20世纪初叶，当帝国主义对中国侵略由公开瓜分转到以“保全”为主时，人们就开始用审慎的眼光看待社会达尔文主义，逐渐感到生存竞争学说与中国知识分子的仁爱信义、大同理想的对立。他们在理智上认为生存竞争有道理，似乎能够解释西方列强欺侮落后的中国的事实，而在感情与心理上则有本能的潜意识的激烈对抗。这种理智上赞新、感情上念旧的内心矛盾冲突，使当时许多知识分子产生痛苦感。马君武作为一位爱国知识分子，不免也产生了这种痛苦感。于是，他就想把道德进步和生存竞争并列为社会进步的动力，阐发了道德进步与生存竞争并不矛盾的结论。章太炎也在他之后从另一个角度提出了俱分进化论，他们都开始用道德发达的仁义性来弥补生存竞争残酷性的不足。就在这种思想状态下，充满爱和互助的克鲁泡特金学说传入中国。这就给那些深怀痛苦的知识分子以慰藉。许多资产阶级革命党人深受影响，连孙中山也不例外，他甚至认为“今日进入社会主义，注重人道，故不重相争，而重相助，有道德始有国家，有道德始有世界。”马君武虽然也受一定影响，但他情却有所不同。一方面他的确投入一部分精力去实现中国道德的进化，批判国人国家意识的淡薄，想让国人拥有爱国心、团结心、进取心；另一方面，他大量介绍那些他认为是“菁华”的社会科学、自然科学知识，为国家的发展提供参考，提出发展中国的真知灼见。与那些以克鲁泡特金学说为精神动力的革命党人相比，马君武相对更突出优秀。
第一次世界大战和战后国际思潮的变化，是影响马君武思想变化的又一因素。战争带来的极大痛苦和灾难使许多西方人士感到失望，他们开始向东方文化寻求心灵的慰藉，形成战后国际上极为流行的一种思潮。这股思潮极大地影响了中国思想界。新儒家思想开始崛起，希望用东方精神文明弥补西方物质文明的不足。许多孔教会的遗老们，更是狂热地吹捧纲常伦理的“永恒价值”，就连在中国启蒙思想史上留下自己脚印的严复、梁启超，也一反过去推崇、介绍西方文明的态度，感叹“科学万能的梦破碎了”，最持平经久的还是孔子学说，要“保持吾国四五千载圣圣相传之纲纪、彝伦、道德、文章于不堕，”号召广大青年去拯救那些精神文明落后的西方人，表现出一种向封建文化复回的现象。马君武在这个时期仍然强烈地抨击封建思想，介绍西方先进文化。面对段祺瑞政府以孔子之道为国教的谬论，他认为“况当世界交通时代，各国学问即我国学问，不能囿于一道。”从某种意义上讲，他已经意识到世界在当时已成为一个整体，不能拘泥于中国传统文化，应当实施“拿来主义”。他念念不忘中国的发展，“今欲巩固国基，发达民智，方当采世界之新学，师他族之所长。凡百科目皆当如是，修身一科，何独不然？孔子之说，岂无精美者？然其立说在二千年以前，与今日之形势，固有凿枘不能入者。”他在历史观、文化观方面与新文化运动的高度是一致的。然而，由于陈独秀力主中国参战，马君武遂终止了对《新青年》的投稿，他的激烈个人性格却使他脱离这个正在壮大的新文化阵营。
追随孙中山的革命运动失败后，马君武退居上海，躬耕果园，闭门译书。由于不能呼吸到时代的新鲜空气，他在政治上对孙中山提出的改组国民党、实行三大政策等很不理解，在思想上逐渐落伍于时代。他的社会进化观日益蒙上了落后的阴影。然而在文化上却未像许多革命党人那样，向中国封建文化中去寻求理论、寄托，而是不懈地致力于中国物质文明和精神文明的共同发展。
1929年秋，资本主义各国陆续卷入了经济危机，这是一场历史上空前严重、震动了整个资本主义的世界性经济危机，它彻底暴露了资本主义社会经济、政治制度的不合理。危机期间，马君武曾赴欧洲考察，目睹这一危机给整个社会带来的危害，使他所崇奉的在中国建立资本主义制度的信念受到冲击，促使他进一步思考，产生了思想上的某些变化，给他的进化观带来一些生机。
