1911年，继续在东京讲学。10月10日，武昌起义。消息传到东京，章氏中断讲学。11月3日，上海发动起义，次日“光复”。11月15日，章炳麟回到上海。在上海国民自治会演说：“宜先认武昌为中央政府。”当黄兴就扩大同盟会问题相询时，章炳麟以“革命军兴，革命党消”告之。槟榔屿《光华日报》连续刊载章氏政论《诛政党》。
1912年，1月1日，孙中山在南京就任临时大总统。1月3日，中华民国联合会在上海宣告成立。章炳麟、程德全被选为正副会长。章炳麟发表演说：“本会性质，对于政府立于监督补助地位。”认为“中国本因旧之国，非新辟之国，其良法美俗，应保存者存留之，不能事事更张也”。1月14日，陶成章在上海被蒋介石刺杀，章炳麟与孙中山隔阂进一步加深。孙中山函聘章炳麟为枢密顾问。2月7日，章炳麟应邀赴南京。在建都问题上，支持袁世凯建都北京的主张，旋即返沪。3月1日，中华民国联合会改名统一党，选章炳麟、程德全、张謇、熊希龄、宋教仁为理事，后又与民社等合并为共和党。袁世凯在帝国主义的支持下，篡夺总统职位。冬，任章炳麟为东三省筹边使。
1913年，章炳麟在长春设筹边使署。3月20日，宋教仁在上海车站被刺。4月17日，章炳麟从长春赶回上海，受到孙中山的欢迎。又前往武昌见黎元洪，“以为联合之图。”5月上旬，通电袁世凯，要求罢黜四凶：梁士诒、赵秉钧、陈宦、段芝贵。下旬，由武汉返回北京。袁世凯授与二级勋章一枚。六月，由京来沪，由蔡元培主婚，与汤国黎在哈同花院举行婚礼。6月19日，袁世凯通令各省尊孔祀孔。孔教会成立。章炳麟发表《驳建立孔教议》，反对定孔教为国教。7月，二次革命爆发，不久失败。8月，章炳麟昌着危险返回北京，为袁世凯幽禁。
1914年，被幽禁于北京龙泉寺。手定《章氏丛书》，并将《訄书》定名为《检论》，从分卷到内容，都有很大变动。
1915年，仍被幽禁。4月，《太炎最近文录》出版，钱须弥编，收录章氏辛亥以来电文演说。章炳麟对此书深为不满。5月，《国故论衡》增订完毕。《检论》定稿，共分九卷，正文六十篇，附录七篇，大半为新写或据《訄书》旧稿重新写定。7月，上海右文社出版《章氏丛书》，铅字排印，两函二十四册，包括《春秋左传读叙录》一卷、《刘子政左氏说》一卷、《文始》九卷、《新方言》十一卷附《岭外三州语》一卷，《小学答问一卷》、《说文部首韵语》一卷、《庄子解诂》一卷、《管子余义》一卷、《齐物论释》一卷、《国故论衡》三卷、《太炎文录初编》文录二卷别录三卷。冬，章炳麟口述，吴承任笔述整理成《菿汉微言》。自述“平生学术，始则转俗成真，终乃回真向俗”。12月，袁世凯复辟称帝，申令明年为“洪宪元年”。孙中山发表《讨袁檄文》。
1916年，袁世凯在全国人民的愤怒讨伐中死去。6月，章炳麟恢复自由。7月，抵上海，受到热烈欢迎。9月，出国赴南洋考察，12月，回国。
1917年3月4日，章炳麟在上海发起亚洲古学会。7月1日，张勋等拥立溥仪复辟。12日，复辟覆灭。段祺瑞任国务总理，掌中央大权。拒绝恢复临时约法与国会。9月1日，孙中山在广州成立护法军政府，组织护法军，讨伐段祺瑞。章炳麟被任为护法军政府秘书长。前往昆明争取云南军阀唐继尧的支持，因唐缺乏诚意末果。
1918年赴四川，到邹容祠行礼。在重庆等地讲学。又赴湖北、湖南，10月归抵上海。11月，北洋政府教育部把1913年拟定的注音字母公布，注音字母采自章炳麟。四川观鉴庐出版《太炎教育谈》。汪太冲编《太炎外纪》出版。
1919年五四运动爆发，新民主主义革命开始。《章氏丛书》浙江图书馆刊本问世，较上海右文社版新增《齐物论释》重定本、《太炎文录初编》、《补编》、《菿汉微言》三种，校勘颇精，改正了右文社版不少错误。
1920年1月至3月，身患黄疸，病卧。章炳麟由反对军阀割据逐渐演变为赞成军阀割据，提出“联省自治，虚置政府议”。
