小学教育思想
一提到蔡元培，人们首先想到的是他创造的北京大学的辉煌成就及其大学教育思想。其实，早年蔡元培曾在小学任教，关于小学教育也有许多值得我们借鉴的思想。
蔡元培自始至终都十分重视小学教育，他在《自写年谱》中写道：小学没有办好，怎能有好中学？中学没有办好，怎能有好大学？反之，若没有好大学，中学师资哪里来？没有好中学，小学师资哪里来？合起来，就是自小学到大学，均需要重视，均需要整顿。
关于小学教育的目标，他认为“小学教育以留意儿童之身心发育，培养国民道德之基础，并授以生活所必须之知识技能为宗旨”。他还指出：“儿童身体，宜期其发达健全；凡所教授，必适合儿童身心发达之程度；于男女诸生，应注意其特性及将来生活，施以适当之教育；各科目教授之目的方法，务使正确，并宜相互联络以资补助。”
“五育”并举
在中国近代教育思想发展史上，蔡元培第一次提出了军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育和美感教育“皆今日之教育所不可偏废”的教育思想。“五育”并举是蔡元培教育思想的一个显著特点，也是他对于中国近代教育理论的重大贡献。
这一思想是在辛亥革命胜利不久，南京临时政府刚刚成立时提出来的。当时，中国的教育正处于一个重要的历史转折关头，随着辛亥革命的胜利，在中国实行了几千年的封建统治被推翻了，但是教育领域中封建教育的改革刚刚起步，只是颁布了一些具体的暂行规定，还缺乏明确的教育指导思想，缺乏新的教育宗旨。
蔡元培认为，探究教育之归属与地位，厘定教育之宗旨与方针，这是教育改革的基础与根本。也就是说，要想使资产阶级对封建教育的改革能够深入、健康地开展，必须在统一的教育思想指导下，尽快地确定出一个反映资产阶级要求的教育宗旨，以规定资产阶级对于人才培养的目标和要求。正是基于以上的认识，身为教育总长的蔡元培虽日理万机，但他始终殚精竭虑于新教育的理论思考。1912年初，他在出任教育总长时提出，教育方针为“在普通教育，务顺应时势，养成共和国民健全之人格”，同年二月，他发表《对于新教育之意见》一文，明确提出废止忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实的封建教育宗旨，根据专制时代和共和时代对教育的不同要求，提出军国民主义教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育及美感教育“五育”并举的教育思想。
蔡元培提出的“五育”并举是以军国民教育、实利主义教育为急务，以道德教育为中心，以世界观教育为终极目的，以美育为桥梁的教育思想体系。在“五育”中，军国民主义为体育，实利主义为智育，公民道德及美育近于德育；而世界观则统三者而一之。他把教育分为“隶属于政治”与“超轶乎政治”两类。军国民教育、实利主义教育和道德教育三者为“隶属于政治”一类，世界观教育和美育是“超轶乎政治”一类。蔡元培尤其注重后两者，他曾说惟世界观、美育“鄙人尤所注重”。
蔡元培认为，尽管“五育”各自的作用不同，然而均是“养成共和国民健全之人格”所必需的，是统一的整体所缺一不可的，是相辅相成、相融相通的。蔡元培还形象地把“五育”比作人身，军国民主义是人的筋骨，实利主义是胃肠系统，公民道德是呼吸循环系统，美育是神经系统，世界观是心理作用，以此说明五者的关系。
同时他又指出，这五种教育并不是平分秋色、没有重点的，而必须以公民道德教育为根本，“五者以公民道德为中坚，盖世界观及美育皆所以完成道德，而军国民教育及实利主义，则必以道德为根本”。
“五育”并举是以公民道德教育为中心的德智美诸育和谐发展的思想，这在中国近代教育史上是首创，它适应了辛亥革命后资产阶级改革封建教育的需要，顺应了当时中国社会的变革以及世界发展的潮流。
军国民教育
