1937年7月7日卢沟桥事变爆发后，北京中法大学的发展遭中断。虽因与法国的关系，北京中法大学得以维持至年底，但到第二年北京中法大学便因日伪的压迫，既不能招收新生，也无法公开上课，是年6月8日，伪北京特别市公署社会局因北京中法大学附属高级中学及附属西山温泉初级中学拒绝参加庆祝徐州陷落活动，便以“不服从地方主管教育机关命令”为由，发布第572号公函，要求中法大学将该两附中主任撤换，即日离校，不得转入校内其他部门；同时又颁布第2273号训令，勒令停学。在日伪的一再压力下，中法大学附属学校于7月20日被迫停课。有鉴于此，校方派代表潜行南下，请示教育部，建议学校南迁，并在昆明成立中法大学驻滇办事处，作为学校南移的联络机关，同时成立昆明附属中法中学，为大学南移作准备。1939年7月间北京中法大学得到教育部的批准，率先将理学院迁往昆明，以便为抗战培养所急需的人才。是年11月27日，中法大学理学院在昆明北门街59号正式开学。1941年8月，中法大学又呈准教育部，将文学院也迁至昆明招生上课，同时在西郊黄土坡建筑校舍150间，将理学院迁入，而文学院则留在北门街。
北京中法大学自停课南迁后，校长李麟玉和其他数位教授坚持留守北京，一边照管校产，一边从事研究工作。1941年7月10日和16日，伪华北政务委员会教育总署先后发布督办周作人签发的第344号公函和1370号训令，以中法大学及附属高中自1938年9月以后即中止授课，校舍悉数空闲为由，勒令校长李麟玉务必在8月1日之前将校舍全部移交伪北京大学法学院和伪北京女子师范学院接收应用，中法大学被迫迁至镭学研究所（即国立北平研究院理化部）。1945年7月镭学研究所复被日伪部队强占，中法大学再迁至所属铁工厂，在此过程中，学校的仪器和化学药品等损失颇巨。同年8月抗战胜利后，中法大学开始筹备复员工作，先后将校产收回。1946年暑假，大学部由昆明迁回北京，所有在北京的附属高中及温泉男女初中也均筹备复员，昆明附中则应当地的需要，仍留黄土坡原址。
1949年北平和平解放后，北京中法大学因经费困难，由私立改为国立，6月16日，中国人民解放军北平市军事管制委员会发布第152号令，派周扬、张宗麟、恽子强为军管会代表，接管中法大学。9月23日，华北高等教育委员会发布第1475号令，决定自即日起撤销军管代表和接管小组，由校长、教务长、秘书长、总务长、教职联代表和学生代表共九人组成校务委员会筹备委员会，协助校长处理校务。1950年10月6日，中央人民政府教育部下发由部长马叙伦盖印的第811号令，决定中法大学于1950年暑假后停办，该校原有之文史系、法文系合并于北京大学；经济系、生物系合并于南开大学；数学系、物理系、化学系合并于华大工学院，以上三系学生如有不愿去华大工学院者，可去北京大学就学。至此，北京中法大学正式停办。
北京中法大学虽然只存在了30年之久，但它在中国近代教育史上却是一所颇有特色的私立大学，且有相当的规模和影响，不乏可纪之处。
在学制上，北京中法大学一方面依据中国学制，同时又受法国大学区制的影响，大学不只限于高等教育，而是包括大中小学三级教育，互相衔接，所在校区，城内城外，远及数十里。北京中法大学附属的中小学部是大学的一个有机组成部分，完全纳入大学的管理之下。根据《北京中法大学章程》规定，中小学部各校设主任一人，由校长聘请，代理校长主持校务；各中小学的教务主任、教员、监学、事务员也均由主任推荐，校长聘请。北京中法大学的校长不但负责大学事务，同时也全权负责各中小学事务，这与当时国内一些大学附设的中小学是有所不同的，充分体现了法国大学区制的精神。李石曾十分重视这一点，明确指出：“法国大学分为十七学区，每区有一大学，即包含文理医法等科与中小学，此即中法大学所欲采其长以行之者。于此言之，不仅关于一校，实亦一种学制之试验也。”
