1869年1月12日，章炳麟生于浙江杭州府余杭县东乡仓前镇。初名学乘，后改名炳麟，字枚叔，号太炎。父章浚，曾任县学训导，并在诂经精舍担任监院多年，好经术。有子女四人，太炎排行第三。
1873年，入私塾就读。
1876年，外祖父朱有虔自海盐来，对章炳麟进行系统的文字音韵学教育。
1880年，朱有虔归。在父章浚、表兄章篯指导下研读许慎《说文解字》、段玉裁《说文解字注》、顾炎武《音学五书》、郝懿行《尔雅义疏》、王引之《经义述闻》等，打下初步汉学基础。
1883年，参加县试，癫痫病突然发作，没有考成。从此放弃科举，广泛涉猎经史子集。
1888年12月，康有为上书请求变法，提出“变成法”、“通下情”、“慎左右”，京师一时为之哗然。
1890年，父章浚去世，遵父遗训，进诂经精舍学习。时诂经精舍由经学大师俞樾主持，授学者有高学治、谭献等。
1891年，康有为《新学伪经考》刊行。《太炎先生自定年谱》（以下简称《自定年谱》）称本年“始分别古今文师说”。
1892年，纳妾王氏。
1893年，这一时期完成作品有：《膏兰室札记》四册及《孝经本夏法说》、《子思孟轲五行说》等。
1894年，与夏曾佑相识。夏氏主《公羊》、《齐诗》之说，与章多有辩论。又好佛学，劝章氏购览佛典。
1895年，中日甲午战争爆发，撰《独居记》。11月，寄会费银十六元，加入康有为在沪设立的上海强学会。
1896年，撰成《春秋左传读》（初名《春秋左传杂记》）五卷及《驳箴膏肓评》、《砭后证》，驳难清代常州今文学家刘逢禄《左传》不传《春秋》之说。8月9日，《时务报》在上海创刊，梁启超任主笔，汪康年任经理。
1897年，1月，离诂经精舍赴沪，任职时务报馆。读谭嗣同《仁学》，“怪其杂糅”，不相许。4月，因不满康有为倡言建立孔教，自称“教主”，遭康氏门徒围攻殴打，愤而离泸返杭。返杭后，与宋恕、陈虬等创办“兴浙会”，为《实学报》和《译书公会报》撰稿。本年发表：《论亚洲宜自为唇齿》、《论学会大有益于黄人亟宜保护》（刊于《时务报》）、《变法箴言》、《平等难》、《读管子书后》、《东方盛衰论》（刊于《经世报》）、《后圣》、《儒道》、《儒兵》、《儒法》、《儒墨》、《儒侠》、《异术》、《重设海军议》（刊于《实学报》）、《译书公会叙》、《论民数聚增》（刊于《译书公会报》）。
1898年1月，上书李鸿章，末有结果。3月，受张之洞邀请，赴武昌筹办《正学报》，不到一月即离去。7月，在沪任《昌言报》主笔。发表《商鞅》、《弭兵难》、《书汉以来革政之狱》等。戊戌政变后，为躲避清政府迫害，携家避难台湾，于12月抵达台湾。
1899年春，与康有为、梁启超等书信往来，在梁启超主编的《清议报》上发表诗文多篇。6月，应梁启超及留日学生之邀，东渡日东，与孙中山相识。不久离日回国。夏秋间，辑订并出版《訄书》初刻本，收入文章五十篇，由梁启超题名，木刻刊行。冬，在沪任《亚东时报》主笔。本年发表作品有：《答学究》、《客帝论》、《分镇》、《儒术真论》（刊于《清议报》）和《今古文辨义》（刊于《亚东时报》）等。
1900年，义和团运动兴起。6月，八国联军进军津、京，清廷决定宣战。7月，参加唐才常发起的中国议会。断发以表示与清政府决裂。唐才常自立军失败后，思想发生较大转变，撰《客帝匡谬》、《分镇匡谬》，并开始修定《訄书》。
1901年，往苏州东吴大学任教，宣扬民族民主革命，引起江苏巡抚恩铭的注意。发表《正仇满论》批判梁启超《积弱溯源论》；撰《征信论》批判康有为借今文经学以治史。
1902年2月，为避恩铭等人追捕，东渡日本，暂寓横滨《新民丛报》社，与梁启超、孙中山相会。4月，与秦力山等发起举行“支那亡国二百四十二年纪念会”。7月，由日本返回故乡杭州，删定《訄书》重刻本。本年翻译出版日本岸本能武太著《社会学》，发表《文学说例》，与梁启超通信谈修改《中国通史》。
