有42％。工学院最高达59．4％，最低为32％。淘汰率过高使学生学习紧张、压力过大，但这无疑有利于保证清华的学生质量，形成良好的学风。