在近代中国社会，进化论学说不仅对自然科学的发展产生了重大影响，而且成为变革人们思维方式和世界观的知识体系。19世纪末20世纪初，立志改造中国的仁人志士都受过它的洗礼，他们在不同的社会背景下，从各种不同的立场出发，根据各自不同的需要，接受了进化论学说，并把它转化为认识世界、改造世界的理论方法，用以指导变革中国的实际斗争。马君武作为继严复之后的又一伟大的启蒙学者，就是一个很有特色的代表。他用进化发展的眼光看待世界万物，认识到“共此世界之事事物物，乃常进化而非退化的也”，“盖无论此世界、他世界，一切事事物物，莫不进步者，莫不发达者，乃宜于物竞，乃宜于天择。虽道德亦在此范围之中，而莫之能外也”，从而形成了一整套以进化论为基础的思想体系，并且应用于启迪民智、倡行革命的实践中。
一个动态发展的产物
19世纪末20世纪初，马君武在广西体用学堂读书时开始学习并逐步接受了作为自然科学理论的生物进化学说。他在1900年秋的《归桂林途中》诗中就有“苍茫今古观天演，剧烈争存遍地球”的诗句，而这对他以后的进化论情结产生了极深的影响。他开始学习用变化发展的眼光考察周围的一切，尤注重对社会的研究。他看到了清廷的黑暗腐败，认为只有“宝剑自磨”、“合大群”，才不致亡国灭种。当他转而投身于资产阶级革命事业后，对进化和发展的思考渐集中于现实的社会问题，并且有着较为深刻的认识，他认为“今日社会政治之重要问题，即土地产业问题也。”他从赋税问题入手，说明国家是人民的国家，主张“赋税既纳入国家之手，其开销之也，万不可违背办公事、图民益之目的。”就这样，马君武从社会现实和社会进步问题的思考开始，追随孙中山先生去实现改造社会的美好愿望，使他的进化观能够站在时代前驱者的高度，比维新派“托礼运之片字只义，演为大同条理”，“偏于一面，而不知竞争不息之旨”的进化观高了一个层次，他们之间的差异是先后递变的两种社会思潮的差异。
马君武的进化观是一个动态的发展的产物，并且他的爱国主义思想也是贯穿始终的。社会达尔文主义、“因袭文明”说、辩证文化观、社会有机论等是他进化观的有机组成部分。
马君武在社会达尔文主义的武装下，在人民中间倡行“争自存”的观念，树立起强烈的民族自尊心和自信心。
在三次留学外国的过程中，马君武不仅学习了大量的自然科学知识，而且阅读了许多西方的哲学、经济学、社会学、历史学、逻辑学等学科的著作，他咀嚼着、思考着，把大量的西方名著翻译引进中国。其中就包括达尔文的《物种起源》和斯宾塞的《社会学原理》，这些作品是马君武的社会达尔文主义思想的主要来源，尤其是后者，在这本书中，斯宾塞用生物进化的法则解释人类社会的历史，他说人类社会照样受“物竞天择”法则的支配，在竞争中，强大的民族要吞并弱小的民族，先进的国家要消灭落后的国家，“优胜劣败，弱肉强食”，这是不可抗拒的自然和社会的法则。正是在这种庸俗化的社会达尔文主义的武装下，马君武看到了中国所面临的危急，他高声吟唱，“热血喷张气飞扬，以铳以剑誓死为之防。华族，华族？祖国沦亡尔罪不能偿。”他为激起人民的自尊心，曾经这样讲过：“与天争一语，中国自来所无，可与奇甚。然吾犹有一奇语焉，曰：吾甚恐中国之种，将无与天争之资格。盖可与天相争之种，必一世界最良之种也，不然必早已为他种所并灭，何足与天相见于战场乎？”当然，马君武这并非妄自菲薄，而是他明晓大家的心理，借以激起人们的救国雄心而已。
马君武认为中国虽然落后，但通过学习西方，仍可以振兴中华的，“我同种而诚能因袭文明乎？岂惟存国保种而已？以中国飞扬突起于二十世纪，以中国优尚之人种横行于此地球，何难之有？”面对日本帝国主义侵略中国，他高呼“中国四万万五千万人口，在整个世界人口十六万万的数目中，大家能振奋起来，不强盛是没有天理的！”、“振作精神，痛改前非，光明的前途，伟大的将来我远远的已经看得很清楚了。”马君武在此表现了高度的民族自尊心和自信心，无疑给了那些改造中国的仁人志士以信心和力量。
马君武认为中国通过“因袭文明”，是可以振兴中华民族的，他自己也不遗余力地为此贡献了一生。
肯定社会是进步的学者必须要回答进步的动力是什么这个问题，马君武在探讨进化的途径和方法时，也显然涉及到进化动力。早1903年，他就开始对此有所论述了，并且很完善，这体现在他所写的《社会主义与进化论之比较》一文中，他使用了“争自存”一词：“人类之社会，争自存之活现象也。人群之历史，争自存之活绘画也。”他还进一步阐释了“争自存”的含义，“所谓争自存者，非个人与个人争自存之谓也。或此部落与彼部落争，或此市党与彼市党争，或此民族与彼民族争，或此人种与彼人种争。现在之世界，则尚为阶级党类相争之世界而已。”在吸收一些社会主义学说的基础上，他得出了社会竞争与道德进步并行不悖的结论，“则夫世论之以争自存为人群进步之独一原因，而遂置道德发达一面于不论者，其界限亦太狭，识见亦太偏矣。”由此，马君武是把“争自存”和“道德发达”都作为了社会进步的动力，并最终陷入唯心主义的漩涡。