马君武在一些演讲中揭露了西方资本主义经济、政治制度的弊端，开始倡导学习苏俄。他在一次讲话中说：“试观欧美各国和日本，一些工业先进的国家，其科学及工艺常在世界进步的前驱，但其国内的失业问题，仍然发生，并且正在无法解决。……照这样看来，科学进步，工艺和生产技术改良，但社会的问题，仍然没有办法彻底解决，这是属于整个社会制度的不良。”接着他又说，“我们对于现实社会的制度，如土地、货物的分配等一切经济上的问题，都得加以注意和研究。”他在同一演讲中还说，“在苏俄，全国无一人失业；国内经济状况日益佳良，这便是其社会组织不同之结果。……其社会中所施行的许多办法，颇是予吾人以良好参考的价值。”他经过观察和思考，已肯定了农业集体所有制、计划经济、节衣缩食换取外汇以进口先进技术设备的正确性。他对资产阶级三权分立代议制度彻底失望了，但他却没有找到一种正确的政治制度来取代它，甚而至于认为德、意、法西斯独裁政治能“加速其政治的效率”，“为英国所创行的代议政治的一种大改革”。面对日本帝国主义日益扩大的对华侵略，他主张探讨救国的新途径，“要收复我们已失去的领土主权，我们不能不找新途径，这就是去组织民众，训练民众，把民众武装起来，团结本身的力量去努力奋斗！”“并且联合世界上被压迫的平等待我的民族，共同奋斗，以铲除我们共同的敌人。”甚至还提出学习苏俄以武力抵抗外国干涉的精神。马君武能看到了必须发动、依靠与武装工农群众抗日，要学习与联合前苏联，这比他过去的反对三大政策时进步多了。
近代社会，世界日益变成一个互相联系的整体，生活在其中的人物的活动与思想状况受到外部环境的极大影响。
自身的特点及成因
马君武的进化观除了带有那个风云翻滚的时代烙印外，当然也还有许多自身特点及产生原因。马君武一生谦虚好学，手不释卷。精通英、德、法、日四种外语使他可以直接地从西方学者的作品中汲取养料，并且能对各家学说加以比较，评判优劣，这一点极大地开阔了他的视野。在这个基础上，他进行了加工改造。马君武的进化观就是这样一种产物。当然，由于他自身的阶级局限性和个人喜好，他在阅读和翻译上就带有很大的倾向性和选择性。如马君武早年十分崇拜达尔文和斯宾塞，他不仅大量翻译进他们的著作，而且还在实践中不断地运用。而这种社会达尔文主义和社会有机论影响了他的一生，他至死都是进化论武装的资产阶级知识分子。早期他也介绍了一些空想社会主义学说；虽然他也极推崇科学社会主义的做法，但他在学习和介绍这些学说上所费的心血却是很少的。除此之外，马君武在柏林工业大学等名校学习接受的科学训练和其他的许多自然科学知识也是他思想的基础和重要组成部分。他不止一次地运用地质学年代来说一些社会问题。在他的文章、演讲中也常常引用、阐述自然科学成果，以论证自己的理论，说明社会规律。
马君武在研究孙中山先生的进化观时说，就一般而言，科学与哲学也确实存在着密不可分的联系。哲学必须植根于现实生活，必然也必须从反映社会生产力和人的认识能力的自然科学最新成果中汲取养料；而科学革命在更深层上则表现为世界观和思维方式的转变，它要求人们重新审查甚至彻底抛弃那些已经习惯而熟悉的世界图像。变革时期提出的新概念、新理论和新的研究方法是概括的最主要内容，影响哲学体系的形成和发展方向。近代中国的知识分子们大多自觉不自觉地感受到了这一点，在中国本身并无发达科学情况下，他们吸收、借鉴、运用西方科学成果，较之古代哲人依靠直觉而非实验地去揭示天地间的真理前进了一步。然而也正因为是“拿来的”，其效果与本土文化的自然变革有所不同。这种脱离母体的果实移植是难以在短时期内影响、改变接受文化的深层：民族心理、思维方式、国民性格……这可能也是中国资产阶级革命失败的原因之一。同时，由于文化背景的不同，果实本身在新的环境中也会被改造得面目全非，其社会效果有积极的，也有被误解、歪曲产生副作用的。
马君武在学习和引进西方文化成果时也是如此，不免产生一些误解和偏差。“我们要知道和平大同是离现在极远的事”，从生物学说引申出和平不可求的错误结论。再如“社会主义固主张社会进化者，既不争利，则进化良不易，此诚自相矛盾之论”，他把“争利”和“社会竞争”等同起来了，看不到社会主义的根本所在。他的眼光为一些社会现象和片面理论所遮盖，无法真正认清社会现实，这不能说他的思想带有一定的局限性。