军国民教育即军事体育，这一教育思想在清末由国外传入。军国民教育作为一种教育主张，在维新变法时期就已经产生了，以后逐渐发展。鉴于中国近代积弱致侮的事实，一些有志之士提出改变中国重文轻武的教育传统，培养国民的强健体魄和尚武精神，强体强兵，抵御外辱。他们主张将军事教育引入到学校和社会教育之中，让学生和民众接受一定的军事教育和训练。在学校教育中，强调学生生活的军事化，特别是体育的军事化等。
蔡元培认为“军国民教育者与社会主义背驰”，并不是理想社会的教育。然而在中国，却是“今日所不能不采者”，主要因为当时中国“强邻交通，亟图自卫，而历年丧失之国权，非凭借武力，势难恢复”，即为了反对帝国主义侵略，必须借助武力自卫，这就要实行军国民教育。就国内而言，为了改变当时国内封建军阀拥兵妄为的现状，打破军人成为全国中特别之阶级的局面，就要“行举国皆兵之制”，否则就不能“平均其势力”，这也要求进行军国民教育。由此可见，蔡元培主张军国民教育是为了对外实行自卫，对内反对军人的强权统治，这也充分反映了他寓兵于民、对抗军阀拥兵自雄、捍卫民主共和的良苦用心。后来，他把军事体育发展成为普通体育。他认为体育是培养“共和国民健全之人格”的重要环节，他说：“健全的精神，必宿在健全的身体”，如果一个人的身体不健康，精神上也必会感到痛苦。他要求学生“各就所好，多多运动”，以强健身体，振奋精神。
实利主义教育
实利主义教育是蔡元培对当时流行于欧美、以杜威为代表的实用主义教育思想的一种概括，他说：“此其说创于美洲，而近亦盛行于欧陆”，“今日美洲之杜威派，则纯持实利主义者也。”尽管蔡元培当时对杜威实用主义教育学说的理解不一定全面，但实用主义教育学说确是因为蔡元培的介绍而为中国教育界所认识的，从此引起人们的广泛关注。
实利主义教育即智育，是进行生产和知识技能的教育。实利主义教育主要向人传授各种普通的文化科学知识和发展实业的知识，培养人的劳动技能，对人进行一定的职业训练。进行实业主义教育的目的，是为了提高人民的富裕程度，增强国家的财力，这样才能在世界竞争中立于不败之地。蔡元培认为“实利主义教育，以人民生计为普通教育之中坚”，是人民致富脱贫的途径。他认为“今之世界恃以竞争者，不仅在武力，而尤在财力。且武力之半，亦由财力而孳乳”。同时，他还指出“我国地宝不发，实业界之组织尚幼稚，人民失业者甚多，而国甚贫。实利主义之教育，固亦当务之急者也”。他将实利主义教育视为富国强民、发展国家经济的一项重要手段，认为加强科学技术教育，提高生产力，发展国民经济，国家富强才能够在世界竞争中生存下来。
他认为实利主义教育除了可以使人学到文化科学知识之外，还可以使人的思维“臻于细密”，例如学习算学，既可以丰富知识，又可以使脑力反复运用，使人的思维日趋细密。
公民道德教育
公民道德教育即德育。他认为军事体育和实利主义教育虽是“强兵富国”之道，为了达到富国强兵的目的，需要军国民教育和实利主义教育，但是，仅有这两者是远远不够的，还必须有公民道德教育，“教之以公民道德”，“以道德为根本”，因为即使国富兵强，也会出现如智欺愚、强凌弱、贫富悬殊、资本家与劳工之间矛盾激化的现象。
蔡元培认为公民道德的基本内容主要包括法国资产阶级革命所标榜的自由、平等、博爱（“亲爱”），他说：“何谓公民道德？曰，法兰西之革命也，所标揭者，曰自由、平等、亲爱。道德之要皆尽于是矣。”可见，蔡元培所提倡的是西方资产阶级的道德观念，主张用自由、平等、博爱的资产阶级道德对公民进行道德教育。
他提倡这种道德观念的意图是与封建伦理道德观念相对抗，反对封建道德的专制等级性，并企图通过这种公民道德教育使人摆脱封建伦理道德对自身的束缚，从而改变被封建道德束缚的人与人之间的关系。由此可见，他提倡的公民道德教育具有明显的反封建的历史进步意义。