正因为马君武认为自己确实找到社会进步的动力，他才立足于振兴中华民族的角度看待“争自存”和“道德发达”的，提出许多提高国家竞争力、促进道德发达的办法。
作为一位学识渊博的科学家，马君武充分认识到新学术对社会发展的促进作用，所以他大力提倡引进西方先进文化。他认为“生存竞争，最宜者存，其宜性何？即能发明最新之学术，而进化不已之谓也”，“西方以科学强国强种，吾国以无科学亡国灭种……及今效西方讲学之法，救祖国陆沉之祸，犹可为也。”以后，这种看法进一步完善和加强，“图强之真原因，为智识进步、科学文明。而新文明之输入，实吾国图存亡之最先着。”精通四种外语使马君武在输入新文明上得心应手，介绍更多的新文明给中国，“予则以为亡命异域，所以报国者在输进西欧文明”，“文明开发真吾事，欧墨新潮尽向东。”他还曾翻译了被列宁称为“阶级斗争的武器”的黑格尔的《一元哲学》，他在《序文》中是这样写的，“予译此书，予甚期吾国思想界之有大进化也。”
马君武还主张改革中国旧道德，宣扬自由民主，实现中国社会的全面进步。他认为“欲改革中国，则必自改革中国之道德始矣。”“中国道德颓落之原因，唯坐二弊：一曰以宗教为道德，二曰以风俗为道德。”但马君武所说的改革中国旧道德，并不是完全接西方的社会意识。他说，“既知中国旧有道德之不完全，……则当输进欧美各种之道德学说，抉其精以治吾之粗，取其长以补吾之短，而其要尤在鼓励人人有自由独立之精神，养成人人有别择道德之智识焉。”当然，马君武的目的还是为促进社会的进步。正如他自己所言，“苟中国人能沛然决出风俗之障弊，人人有独立自由之精神，则其进步必有不可量者。”马君武在破除旧道德上的理论创见，几乎达到了后来新文化运动的高度。
马君武还拥有非常独特的辩证文化观，这使他在文化上的劳绩始终是激进的。当然，在实践中，又不免受他自身阶级性的影响。
马君武把物质文明和精神文明的发展作为衡量社会进步的准则，他认为物质义明和精神文明必须共同发展，缺一不可。“精神之文明，物质之文明，如身有两翼，并举之前飞，而后其本身可缘之以行。或斩其左，或斩其右，又或以左咎右，以右咎左，皆是以阻碍其自身前途之发达。”他认为首先要推进物质文明，因为“此乃精神文明的基础”，“若物质文明落后，精神也无所用的，也无从表现。”同时，还要注重发展精神文明，“物质文明，固亦研究，精神文明，亦不可偏废。苟入歧途，拂其本性，其不为禽兽者几希。”他不仅反对那些固守中国传统文化的做法，而且也反对“摈斥吾国固有之文化于世界学术界之外”的做法，而最好的办法，他认为是“自宜中西并重，取其菁华，弃其糟粕，而融化之。”相对于许多新文化运动学者们绝对否定中国文化的做法和新儒家坚决维护其孔门阵地的做法，马君武无疑高了一筹，对中国文化未来的发展做出了正确的理论探讨。但是，在实践中，马君武由于自身阶级性的影响，并没有成为中国马克思主义的引入人，给后人留下了一些遗憾。
马君武受斯宾塞的影响极深，最突出的表现就是他接受了斯宾塞的社会有机论。
马君武在采用达尔文的进化论作为其理论基础的同时，也接受了英国资产阶级学者斯宾塞的社会有机论。马君武多次提到“社会者，发达不息之有机体也”，认为“中国则家奴、农仆、雇工三者，常兼包并容，而无显然分划之阶级”，并且宣扬社会主义可以通过和平手段建立，资本家与劳动者阶级的斗争打破，从而生出“共和资本，共和营业”这深刻影响了他一生对社会阶级和阶级斗争的看法。
当然，马君武作为一个资产阶级的进化论者，不会也不可能避免出现认识的偏见和失误。他甚至把一本书或一些理论作为社会改革发展的动力。“英伦乃有一小书出世，此小书者，实为欧洲改革之原动力。”“人类社会改良之原动力为何物乎？聚群喙而议之，不能不归诸伟人之幻想，匹夫之空论也。”他看不到推动社会历史发展的根本原因，只能拿一些现象或空泛的理论去套。
由于阶级思想的局限，马君武无法真正认识清楚中国社会，也没有找到推进中国社会进步的动力，他所从事的旧民主主义革命事业失败了。悲惨的现实使他放弃了政治，转而从事教育事业，为国家培养了大批建设人才，至今许多人仍然耕耘在祖国的四面八方。在他生命的后期，思想上有了一些转变，提出了“我们应该学一学苏俄的方法”。但是，他却始终没有“进化”到辩证唯物主义、历史唯物主义的哲学观点上来。马君武思想的相对稳定性是极强的，他在所规抚的西方政治经济学说和中国资产阶级革命的需求之间，找到了一个新的综合，而近代的东西和非近代的东西、传统与西方的剧烈冲突却又缓慢融会的特点，就在他的进化观上很明显地表现出来。
时代造就的产物
马君武作为一位近代科学家，学习过西方先进的科学理论，拥有一定唯物主义的眼光。虽然仍不免陷入唯心主义的漩涡，但如果把他的进化观放到整个时代中加以透视，则或许可以更深刻地揭示其思想内涵和产生的原因。
中国近代是一个民族危机非常严重的时代。自从严复把生物进化学说介绍进中国并加以庸俗化后，许多知识分子都深受影响，而刚从封建营垒中冲出的青年马君武，康有为是他较早接触的资产阶级知识分子。考察马君武的翻译工作，完全是对严复的继承和发展。由于受这些因素的影响，马君武的思想就带有极强的社会达尔文主义的色彩。