1921年7月1日，中国共产党成立。夏，主张“武力统一”的吴佩孚率军南下，打败主张“联省自治”的湘鄂川军，“联省自治”运动遭到打击。《太炎学说》上下卷由四川观鉴庐出版。上卷为章氏1918年在四川讲演记录，下卷为一批书札。《章炳麟的白话文》出版，吴齐仁编，泰东图书馆铅字排印本。
1922年，黎元洪就职总统，章炳麟受勋一枚。宣讲“联省自治”，还主张“南迁武汉”。4月至6月，应江苏教育会之邀，主讲国学，每周一次，共十次，讲题为《国学大概》、《治国学方法》、《经学之派别》、《哲学之派别》、《文学之派别》、《国学之进步》。讲演记录有两个版本，一为曹聚仁所编《国学概论》，一为张冥飞所编《章炳麟先生国学讲演集》。柳诒徵对章炳麟在《诸子学略说》中“诋孔”的观点提出批评，章炳麟公开答复，表示接受，还懊悔“前声已放，驷不追舌”。《章炳麟尺牍》出版，上海文明书局铅字排印本。
1923年3月2日，孙中山在广东宣告大元帅大本营成立，章炳麟以为“广东帅府之欲以武力统一西南，亦西南之吴佩孚也”。9月，《华国月刊》在上海创刊，章炳麟任社长，欲发扬“国故”，挽救“人心”。
1924年1月，中国国民党第一次全国代表大会召开，发表宣言，实现国共和制。
在国民党右派冯自由、居正的怂恿下，章炳麟发表公函，反对国共和制作。
《章氏丛书》上海古书流通处印本出版。
1925年3月12日，孙中山逝世，章炳麟撰文祭悼。五卅运动爆发，章炳麟发出通电，欲“使水深火热之民，早登衽席”。
1926年3月20日，蒋介石制造中山舰事件，篡夺北伐军领导权。4月7日，章炳麟在上海组织“反赤救国大联合”，任理事。发出通电，叫嚷“反对赤化”。8月8日，章炳麟应五省联军总司令孙传芳、江苏省长陈陶遗聘请，到南京任“修订礼制会会长”。13日，通电全国，反对蒋介石组织北伐。
1927年，蒋介石发动“四·一二”大屠杀。5月至6月，被上海市党部临时执委会指名为第一号学阀，呈请国民党中央加以通缉。7月至11月，居同孚路赁寓，终日宴坐，兼治宋明儒学，借以惩忿。
1928年，写《自定年谱》。
1929年，终年闭门杜客，对国事、学术俱保持缄默。
1930年，撰《春秋左氏疑义答问》。
1931年5月1日，《国学丛刊》由中国大学出版，章炳麟弟子吴承仕编辑。章氏在该刊发表文章有：《与吴承仕论宋明道学利病书一、二》（1917年撰）、《论古韵四事》、《汉儒识古文考》上下等。“九·一八”事变后，通信中多次议论时事，对蒋介石、张学良拱手将奉、吉让予日本不满，也不满粤方乘机倒蒋。
1932年日本帝国主义侵略上海，章炳麟愤怒之下，北上见张学良。在燕京大学演说，号召青年拯救国家的危亡。秋，赴苏州讲学，组织国学会。章炳麟亲撰《宣言》，主张“范以四经”。四经指《孝经》、《大学》、《儒行》、《丧服》。
1933年民族危机严重。2月，章炳麟与马相伯联合宣言（“二老宣言”），反对日本帝国主义侵占我国东北领土。《章氏丛书续编》于北京发行，章炳麟弟子吴承仕、钱玄同校刊，收录著作七种：《广论语骈枝》一卷、《体撰录》一卷、《太史公古文尚书说》一卷、《古文尚书拾遗》二卷、《春秋左氏疑义答问》五卷、《新出三体石经考》一卷、《菿汉昌言》六卷。
1934年秋，章炳麟由上海迁居苏州。因与“国学会”旨趣不同，另创章氏国学讲习会。
1935年3月，蒋介石派丁维汾（鼎臣）慰问，并致万金为疗疾费，章即将此款移作章氏国学讲习会经费。4月，开办章氏星期讲演会，共九期，讲题为《说文解字序》、《白话与文言之关系》、《论读经有利而无弊》、《论经史实录而不应无故怀疑》、《再释读经之异议》、《论经史儒之分合》等，一一都有记录单行出版。9月，《制言》半月刊创刊，由章炳麟主编。其宗旨是研究中国固有文化，造就国学人才。
1936年冬、春间，于章氏国学讲习会授《小学略说》、《经学略说》、《史学略说》、《诸子学略说》，俱有讲演记录刊行。夏，给国学讲习会学生讲完《尚书》。6月14日，于苏州病逝。时人评为革命元勋，国学泰斗。国民政府令以国葬，葬杭州西湖畔张苍水墓侧。