蔡元培在提倡西方资产阶级道德观念时，并没有全盘否定中国传统的道德思想。他明确指出，中国传统伦理特别是儒家伦理的一些基本范畴的内涵和西方资产阶级道德观念的精神是基本相通的，还将西方近代资产阶级“自由、平等、博爱”的道德观念分别比作中国古代儒家所提倡的“义、恕、仁”，把欧洲资产阶级道德观念同中国儒家的传统道德观念揉合在一起。
他认为，孔子所说的“匹夫不可夺志”，孟子所说的“大丈夫者，富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈”，自由之谓也，古人称之为“义”。自由突出主体对意志、思想、人格独立的追求，但应从主体而通于客体，“我欲自由，则亦当尊人之自由”。孔子说“己所不欲，勿施于人”，平等之谓也，古人称之为“恕”。平等强调对他人权利价值的尊重，但应由客体而归于主体，“我不以不平等遇人，则亦不容人之以不平等遇我”。但是平等与自由“要皆由消极一方面言之”，都不是积极的道德。在竞争的社会中，那些因天生残弱或为境遇所迫的人不会得到真正的自由和平等。“己欲立而立人，己欲达而达人”，同情、关怀和帮助弱者，使鳏寡孤独和废疾者皆有所养，中国古人谓之“仁”，“仁”就是博爱，是积极的道德。
蔡元培尊重文化的继承性和发展性的统一，他主张广泛吸收国外文化，同时，他又强调，吸收国外文化时“必择其可以消化者而吸收之”，并且“必须以‘我’食而化之，而毋为彼此所同化”，因此，他在摒弃封建道德的专制性和等级性的同时，汲取其中有利于资产阶级道德建设的养分。他批评有些志行薄弱者，一到国外留学，“即弃捐其‘我’而同化于外人”。
世界观教育
世界观教育属于实体世界，是“超轶乎政治的”，为蔡元培所独创并被作为教育的最高境界。
受康德心物二元论观点的影响，他认为世界可分为“现象世界”与“实体世界”两方面，而且二者不可分割。现象世界是我们可以经验到的，它和时间、空间不可分离，受因果律的制约，其存在形式是相对的，隶属于政治的。实体世界超越于经验之外，只可直观感悟，没有时间空间可言，不受因果律的制约，它的存在形式是绝对的，超越政治的。
他认为，人不仅拥有一个现象世界，还拥有一个实体世界。现象世界中的人，由于存在人我差别的意识，追求幸福的意识，而纠缠于由此而产生的种种矛盾。在实体世界中，人们摆脱了现象世界的种种矛盾，泯营求而化人我，能实现意志的完全自由和人性的最大发展，思想和言论也不受某一门之哲学某一宗之教义的束缚。因此人不能仅仅为了眼前的物质利益而生活，人还应有一种超越现象世界的追求，一种形而上的精神追求。蔡元培认为“非有出世间之思想者，不能善处世间事，吾人即仅仅以现世幸福为鹄的，犹不可无超轶现世之观念，况鹄的不止于此者乎？”追求超越现实的实体世界是人类的一种终极目标。
正是基于以上的认识，他认为教育应满足和引导人的这一精神需求，培养超轶现实的实体观念，指出“教育应立足于现象世界，而有事于实体世界”，认为在具体的知识传授、技能训练之外，教育还应有更高的目的，即探索永恒、深邃的精神世界，追求超现实的实体世界，使人达到最高的精神境界，这才是教育的最高目的。“使仅仅为灌注知识、练习技能之作用，而不贯之以理想，则是机械之教育，非所以施于人类也。”这就意味着教育的“架构”不仅是知识，也是生命；不仅内在于现世，也超越于现世，教育对人生终极目的与意义的追求是不可缺少的。教育以培养全人为目的，它不能不关注理想和信仰，因此他说“教育者，非为己往，非为现在，而为将来”。他认为教师和学生的职责都在研究学问，在于对人生智慧的根本探寻，而不应汲汲于功利的回报。所谓世界观教育，就是要培养人们一种立足于现象世界但又能超脱现象世界而贴近实体世界的观念，思考人之为人的价值，充分发挥人的自由个性，引导受教育者超脱现世，领悟最高精神境界，“使对于现象世界，无厌弃而亦无执著”，“使对于实体世界，非常渴慕而渐进于领悟”。他认为，这种世界观教育是知、情、意、德、智、体诸者的统一体。