知识分子思想改造运动中，中山大学党组学习小组来许崇清家学习，讨论到正在流行的一句马克思的名言：“教育者必先受教育”。许崇清一听，马上从客厅起身，噔噔跑上二楼，翻出一本德文的马克思原著，捧在面前，一边走下来，一边逐字逐句地翻译给在场的人听，说这句话的原意应该是“教育者在教学的过程中，自己也受到了教育”即“教育者同时被教育着”。只字之差，语义却迥然不同。在场的人一片愕然。是啊，原本很朴素的一个辩证唯物主义命题，却被别有用心的人拿来作为改造知识分子思想的尚方宝剑。有人问他，“你就不担心吗？”许崇清只淡淡地回了一句：“做事不能走邪门歪道。”
“吾爱吾师，吾更爱真理”。是自由的土壤、独立的空气绽放了灿烂的真理之花。不畏权威、独立思考、追求真理是学术的尊严所在，也是那个时代知识分子倔强的品格。
还是在东京帝国大学就读期间，许崇清曾经在考试中独辟蹊径，撇开标准答案而用自己琢磨出的思路解开了方程。惊喜之余，教授破天荒地给了他102分。这件事要是放在今天的中国，没准会给个零分。
1917年9月，尚在求学的许崇清在《学艺》第二卷上发表了题为《再批判蔡孑民先生在信教自由会演说之订正文并质问蔡先生》文章，以“方今自然科学界，关于时空（即宇与宙）之研究，则有爱因斯坦于1905年发表之相对性原理，此原理以二假定为前提。”作为论据，向德高望重的蔡元培发起了挑战。由于这个机缘，使得他阴差阳错地成了中国第一个介绍爱因斯坦狭义相对论的人。
父子相知，几如莫逆。在他的儿子许锡挥看来，“他从青年时代开始就是独立思考，敢于挑战权威。这是他留给我最深刻的印象。”
教育学者杨东平称，中国现代以来的大学校长是“一个值得关注的群体”，“这些大师成为现代大学的人格化象征”。近现代中国，几乎每一所大学都与大教育家的名字相连，如蔡元培之于北京大学，梅贻琦之于清华大学……在这一长串名单中，自然少不了许崇清之于中山大学。大学传授的是知识，传递的是力量，传承的是文明。而一个好的校长，则当坚韧如钢担承道德良知，温润如玉情系莘莘学子。许崇清先后担任中山大学校长达二十余年，为中山大学的发展壮大做出了不可磨灭的贡献。不同时期三次被任命为同一所大学的校长，这在世界教育史上也属罕见。
中和仁爱济天下，山高水长流万古；崇德尚理堪表率，清名芳泽遗后昆。许崇清早已将自己的生命和情感融入了中大！
历史上估计很难再找出和他有相同经历的人：一个人一生中三次被任命为一所大学的校长，在中国不多，在世界也少见。许崇清三次担任中山大学校长共20年，占孙中山先生创办中山大学以来近80年的四分之一。
第一次执掌中大
许崇清第一次执掌国立中山大学，是1931年6月至1932年1月，被任命为代理校长。许崇清上任后，对学校的体制进行改革，实行了学院制。将文科改为文学院，法科改为法学院，理科改为理工学院，农科改为农学院、医科改为医学院。学校实行校、院、系（医学院不设系）三级管理体制。许崇清还根据社会的需要和学校的发展，增设了三个学系，文学院增设社会学系，理工学院增设土木工程系和化学工程系两个工科学系，为后来工学院的设立打下了良好的基础。1931年9月18日，日本帝国主义出兵侵占东北沈阳，蒋介石不仅不抵抗，反而强令东北军退居关内，使日本帝国主义迅速侵占了整个东北。为挽救中华民族的危亡，抗日救亡运动在全国兴起。在国立中山大学，广大同学与教职员工联合举行大会，成立“中山大学员生工友反日救国会”，出版宣传抗日刊物，同学还下乡宣传抗日，捐款慰劳抗日军民，举办救护训练班，准备到抗日前线为军民服务，还成立学生请愿团，到南京向国民政府要求出兵抗日。这些抗日爱国行动，得到许崇清的支持。1932年2月，许崇清被免职。
第二次执掌中大
许崇清第二次执掌国立中山大学，是1940年4月至1941年7月，任代理校长。1938年10月，日本帝国主义进攻广州，19日至21日，国立中山大学分批撤离广州，至1939年2月底，全校师生先后到达云南省的澄江县。1940年秋天，日本帝国主义进逼越南，云南受到很大威胁，国民党政府下令将国立中山大学搬迁回广东。许崇清主持完成了将学校从云南澄江迁回广东乐昌县坪石镇的艰巨任务。坪石是广东省的一个边陲小镇，根本容纳不下一所大学，学校只能分散在坪石及周边地区，办学条件艰苦。但是，许崇清思想开朗，尊重人才，提倡学术研究，聘请了一批著名学者，他们当中有哲学家李达、文俗学家钟敬文、经济学家王亚南、法学家梅龚彬、戏剧家洪深等，推动了学校的政治民主、进步自由风气和学术的发展，深得师生的爱戴和拥护。但是，国民党特务分子密告许崇清“引用异党，危害中大”。他又一次被免去职务。
第三次执掌中大
许崇清第三次执掌国立中山大学，是中华人民共和国成立以后。1951年2月20日，中央人民政府毛泽东主席签署任命通知书，任命许崇清为中山大学校长。这是党中央、中央人民政府和毛泽东主席对许崇清的最大信任。据说中央开始考虑中大校长人选时另有其人，但毛泽东主席没有同意。后中共华南分局推荐了许崇清，毛泽东主席很快同意并签署了中央人民政府任命通知书。中央人民政府还任命政务院文化教育委员会原副秘书长、中央人事部原副部长冯乃超同志为中山大学副校长。
1956年，毛泽东在北京主持召开最高国务会议，与各界代表及知名人士共商发展新中国的的科学文化事业，促进生产力发展的大计。许崇清以特邀代表的资格出席了这次重要会议。在这次国务会议期间，有一天，毛泽东与民主党派人士一起讨论。讨论结束时毛泽东与民主党派负责人走出会场，毛泽东请民主党派负责人先走，郭沫若等请毛泽东先走。领袖与民主党派人士相互尊重、相互礼让的动人情景，被在场的许崇清拍摄了下来，使激动人心的这美好瞬间变为珍贵的历史永恒。许崇清拍摄的这帧珍贵照片，为许崇清的后人所珍藏。
许崇清拥护中国共产党，与学校党组织负责人团结合作，组成一个有威望的领导核心。冯乃超副校长是中山大学党组织公开后的第一任党支部书记（后是中大党委第一书记），他对许崇清非常尊重，凡是重大事情都要登门征求许崇清的意见，他还作出规定，凡是以学校名义发出的文件，必须经许崇清过目。许崇清也十分尊重冯乃超，凡是冯乃超批了的文件，他就签发。许多中大的老同志说起许崇清和冯副校长，都交口称赞他们是相互尊重、相互支持、合作共事的楷模。