1903年3月，在上海爱国学社任教，结识邹容、章士钊等。5月，邹容写成《革命军》，章炳麟为其撰序，并发表《驳康有为论革命书》，与改良派展开针锋相对的斗争。6月30日，清政府与帝国主义勾结，制造“苏报案”，章炳麟被捕入狱。次日，邹容自投入狱。本年发表：《论承用维新二字之荒谬》（刊于《国民日报》）、《与刘师培书一、二、》、《释真》（刊于《国粹学报》）。
1904年，章炳麟被判刑三年，邹容被判刑两年，在狱中开始研读佛经。5月，《訄书》重印本在日本出版。冬，光复会成立，推举蔡元培为会长。
1906年6月29日，章炳麟出狱，孙中山自东京派人来迎，遂东渡日本，加入同盟会，主办民报。在东京留学生欢迎会上，章氏发表演说，认为当前最紧要的：“第一，是用宗教发起信心，增进国民的道德；第二，是用国粹激动种姓，增进爱国的热肠。”10月，成立国学讲习会，作《论诸子学》等讲演。清政府下令预备立宪。梁启超在《新民丛报》鼓吹立宪，反对暴力革命。章炳麟在《民报》撰文予以批驳。本年发表：《俱分进化论》、《建立宗教论》、《人无我论》、《无神论》、《革命之道德》、《箴新党论》、《衡三老》、《悲先戴》、《哀后戴》、《伤吴学》（刊于《民报》）；《与人论朴学报书》、《古今音损益说》（刊于《国粹学报》）。出版《国学讲习会略说》，收入《论语言文字之学》、《论文学》、《论诸子学》三篇。
1907年，继续主《民报》笔政，因《民报》经费问题与孙中山发生矛盾。2月，康有为将保皇党改为国民宪政会。9月，梁启超、蒋智由在东京筹组推动立宪的政闻社。章炳麟撰文予以批驳揭露。章炳麟与张继、刘师培等在日本东京成立亚洲和亲会，主张“反对帝国主义而自保其邦族”。本年在《民报》发表：《社会通诠商兑》、《讨满洲檄》、《中华民国解》、《五无论》、《定复仇之是非》、《国家论》、《官制索隐》。《春秋左传读叙录》在《国粹学报》刊完。撰《新方言》，并开始在《国粹学报》连载。另撰《古音娘日二纽归泥说》、《古双声说》、《国粹学报祝辞》、《与刘师培书六》、《某君与人论国粹学书一、二》等，均刊于次年出版的《国粹学报》。
1908年，光绪、慈禧死去，溥仪即位。从4月开始，为留学生开设讲坐，讲授《说文》、《庄子》、《楚辞》、《尔雅》等。7月，又为周树人、周作人、朱希祖、钱玄同等单独开设一班，另行讲授。刘师培、何震夫妇受清政府指使，于5月24日的上海《神州日报》刊登《炳麟启事》，对章炳麟进行诬蔑陷害。章炳麟登文予以否认。10月19日，《民报》因宣传革命被封禁。本年发表：《大乘佛教缘起说》、《辨大乘起信论之真伪》、《龙树菩萨生灭年月考》、《排满平议》、《驳神我宪政说》、《驳中国用万国新语说》、《四惑论》、《五朝法律索隐》、《马良请速开国会》（刊于《民报》）；《小疋大疋说》上下、《八卦释名》、《六诗说》、《原经》、《毛公说字述》、《刘子政左氏说》（刊于《国粹学报》）。《新方言》在《国粹学报》续完。
1909年，因《民报》复刊和筹款等事与孙中山发生尖锐冲突。撰《伪民报检举状》，指斥汪精卫等复刊之《民报》为非法，并对孙中山进行攻击。编订《太炎集》，舍弃了一些曾起了重大政治影响的政论文章，追求“俗或末之好”的“传世”之文。本年发表：《与刘光汉（师培）书七》、《原儒》、《原名》、《致国粹学报社书二、三、四》、《庄子解诂》（刊于《国粹学报》）。出版《小学答问》。
1910年，1月，黄兴在《日华新报》发表《章炳麟背叛革命党人之铁证》，指斥章炳麟为清政府特务、革命党之叛徒。2月，章炳麟、陶成章等于东京重组光复会，章炳麟任正会长，陶成章任副会长。创办《教育今语杂志》作为机关报，与同盟会正式分裂。夏，黄侃创办《学林》杂志，刊登章炳麟《文始》、《封建考》、《五朝学》、《信史》、《思乡愿》、《秦政记》、《秦献记》、《医术平议》等许多重要著作。
本年撰定《文始》、《齐物论释》。编定《国故论衡》上卷小学十篇，中卷文学七篇，下卷诸子学九篇。在《国粹学报》发表《驳皮锡瑞三书》，批驳皮锡瑞所撰《王制笺》、《经学历史》、《春秋讲义》三书。对《訄书》再次修订，原件现存北京图书馆。