依靠知识分子办学
在高等学校的办学中究竟应该依靠谁？作为大学校长，应该如何处理与教师的关系？这是高等学校领导工作首先要解决的问题。郭影秋在学校领导工作中十分明确地提出必须依靠知识分子办学，他认为，要办好一所大学，必须相信和依靠知识分子，尤其是那些有较深学术造诣的学者和专家。无论遇到何种情况，他在学校领导工作中始终坚持这一办学思想。
郭影秋初任南京大学校长就强调要尊重和爱护教师，特别要尊重学有专长的著名学者。郭影秋在无锡国学专修科读书时曾受业于唐文治、钱基博、夏丏尊等著名学者，他对学有专长、育人有方的学者教授十分尊重。1957年11月，郭影秋到南大任职才两个多月，恰逢中文系三位德高望重的教授——胡小石、陈中凡、汪辟疆的七十寿辰，郭影秋支持中文系为三老祝寿，并在自己家中设宴，亲自斟酒、敬酒，感谢三位老教授潜心治学、辛勤执教，为国家培养栋梁之材。郭校长为中文系三老祝寿，这消息在校园不胫而走，传为美谈。
1958年召开的南大第二次党代会上，郭影秋提议要有高级知识分子进入党委会，以加强党对高校的领导，并显示党对知识分子工作的重视。当时任教务长的高济宇和外文系副主任陈嘉这两位入党不久的教授，被选为党委委员，在当时被视为破例之举而颇引人注目。
1961年，“调整、巩固、充实、提高”八字方针提出后，5月，在郭影秋的主持下，南京大学党委制定了“关于进一步贯彻‘双百’方针的12项意见”，提出要提倡学术上不同风格、不同学术见解的自由讨论，实行三不主义：不扣帽子、不抓辫子，不打棍子。1961年暑假召开的全校党员大会上，郭影秋又提出要调整关系，处理好遗留问题。以后，在他的主持下，对受到错误批判和不公正待遇的干部和师生进行了甄别工作，在甄别工作中，他主动找那些受了委屈的同志谈心，承担责任，表示歉意，从而改善了学校中的人际关系。
1962年5月，南京大学60周年校庆之时，学校给在教育战线上工作满20年的老教职工授予奖状，广大教职工深受鼓舞，全校上下又洋溢着一派融洽气氛。郭影秋特地在奖状上题诗：廿年培养费艰难，桃李盈门露未乾。
浩荡东风凭借力，好花栽与后人看。
1962年8月2日，著名物理化学家、中科院学部委员李方训教授病逝。当时郭影秋因病住在上海华东医院治疗，他不仅发来唁电、挽联，而且抱病赶回南京，亲致悼词，悲恸、惋惜之情，由衷而发。
全面贯彻党的教育方针
坚持全面贯彻党的教育方针，坚持马克思主义关于人的全面发展思想，培养德智体全面发展的人，一直是郭影秋办学中所贯穿的思想。
郭影秋担任南京大学校长期间始终以以上思想为指导进行工作。1958—1959学年的第二学期，即1959年春夏，在郭影秋的主持下，南大对学校工作进行了一定的调整。1959年3月，郭影秋积极支持和参加全校体育运动会，鼓励学生的体育运动。他还在会上发表讲话，向全体师生提出“收心鼓劲”，“坐下来、钻进去”，“认真读书”，“教学是压倒一切的中心任务”等口号，并要求学生不只做运动场上的英雄，而且要做课堂上的英雄。这些口号，在师生中引起强烈的反响，南大师生将重点逐步转向认真读书、认真教学方面。
郭影秋重视科学研究，1958年曾提出“教学为主，科研突出”的口号，并根据国家科技、经济发展和学校已有的基础，采用多学科协同作战的方法，组织专、兼职结合的科研队伍狠抓尖端，重点攻关。20世纪60年代初被誉为南大科研“五朵金花”的华南花岗岩及其成矿规律的研究、内蒙草原综合考察、分子筛研究、金属缺陷研究、大米草的引进与推广，就是在这一时期打下基础并形成特色的。
他在办学中总是保持着一种注重从实际出发，注重解决实际问题的笃实风格。1960年冬季，由于生活问题日益突出，郭影秋一方面大力抓生活、抓治病、抓劳逸结合；另一方面，他大力加强思想教育工作，团结师生员工，振奋精神，战胜困难，并提出了“以教学为主，以生活为中心”的口号，同时他还强调，在较长时间内，工作的重点都是抓生活、抓教学、抓思想，抓两头是为了保中间。
重视教师队伍建设
郭影秋十分重视教师队伍的建设。就任南京大学校长后，他经常思考一个问题：南大有诸多学术有专精、蜚声海内外的知名教授，他们中不少已年迈体弱且多病，如何更好地发挥他们的作用？如何使他们的学术思想和治学方法“薪尽火传”、继承发扬？不久，他在党委会上郑重提出采取“对号入座”的方法尽快为老教授配助手，他强调：“要抢救遗产！不能不急，不然来不及啦！”后来，学校陆续为一批老教授配备了学术助手。郭影秋又鼓励中青年学者“能者为师”，虚心向老教师学习，练好基本功，争取“青出于蓝而胜于蓝”。全校通过“层层挂钩”，老年带中年，中年带青年，加快了教师队伍建设工作。