在校风和学风上，李石曾提倡互助、勤劳、节俭，强调本校在德育方面，除普通德育外，特别重视以下两点：积极方面注重互助；消极方面注重节俭。在体育方面，除普通体育外，特别强调工作勤劳、接近自然的重要性。在学风上，则重视自然科学，重视实践和应用，北京中法大学组织大纲第一条即规定“本大学以研究高深学术、养成专门人材，并注重实习、致力应用为宗旨”。为此，北京中法大学不但在城内设有物理实验室、化学实验室、生物实验室、标本室和铁工厂，而且在西郊设西山学院，西山学院除陆谟克学院乙部，服尔德学院乙部、西山温泉各中小学外，还设有西山天然疗养院甲部（病后疗养，位于西山碧云寺）和乙部（肺痨病，位于西山玉皇顶）、温泉天然疗养院（皮肤、神经等病），第一、第二、第三农林试验场，以及测候所和天文台等，供学生试验和实习，强调西山学院的宗旨就是私淑中国宋代学者陶渊明和法国思想家卢梭的主张，接近自然，同时也突出自然科学的重要性，树立“于高深及应用学术，皆以自然科学为基础”的思想。
北京中法大学是中国近代一所颇有实力的大学。对一所大学来说，经费是其生存和发展的前提。在近代众多的私立大学中，北京中法大学的经费是较为充裕和稳定的。就办学条件来说，中法大学也可与当时国内的一些著名学府相媲美。再者，北京中法大学的师资力量也是非常雄厚的。最后，在课程的设置上，北京中法大学至30年代也基本趋于完备。
里昂中法大学
1919年巴黎和会期间，李石曾就法国退还部分庚子赔款进行活动，要求法国退还赔款用于海外大学建设。里昂大学医学院院长雷宾建议中方不要等法国退还赔款再筹建海外大学，他指出“退还赔款，不是一朝一夕可以解决，恐怕候款太久，建设中国大学之事，反至无形消失。不如先得一校舍，由中方分担小款，办一个雏形，可促成赔款的退还。”校址选择在里昂，在很大程度上是由于法方的建议和安排。早期里昂和中国的文化交流就有很好的基础，因为那儿有丝绸工业，与中国有商业往来。当时的里昂政要，如爱德华·埃里奥市长这样一些有影响的政治家对此表现出极大兴趣，并积极支持在里昂建立海外中国大学。里昂大学校长儒朋指出“与其设大学于巴黎繁华之区，不如创在里昂。里昂之大学分科，及高等专门学校，均尚完备。且附近山冈多荒废兵营，可以借用。”里昂不仅有一个有利的文化环境，而且高等院校数量众多，学科齐全，市政府又愿意将西郊的圣伊雷内堡拨给学校作为校舍。上述许多因素促成了筹备中的海外中国大学最终选址在里昂。
里昂中法大学筹建之初，考虑到在法国建立高等学校手续极其严谨，中法双方商定拟建的大学不具普通高校特性，而是依照法国1901年协会法的规定，以“协会”形式为法律基础，于1921年7月正式注册成立中法大学协会。1921年7月8日，“协会”举行首次会议，宣布成立里昂中法大学。
从创办历史背景来看，里昂中法大学和当时的勤工俭学运动有很深的联系，但它并不是完全为勤工俭学而设的。里昂中法大学的宗旨是为中国学生提供高等教育的机会，为中国培养一批高级学者和研究人员，同时为国内的大学提供合格的教授。
根据中法双方的协定，里昂中法大学由中法大学协会负责管理，“协会”成立董事会，成员由中法双方共同组成，主席由法国政府指定人士担任，为唯一法人代表，有权参与具有法律效应的活动，进行法律诉讼及支配财政开支等。里昂中法大学校长由中方人士担任，主要负责教学管理；校董会中，除财务长由法方单方担任外，其余职位均由中法共同兼任，即设有两位会长、两位副会长、两位秘书长和一位财务长；名誉理事会则包括了“对该校创建作出贡献和提供帮助的各界人士”，如中方的教育部部长、中国驻法公使和法方政界高层人士。但由于中方人员很多在国内，因此实际决策和管理还是以法方为主。
招考学生工作由中方全权负责，绝大部分学生在北京、广东、上海等地通过公开招考产生。里昂中法大学的学制四年，招考录取的学生先在国内接受两年大学教育后，再前往法国继续后两年的学习，但实际上，根据学生所选学科和攻读文凭的不同，在法学期为3至7年不等。一些已在法国勤工俭学的学生也在1928年和1929年经过特殊考试进入里昂中法大学学习。里昂中法大学的经费来源主要是李石曾等人在中国国内获得的赞助、中国向法方支付的庚子赔款、法国政府和里昂市政府提供的资助以及学生所享有的政府助学金等。中国社科院葛夫平《关于里昂中法大学的几个问题》一文，对经费来源进行了详细分析。他认为，里昂中法大学从建立到1927年，经费主要由广东政府、北京政府和法国政府提供，额度在40万至76万法郎之间，应该说经济基础比较薄弱；从1927年到1951年，里昂中法大学的经费完全由中法教育基金会从法国退还的庚子赔款中拨付，额度在85万至115万法郎之间，经费来源比较稳定，保证了学校的正常运转。1951年，由于经费断绝，里昂中法大学停办。
