10月1日，张元济写信给毛泽东，并送了一套林则徐的《林文忠政书》。
昨日会推元首，我公荣膺之选，为吾人得人庆也。英伦三岛昔以雅鸦片强迫售我，林文忠焚毁，乃愿辄于半途，酿成辛丑条约之惨。桎梏百年，贫弱日甚，后虽设禁，终多粉饰。我公发愤为雄，力图自强，必能继前具，铲此烟毒，一雪此奇耻。
作为一位经历了近代以来风风雨雨的知识分子，张元济心中永难忘记鸦片战争、八国联军之耻，民族独立与尊严始终是他解不开的一个情结。
10月5日，毛泽东回信，感谢送书。
10月6日，吴贻芳来看张元济，说起“共产党上级多能虚心采纳众论，唯下级未能配合。觉上级与初政有异，颇有异词”，希望他“与当局见面时相机进言”。
尽管对于自己的一言一行，张元济似乎都极为谨慎。9月13日，《大公报》记者高汾对他作了两小时的访谈，高汾临行前他“谆嘱所谈勿发表”，高答应稿子写成后一定请他本人过目。17日，高汾将问答稿送给他，他略作修订后送还。24日，《光明日报》记者谢公望来访，问及张元济的身世及对新政府的感想，张元济赠给他《刍荛之言》、《新治家格言》、《奇女吟》各一册，并郑重嘱咐谢如要将他的访谈登报，“请先以稿本见示”。
但对民生疾苦的关注，对国富民强的渴望，无时不萦绕着张元济这位正直、有教养的知识分子，对此他常常放言无忌。1949年6月的一次上海耆老座谈会上，张元济对生产、开荒、水利、教育等事关民生的方面提出建议。他在政协会议讨论《共同纲领》时所提的发展海运一条，也与此相关。10月11日，毛泽东邀请张元济与周培善到中南海吃晚餐，使张元济有了一次向最高领袖当面进言的机会，他说：“一为应令下情可以上达，当局措施容有未当，报纸不敢倡言，宜酌登来稿。报馆应负职，必须有确实地址、姓名，方予录登，以广言路。……二为建设必须进行，最要为交通，其次农业，其次为工业。工业先轻工业，次重工业。国抗战八年，内战三年，民穷财尽，若百端并举，民力实有不逮，不能不权衡缓急。……三为缴粮之事，民间苦于负担甚重。此由有田者有匿报之户，于是实报者意有不平。同匿报者反而减轻，此必须由地方公正绅士出面相助。”对第一条，毛泽东的回答是：“可专辟一栏，可先做一样子。”第二条，毛泽东说“现在铁路需要铁轨，鞍山矿产不能停顿，纺织亦有数十万亦亟于进行”。张元济的看法是“现有者无中辍之理，需新创中宜斟酌”。第三条，先是陈毅解释：“河北、山东负担较江浙为重。江浙并未微失。又无锡有某姓有田七万亩，缴数甚微，且不肯缴，不能不予以惩儆。”毛泽东补充：“现有大军数十万移向江西、福建，分别南下，以下可以减少若干。”
晚年，张元济病重时毛泽东还派周恩来亲自去看望他。张元济能够得到这么多的人尊重是与他一生坚持不移的高尚人格有关的。
太平洋战争打响，上海“孤岛”沦陷，商务印书馆本部早已迁到后方，上海的商务发行所和各工厂都被查封，书籍被抄走460万册，铅字50多吨，启封时发还的只是一小部分。
张元济仍留在那里苦撑危局，既不向日伪当局注册，更拒绝日伪的合资、合作，只以印刷一些旧版书籍和古籍勉强维持营业。他自己的家庭境况也日益窘迫，连为数不多的善本书都陆续卖掉了。即使如此，他也从来没想过要低头。大约1942年初，两个日本人前来求见张元济，他在对方的名片背后写下“两国交战，不便接谈”八个字，拒绝见面。他与汪精卫本来有私交，上世纪20年代，他去广州，汪精卫曾陪同他拜谒黄花岗烈士墓。当汪精卫与日本人合作后，他就不再与其有任何来往，汪精卫托人带来与陈璧君合著的《双照楼诗集》，他嗤之以鼻，始终不予理睬。
在一位亲戚的建议下，张元济开始卖字，他写给商务天津分馆经理的信中说：“上海百物昂贵，生计大难。弟今岁起以鬻书度月。”他参考当时书家的润例，制定一份“鬻书润例”，除了请京、津、杭等商务分馆分发润例、代收写件，还将书法交给荣宝斋、朵云轩、九华堂、汲古阁等书画店代销。当时他刻有一枚图章，有“戊戌党锢孑遗”字样。他孙子张人凤记得，每隔几天，他就要在饭桌上写几件书法作品：“祖父用一个圆形的大砚台。竹制的笔筒内插满了大大小小的毛笔。他写得最多的是对联。先将裁好的宣纸摺成七格，在饭桌上铺好厚厚的几层报纸，再将宣纸铺上拂平，然后挥笔。有时我站在旁边看着他写，有时站在他对面，写完一个字，帮着将纸向前挪动一点。祖父有几本楹联手册之类的东西，可能是根据求字人的身份、爱好，挑选词句。他挥笔时，我们在旁边是不能说话的，写完了，可以向他问长问短。”