当然，由于马君武出身寒家，贫困的现实给他幼小的心灵打上了深深的印痕，这使他的进化观有一定的人民性的色彩。不论是从政时期还是从事教育事业时期，他都时刻关注着人民的生存和生活状况。他写作并翻译了《民食问题》等一系列文章探求解决中国人民的生计问题；他探讨中国农村经济破产的原因，寻求解决的办法；他关注人民的苦难，希望结束国内的混战状态。可是，由于他看不到中国共产党的领导的武装斗争与军阀混战的区别，而笼统地表示反对，则是不正确的。
马君武是一个学有专长的博士，知识上“博”与“深”使他的思维有些不够灵活，不敢越西方科学的雷池，始终未摆脱社会达尔文主义、社会有机论的影响，跟这也是有一定联系的。
特殊的意义
近代中国所面临的历史课题是：在尽可能短的时间内走完西方几百年走过的路程，使中国后来居上。马君武在这个问题上做出了有益的理论探索。他认为中国必须引进新学术，通过因袭西方文明，使中国“飞扬突起于二十世纪”。为此，他翻译和介绍了西方大量的自然科学和社会科学成果。他还提出了一些实现中国现代化的建议，其中包含着分量不等的真理颗粒，对我国今天的现代化建设仍然具有一定的参考价值。
马君武对西方文化和中国传统文化的认识极具特色，他认为中国学者要“中西并重、取其菁华、弃其糟粕”，融合成中国的新文化。他把批判的矛头直指封建旧道德，提出破除封建旧思想的禁锢。从某种意义上讲，这是五四新文化运动猛烈地抨击封建旧道德的先声。同时，马君武又强烈地反对“欧化主义”的倾向，认为应当保持中国文化的特异性。他为后来解决好中国思想启蒙中既要批判传统思想又要警惕全盘西化这一难题树立了典范。马君武的这种辩证文化观和许多马克思主义学者的文化观是一致的。
但是，改良主义思想的残留最终使他未能突破旧式资产阶级民主革命思想的限制，从而走上新民主主义革命的轨道上来。
马君武参与革命前，受康有为、梁启超、严复等影响较深以致他终生思想上保存大量改良主义思想的残留。他始终是一个社会达尔文主义者。即使是他的进化观发生转变的后期也是如此。l932年5月30日，他在《继续五卅抵抗残暴的精神》演讲中说，“达尔文生物学上明示我们，生物距离愈近，则生存竞争，彼此愈形剧烈，日本是我们最迫切的敌人。”1935年11月，他在南京大学作演讲时又反复强调“生存竞争，乃生物界必然的现象。人亦生物之一，要想免除竞争，现在还谈不到。事实上，关系愈密切，利害冲突愈甚，竞争乃难免之事。”他不懂得对内剥削压榨、对外侵略掠夺是日本帝国主义的本质，却得出了一个由于中日“距离愈近”、“关系密切”，因而“利害冲突愈甚”的奇怪结论，分不清战争的正义性与非正义性，使他的爱国主义思想缺乏坚实、深厚的理论基础。他甚至用同样的观点来看待国内的民族矛盾，认为瑶族是在汉、瑶两族的生存竞争中，因“竞技失败”，所以“才避居山中过活”，看不到汉族地主对少数民族压迫的实质。
马君武始终未放弃斯宾塞的社会有机论，因而不懂得马克思主义的阶级、阶级斗争、无产阶级专政的理论。他认为“在一个社会的领域中，原无所谓‘阶级’存在，仅有职业的分工而已。”如果说有阶级的话，他划分阶级的“标准”则是“贫富”的差别，而所谓的“贫富”，又无具体标准。他虽然承认欧洲各国存在着阶级，但却不承认中国国内的阶级差别。在他看来，中国全是“无产者”、“没有贫富的阶级”，因而，阶级利害的冲突根本就谈不上什么阶级斗争，只不过是自相残杀。这使他无法看清中国社会的现实，当然也就无法在思想上继续前进。
总之，马君武在他的革命生涯前、中期，为中国民主革命、文化事业做出重大贡献，这是时势变化的产物，也是他思想进步的结果。因而，他的进化观是激昂的、前进的，处于中国当时的最高处。然而，在他的后期，他逐渐脱离政治，呼吸不到新鲜空气，进化观的灰色越来越浓。随着时间的变化，特别是在1932年以后，他的进化观有了一些转变，出现了向马克思主义转变的痕迹，然而这些转变仅仅是量的，不能肆意夸大。