教育思想
李石曾在1923年北京晨报五周年纪念特刊上发表《教育谈》一文，论及他的勤工俭学思想。他把当时的教育观分为三派：主义或学者派，以蔡元培为代表，提倡“为学问求学问”；黄炎培提倡职业教育，是实用派的代表；而他自己则是“欲兼求主义与艺能者”，主张主义与实用相结合。“吾个人对于教育之观念，以为主义与艺能或学理与实用当兼全并重，必使全世界之农夫、艺匠皆有学者之知识思想，或即学者同有农夫、艺匠之功力，而终完全更代片面之职业与阶级，方足谓为教育之成功。今之治教育者必以此为方针，方足谓适当。”“吾之理想教育，则大学虽为最高学府，亦不宜忽于艺能。职业学校虽以应用见长，亦不宜忽于主义。吾信此可行而为应行者。”
他反对读书的不劳力、劳力的人不能读书的旧教育，认为：“殊不知无论学与工，皆不能不心力并用：学则有研理，亦有实习；工则欲善事，亦必运思。劳心劳力，何可以为工学之分。工学彼此为连属：习科学者绘图，职工事者运斤，学止为工之预备，工止为学之实施。学者当工，工者亦宜学。何与于治人与治于人之分？”李石曾勤工俭学思想的实质内容就是认为“求学”不是少数人所独享的特权，主张做工大学区制思想是在教育独立思潮的背景下提出与形成的。
教育独立思潮发源于清末民初，是经新文化运动到抗战爆发前形成主潮的反对军阀政客控制教育、强调遵循教育自身发展客观规律的思潮。在这样的背景下，李石曾、蔡元培认定大学区制是实施教育改革的最佳方案。
1927年6月，李石曾、蔡元培提议组成了中华民国大学院，取代了教育部。1928年1月至5月，国民政府公布了李石曾等人提议的修正大学区组织条例，规定：“取消各省的教育厅设置大学区，大学区名称以所辖区域之名为名。全国依各地之教育经济及交通状况，定为若干大学区，每学区设大学一所，大学设校长一人，综理大学区内一切学术与教育行政事项。”同时条例中具体明确了大学区的组织情况。大学区制有以下特点：大学区的划分与行政区域未必一致。大学区的划分依据各地的教育、经济以及交通状况，一个大学区可以包括一个省（市），也可以跨越几个省（市）。大学校长兼管全区教育行政。每个大学区都只设一所大学，大学设校长一人。而校长必须是资深的教育家或学者。大学校长综理大学区内所有包括高等教育、普通教育及其他方面的教育行政以及一切学术研究事宜。教育行政与学术研究平行进行在大学区内不仅设有专业教育行政部门，而且设有专门主管学术研究的研究院，学术研究独立于教育行政之外，与教育行政同时进行。教育行政的评议与执行分立。在大学区内设教育审议机构——评议会，评议会负责监督、审议教育行政的执行情况，受校长的领导。大学区制的这些特点最根本的一点就是努力实现教育家主管、监督教育的宗旨，使教育官僚化转向学术化。
李石曾一生都非常看重学术研究。“吾人同常以为人群事业、文化为最要之一，而文化事业中，研究又最要之一矣”。在大学区制的教育改革过程中，教育与学术并重一直是改革的一个方向。1927年6月，蔡元培、李石曾等人主持的教育行政委员会向国民政府中央政治会议呈请变更教育行政，提出“以大学区为教育行政之单元，区内之教育行政，由大学校长处理之，凡大学应设研究院为一切问题交议之机关”。李石曾等竭力主张学习法国的教育制度，建立专门学术研究机构，与教育行政机构同时并存，大学应包括各种专门的学术研究，以克服教育与学术脱节的弊端，使教育与学术同时发展，并突出学术在教育中的地位，为此，李石曾在组织北平大学区伊始，即积极组织创建了国立北平研究院，实践其教育学术并重思想，并取得了很大的成绩。