但是，汪伪政府的浙江省长傅式说附庸风雅，托张元济的一位亲戚送去一幅画卷，请他题字，还附有11万元的支票，他从支票的印章发现是傅式说，马上断然拒绝，退回支票，修书一封，其中说：“是君为浙省长，祸浙甚深……以是未敢从命”。
张元济虽然是科举时代过来的人（与蔡元培是同科进士），但对于金钱的态度，却让许多当时之人无地自容。民国初年，他全面负责商务印书馆，只因病休便要求停发自己的工资。董事会不同意，他就拒绝领取，公司将其薪水存入银行，几年后连本带息达到五千多元，他又建议把这笔钱当作教育基金，为公司低收入职工的子女缴纳学费。到了1949年，尽管时代已经改变，但张元济还是我行我素。于是当他应邀参加新政协会议时，便在许多事情上感到很不适应。
一是电报费的问题。到会后，张先生因为公司事务，委托大会招待处往上海发过一份电报。事后他多次向该处邓主任询问费用，邓都避而不答。无奈之下他让人去电报局了解价格，然后把电报费交到邓主任处。然而邓还是再三推却，并说账已付出，不好处理。在这种情况下，张只好恳切地说：“公款不可滥用，如果这笔钱实在不好处理，也应该留在招待处当公费使用。”
二是零用钱的问题。当时张元济已经年过八旬，为了照顾其生活起居，有关方面允许他的儿子张树年到会陪伴，并给张元济树年送来作为补贴的零用钱，但是张元济却“不能领受”。一位代表对张元济特别关照，于是张元济和他谈起零用钱和电报费的事儿来。此人说这是“规定供给，不必过谦”。张元济却说：“我们父子二人来此，食宿已极受优待，何敢再耗公款？以后送来，断不能从命。”一个月后，他又在日记中写道：“招待处送零用费一万六千元。于原单上注明不敢领受。”
三是洗相费的问题。张元济曾参与戊戌变法，变法失败后进入商务印书馆，对我国的文化﹑教育﹑出版事业贡献很大。作为晚辈，毛泽东对这些人还是能够礼遇的。会议期间，毛泽东约张先生去游天坛，同游的还有陈毅等人，并有七八位摄影师为他们拍照。事后张元济给陈毅去信要照片，并询问价钱，表示要照缴不误。一封电报﹑一份补助﹑一张相片，虽然是些小事，却展现了张元济的人格风范。
张元济在抗战前夕用白话文写过一本小册子，名为《中华民族的人格》。他认为“社会上迷漫着一种骄奢﹑贪污﹑诈伪﹑颓惰﹑寡廉鲜耻的风气”，与大家“只注重新知识，将人格扶植﹑德性的涵养都放在脑后”有关；如果只注重知识的灌输而把人格的扶植放在脑后，那就很容易诱导人们置良心于不顾，去竭力追求物质的享受﹔在这种情况下，许多人便以为“只要抢得富贵，免得贫贱，……什么都可以不管了”。长此下去，只能造成整个民族的堕落。
他一生曾两次身历险境，几乎丧生，可是他临难不惊，镇定自若。
第一次历险是在1899年，张元济参加康有为、谭嗣同、梁启超的变法运动，与康有为一起被光绪帝召见，陈述变革主张。同年9月下旬，慈禧太后软禁了光绪皇帝，戊戌变法失败，康有为、梁启超出逃，谭嗣同等六君子被杀；当时遍捕维新人士，纷纷传说张元济也在缉捕之列。在此危急情况下，张元济仍然每天到衙门上班，并且比平时早到晚退。他自己说是：“俾知余在署中，可以就近缚送，不必到家查抄，免得惊动老母。”
张元济这种镇定态度，在心理上产生了一种奇妙的作用，使以慈禧为首的清政府顽固派误以为他不是“新党”。最后，张元济死里逃生，只得了一个革职的处分。
张元济86岁时曾作《追忆戊戌政变杂咏》18首，其中张元济两首就是叙述上面谈到的这件事情。录之如下：东市朝衣胡太酷，覆巢余卵亦难完；只应沟壑供填委，土芥臣原一例看。满朝钩党任株连，有罪难逃心自安；分作累囚候明迨，敢虚晨夕误衙班。
诗中的填沟壑、作累囚，说明他抱着必死之心以后，反而心地坦然了。“东市朝衣胡太酷”，“满朝钩党任株连”，则是谴责了慈禧杀人、捕人的残酷。
第二次历险是在1927年9月下旬。张元济突然被绑架，在匪窟中困居六昼夜。他想读书，但无书可读，更无纸笔。他就默默地“口占十绝”，这10首诗展示了他面对随时可能发生的不测处之泰然的胸怀。其中几首幽默风趣，诗意隽永：寂寂深宵伴侣多，篝灯围语意偏和；微闻怨说衾绸薄，只为恩情待墨哥。（张元济自注：第一夕天气寒甚，守者终宵瑟缩，自言为银钱，故不得尔。按：墨哥，则墨西哥的简称，该国产银，故以“墨哥”指银元。）眼加腊魉耳充绵，视听全收别有天；悔被聪明多误我，面墙从此好参禅。（自注：守者强余戴黑眼镜，并以绵塞余两耳，解释良久，始允撤去。）仁者不忧，智者不惑，勇者不惧。
张元济临难不惊，可谓勇者。